[요지] 사업연도의 종료일이 2015.9.30. 이전인 사업연도 귀속분과 같이 개정지방세법 시행 전 경정청구기간이 도과한 경우에는 환급을 받을 수 없어 조세형평의 문제가 발생하는 점을 고려하여 이 건 환급특례규정 제2항에서 개정지방세법 시행 전에 경정청구 기한이 경과하더라도 2021.6.30.까지 경정청구가 가능하도록 하였는데,이는 개정지방세법 시행 전에 경정청구 기한이 경과한 사업연도 귀속분에 대하여는 경정청구가 불가능하였으므로 경정청구기간을 확대하여 경정청구의 기회를 부여하기 위한 것이지, 개정지방세법 시행 이후에도 경정청구기간이 남아 있는 사업연도 귀속분에 대하여 경정청구기간을 연장하기 위한 취지로 보기 어렵다 할 것임.
[주 문] 심판청구를 각하한다.
[이 유]
1. 본안심리에 앞서 이 건 심판청구가 적법한지 여부에 대하여 살펴본다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구인은 개정지방세법에 따라 법인세 신고납부 시 적용되는 외국납부세액이 지방소득세 신고 시 과세표준에서 차감할 수 있다는 사실을 알게 되었다. 이 건 환급특례규정 제1항 및 제2항에 따르면 이 법 시행일 현재 경정청구기한이 경과한 경우라도 2021.6.30.까지 납세지 관할 지방자치단체의 장에게 경정청구하여 환급할 수 있으며, 동 규정은 청구인이 2021.6.29 경정청구한 2014년과 2015년 귀속 법인지방소득세에 적용되는 것으로 해석할 수 있다. 이 건 환급특례규정을 적용함에 있어 지방세기본법 제20조에 따라 ‘해당 조항의 목적에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록’ 해석해야 하므로 2014년 귀속뿐만 아니라 2015년 귀속 외국납부세액도 과세표준에서 차감하여 2021.6.30.까지 경정을 청구할 수 있는 것이다.
(2) 이 건 환급특례규정 제1항에서 2014년부터 2019년분에 대해 납세자가 외국법인세액을 법인세법에서 세액공제방식을 적용하였더라도 법인지방 소득세 과세표준에서 차감하여 환급을 받을 수 있도록 규정한 입법 취지는 2014년부터 법인지방소득세가 독립세로 전환한 것과 관련이 있다. 2014년 이전에는 법인세 결정세액의 10%를 법인지방지방소득세로 납부하던 것을 개정지방세법에 따라 2014년 귀속분부터 독립세로 전환하면서 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액을 법인지방소득세 과세표준으로 하되 외국납부세액을 산출세액에서 공제하는 규정을 두고 있지 않음에 따라 사실상 법인세에서 공제받았던 외국납부세액을 지방세에서는 공제받지 못하게 되었다. 더욱이 법인세에서 외국납부세액공제를 적용 시 과세표준에 가산 하였던 외국납부세액 상당액을 그대로 법인지방소득세의 과세표준으로 하여 세금을 납부하게 됨에 따라 납세자는 외국에서 납부한 세액에 대해 공제받지 못하면서 과세표준으로 과세되는 불이익을 받게 되었다. 이에 납세자들은 법인지방소득세 과세표준은 “법인세법에 따라 계산된 금액이지 법인세법상 과세표준과 동일한 금액”이 아니므로 법인세와 달리 법인지방소득세 과세표준 계산 시 외국납부세액 공제방식을 손금방식으로 적용하여 경정청구를 하였으나 과세관청 및 심사기관(조세심판원 및 감사원)는 일관되게 해당 조항을 납세자에게 불리하게 해석하여 이를 기각 결정하였다. 그러나 이후 법원에서는 법인지방소득세 과세표준은 법인세법에 따라 계산한 금액을 의미하는 것이지 법인세 과세표준과 동일한 금액을 의미하는 것이 아니라고 판결함에 따라 과세관청과 해석을 달리하여 납세자의 손을 들어주었다. 결과적으로 2014년부터 2019년 귀속분까지 법인지방소득세 과세표준계산 시 외국납부세액공제액을 차감하여 2021.6.30.까지 환급청구를 가능토록 부칙으로 규정한 것은 기존 2014년 독립세로 전환 후 과세관청 등이 납세자에게 불합리한 해석을 함에 따라 납세자에게 발생된 불이익을 해소 및 구제하기 위한 것으로 그 입법취지가 있다. 따라서 납세자의 불합리를 해소하기 위하여 신설한 부칙에 대해 청구법인이 2021.6.30.까지 환급 신청한 2015사업연도 귀속 법인지방소득세를 과세 관청이 2014사업연도분만 2021.6.30.까지 청구가 가능한 것으로 해석하여 거부처분을 한 것은 해당 부칙의 입법취지 및 목적에 반한 것이며, 결과적으로 과세관청의 잘못된 해석으로 인해 불합리한 처분을 받은 납세자를 구제하기 위해 신설한 부칙에 의해 또 한 번 불합리한 결과를 불러오게 되는 것이다.
