착공 당시에 적용되던 종전감면규정(도시개발사업 등에 대한 감면)에 따라 취득세를 면제하여야 한다는 청구주장의 당부

[참조결정] 조심2022지0131

[주 문] OOO구청장이 2021.11.3. 청구법인에게 한 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 OOO일원의 “OOO주택재개발정비사업”(이하 “이 건 정비사업”이라 한다)을 시행하기 위하여 설립된 주택재개발정비사업조합으로서 2017.9.21. 준공인가된 공동주택 중 임대주택 OOO세대(이하 “쟁점 임대주택“이라 한다)에 대하여, 2017.11.20. 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고, 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정된 것, 이하 “개정감면규정”이라 한다) 제74조 제3항 제2호에 따른 감면율(100분의 75)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다.
• 나. 그 후, 청구법인은 이 건 임대주택에 대해 착공(2014.10.17.) 당시 시행되던 구지방세특례제한법(2015.12.29. 법률 제13637호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제74조 제3항 및 구지방세특례제한법 시행령(2015.12.31. 대통령령 제26837호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제35조 제3항 제2호(이하 “종전감면규정”이라 한다) 및 구지방세특례제한법(2015.12.29. 법률 제13637호로 개정된 것, 이하 같다) 부칙 제6조 및 구 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정된 것, 이하 같다) 제15조(일반적 경과조치, 이하 “쟁점부칙규정”이라 한다)에 따라 종전감면규정을 적용하여 취득세를 면제하여 달라는 취지로 2021.10.27. 경정청구를 하였으나, 처분청은 2021.11.3. 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.11.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 2014.10.17. 쟁점임대주택을 착공할 당시 시행되었던 종전감면규정은 취득세를 면제한다고 규정하고 있었으나, 2017.9.21. 쟁점임대주택을 취득할 당시의 개정감면규정은 100분의 75 경감으로 감면율이 축소되었는바, 개정감면규정의 쟁점부칙규정에서 ‘이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.’는 경과 규정을 두고 있고, 쟁점부칙규정은 지방세특례제한법 상 납세의무가 성립하기 이전에 납세자에게 부여된 신뢰를 보호하기 위한 특별규정으로서 조세법령이 납세자에게 불리하게 개정된 경우 부칙에 쟁점부칙규정과 같은 특별규정을 두고 있다면 이는 납세자의 기득권이나 신뢰를 보호하기 위한 규정으로 판단하고 있으며, 이러한 견지에서 조세심판원에서도 납세자의 신뢰를 보호하기 위하여 납세자에게 유리한 종전감면규정을 적용하여야 한다는 입장을 취하고 있다.

(2) 도시개발사업 등에 대한 취득세 감면규정은 1995.1.1. OOO시세 감면조례제18조로 신설된 이후 그 규정 형태와 근거 법률만 변경되었을 뿐, 20년 이상 동일하게 유지(면제)되어 왔고, 청구법인은 이를 신뢰하여 2010.3.3. 조합설립인가, 2012.8.1. 사업시행인가, 2013.8.23. 관리처분인가 및 2014.10.17. 건축공사에 착공하여 2017.9.21. 쟁점임대주택을 취득하였는바, 청구법인은 위와 같이 개정감면규정 이전에 법령에 의한 과세요건 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아가 일정한 법률적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하였다 할 것이고, 도시개발사업 등에 대한 취득세 면제규정이 장기간 유지되어 온 이상 납세의무자의 신뢰 내지 기득권은 마땅히 보호되어야 할 것이므로 청구법인의 쟁점임대주택 취득은 개정감면규정에도 불구하고 쟁점부칙규정에 따라 착공시점에 적용되던 종전감면규정을 적용하여 취득세를 면제하는 것이 타당하다.

• 나. 처분청 의견 다수의 대법원 판례 및 조세심판원 결정에서 법령의 부칙에 일반적 경과조치를 규정하고 있다 하더라도 이러한 조치에 대한 납세자의 신뢰는 단순한 기대에 지나지 않는다는 일관된 태도를 보여 왔고, 청구법인이 쟁점임대주택 착공 당시 감면이 계속 유지되리라고 기대한 것은 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하여 마땅히 보호되어야 할 신뢰의 정도는 아니라 할 것인 점, 감면규정의 신설이나 유지, 종료 및 축소 등에 대한 판단은 입법자의 재량에 기초한 정책적 판단이라 할 것인 점, 건축물의 착공 행위가 있었다는 자체만으로는 과세요건의 충족과 밀접하게 관련되어 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하였다고는 보기는 어려운 점, 종전감면규정에서 도시개발사업 등에 따라 취득하는 부동산에 대하여는 2015년 12월 31일까지 취득세를 면제한다는 일몰 규정을 두고 있었으므로 감면기한 이후에는 감면이 종료되거나 감면율이 축소될 수도 있음을 충분히 예측할 수 있었을 것인 점 등에 비추어 개정감면규정의 부칙에서 종전의 규정을 소급적으로 적용한다는 명시적 규정을 두고 있지 아니한 이상 청구법인의 쟁점임대주택의 취득은 개정감면규정에 따라 취득세 면제 대상으로 볼 수는 없다 할 것이므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 것은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 착공 당시에 적용되던 종전감면규정(도시개발사업 등에 대한 감면)에 따라 취득세를 면제하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 이 건 정비사업의 사업시행인가, 착공신고 등의 현황은 아래 ＜표1＞과 같다. ＜표1＞ 이 건 정비사업 등 개요 OOO (나) 주택재개발사업의 시행자가 해당 사업의 관리처분계획에 따라 취득하는 주거용 부동산에 대하여는 1995.1.1.부터 2016.12.31.까지 취득세를 면제하다가 2017.1.1.부터 2019.12.31.까지는 100분의 75 감면으로, 2020년부터 현재까지는 100분의 50 감면으로 그 감면율을 계속하여 축소하는 방향으로 개정되고 있다. ＜표2＞ 도시개발사업 등에 대한 취득세 감면 연혁 OOO

