조세심판원 심판청구 법인세

청구법인이 이 건 토지를 취득하여 유예기간(3년) 내에 정당한 사유 없이 산업용 건축물 등의 용도에 사용하지 아니한 것으로 보아 기 감면한 취득세 등을 추징한 처분의 적법 여부

사건번호 조심 2021지5797 선고일 2022-12-02 조세심판원

[요지] 청구법인이 유예기간 이내에 쟁점신축공장을 공장 등의 용도로 사용하지 아니하고 방치하거나 다른 용도로 사용한 것으로 볼 수는 없다(조심 2020지1690, 2017.5.17., 같은 뜻임) 할 것이므로 처분청이 지방세특례제한법제78조 제5항 제1호의 추징사유에 해당된다고 보아 기 감면한 취득세 및 재산세 등을 추징한 처분은 잘못으로 판단됨.

[참조결정] 조심2020지1690

[주 문] OOO구청장이 2021.8.15. 청구법인에게 한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(가산세 포함)의 부과처분과 2021.1013. 청구법인에게 한 2017~2019년도 재산세(토지분) OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

  • 가. 처분청은 청구법인이 2014.12.3. OOO도시공사와 연부계약을 체결한 후, 2017.3.31. 잔금을 완납하여 취득한 OOO공장용지 OOO㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)에 대하여, 지방세특례제한법(2015.1.1. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제78조 제4항에 따라 산업단지 내에서 산업용 건축물 등을 신축하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 취득세 등을 감면하였다.
  • 나. 그 후, 처분청은 청구법인이 이 건 토지 취득하여 정당한 사유 없이 3년 이내에 해당용도에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 2021.8.25. 이 건 토지에 대하여 기 감면한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(가산세 포함)을 부과·고지하였으며, 2021.10.13. 이 건 토지에 대하여 기 감면한 2017∼2019년도 재산세(토지분) OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 아래 <표1>과 같이 청구법인에게 부과·고지하였다. <표1> 이 건 토지에 대한 재산세 등 부과·고지 내역 OOO
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.11.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 2014.12.3. OOO도시공사와 이 건 토지에 대한 연부계약을 체결하고 2017.3.31. 잔금을 완납하여 이를 취득한 후, 유예기간(3년) 이내인 2019.4.25. 이 건 토지상에 공장 신축허가를 받고, 2019.5.16. 신축 공사에 착공하여 2019.9.5. 지상 2층 규모의 공장(물품제조공장) OOO㎡(이하 이 건 토지와 함께 “쟁점신축공장”이라 한다)를 신축하여 소유권보존등기를 경료하였다.

(2) 지방세특례제한법제78조 제5항에서 규정하고 있는 ‘직접 사용’의 의미는 당해 부동산의 용도가 직접 그 고유의 업무에 사용하는 것이면 충분한 것이고, 청구법인이 어떠한 방식을 택하여 사업을 수행·추진하더라도 이로써 법인의 고유업무에 해당하는 사업의 실질적인 목적이나 내용이 달라지는 것은 아니므로 청구법인이 사업의 전부가 아닌 일부의 이행을 위하여 이 건 토지를 사용한 경우도 감면규정을 적용하는 것이 타당하다 할 것인바, 처분청은 쟁점신축공장의 수도·전기 사용량이 미미하고, 쟁점신축공장 소재지에 공장을 등록한 사실이 없다는 이유로 이 건 취득세 등을 추징하였으나, 청구법인은 본점이 소재한 OOO(이하 “본점공장”이라 한다)와 서로 연접한 이 건 토지상에 쟁점신축공장을 신축하였고, 쟁점신축공장에 신발제조와 관련된 생산라인(1개)와 사방압착기(1대) 등의 설비를 구축한 후, 신발제조 공정(투입→성형→접착→검수→포장) 중 ‘투입→성형→접착’ 공정은 본점공장에서, 나머지 ‘검수→포장’ 공정을 수행하여 왔으며, 쟁점신축공장에서의 전기 및 수도 사용량이 미미한 이유는 예상하기 어려운 경기악화로 인하여 사업장의 전면 이전이 지연됨에 따라 전기 등의 사용이 크게 요구되지 않은 공정을 수행하였기 때문이고, 쟁점신축공장으로 소재지 변경을 하지 아니한 주된 이유는 조달청 입찰을 위한 요건 충족(군복 및 군용장구의 제조·판매업 허가를 위한 준비) 등을 위해 본점 소재지를 이전하지 아니하였을 뿐, 청구법인은 신축한 쟁점신축공장에서 사업목적에 따른 업무를 계속하여 수행하여 왔음에도 처분청이 쟁점신축공장을 사용하지 아니한 것으로 보아 감면한 취득세 등을 추징하는 것은 부당하다.

