쟁점건축물의 취득에 대하여 종전「지방세특례제한법」쟁점규정을 적용하여 취득세 등이 면제되어야 한다는 청구주장의 당부

[참조결정] 조심2020지1231

[주 문] OOO도 OOO시장이 2021.9.16. 청구법인에게 한 취득세 등 합계 OOO원의 경정청구 거부처분을 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2008.8.8. OOO도 OOO시 OOO구 OOO동 등 일원에 OOO 일반산업단지(이하 “이 건 산업단지”라 한다)의 사업시행자로 지정되었고, 2017.8.25.〜2021.2.19. 이 건 산업단지 사업면적 OOO㎡ 중 OOO㎡를 준공[지목변경 완성, 2017.8.25. OOO공구 OOO㎡(이하 “쟁점지목변경”이라 한다), 2019.3.25. OOO공구 OOO㎡, 2021.2.19. OOO공구 OOO㎡]하고,지방세특례제한법제78조 제1항에 따라 취득세 감면율 60%를 적용하여 취득세 등을 처분청에 신고‧납부하였다.
• 나. 청구법인은 2021.7.21. 쟁점지목변경 취득에 대하여지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제78조 제1항(이하 “종전규정”이라 한다) 및 같은 법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 부칙 제14조를 적용하여 종전규정에 따라 취득세 등이 면제되어야 하므로 기 납부한 취득세 등을 환급하여야 한다고 주장하면서 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2021.9.16. 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.10.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 종전규정 시행 당시 이전인 2008년에 이 건 산업단지의 사업시행자로 지정되었고, 2014년 3월 이 건 산업단지 조성을 위한 지목변경공사를 착공하였는바, 산업단지에 대한 취득세 면제 조항은 1995년에 신설되어 2015년 감면율이 인하될 때까지 약 20년간 계속되었으므로 쟁점지목변경 행위와 같이 개정된 법령 시행 후에 과세요건이 완성된 경우에도 종전규정을 적용하여 납세의무자의 정당한 신뢰를 보호하는 것이 타당하다. 산업입지 및 개발에 관한 법률제2조 제8호에서는 산업단지에 대하여 제7호의2에 따른 시설과 이와 관련된 교육ㆍ연구ㆍ업무ㆍ지원ㆍ정보처리ㆍ유통시설 및 이들 시설의 기능 향상을 위하여 주거ㆍ문화ㆍ환경ㆍ공원녹지ㆍ의료ㆍ관광ㆍ체육ㆍ복지 시설 등을 집단적으로 설치하기 위하여 포괄적 계획에 따라 지정ㆍ개발되는 일단(一團)의 토지로 규정하고 있는바, 이 건 산업단지 개발사업은 처분청으로부터 하나의 사업지구로 승인받은 산업단지 조성사업이므로 OOO공구와 OOO공구 전체를 하나의 사업 개발구역으로 보아야 한다. 이 건 산업단지 조성사업의 시공사인 주식회사 OOO이 처분청에 제출한 착공신고서(2014.3.25. 착공)와 2014.3.18. 이 건 산업단지 조성을 위한 착공식의 사진, 2014.3.25.〜2014.12.31. 지목변경 공사를 실시한 작업일보(철거공사, 벌목공사, 토공사 등), 2015.1.30. 지목변경 공사와 관련한 기성금 OOO원(2014.3.25.〜2015.1.16.)을 수령하고 청구법인에게 발급한 전자세금계산서, 이 건 산업단지 조성사업의 감리회사인 주식회사 OOO이 2015.1.26. 청구법인에게 제출한 기성검사결과 공문 등에서 볼 수 있듯이 청구법인은 2014년 12월 31일 이전에 실제 착공한 것이 객관적으로 입증된다. 따라서, 쟁점지목변경 당시지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 제78조 제1항(이하 “개정 후 규정”이라 한다)의 감면율이 축소되었다 하더라도 종전규정을 적용하여 쟁점지목변경에 대한 취득세 등을 면제하는 것이 타당하다 할 것이므로 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 2015.1.1.지방세특례제한법개정으로 제78조 제1항 산업단지시행자에 대한 취득세 감면율이 100분의 35로 개정되면서 동 법 제78조 제8항에 지방자치단체의 장이 해당 지역의 재정 여건 등을 고려하여 100분의 25의 범위에서 조례로 추가 경감할 수 있게 개별적이고 명백한 법안이 신설되었고, 이 규정에는 동법 제4조 제1항 등에서 정한 감면 제한 규정까지도 제외한다고 되어 있다. OOO도는 2015년 도세 감면조례 제10조의3 제1항에서 취득세의 100분의 25를 추가로 경감한다고 일부개정을 하였고, 해당 조례로 인해 2017.12.31.까지 산업단지 시행자는 취득세를 100분의 60까지 감면받을 수 있었다. 이 건 산업단지개발은 2008년 최초 승인면적은 OOO㎡이었지만 2012.2.3. 고시된 면적은 OOO㎡이었고, 이때부터 본격적으로 개발사업이 진행되었으며 그 이후로도 여러 차례 변경 과정을 거치며 2017년에서야 OOO공구가 준공되었다. 청구법인은 2014.3.25. 이 건 산업단지 지목변경 공사에 착공하였다고 주장하면서 주식회사 OOO에서 발송한 착공신고서를 제출하였으나, 이 착공신고서에는 예비착공일이 2014.3.25.로 명시되어 있고 준공일은 착공일로부터 26개월이라고만 기재되어 있으므로 이 날을 착공일로 보기 어렵다. 따라서, 청구법인이 종전규정에 따라 취득세를 감면받을 수 있을 것이라는 신뢰할 만한 사정이 있다고 보기는 어려우므로 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 산업단지 조성사업에 의한 지목변경에 대하여 일반적 경과조치를 적용하여 종전규정에 따라 취득세를 면제하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법률