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 도시개발사업 등에 대한 취득세 감면은 1995.1.1. 부산광역시세 감면조례로 신설(제정)되었고, 2011.1.1.지방세특례제한법제74조 제3항으로 이관된 후, 2017.1.1. 관련 규정이 개정되어 감면율이 100%에서 75%로로 축소되기 전까지 법명만 변경되었을 뿐 그 내용은 20년 이상 동일하게 유지되어 온 점, 2017.1.1. 지방세특례제한법제74조 제3항이 개정되면서 주택재개발사업 등의 시행에 따라 부동산을 취득하는 자에게 불리하게 개정되었는데, 쟁점부칙규정에서 재개발사업 등으로 인한 주택 취득자의 신뢰보호를 위하여 종전감면규정에 따라 감면하여야 할 취득세에 대하여는 종전의 규정에 따르도록 규정하고 있고, 청구법인은 2017.1.1. 개정감면규정이 시행되기 전인 2012.8.1. 사업시행인가를 받고, 2014.10.17. 착공신고 등을 거쳐 2017.9.21. 쟁점임대주택을 신축하였으므로 종전감면규정에 따라 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에 해당하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 개정감면규정에 따라 취득세 감면율이 75%로 축소된 이후인 2017.9.21. 쟁점임대주택을 취득하였다 하더라도 쟁점부칙규정의 일반적 경과조치 및 신뢰보호원칙에 따라 취득세를 면제하는 것이 타당하다 할 것이므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이라고 판단된다. 아울러, 지방세특례제한법제177조의2 규정에 의한 최소납부세액규정이 시행(2016.1.1.)되기 전의 종전감면규정을 적용하여 이 건 취득세 등을 면제하게 된 이상, 쟁점임대주택에 취득 당시(2017.9.21.) 시행되는 최소납부세액규정 또한 적용하기도 어렵다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법 (2015.12.29. 법률 제13637호로 개정되기 전의 것) 제74조(도시개발사업 등에 대한 감면) ③ 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업과 주거환경개선사업을 시행하여 취득하는 대통령령으로 정하는 부동산에 대하여는 2015년 12월 31일까지 취득세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 5년 이내에 지방세법 제13조 제5항에 따른 과세대상이 되거나 관계 법령을 위반하여 건축한 경우에는 면제된 취득세를 추징한다. 제177조의2(지방세 감면 특례의 제한) 이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제(지방세 특례 중에서 세액감면율이 100분의 100인 경우와 세율경감율이 지방세법에 따른 해당 과세대상에 대한 세율 전부를 감면하는 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다)되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율(지방세법 제13조 제1항부터 제4항까지의 세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 지방세법에 따라 산출한 취득세 및 재산세의 세액이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

• 가. 취득세: 200만원 이하
• 나. 재산세: 50만원 이하(지방세법 제122조에 따른 세 부담의 상한을 적용하기 이전의 산출액을 말한다)

2. 제7조부터 제9조까지, 제13조 제3항, 제14조 제3항, 제16조, 제17조, 제17조의2, 제20조 제1호, 제29조, 제30조 제2항, 제35조의2, 제37조, 제38조 제3항, 제41조 제1항부터 제6항까지, 제43조, 제50조, 제55조, 제57조의2, 제62조, 제63조 제1항 단서, 같은 조 제3항, 제65조, 제66조, 제68조 제2항, 제73조, 제74조, 제76조 제2항, 제77조 제2항, 제79조, 제80조, 제81조, 제82조, 제84조 제1항, 제85조의2 제1항 제4호, 제87조, 제88조제1항 및 제92조에 따른 감면

(2) 지방세특례제한법 시행령 (2015.12.31. 대통령령 제26837호로 개정되기 전의 것) 제35조(환지계획 등에 따른 취득부동산의 초과액 산정기준 등) ③ 법 제74조 제3항 본문에서 “대통령령으로 정하는 부동산”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 도시 및 주거환경정비법 제8조에 따른 주택재개발사업의 시행자가 같은 법 제2조 제2호 나목에 따른 주택재개발사업의 대지 조성을 위하여 취득하는 부동산

