[요지] 청구인은 2019.4.18. 쟁점건물을 취득하고 2020.1.30. 기업부설연구소 면적을 28.8㎡로 하여 기업부설연구소 변경신고를 하였으나, 청구인은 쟁점면적을 취득한 직후부터 사실상 기업부설연구소로 사용해왔고, 한국산업기술진흥협회는 2021.7.6. 기존에 착오로 잘못 기재된 기업부설연구소 면적을 바로잡아 쟁점면적을 기업부설연구소로 인정한 사실이 확인되어 쟁점면적은 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로서 취득세 등의 감면대상으로 보는 것이 타당하므로 처분청이 쟁점면적에 대한 감면세액을 부인하여 청구인에게 취득세 등을 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.
[주 문] OOO구청장이 2021.9.7. 청구인에게 한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 OOO소재 건물 중 3층과 5층의 연면적 OOO㎡를 지방세특례제한법(2018.12.24. 법률 제16041호로 일부 개정된 것) 제46조 제3항에 따른 감면대상으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구인은 2014.8.18.부터 OOO건물 4층 중 일부 면적을 AAA로 설치하여 운영하던 중, 2019.4.18. 쟁점건물을 신축하면서 사업장과 AAA 전부를 이전하고 2020.1.30. AAA 변경신고를 하여 인정서를 재교부받은 바 있으나, 그 인정서 변경시 실수로 주소만 정정한 것이다.
(2) 청구인은 AAA 인정서상 면적이 실제 사용면적이 아닌 종전의 AAA 면적으로 기재되어 있음을 인지하고, 2021.7.1. 감면신청면적 중 다른 용도로 사용하고 있는 6층을 제외하고 3층과 5층의 면적인 OOO㎡(이하 “쟁점면적”이라 한다)를 AAA 사용면적으로 하여 AAA 인정서를 재교부 받은 바 있다.
(3) 처분청은 2020년까지 청구인이 쟁점건물을 AAA로 직접 사용하고 있는 것으로 인정하여 취득세 등 감면을 적용해 주었을 뿐만 아니라, 2020년 6월 현장조사 시에는 AAA 인정서상 면적과 감면신청면적이 상이한 것에 대하여 어떠한 행정지도 등을 한 사실도 없었다(그 당시 올바른 지적이 있었다면 청구인은 2021.4.18.까지 인정서를 정정하였을 것이다).
(4) 또한, 처분청은 2021년 6월 현장조사 시에도 쟁점면적이 AAA로 사용되고 있음을 인정하였던바, 쟁점건물 신축 후 계속하여 AAA로 사용해오고 있는 쟁점면적에 대한 취득세 등을 추징하는 것은 부당하다 할 것이다.
(1) 취득세 경감 대상이 되는 AAA는 CCC으로부터 AAA로 인정받을 당시의 그 면적에 한정된다고 보아야 할 것인바, 청구인이 2019.4.18. 쟁점건물을 취득하고 종전에 운영하던 AAA를 쟁점건물로 이전한 후, 2020.1.30. AAA 변경신고서에 연구소의 면적을 기재하고 내부도면을 제출하여 인정받은 연구소의 면적이 OOO㎡인 이상 취득세 경감대상은 이에 한정된다 할 것이다.
(2) 또한, 쟁점면적을 실제 AAA로 직접 사용했다고 하더라도 이러한 사실만으로 지방세특례제한법제46조 제3항에 따른 취득세 경감요건을 충족했다고 보기는 어렵다 할 것이다.
