이 건 체비지가 취득세 면제대상이므로 그 취득세에 부가되는 쟁점농어촌특별세도 함께 면제(비과세)되어야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] OOO시장이 2021.10.1. 청구법인에게 한 농어촌특별세 경정청구 거부처분은 OOO토지에 소재하는 전용면적 85㎡ 초과 일반분양분 공동주택 OOO세대 및 상가용 건축물분 취득세에 부가되는 농어촌특별세 합계 OOO원을 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2011.2.1. 설립된 법인으로서 OOO일원 토지상에 주상복합용건축물 등을 신축하는 “OOO정비사업”(이하 “이 건 정비사업”이라 한다)을 시행하는 사업시행자이다.
• 나. 청구법인은 2018.11.22. 이 건 정비사업부지 내 주상복합건축물(지상 OOO층, 연면적 OOO㎡, 이하 “이 건 부동산”이라 한다)을 취득(신축, 지목변경)한 후, 2018.12.13. 그 취득가액인 OOO원을 과세표준으로 하고,지방세법제11조 제1항 제3호의 세율(2.8% 및 같은 법 제15조 제2항 제2호에 따른 세율 2%)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원(농어촌특별세 OOO원을 포함한다)을 다음의 ＜표1＞과 같이 2018.11.22. 신고한 후, 2018.12.18. 납부하였다. ＜표1＞ 청구법인 신고·납부 내역 OOO
• 다. 청구법인은 2021.8.30. 이 건 부동산 중 관리처분계획에 따라 체비시설로 인가받은 일반분양분 OOO세대(위 ＜표1＞의 전용면적 85㎡ 이하 OOO세대와 85㎡를 초과 OOO세대)․지목변경용 토지․상가용 건축물은 지방세특례제한법제74조 제1항에 따른 취득세 감면대상 체비지에 해당하고, 농어촌특별세법제4조 제12호에서 위지방세특례제한법에 따라 감면되는 체비지에 대해서는 그 농어촌특별세를 비과세하도록 규정하고 있으므로 위 체비지분 취득세에 해당하는 농어촌특별세를 환급하여야 한다는 이유로 경정청구를 하였으나, 처분청은 2021.10.1. 이를 거부하였다.
• 라. 청구법인은 위 경정청구 거부처분에 대하여 불복하여 2021.10.26. 심판청구를 제기하였다가 2023.3.2. 지목변경분 농어촌특별세 부분(위 ＜표1＞의 OOO원)을 취하(이하 나머지 청구금액 OOO원을 “쟁점농어촌특별세”라 한다)하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 이 건 부동산 중 관리처분계획에 따라 체비시설로 인가받은 ① 일반분양분 OOO세대․② 상가용 건축물(이하 “이 건 체비지”라 한다)은 사업시행자가 취득하는 체비지로서 지방세특례제한법제74조 제1항에 따른 취득세 면제대상이고, 그 면제되는 취득세를 과세표준으로 하여 부과되는 농어촌특별세도 농어촌특별세법 제4조 제12호 및 같은 법 시행령 제4조 제6항 제5호에 따라 비과세되어 기 신고․납부한 쟁점농어촌특별세가 환급되어야 함에도 처분청이 이를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 이 건 체비지가 지방세특례제한법제74조 제1항에 따른 취득세 면제대상에 해당하는지는 별론으로 하고, 취득세액 또는 취득세의 감면세액에 부과되는 농어촌특별세는 취득세의 부가세(종세) 성격의 조세이고, 청구법인이 이 건 체비지에 대하여 2019.10.31. 심판청구를 제기 중에 있는바, 현재까지 조세심판원의 결정이 없으므로 처분청이 쟁점농어촌특별세 환급을 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 이 건 체비지가 취득세 면제대상이므로 그 취득세에 부가되는 쟁점농어촌특별세도 함께 면제(비과세)되어야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료를 보면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 이 건 정비사업의 시행을 위해 2011.1.21. 조합설립인가를 받아, 2011.2.1. 설립되었으며, 2012.1.31. 처분청으로부터 사업시행자 지정을 받았다. (나) 청구법인은 2012.2.12. 이 건 정비사업으로 신축 예정인 주상복합용 건축물의 분양공고를 하여 토지등소유자로부터 분양신청을 받았고, 2013.11.11. 잔여분에 해당하는 이 건 체비지․보류시설인 공동주택 OOO세대․판매시설 OOO곳을 체비지로 하여 관리처분인가를 받고 공사착공을 하여 2018.11.22. 이 건 부동산을 신축하였다. (다) OOO조합은 2011.3.29. AAA과 아래와 같이 이 건 정비사업에 관한 공사계약을 체결하였다. OOO (라) OOO정비사업 사업시행인가 고시 등을 보면, 아래와 같이 고시 기재사항 중 “7. 