(3) 이 건 환급특례규정을 해석함에 있어 제1항에서는 2014～2019사업연도 귀속분에 대해서 환급청구를 할 수 있고 제2항에서는 만약 경정청구 기한이 경과한 경우라도 2021.6.30.까지 경정청구를 할 수 있도록 한 것을 과세관청은 경정청구 기한이 경과한 2014사업연도만 2021.6.30.까지 경정청구할 수 있는 것이라고 하여 납세자에게 불리한 방향으로 해석하고 있다. 납세자인 당사 입장에서는 과거 잘못된 관행을 바로잡기 위해 마련된 위 부칙을 적용함에 있어 당연히 2014～2019사업연도 귀속분이 환급청구 대상으로 제1항에서 규정하고 있으므로 2014사업연도 귀속뿐만 아니라 그 이후인 2015사업연도 귀속분도 마찬가지로 2021.6.30.까지 경정청구가 가능한 것으로 해석하였으며, 이는 당시 전문가로 인식되는 회계법인 의견도 동일하였다. 또한 법인지방소득세 신고기한인 2021.4.30.까지가 아닌 2021.6.30.로 설정한 것도 법인지방소득세 신고 준비 중에 경정청구로 인한 행정의 불편을 야기하지 않으려는 것으로 이해하였다. 또한, 청구법인이 2021.6.29 법인지방소득세 경정청구한 지방자치단체 중 일부는 2014사업연도 및 2015사업연도 귀속 법인지방소득세를 전액 환급하여 주었으며, 일부 지자체는 2015사업연도 귀속 법인지방소득세는 이법 시행일인 2020.12.31 현재 경정청구기한(5년)이 이미 경과한 것을 이유로 2014사업연도 귀속 지방소득세만 환급하였으며, 2015사업연도 귀속 지방소득세는 환급을 거부하였다. 이와 같이 이 건 특례규정 해석에 있어서 납세자와 과세관청 간 해석 차이가 발생하고 있으며, 지방세기본법상 세법해석 시 해당 조항의 합목적성에 따라야 하며, 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 않아야 한다. 또한 2014사업연도 귀속 지방소득세는 경정청구를 인용하여 환급하였으나, 그 이후 과세기간에 해당하는 2015사업연도 귀속 지방소득세를 경정하지 않는 것은 납세자가 조세납부와 관련한 업무의 일관성과 예측가능성도 저해하는 것으로 사료된다.