3. 심리 및 판단
(1) 청구인과 처분청이 제출한 증빙자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구인은 OOO소재 건물 4층에서 침구류 등을 제조‧판매하던 개인사업자로, 2019.4.18. 쟁점건물을 신축하여 사업장을 쟁점건물로 이전하였으며, 쟁점건물에 대한 취득세 등을 신고하면서 쟁점건물 중 3‧5‧6층에 해당하는 감면신청면적을 AAA로 직접 사용하는 부동산으로 보아 이에 대한 취득세 등을 경감받았다. [쟁점건물 공부상 용도 및 감면신청 현황] OOO (나) 청구인은 2014.8.18. BBB로부터 OOO소재 건물 4층의 일부 면적을 AAA로 인정받은 바 있다. (다) 2020.1.30. 청구인이 BBB에 제출한 AAA 변경신고서에 따르면, 다음과 같은 내용이 나타난다. [AAA 변경신고서] OOO (라) BBB는 2020.2.6. 청구인이 변경신고한 내용과 동일한 내용에 따라 AAA 변경신고 처리결과를 청구인에게 공문으로 통보하였다. (마) 처분청은 이 건 부과와 관련하여 2021.6.17. BBB에 청구인의 AAA 현황 자료를 요청하였고, BBB는 2021.6.18. 다음과 같이 회신하였다. [BBB 회신내역] OOO (바) 처분청은 2021.6.1. 쟁점건물에 대한 현장확인을 실시하고 다음과 같은 내용의 조사복명서를 작성하였다. [처분청 조사복명서] OOO (사) 청구인은 2021.7.1. 쟁점면적에 대하여 AAA 변경신고를 하였고, BBB는 2021.7.6. 쟁점면적을 AAA로 인정하여 AAA 인정서를 교부한 것으로 나타난다. (아) 감면신청면적 중 6층을 제외한 쟁점면적이 연구소 용도로 사용되고 있다는 것에 대해서는 양 측 다툼이 없는 것으로 보인다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 처분청은 청구인이 2019.4.18. 쟁점건물을 취득한 후 그로부터 2년 이내의 기간에 감면인정면적만 AAA로 인정받았으므로, AAA로 인정받지 못한 쟁점면적은 해당 감면을 추징하는 것이 타당하다는 의견이다. 그러나, 청구인이 2019.4.18. 쟁점건물을 신축하여 취득한 후 그로부터 2년 이내인 2020.1.30. 그 건물을 AAA로 인정받기 위한 변경신고를 하였던바, 당시 청구인이 연구소의 주소지만 변경하고 연구공간의 면적을 변경하지 않은 것은 단순 실수라고 보이는 점, 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행규칙제3조 및 제5조에서 최초신고 및 변경신고시 AAA 신청서에 연구소 내부도면 등의 첨부서류를 요구하고 있는 점을 감안하면, 청구인의 연구소가 신축‧이전되어 연구소의 현황이 크게 변동되었음에도 불구하고 BBB가 기존에 신고된 면적을 그대로 인정한 것은 확인의무를 다하지 못한 인정서 발급권자의 오류사항으로도 보이는 점, 처분청도 쟁점면적이 쟁점건물의 신축 이후부터 줄곧 AAA의 용도로 사용되어 왔다는 것은 인정하고 있고, 비록 쟁점건물 취득 후 2년 2개월 정도 지난 시점이기는 하나 청구인이 2021.7.1. 쟁점면적에 대한 AAA 변경신고를 통해 이를 AAA로 인정받은 점 등에 비추어, 청구인은 2019.4.18. 쟁점건물을 취득하고 2020.1.30. AAA 면적을 OOO㎡로 하여 AAA 변경신고를 하였지만, 청구인이 쟁점면적을 취득한 직후부터 사실상 AAA로 사용해왔고, BBB는 2021.7.6. 기존에 착오로 잘못 기재된 AAA 면적을 바로잡아 쟁점면적을 AAA로 인정한 사실이 확인되는 등 쟁점면적은 AAA에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로서 취득세 등의 감면대상으로 보는 것이 타당하므로, 처분청이 쟁점면적에 대한 감면세액을 부인하여 청구인에게 취득세 등을 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 등
(1) 지방세특례제한법(2018.12.24. 법률 제16041호로 일부 개정된 것) 제46조(연구개발 지원을 위한 감면) ① 대통령령으로 정하는 AAA(이하 이 조에서 “AAA”라 한다)에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 조에서 같다)에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 과세기준일 현재 AAA에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 35를 각각 2019년 12월 31일까지 경감한다.
② 제1항에도 불구하고 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제14조제1항에 따른 상호출자제한기업집단등이 수도권정비계획법 제6조제1항제1호에 따른 과밀억제권역 외에 설치하는 AAA에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 과세기준일 현재 AAA에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 35를 각각 2019년 12월 31일까지 경감한다.
③ 제1항에도 불구하고 중소기업기본법 제2조제1항에 따른 중소기업(이하 이 장에서 “중소기업”이라 한다)이 AAA에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 60을, 과세기준일 현재 AAA에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 각각 2019년 12월 31일까지 경감한다.
④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다.