건축계획에 관한 사항”에는 공동주택인 아파트, 업무시설, 및 관련 판매시설(대형마트)에 관한 내용이 확인된다. OOO (마) OOO정비사업 관리처분계획인가 고시에 의하면, 처분청은 2013.11.13. 아래와 같이 관리처분계획인가(관리처분계획인가일: 2013.11.11.)를 고시하였고, 그 중 “5. 나. 분양 또는 보류지의 규모 등 분양계획”에 공동주택 중 일반분양분이 OOO세대인 사실이 확인된다. OOO (바) 일반분양공고(2014.11.21.)에 의하면, OOO조합은 2014.11.21. 이 건 부동산 중 일반분양분 OOO세대에 관하여 일반 분양공고한 사실이 나타난다. (사) 처분청은 2018.11.22. 이 건 정비사업부지 내 주상복합건축물 OOO㎡[공동주택 OOO세대, 판매시설(상점, 대형점)]에 대하여 사용승인을 하였다. (아) 청구법인은 이 건 부동산을 신축하여 취득한 후, 2018.12.13. 그 취득세와 쟁점농어촌특별세 등 합계 OOO원을 2018.11.22.신고한 후, 2018.12.18. 납부하였다. (자) 청구법인은 2019.9.10. 처분청에 이 건 체비지는 지방세특례제한법제74조 제1항에 따른 취득세 면제대상이므로 기 신고ㆍ납부한 이 건 체비지분 취득세 등을 환급하여야 한다는 이유로 경정청구를 하였으나, 처분청은 2019.10.25. 이를 거부하였고, 이에 불복하여 2019.10.31. 심판청구를 제기하였다. (차) 청구법인은 2021.8.30. 이 건 체비지가 지방세특례제한법 제74조 제1항에 따른 취득세 면제대상이므로 이에 부가되는 쟁점농어촌특별세도 농어촌특별세법 제4조 제12호 등에 따라 비과세대상이라는 이유로 경정청구를 하였으나, 처분청은 2021.10.1. 이를 거부하였고, 이에 불복하여 2021.10.26. 이 건 심판청구를 제기하였다. (카) 우리 원은 2023.3.2. 위 취득세 등의 심판청구 사건에 대해 이 건 체비지는 지방세특례제한법제74조 제1항에 따른 취득세 감면대상이라고 판단하여 인용 결정을 하였다. (타) 청구법인은 2023.3.2. 이 건 심판청구 중 지목변경분에 해당하는 취득세에 부가되는 농어촌특별세 OOO원을 환급하여 달라는 부분에 대한 심판청구를 취하하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 지방세특례제한법제74조 제1항에서 도시개발법에 따른 도시개발사업 등에 따른 관리처분계획에 따라 사업시행자가 취득하는 체비지 또는 보류지에 대해서는 취득세를 2019년 12월 31일까지 면제한다고 규정하고 있고, 농어촌특별세법제4조에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다고 규정하면서 그 제12호에서 기술 및 인력개발, 저소득자의 재산형성, 공익사업 등 국가경쟁력의 확보 또는 국민경제의 효율적 운영을 위하여 농어촌특별세를 비과세할 필요가 있다고 인정되는 경우로서 대통령령으로 정하는 것을 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제4조 제6항에서 법 제4조 제12호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 감면을 말한다고 규정하면서 그 제5호에서 지방세특례제한법 제74조 제1항 등을 각각 규정하고 있다. (나) 청구법인이 이 건 체비지분 취득세 등에 대하여 지방세특례제한법제74조 제1항에 따른 면제대상이라고 주장하며 2019.10.31. 심판청구를 제기한 것에 대하여 우리 원은 2023.3.2. 인용결정을 한 사실이 확인되는바, 도시개발법상 사업시행자인 청구법인이 취득한 이 건 체비지는 지방세특례제한법제74조 제1항에 따라 취득세 등이 면제되었으므로 이에 부가되는 쟁점농어촌특별세에 대한 환급을 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제80조의2 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2020.1.5. 법률 제16865호로 개정되기 이 전의 것) 제74조(도시개발사업 등에 대한 감면) ① 도시개발법에 따른 도시개발사업과 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업(주택재개발사업 및 도시환경정비사업으로 한정한다)의 시행으로 해당 사업의 대상이 되는 부동산의 소유자(상속인을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)가 환지계획 및 토지상환채권에 따라 취득하는 토지, 관리처분계획에 따라 취득하는 토지 및 건축물(이하 이 항에서 “환지계획 등에 따른 취득부동산”이라 한다)과 사업시행자가 취득하는 체비지 또는 보류지에 대해서는 취득세를 2019년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 부동산에 대해서는 취득세를 부과한다.