3. 심리 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제시한 자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 2015사업연도 귀속 법인지방소득세에 대하여 2016.4.23. 처분청 OOO구청장에게 OOO원, 2016.4.28. 처분청 OOO구청장에게 OOO원을 신고‧납부하였다. (나) 종전 구 지방세법과 지방세특례제한법에서 법인지방소득세의 과세표준이나 세액 계산을 할 때 외국법인세액에 대하여 세액공제방법을 선택하여 법인세 과세표준을 산정한 경우에 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액에서 제외할 수 있도록 하는 규정이 달리 없어 외국법인세액을 법인지방소득세에서 제외할 수 없는 것으로 해석하여 왔다. (다) 법원은 외국법인세액공제 방법을 선택한 경우 외국법인세액을 법인지방소득세 과세표준에서 외국법인세액을 차감하여 법인지방소득세액을 계산하도록 하는 것이 타당하다는 취지의 판결을 하였다. (라) 행정안전부는 법원의 판단을 수용하여 2020.8.11. 각 지방자치단체에 법인지방소득세 외국납부세액 관련 환급지침을 통보하였는바, 그 주요내용은 아래와 같다. [환급금액] ㅇ‘법인이 기 납부한 법인지방소득세액’과 ‘법인지방소득세 과세표준에서 외국납부세액을 차감하여 재계산한 법인지방소득세액’의 차액을 환급 [환급 대상 사업연도] ㅇ경정청구기간 및 부과의 제척기간이 지나지 않은 사업연도의 외국납부세액에 대해서만 이 지침에 의해 환급이 가능하며, -경정청구기간 및 부과의 제척기간이 도과한 사업연도는 현행 지방세관계법 및 이 지침에 근거해서는 경정결정 및 환급 불가 ㅇ2019.12.31. 지방세법 개정에 따라, 2019.12.31.이 속하는 사업연도의 법인지방소득세 과세표준은 법인세 과세표준과 동일한 금액이므로, -2019.12.31.이 속하는 사업연도의 외국납부세액은 현행 지방세법 및 이 지침에 근거해서는 환급 곤란 ㅇ다만, 행정안전부는 경정청구기간 및 부과의 제척기간이 도과한 사업연도와 2019.12.31.이 속하는 사업연도에 대해서도 경정청구 및 감액경정이 가능하도록 지방세법 개정 추진 중이므로, 개정법률 시행 후(2021.1.1. 예상) 환급 추진 (마) 이후 2021.1.1. 시행된 개정지방세법 제103조의19 제2항이 신설되어 법인세 과세표준에 국외원천소득이 포함되어 있는 경우로서 외국 납부 세액공제를 하는 경우에는 같은 조 제1항에 따른 외국법인세액을 법인지방소득세의 과세표준에서 차감한 금액을 법인지방소득세 과세표준으로 하도록 개정되었고, 같은 법 부칙 제13조 제1항에서 2014.1.1.～2019.12.31. 개시한 사업연도의 외국법인세액에 대하여 소급하여 적용할 수 있도록 하였으며, 같은 조 제2항에서 2021.1.1. 전에 경정청구 기한이 경과한 경우라 하더라도 2021.6.30.까지 경정청구를 할 수 있도록 규정하였다. (바) 청구법인은 이 건 환급특례규정을 근거로 2021.6.29. 외국납부세액에 대하여 세액공제를 적용하여 2015사업년도 귀속 법인지방소득세 합계 OOO원의 환급을 구하는 각 경정청구를 하였다. (사) 청구법인의 2015사업연도 기간은 2015.1.1.～2015.12.31.로 법인지방소득세 신고기한은 2016.5.2.이고 경정청구 기한은 2021.5.3.인 것으로 나타난다. (아) 처분청들은 이 건 환급특례규정이 개정지방세법 시행(2021.1.1.) 전에 경정청구 기한이 경과한 경우에 한하여 적용할 수 있다는 이유로 2021.7.9. 및 2021.8.18. 청구법인의 경정청구를 각각 거부하였다. (자) 한편, 처분청들은 청구법인이 함께 제기한 2014사업연도 귀속 법인지방소득세 경정청구를 받아들여 과다 납부한 법인지방소득세를 환급하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 개정지방세법이 시행되면서 법인세 과세표준에 국외원천소득이 포함되어 있는 경우로서 외국 납부 세액공제를 하는 경우에는 외국법인세액을 법인지방소득세의 과세표준에서 차감한 금액을 과세표준으로 하도록 하였고, 이 건 환급특례규정 제1항에서 개정지방세법의 시행 이전에 발생한 법인지방소득세 납세의무 성립분에 대하여 소급하여 외국법인세액을 법인지방소득세 과세표준에서 차감하여 환급할 수 있도록 하였으므로 개정지방세법 시행 이후 경정청구기간이 남아있는 납세자의 경우에는 경정청구기간 내에 당연히 경정청구가 가능하다 할 것이다. (나) 다만, 사업연도의 종료일이 2015.9.30. 이전인 사업연도 귀속분과 같이 개정지방세법 시행 전 경정청구기간이 도과한 경우에는 환급을 받을 수 없어 조세형평의 문제가 발생하는 점을 고려하여 이 건 환급특례규정 제2항에서 개정지방세법 시행 전에 경정청구 기한이 경과하더라도 2021.6.30.까지 경정청구가 가능하도록 하였는데, 이는 개정지방세법 시행 전에 경정청구 기한이 경과한 사업연도 귀속분에 대하여는 경정청구가 불가능하였으므로 경정청구기간을 확대하여 경정청구의 기회를 부여하기 위한 것이지, 개정지방세법 시행 이후에도 경정청구기간이 남아 있는 사업연도 귀속분에 대하여 경정청구기간을 연장하기 위한 취지로 보기 어렵다 할 것이다. (다) 따라서 청구법인은 경정청구 기한을 경과하여 경정청구를 제기하였고, 이에 대한 거부 통지는 부적법한 경정청구에 대한 사실행위에 불과하다 할 것이므로 이 건 심판청구는 부적법한 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당하므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제1호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 등
(1) 지방세법(2020.12.29. 법률 제17769호로 개정된 것) 제103조의19(과세표준) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 법인세법 제13조에 따라 계산한 법인세의 과세표준(조세특례제한법 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정과 관련된 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 법인세의 과세표준)과 동일한 금액으로 한다.