(3) 설사, 청구법인은 신축한 쟁점신축공장으로 공장 설비의 일체를 이전하지는 못하였다 하더라도, 이는 경영상 잘못이라기보다는 개성공단의 폐쇄와 코로나19 등으로 인한 경제사정으로 인한 것이고, 이러한 환경에도 불구하고 청구법인은 공정의 일부를 쟁점신축공장에서 진행하는 등 취득한 본래의 용도로 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하여 왔다 할 것이므로 이는 처분청의 주장과 같이 취득세 감면 사유에 해당하는 ‘직접 사용’으로 보기 어렵다 하더라도 ‘정당한 사유’를 인정하는 것이 타당하다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 취득한 토지상에 건축물을 신축하였다 하여 그 토지를 직접 사용한 것으로 보게 되면 건축물이 다른 용도로 사용된 경우에 그 부속토지도 해당 용도에 직접 사용된 것이 아님에도 면제된 취득세 등을 추징할 수 없게 되는 것이므로, 감면된 토지에 대한 ‘산업용 건축물 등의 용도에의 직접 사용’ 여부는 지상에 건축된 건축물의 사용용도에 따라 판단하여야 할 것이고, 취득한 토지를 당해 업종의 용도에 직접 사용한다고 하려면 토지에 건축물을 건축하였다는 것만으로 부족하고, 취득 이후에도 당해 업종의 영업을 개시하여 사업을 지속적으로 영위하여야 하는 것이라 할 것인바,

① 처분청이 2021.7.23. 쟁점신축공장에 현지 출장하여 확인한 내용에 의하면, “해당 사업장 한쪽에 기계장치가 설치되어 있으나 제조와 관련한 작업인력이나 제조 활동은 없음”으로 기재되어 있는 점,

② 청구법인이 2014.11.26. OOO청장에게 제출한 사업계획서에는 공장에서 사용하는 용수 및 전력은 일간 생활용수 OOO톤, 일반전력 OOOKW로 하여 제출하였으나, 청구법인이 쟁점건물 신축 후 사용한 월평균 수도사용량은 월평균 OOO톤, 전기사용량은 OOOkhw으로서 제조업을 영위하였다고 보기에는 그 사용량이 미미한 점,

③ 처분청이 쟁점신축공장 신축 이후 사용 여부의 확인을 위해 제조(매출)원가명세서 등 회계 관련 서류의 보정을 요구하였음에도 이에 대한 자료를 제출하지 아니하였을 뿐만 아니라, 쟁점신축공장에서 신발제조업을 영위한 사업내역에 대한 증빙도 확인되지 아니하는 점,

④ 청구법인은 유예기간(2020.3.31.)이 도과된 시점까지도 쟁점신축공장에 사업자등록이나 공장등록을 하지 아니한 점,

⑤ 처분청의 현장확인 복명서에 첨부된 물품적치 사진에는 물품 상자 등이 적재되어 있으나, 이는 쟁점신축공장에서 생산한 제품이 아닌 청구법인의 본점공장에서 제조한 제품을 보관하고 있는 것으로 보이는 점,

⑥ 청구법인이 본점공장에서 제조한 제품을 쟁점신축공장에서 선별, 포장, 적재 등을 하고 있다는 청구법인의 주장 또한 납득되지 아니하는 점 등에 비추어 쟁점신축공장에서 제조업을 영위하였다는 청구법인의 주장은 타당하지 않다 할 것이다.

(2) 또한, 청구법인은 유예기간(3년) 내에 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 ‘정당한 사유’로 개성공단 폐쇄 및 코로나19 등에 따른 경제 사정의 어려움을 들고 있으나, 코로나19로 인한 기업의 매출감소 등 경영악화의 사유로는 유예기간 내에 직접 사용하지 못한 정당한 사유로 보기 어렵다 할 것이고, 청구법인이 본점공장에서 쟁점신축공장으로의 사업장을 이전하는 과정에 있다 하더라도 2019.9.5. 쟁점신축공장 신축이후 현재까지 인적·물적 설비를 이전하기 위한 진지한 노력을 다하였다고 볼 만한 사정이 나타나지 아니하므로 유예기간(3년) 내에 해당 용도에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 보기도 어렵다 할 것이다.