1. 토지 또는 건축물을 취득한 후 1년(건축법에 따른 신축ㆍ증축 또는 대수선을 하는 경우에는 2년) 이내에 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조의2에 따른 AAA로 인정받지 못한 경우
2. AAA 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우
(2) 지방세특례제한법 시행령(2018.12.31. 대통령령 제29438호로 일부 개정된 것) 제23조(AAA) ① 법 제46조제1항에서 “대통령령으로 정하는 AAA”란 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조의2 제1항에 따라 인정받은 AAA를 말한다. (단서 생략)
(3) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조의2(AAA 또는 연구개발전담부서의 인정 등) ① CCC은 기업의 연구개발활동을 효율적으로 지원하고 관리하기 위하여 연구 인력 및 시설 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 기업부설 연구기관 또는 기업의 연구개발부서를 AAA 또는 연구개발전담부서로 인정할 수 있다.
(4) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제16조의2(AAA 또는 연구개발전담부서의 인정기준) ① 법 제14조의2 제1항에서 “연구인력 및 시설 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 기업부설 연구기관”이란 다음 각 호의 구분에 따라 해당 연구기관에서 근무하는 연구전담요원을 상시 확보하고, 과학기술정보통신부령으로 정하는 기준에 적합한 연구시설을 갖춘 기관을 말한다. 이 경우 CCC은 연구과제의 특수성 또는 기업의 규모를 고려하여 필요하다고 인정하는 경우에는 연구전담요원의 수를 조정할 수 있다.
② 법 제14조의2 제1항에서 “연구 인력 및 시설 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 기업의 연구개발부서”란 해당 부서에서 근무하는 연구전담요원을 1명 이상 상시 확보하고, 과학기술정보통신부령으로 정하는 기준에 적합한 연구시설을 갖춘 기업의 연구개발부서를 말한다.
③ 제1항 및 제2항에서 규정한 사항 외에 기업부설 연구기관 및 기업의 연구개발부서가 확보하여야 하는 연구전담요원의 자격기준은 과학기술정보통신부령으로 정한다. 제27조(권한의 위탁) ① 법 제20조에 따라 CCC은 다음 각 호의 사항에 관한 권한을 민법 제32조 및 공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률에 따라 CCC의 허가를 받아 설립된 BBB에 위탁한다.
1. 법 제14조의2 제1항 및 제2항에 따른 AAA등 인정 신청의 수리 및 인정에 관한 사무
2. 법 제14조의2 제3항에 따른 AAA등의 변경신고의 수리에 관한 사무
④ 제1항이나 제2항에 따라 위탁한 업무의 처리 및 보고 등에 필요한 사항은 과학기술정보통신부령으로 정한다.
(5) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행규칙 제3조(AAA의 신청 등) ① 법 제14조의2 제1항에 따라 AAA로 인정을 받으려는 기업은 별지 제1호서식의 AAA 신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 영 제27조 제1항에 따른 BBB(이하 “협회”라 한다)에 제출(정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다.
6. 기업부설 연구기관이 위치한 층의 전체 도면 및 기업부설 연구기관 내부 도면(전용 출입구 현판 및 내부 사진 포함)
② 협회는 제1항에 따른 신청을 받고 AAA로 인정하였으면 별지 제5호 서식의 AAA 인정서를 발급하여야 한다.
③ 제1항과 제2항에서 규정한 사항 외에 AAA의 신청에 필요한 사항은 CCC이 따로 정하여 고시한다. 제5조(변경신고) ① 법 제14조의2 제3항에서 “과학기술정보통신부령으로 정하는 사항”이란 별표의 변경신고 사항을 말한다.
② AAA 또는 연구개발전담부서(이하 “AAA등”이라 한다)가 소속된 기업이 제1항에 따른 사항을 변경하는 경우에는 해당 사항이 변경된 날부터 14일 이내에 별지 제8호서식의 변경신고서에 변경 내용을 적고 관련 서류를 첨부하여 협회에 제출(정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다. 제6조(인정서 재발급 등) ① 협회는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에 AAA등의 신청인이 요청하면 관련 사실을 확인한 후 인정서를 재발급할 수 있다.
1. 주요 변경사항이 있을 때
③ 제1항에 따라 인정받은 AAA 또는 연구개발전담부서(이하 “AAA등”이라 한다)가 소속된 기업은 과학기술정보통신부령으로 정하는 사항을 변경하는 경우에는 CCC에게 신고하여야 한다.
④ 제1항부터 제3항까지에서 규정한 사항 외에 AAA등의 인정 및 변경신고 절차 등에 관하여 필요한 사항은 과학기술정보통신부령으로 정한다. [별표]
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