2. 제1호에 따른 주택재개발사업의 시행자가 해당 사업의 관리처분계획에 따라 취득하는 주거용 부동산

(3) 지방세특례제한법 (2015.12.29. 법률 제13637호로 개정된 것) 제74조(도시개발사업 등에 대한 감면) ③ 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업과 주거환경개선사업의 시행에 따라 취득하는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산에 대해서는 취득세를 2016년 12월 31일(제4호 및 제5호의 경우에는 각각 2018년 12월 31일)까지 각각 면제한다. 다만, 그 취득일부터 5년 이내에 지방세법 제13조 제5항에 따른 과세대상이 되거나 관계 법령을 위반하여 건축한 경우에는 면제된 취득세를 추징한다.

1. 도시 및 주거환경정비법 제8조에 따른 주택재개발사업의 시행자가 같은 법 제2조 제2호 나목에 따른 주택재개발사업의 대지 조성을 위하여 취득하는 부동산

2. 도시 및 주거환경정비법 제8조에 따른 주택재개발사업의 시행자가 같은 법 제48조에 따른 해당 사업의 관리처분계획에 따라 취득하는 주택 제177조의2(지방세 감면 특례의 제한) 이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제(지방세 특례 중에서 세액감면율이 100분의 100인 경우와 세율 경감률이 지방세법에 따른 해당 과세대상에 대한 세율 전부를 감면하는 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다)되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율(지방세법 제13조 제1항부터 제4항까지의 세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 지방세법에 따라 산출한 취득세 및 재산세의 세액이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

• 가. 취득세: 200만원 이하
• 나. 재산세: 50만원 이하(지방세법 제122조에 따른 세 부담의 상한을 적용하기 이전의 산출액을 말한다)

2. 제7조부터 제9조까지, 제11조 제1항, 제13조 제3항, 제14조 제3항, 제16조, 제17조, 제17조의2, 제20조 제1호, 제29조, 제30조 제3항, 제33조 제2항, 제35조의2, 제36조, 제41조 제1항부터 제6항까지, 제50조, 제55조, 제57조의2 제2항, 제57조의3 제1항, 제62조, 제63조 제1항 단서, 같은 조 제3항, 제66조, 제73조, 제76조 제2항, 제77조 제2항, 제82조, 제84조 제1항, 제85조의2 제1항 제4호, 제87조 및 제92조에 따른 감면 ＜부칙＞ 제1조(시행일) 이 법은 2016년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제181조제6항 단서의 개정규정은 2017년 1월 1일부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례) ① 이 법은 이 법 시행 후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. 제6조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.

(4) 지방세특례제한법 (2016.12.27. 법률 제14477호로 개정된 것) 제74조(도시개발사업 등에 대한 감면) ③ 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업과 주거환경개선사업의 시행에 따라 취득하는 제1호부터 제3호까지의 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 2019년 12월 31일까지 경감하고, 제4호 및 제5호의 부동산에 대해서는 취득세를 2018년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 그 취득일부터 5년 이내에 지방세법 제13조 제5항에 따른 과세대상이 되거나 관계 법령을 위반하여 건축한 경우에는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 도시 및 주거환경정비법 제8조에 따른 주택재개발사업의 시행자가 같은 법 제2조 제2호 나목에 따른 주택재개발사업의 대지 조성을 위하여 취득하는 부동산

2. 도시 및 주거환경정비법 제8조에 따른 주택재개발사업의 시행자가 같은 법 제48조에 따른 해당 사업의 관리처분계획에 따라 취득하는 주택 ＜부칙＞ 제1조(시행일) 이 법은 2017년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 법률 제12955호 지방세특례제한법 일부개정법률 부칙 제2조의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. 제15조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 지방세를 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.

(5) 도시 및 주거환경정비법 (2016.1.27. 법률 제13912호로 개정된 것) 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “정비구역”이란 정비사업을 계획적으로 시행하기 위하여 제16조에 따라 지정ㆍ고시된 구역을 말한다.

2. “정비사업”이라 함은 이 법에서 정한 절차에 따라 도시기능을 회복하기 위하여 정비구역 또는 가로구역(가로구역: 정비구역이 아닌 대통령령으로 정하는 구역을 말하며, 바목의 사업으로 한정한다)에서 정비기반시설을 정비하거나 주택 등 건축물을 개량하거나 건설하는 다음 각목의 사업을 말한다. (이하 생략)

• 나. 주택재개발사업: 정비기반시설이 열악하고 노후ㆍ불량건축물이 밀집한 지역에서 주거환경을 개선하기 위하여 시행하는 사업 제8조(주택재개발사업 등의 시행자) ① 주택재개발사업은 조합이 이를 시행하거나 조합이 조합원 과반수의 동의를 얻어 시장ㆍ군수, 주택공사 등, 건설업자, 등록사업자 또는 대통령령이 정하는 요건을 갖춘 자와 공동으로 이를 시행할 수 있다.