(3) 따라서, 쟁점신축공장은 구지방세특례제한법제78조 제4항에서 규정하고 있는 산업용 건축물에 해당한다 할 수 없고, 쟁점신축공장의 부속토지인 이 건 토지는 ‘정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년 이내에 해당용도로 직접사용하지 아니하는 경우’에 해당한다고 할 것이므로 처분청이 이 건 토지에 대하여 기 감면한 취득세 등을 추징한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁 점 청구법인이 이 건 토지를 취득하여 유예기간(3년) 내에 정당한 사유 없이 산업용 건축물 등의 용도에 사용하지 아니한 것으로 보아 기 감면한 취득세 등을 추징한 처분의 적법 여부
  • 나. 관련 법령: <별지> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 ‘신발제조 및 도, 소매업’, ‘신발임가공업’, ‘신발부품 수출업’ 등을 목적으로 2011.10.27. 설립되었으며, ‘OOO’에 본점공장을 두고 있으며, ‘OOO’에 지점(2013.5.11. 설치)을 두고 있다. (나) 청구법인은 2014.12.3. 이 건 토지에 대한 용지매매계약을 체결하여 2017.3.31. 이를 취득하였으며, 이 건 토지는 OOO도시공사가 시행한 ‘OOO국제산업물류단지(1단계) 일반산업단지’ 내에 소재하고 있다. <표2> 이 건 토지 용지매매계약서(발췌) OOO (다) 건축물대장 등에 의하면, 청구법인은 2019.4.25. 이 건 토지상에 공장신축허가를 받고, 2019.5.16. 건축공사에 착공하여 2019.9.5. 쟁점신축공장을 신축(사용승인)한 것으로 나타난다. (라) 청구법인은 쟁점신축공장과 연접한 OOO에 본점공장을 두고 신발제조업 등을 영위하고 있는 것으로 확인된다. (마) 청구법인은 이 건 토지를 취득하는 과정에서 2014.11.26. 부산진해경제자유구역청장에게 아래와 같은 ‘산업단지 입주계약 신청서’를 제출한 것으로 나타난다. < 청구법인의 산업단지 입주신청서(발췌) > OOO (바) 청구법인은 쟁점신축공장과 연접하고 있는 본점공장에 공장등록을 하였으나, 쟁점신축공장에는 별도의 공장등록을 하지 아니한 사실이 OOO청장의 회신 공문 등에 의하여 확인된다. <표3> 청구법인의 공장등록 현황 OOO (사) 처분청이 OOO시 상수도사업본부 및 한국전력공사로부터 회신 받은 쟁점신축공장의 수도 및 전기사용량은 아래 <표4>, <표5>와 같다. <표4> 쟁점신축공장의 수도사용량(톤) OOO <표5> 쟁점신축공장의 전기사용량(kWh) OOO (아) 처분청이 OOO세무서장으로부터 회신 받은 공문 등에 의하면, 청구법인은 쟁점신축공장을 소재지로 하여 사업자등록을 하거나 부가가치세 등을 신고한 사실은 없는 것으로 나타난다. (자) 처분청은 2021.7.23. 쟁점신축공장에 대한 현지확인조사 등을 통해 “해당 사업장에는 사업자등록이 되어있지 않으며 건물 내부에 물품이 적치되어 있고, 한쪽에 기계장치가 설치되어 있으나, 방문시간에는 (제조시설) 작업인력이나 제조 활동은 없음”을 확인한 것으로 나타난다. (차) 청구법인은 쟁점신축공장에서 ‘안전화 재검사’, ‘문대라벨 교체(스티커작업)’, ‘재검사/수리(갑피주름 수리)’, ‘재검사/수리(인솔교체)’ 등의 공정을 수행하고 있다고 주장하며, 2020.1.15.이후 쟁점신축공장에서의 작업현황 일지와 작업현황사진 등을 제출하였다. (카) 청구법인은 개성공단 폐쇄(2016년 2월) 이후 매출액이 계속 감소하여 쟁점신축공장에서의 본격적인 생산활동이 지연되었다고 주장하며, 2015년 이후 손익계산서 등 매출액 증감자료를 아래와 같이 제출하였다. <표6> OOO공단 폐쇄 이후 매출액 증감율(청구법인 제출자료) OOO