(1) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ① 산업입지 및 개발에 관한 법률 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 산업기술단지 지원에 관한 특례법 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대하여는 2014년 12월 31일까지 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

(2) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ① 산업입지 및 개발에 관한 법률 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 산업기술단지 지원에 관한 특례법 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대해서는 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60)를 각각 2016년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다. 부칙(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 제14조(일반적 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.

(3) OOO도 도세 감면조례(2015.3.27. 조례 제3766호로 개정된 것) 제10조의3(산업단지 등에 대한 감면) 법 제78조 제1항부터 제4항에 따라 취득세를 경감하는 경우에는 다음 각 호에서 정한 바에 따라 경감한다.

1. 법 제78조 제1항에 따라 취득세를 경감하는 경우에는 취득세의 100분의 25를 추가하여 경감한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.

(4) 산업입지 및 개발에 관한 법률 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. “산업단지”란 제7호의2에 따른 시설과 이와 관련된 교육ㆍ연구ㆍ업무ㆍ지원ㆍ정보처리ㆍ유통 시설 및 이들 시설의 기능 향상을 위하여 주거ㆍ문화ㆍ환경ㆍ공원녹지ㆍ의료ㆍ관광ㆍ체육ㆍ복지 시설 등을 집단적으로 설치하기 위하여 포괄적 계획에 따라 지정ㆍ개발되는 일단(一團)의 토지로서 다음 각 목의 것을 말한다.

