[요지] 종전지방세특례제한법에서 2014년 12월 31일까지 취득세 등을 면제한다고 규정하고 있을 뿐 취득을 위한 원인행위가 일몰기한 내에 있으면 일몰기한 후에 기업부설연구소를 취득하더라도 취득세를 면제한다고 규정하고 있지 아니하므로 일몰기한까지 취득을 위한 원인행위만 하여도 종전지방세특례제한법및 개정지방세특례제한법부칙에 따라 취득세가 면제될 것이라는 청구법인들의 기대는 종전감면규정의 문언을 벗어나 자의적으로 확대해석한 것이거나 별다른 법적 근거가 없는 것인 점(대법원 2022.12.15. 선고 2022두57633 판결, 같은 뜻임) 등에 비추어 종전지방세특례제한법규정이 개정되어 취득세 감면율이 100%에서 50%로 축소된 후에 납세의무가 성립한 쟁점연구소의 취득은 개정지방세특례제한법적용대상으로서 취득세 50% 감면대상으로 보는 것이 타당하므로 처분청이 쟁점연구소의 취득세에 대한 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.
[참조결정] 조심2021지0423
[주 문] OOO도 OOO시장(OOO구청장)이 2021.7.27. 청구법인들 중 주식회사 OOO에게 한 취득세 등 합계 OOO원 및 주식회사 OOO에게 한 취득세 등 합계 OOO원에 대한 경정청구 거부처분을 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인들 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인들이 2013.10.15. 쟁점연구소를 착공할 당시 시행되었던 종전감면규정은 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다고 규정하고 있었으나, 쟁점연구소 사용승인(2016.4.18.) 당시 법률 제12955호(2014.12.31.)로 개정된 지방세특례제한법제46조 및 그 부칙 제24조(이하 “개정감면규정”이라 한다)에 따라 100분의 75 경감으로 감면율이 축소되었는바, 개정감면규정의지방세특례제한법부칙 제14조(이하 “쟁점경과규정”이라 한다)에서 ‘이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.’라는 경과규정을 두고 있고, 쟁점경과규정은 지방세특례제한법 상 납세의무가 성립하기 이전에 납세자에게 부여된 신뢰를 보호하기 위한 특별규정으로서 조세법령이 납세자에게 불리하게 개정된 경우 부칙에 쟁점경과규정과 같은 특별규정을 두고 있다면 이는 납세자의 기득권이나 신뢰를 보호하기 위한 규정으로 판단하고 있으며, 이러한 견지에서 조세심판원에서도 납세자의 신뢰를 보호하기 위하여 납세자에게 유리한 종전감면규정을 적용하여야 한다는 입장을 취하고 있다.
(2) 기업부설연구소에 대한 취득세 감면 규정은 1981.12.31. 구지방세법제110조의3 제3항 제13호로 신설된 이후 그 규정 형태와 근거 법률만 변경되었을 뿐, 33년 동안 동일하게 유지(면제)되어 왔고, 청구법인들은 이를 신뢰하여 2013.10.2. 건축허가 등을 거쳐 2013.10.15. 건축공사에 착공하여 2016.4.18. 쟁점연구소를 신축(사용승인)하였는바, 청구법인들은 위와 같이 개정감면규정 이전에 법령에 의한 과세요건 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아가 일정한 법률적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하였다 할 것이고, 기업부설연구소에 대한 취득세 면제 규정이 장기간 유지되어 온 이상 납세의무자의 신뢰 또는 기득권은 마땅히 보호되어야 할 것이므로 청구법인들의 쟁점연구소 취득은 개정감면규정에도 불구하고 쟁점경과규정에 따라 착공 시점에 적용되던 종전감면규정을 적용하여 취득세를 면제하는 것이 타당하다.
3. 심리 및 판단
(1) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제46조(연구개발 지원을 위한 감면) 대통령령으로 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 항에서 같다)에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 각각 2014년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다.
(2) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 제46조(연구개발 지원을 위한 감면) ① 대통령령으로 정하는 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 조에서 같다)에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 각각 2016년 12월 31일까지 경감한다.
② 제1항에도 불구하고독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단등이수도권정비계획법제6조 제1항 제1호에 따른 과밀억제권역 내에 설치하는 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 25를, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 25를 각각 2016년 12월 31일까지 경감한다.
③ 제1항에도 불구하고 중소기업기본법 제2조제1항에 따른 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다)이 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 l00분의 75를, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 75를 각각 2016년 12월 31일까지 경감한다. ＜ 부칙 ＞ 제14조(일반적 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다. 제24조(기업부설연구소 감면에 관한 경감세율 특례) ① 이 법 시행 전에 기업부설연구소로 직접 사용하기 위하여 부동산을 취득한 자가 2016년 12월 31일까지기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조 제1항 제2호에 따라 미래창조과학부장관에게 기업부설연구소로 신고하여 인정을 받는 경우에는 제46조의 개정규정에도 불구하고 2016년 12월 31일까지 취득세 및 재산세의 100분의 75를 각각 경감한다.