② 제1항에도 불구하고 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세 과세표준에 국외원천소득이 포함되어 있는 경우로서 법인세법 제57조에 따라 외국 납부 세액공제를 하는 경우에는 같은 조 제1항에 따른 외국법인세액(이하 “외국법인세액”이라 한다)을 이 조 제1항에 따른 금액에서 차감한 금액을 법인지방소득세 과세표준으로 한다. 이 경우 해당 사업연도의 과세표준에 법인세법 제57조 제2항 단서에 따라 손금에 산입한 외국법인세액이 있는 경우에는 그 금액을 이 조 제1항에 따른 금액에 가산한 이후에 전단의 규정을 적용한다.
③ 제2항 전단에 따라 차감하는 외국법인세액이 해당 사업연도의 제1항에 따른 금액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액은 해당 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 15년 이내에 끝나는 각 사업연도로 이월하여 그 이월된 사업연도의 법인지방소득세 과세표준을 계산할 때 차감할 수 있다.
④ 제2항 및 제3항을 적용할 때 차감액의 계산 방법, 이월 방법 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제103조의23(과세표준 및 세액의 확정신고와 납부) ① 법인세법 제60조에 따른 신고의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 4개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 지방자치단체의 장에게 신고하여야 한다. 부 칙 제13조(종전에 납부한 외국납부세액의 환급에 관한 특례) ① 2014년 1월 1일부터 2019년 12월 31일 이전까지 개시한 사업연도에 국외원천소득이 있는 내국법인이 종전의 법인세법(법률 제17652호 법인세법 일부개정법률에 따라 개정되기 전의 것을 말한다) 제57조 제1항 제1호에 따라 외국법인세액을 해당 사업연도의 산출세액에서 공제하는 방법을 선택한 경우로서 해당 사업연도의 법인지방소득세 과세표준에 외국법인세액이 포함된 경우에는 이미 납부한 해당 사업연도의 법인지방소득세액과 해당 사업연도의 법인지방소득세 과세표준에서 외국법인세액을 차감하여 계산한 해당 사업연도의 법인지방소득세액과의 차액을 지방세기본법 제60조에 따라 환급받을 수 있다. 이 경우 외국법인세액이 해당 사업연도의 법인지방소득세 과세표준을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액은 해당 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 10년 이내에 끝나는 각 사업연도로 이월하여 그 이월된 사업연도의 법인지방소득세 과세표준을 계산할 때 차감할 수 있다.
② 제1항에 따라 환급을 받으려는 내국법인은 이 법 시행 전에 지방세기본법 제50조 제1항의 경정청구 기한이 경과한 경우라 하더라도 2021년 6월 30일까지 납세지 관할 지방자치단체의 장에게 경정을 청구할 수 있다. 이 경우 경정을 청구받은 지방자치단체의 장은 지방세기본법 제50조 제3항에 따른 처분을 하여야 한다.
(2) 지방세기본법 제20조(해석의 기준 등) ① 이 법 또는 지방세관계법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 목적에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다. 제50조(경정 등의 청구) ① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제51조 제1항에 따른 납기 후의 과세표준 신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내[지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정이 있음을 안 날(결정 또는 경정의 통지를 받았을 때에는 통지받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)를 말한다]에 최초신고와 수정신고를 한 지방세의 과세표준 및 세액(지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액 등을 말한다)의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다. 1.과세표준 신고서 또는 납기 후의 과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액(지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 지방세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때 2.과세표준 신고서 또는 납기 후의 과세표준 신고서에 기재된 환급세액(지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 환급세액을 말한다)이 지방세법에 따라 신고하여야 할 환급세액보다 적을 때