• 나. 일반산업단지: 산업의 적정한 지방 분산을 촉진하고 지역경제의 활성화를 위하여 제7조에 따라 지정된 산업단지
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2008.6.12. 이 건 산업단지 조성사업의 시행과 관련시설의 관리 및 운영 등을 목적사업으로 하여 설립되었다. (나) 처분청은 2008.8.8. 청구법인을 이 건 산업단지 개발사업 시행자로 지정하였고,산업입지 및 개발에 관한 법률제2조 제8호에 따라 이 건 산업단지에 대하여 교육․연구․업무․지원․정보처리․유통시설 및 이들 시설의 기능 향상을 위하여 주거․문화․환경․공원녹지․의료․관광․체육․복지 시설 등을 집단적으로 설치하기 위하여 포괄적 계획에 따라 지정․개발되는 일단(一團)의 토지로 고시하였으며, 이 건 산업단지의 승인 면적은 OOO㎡이고(OOO시 고시 제2008-77호), 2012.2.3. 이 건 산업단지의 승인 면적을 OOO㎡로 변경ㆍ고시(OOO시 고시 제2012-11호)하였다. (다) 처분청은 2016.12.16. 이 건 산업단지 사업면적을 OOO㎡로 변경ㆍ고시(OOO시 고시 제2016-336호)하였고, 청구법인은 2017.8.25.〜2021.2.19. 이 건 산업단지 사업면적 OOO㎡ 중 OOO㎡를 준공(지목변경 완성, 2017.8.25. OOO공구 OOO㎡, 2019.3.25. OOO공구 OOO㎡, 2021.2.19. OOO공구 OOO㎡)하고 지방세특례제한법 제78조 제1항에 따른 감면율 60%를 적용하여 취득세를 처분청에 신고‧납부하였다. (라) 청구법인은 2014년 12월 31일 이전에 이 건 산업단지의 지목변경공사를 착공하였다고 주장하면서, 시공사인 주식회사 OOO이 처분청에 제출한 착공신고서(2014.3.25. 착공)와 2014.3.18. 실시한 이 건 산업단지의 착공식 사진, 2014.3.25.〜2014.12.31. 지목변경공사를 실시한 작업일보(철거공사, 벌목공사, 토공사 등), 2015.1.30. 지목변경 공사(2014.3.25.〜2015.1.16.)와 관련한 기성금 OOO원을 수령하고 청구법인에게 발급한 전자세금계산서, 이 건 산업단지 조성사업의 감리회사인 주식회사 OOO이 2015.1.26. 청구법인에게 제출한 기성검사결과(2014.3.25.〜2015.1.16. 건설폐기물 철거공사, 토공사 등) 공문 등을 제시하였다. (마) 산업단지 등에 대한 취득세 감면 규정은 2014.12.31.까지는 감면율이 면제되었다가 2015.1.1.부터는 35%로 축소되었고, 세부 연혁은 아래와 같다. ＜산업단지 등에 대한 취득세 감면 연혁＞ 법/조례 조항 감면율 일몰기한 시행일자 지방세법 제276조(산업단지 등에 대한 감면) 면제 2003.12.31. 2002.1.1. 지방세법 제276조(산업단지 등에 대한 감면) 면제 2006.12.31. 2005.1.5. 지방세특례제한법 제78조(산업단지 등에 대한 감면) 면제 2012.12.31. 2011.1.1. 지방세특례제한법 제78조(산업단지 등에 대한 감면) 면제 2014.12.31. 2013.1.1. 지방세특례제한법 제78조(산업단지 등에 대한 감면) 35% 2016.12.31. 2015.1.1. 도세 감면 조례 제9조(산업단지 등에 대한 감면) 추가 25% 2016.12.31. 2015.3.3.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다. (가) 처분청은 청구법인이 쟁점지목변경 공사에 착공할 당시 종전규정에서는 2014.12.31.까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있어, 2015.1.1.부터는 감면이 종료되거나 감면율이 축소될 수 있다는 사실을 충분히 인지할 수 있어 향후 취득세 등이 계속하여 면제될 것이라는 신뢰는 단순한 기대에 불과하다는 의견이다. (나) 그러나, 일반적 경과조치는 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용하도록 한 특별규정에 해당하므로, 종전 규정이 장래의 한정된 기간 동안 과세요건의 충족이 있는 경우에도 취득세를 면제하겠다고 명시적으로 규정하는 등 신뢰보호와 관련된 내용을 담고 있고, 청구법인이 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하여 종전 규정의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에는 예외적으로 종전 규정이 적용된다고 할 것이다(조심 2020지1231, 2021.9.30. 외 다수, 같은 뜻임). (다) 청구법인은 종전규정에 따라 지목변경에 따른 취득세가 면제될 것임을 신뢰하고 이 건 산업단지의 사업시행자로 지정된 후 지목변경 공사를 계속 이행하였으며, 산업단지에 대한 취득세 면제조항은 1995년에 신설되어 2015년 감면율이 인하될 때까지 약 20년간 계속되었으므로 청구법인이 쟁점지목변경공사를 완료할 때까지 동 면제조항이 유지될 것이라고 기대하는 것이 무리가 아닌 것으로 보이는 점, 청구법인은 종전규정 시행 당시 이전인 2008년에 이 건 산업단지의 사업시행자로 지정되었고, 청구법인이 제출한 증빙자료에 의하면 종전규정이 시행되던 2014년 12월 31일 이전에 이 건 산업단지 조성을 위한 지목변경공사를 착공한 것으로 보이는 점, 쟁점지목변경 행위와 같이 개정된 법령 시행 후에 과세요건이 완성된 경우에도 종전규정을 적용하여 납세의무자의 정당한 신뢰를 보호하는 것이 타당한 점 등에 비추어 종전규정은 일반적 경과조치의 적용 대상에 해당된다 할 것이고 종전규정의 시행기간 내에 쟁점지목변경 공사에 착공하였으므로 종전 규정을 적용하여 취득세를 면제하는 것이 타당하다(조심 2020지1231, 2021.9.30. 외 다수, 같은 뜻임)고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로지방세기본법제96조 제7항과국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.