(1) 청구법인들과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인들은 화학 및 식품 등 전문 제조업체로서, OOO도 OOO시 OOO구 OOO동 OOO 외 OOO필지 토지상에 기업부설연구소 등을 신축할 목적으로 2013.10.2. 처분청으로부터 이 건 건축물에 대한 건축허가를 받은 후, 2013.10.15. 건축공사에 착공하였고 2016.4.18. 처분청으로부터 사용승인을 받았으며, 처분청과 청구법인들 사이에 착공시기에 대한 다툼은 없다. (나) 청구법인들 중 OOO는 2016.11.11. 이 건 건축물 중 연구소 OOO㎡에 대하여 한국산업기술진흥협회로부터 기업부설연구소로 승인을 받은 후,지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 제46조 제1항 및 부칙 제24조 제1항에 따라 취득세의 100분의 50를 경감 받고 취득세 등을 신고ㆍ납부하였다. (다) 청구법인들 중 OOO는 2017.4.6. 이 건 건축물 중 연구소 OOO㎡에 대하여 한국산업기술진흥협회로부터 기업부설연구소로 승인을 받은 후지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 제46조 제3항 및 부칙 제24조 제1항에 따라 취득세의 100분의 75를 경감 받고 취득세 등을 신고ㆍ납부하였다. (라) 청구법인들은 쟁점연구소의 착공(2013.10.15.) 당시 시행되던 종전감면규정에 따라 취득세를 면제하여 달라는 취지로 2021.6.4. 경정청구를 하였으나, 처분청은 2021.7.27. 이를 거부하였다. (마) 기업부설연구소에 대한 취득세 감면 규정은 아래와 같이 1981.12.31.지방세법제110조의3 제3항 제3호로 신설되어 1994.12.22.지방세법제282조로 이관되었고, 2011.1.1.지방세특례제한법신설로 이관된 이래 2014.12.31.까지 33년간 면제되어 오다가, 2015.1.1. 이후부터 100분의 50(부칙 적용대상의 경우 75% 경감)으로 감면율이 축소되었으며, 2011.1.1.지방세특례제한법제46조로 이관된 이후 2년 주기로 감면기한을 연장해 오고 있다. ＜기업부설연구소 감면 규정 개정 연혁＞ 시행일 감면근거 감면율 일몰기한 비고 1982.1.1. 지방세법 제110조의3 제3항 제3호 면제 (100%)
• ’81.12.31. 신설 1987.1.1. 지방세법 제110조의3 제2항 제5호 항 변경 1992.1.1. 지방세법 제110조의3 제2항 제4호 호 변경 1995.1.1. 지방세법 제282조 조문 변경 2011.1.1. 지방세특례제한법 제46조 면제 (100%) 2012.12.31. 지방세특례 제한법 이관 2013.1.1. 2014.12.31.
• 2015.1.1. 경감 (50〜75%) 2016.12.31. 감면율 축소 (100%→50〜75%) 2017.1.1. 경감 (35%) 2019.12.31. 감면율 축소 2019.1.1. 2022.12.31.
• (2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점연구소에 대하여 종전감면규정을 적용할 수 없다는 의견이나, 기업부설연구소에 대한 취득세 감면규정은 1981.12.31.지방세법에 신설되었고, 2011.1.1.지방세특례제한법제46조로 이관된 후, 2014.12.31. 관련 규정이 개정되어 감면율이 100%에서 50%〜75%로 축소되기 전까지 법률 명칭만 변경되었을 뿐 그 내용은 30년 이상 동일하게 유지되어 온 점, 2014.12.31.지방세특례제한법제46조가 개정되면서 기업부설연구소 취득자에게 불리하게 개정되었는데, 쟁점경과규정에서 기업부설연구소 취득자의 신뢰보호를 위하여 종전감면규정에 따라 감면하여야 할 취득세에 대하여는 종전의 규정에 따르도록 규정한 것으로 보는 것이 타당한바, 청구법인은 2014.12.31. 개정감면규정이 시행되기 전인 2012.11.16. 건축허가를 받아 2013.5.31. 착공을 하여 2016.5.2. 쟁점연구소를 신축하였으므로 종전감면규정에 따라 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에 해당하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인들이 개정감면규정에 따라 기업부설연구소용 부동산에 대한 취득세 감면율이 축소된 이후인 2016.5.2. 기업부설연구소인 쟁점연구소를 취득하였다 하더라도 신뢰보호와 쟁점경과규정의 일반적 경과조치에 따라 취득세를 면제하는 것이 타당하다 할 것(조심 2021지423, 2022.8.3. 외 다수, 같은 뜻임)이므로 처분청이 청구법인들의 경정청구를 각 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로지방세기본법제96조 제7항과국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.