1. 환지계획 등에 따른 취득부동산의 가액 합계액이 종전의 부동산 가액의 합계액을 초과하여 도시 및 주거환경정비법등 관계 법령에 따라 청산금을 부담하는 경우에는 그 청산금에 상당하는 부동산

2. 환지계획 등에 따른 취득부동산의 가액 합계액이 종전의 부동산 가액 합계액을 초과하는 경우에는 그 초과액에 상당하는 부동산. 이 경우 사업시행인가(승계취득일 현재 취득부동산 소재지가 소득세법 제104조의2 제1항에 따른 지정지역으로 지정된 경우에는 도시개발구역 지정 또는 정비구역 지정) 이후 환지 이전에 부동산을 승계취득한 자로 한정한다. (2)농어촌특별세법(2019.1.1. 법률 제16100호로 개정되기 이 전의 것) 제4조(비과세) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다.

12. 기술 및 인력개발, 저소득자의 재산형성, 공익사업 등 국가경쟁력의 확보 또는 국민경제의 효율적 운영을 위하여 농어촌특별세를 비과세할 필요가 있다고 인정되는 경우로서 대통령령으로 정하는 것

(3) 농어촌특별세법 시행령(2019.1.1. 대통령령 제29438호로 개정되기 이 전의 것) 제4조(비과세) ⑥ 법 제4조 제12호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 감면을 말한다.

5. 지방세법제9조 제2항, 지방세특례제한법제13조 제2항 제1호(농어촌정비법에 따라 국가 또는 지방자치단체의 농업생산기반정비계획에 따라 취득ㆍ소유하는 농업기반시설용 토지와 그 시설물로 한정한다), 제15조 제2항, 제16조 제1항, 제17조, 제17조의2, 제19조, 제20조, 제21조 제1항, 제22조 제1항ㆍ제5항ㆍ제6항, 제22조의2 제1항ㆍ제2항, 제22조의3, 제23조, 제28조 제1항, 제29조, 제30조 제3항, 제31조 제1항부터 제3항까지, 제31조의4, 제33조 제1항ㆍ제2항, 제34조, 제36조, 제37조, 제38조 제1항, 제40조, 제40조의3, 제41조 제1항ㆍ제5항ㆍ제7항, 제42조 제2항ㆍ제3항, 제43조 제1항, 제44조 제1항, 제44조의2, 제45조 제1항, 제46조, 제50조 제1항, 제52조, 제53조, 제54조 제5항, 제57조의2제1항(법인세법 제44조제2항 각 호의 요건을 충족하거나 같은 조 제3항에 해당하여 양도손익이 없는 것으로 한 합병의 경우로 한정한다), 제57조의2 제3항 제2호, 같은 조 제9항, 제58조의2, 제60조 제4항, 제63조, 제64조 제1항, 제66조 제3항ㆍ제4항, 제67조 제1항ㆍ제2항, 제72조 제1항, 제73조 제1항ㆍ제2항, 제73조의2, 제74조 제1항, 제76조 제1항, 제79조, 제80조, 제81조제1항ㆍ제2항, 제83조 제1항ㆍ제2항, 제85조 제1항, 제85조의2, 제88조, 제89조 및 제90조 제1항에 따른 감면

(4) 도시 및 주거환경정비법(2019.4.23. 법률 제16383호로 개정되기 전의 것) 제79조(관리처분계획에 따른 처분 등) ④ 사업시행자는 제72조에 따른 분양신청을 받은 후 잔여분이 있는 경우에는 정관등 또는 사업시행계획으로 정하는 목적을 위하여 그 잔여분을 보류지(건축물을 포함한다)로 정하거나 조합원 또는 토지등소유자 이외의 자에게 분양할 수 있다. 이 경우 분양공고와 분양신청절차 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제87조(대지 및 건축물에 대한 권리의 확정) ③ 제79조 제4항에 따른 보류지와 일반에게 분양하는 대지 또는 건축물은 도시개발법 제34조에 따른 보류지 또는 체비지로 본다.

(5) 도시개발법 제34조(체비지 등) ① 시행자는 도시개발사업에 필요한 경비에 충당하거나 규약ㆍ정관ㆍ시행규정 또는 실시계획으로 정하는 목적을 위하여 일정한 토지를 환지로 정하지 아니하고 보류지로 정할 수 있으며, 그 중 일부를 체비지로 정하여 도시개발사업에 필요한 경비에 충당할 수 있다.