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 지방세특례제한법제78조 제4항에서 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지에서 산업용 건축물등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산에 대하여는 지방세를 면제한다고 규정하고 있고, 그 제5항 제1호에서 ‘정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우’에는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다고 규정하고 있는바, 청구법인은 ‘OOO국제산업물류단지(1단계) 일반산업단지’ 내에 소재한 이 건 토지를 2017.3.31. 취득한 후, 그 취득일부터 3년 이내인 2019.9.5. 연면적 OOO㎡의 공장을 신축한 점, 청구법인이 제출한 쟁점신축공장의 현황사진 및 작업일지, 처분청이 현지 출장 당시 촬영한 사진 등에 의하면, 청구법인은 쟁점신축공장에서 안전화 재검사, 스티커작업 등 신발의 제조·포장·검사·보관 등의 공정을 수행하고 있는 것으로 보이는 점, 쟁점신축공장의 수도·전기 사용량이 미미하다거나 공장등록 내지 사업자등록 등이 되지 아니하였다는 사유로 쟁점신축공장을 해당 용도로 직접 사용하지 아니하였다고 단정하는 것은 다소 무리가 있는 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 유예기간 이내에 쟁점신축공장을 공장 등의 용도로 사용하지 아니하고 방치하거나 다른 용도로 사용한 것으로 볼 수는 없다 할 것이므로 처분청이 지방세특례제한법제78조 제5항 제1호의 추징사유에 해당된다고 보아 기 감면한 취득세 및 재산세 등을 추징한 처분은 잘못으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 지방세특례제한법 (2015.1.1. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. “직접사용”이란 부동산·차량·건설기계·선박·항공기 등의 소유자가 해당 부동산·차량·건설기계·선박·항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다. 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다.

1. 대상 지역

  • 가. 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지
  • 나. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 따른 유치지역
  • 다. 산업기술단지 지원에 관한 특례법에 따라 조성된 산업기술단지

2. 감면 내용

  • 가. 산업용 건축물등을 건축하려는 자[공장용 건축물(건축법 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다]가 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.

⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

⑥ 제2항 및 제4항에 따른 공장의 업종 및 그 규모, 감면 등의 적용기준은 안전행정부령으로 정한다. <부칙>(법률 제12955호, 2014.12.31.) 제25조(산업단지 입주기업 등에 대한 경감세율 특례) 제78조 제1항에 따른 사업시행자와 2015년 12월 31일까지 분양계약을 체결하고 제78조 제4항 제1호의 대상지역에서 산업용 건축물 등을 건축[공장용 건축물(건축법 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다] 또는 대수선 하려는 자가 제78조 제4항에 따라 취득하는 부동산에 대해서는 이 법 개정 법률에도 불구하고 2017년 12월 31일까지 종전의 법률을 적용한다.

(2) 지방세특례제한법 시행령 (2018.1.1. 대통령령 제28525호로 개정되기 전의 것) 제29조(산업용 건축물 등의 범위) 법 제58조 제3항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 건축물”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물을 말한다.

3. 산업입지 및 개발에 관한 법률 제2조에 따른 공장ㆍ지식산업ㆍ문화산업ㆍ정보통신산업ㆍ자원비축시설용 건축물과 이와 직접 관련된 교육ㆍ연구ㆍ정보처리ㆍ유통시설용 건축물

4. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제30조제2항에 따른 관리기관이 산업단지의 관리, 입주기업체 지원 및 근로자의 후생복지를 위하여 설치하는 건축물(수익사업용으로 사용되는 부분은 제외한다)

(3) 산업입지 및 개발에 관한 법률 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “공장”이란 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제2조제1호에 따른 공장을 말한다.

(4) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “공장”이란 건축물 또는 공작물, 물품제조공정을 형성하는 기계ㆍ장치 등 제조시설과 그 부대시설(이하 “제조시설등”이라 한다)을 갖추고 대통령령으로 정하는 제조업을 하기 위한 사업장으로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)