[요지] 청구법인은 쟁점토지의 관리ㆍ처분에 관하여 국가의 감독을 받아야 하는 지위에 있기는 하지만, 쟁점토지에 관하여 형식적인 소유 명의만을 가지고 있는 것이 아니라 임대차, 일시사용 또는 매매계약에 관한 사항, 매립지등의 임대료 및 일시사용료 등에 대한 회수 및 관리 등에 관한 처리 권한을 보유하고 있는바, 그 소유권은 법률상으로 뿐만 아니라 사실상으로도 국가와 별개로 독립한 법인격을 가진 공법인인 청구법인에게 귀속된다고 판단됨.
[요지] 청구법인은 쟁점토지의 관리ㆍ처분에 관하여 국가의 감독을 받아야 하는 지위에 있기는 하지만, 쟁점토지에 관하여 형식적인 소유 명의만을 가지고 있는 것이 아니라 임대차, 일시사용 또는 매매계약에 관한 사항, 매립지등의 임대료 및 일시사용료 등에 대한 회수 및 관리 등에 관한 처리 권한을 보유하고 있는바, 그 소유권은 법률상으로 뿐만 아니라 사실상으로도 국가와 별개로 독립한 법인격을 가진 공법인인 청구법인에게 귀속된다고 판단됨.
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 국가로부터 ‘농지관리기금’의 관리ㆍ처분업무를 위임 받은 ‘농지관리기금 수탁관리자’의 지위에서 이 사건 토지의 소유권 등기를 취득한 것이다. (가) ‘농지관리기금’의 관리ž운용 주체는 농림축산식품부 장관으로 대표되는 국가이고, 청구인은 농림축산식품부 장관으로부터 그 관리ž운용에 관한 업무의 일부만을 위탁 받아 수행하는 수탁관리인의 지위에 있으며, 기금관리 주체인 국가의 승인 없이 스스로 수입, 지출을 할 수 있는 권한이 없다. 쟁점토지가 속한 각 지구의 사업비는 전액 또는 일부가 ‘농지관리기금’에서 지급되었으며, 그 나머지 사업비는 직접 국고에서 지급되었다. 따라서 쟁점토지는 농지관리기금이 투입되어 조성된 매립지 등으로서 매립지등의 관리ㆍ처분에 관한 규정 제6조에서 따라 소유권 등기가 이루어져야 했다. 이에 ‘매각ž임대ž일시사용ž직접 사용할 토지(전,ž답,ž목장,ž임야,ž대지,ž잡종지 등)는 농지관리기금 수탁관리자인 청구법인의 명의로 등기’하도록 정하였고, 실제 그 내용대로 소유권 등기가 이루어진 것이다. (나) 이처럼 ‘농지관리기금 수탁관리자’인 청구법인 명의로 등기한 것은 모두 국가의 이익을 위하여 청구법인 명의로 형식적으로 된 것이지, 청구법인이 쟁점토지에 대하여 실질적인 소유권을 갖기 때문이 아니다. 국가 명의(소관청: 농림축산식품부)로 등기할 경우 토지 활용에 있어 관리가 어려운 측면이 있고, 농지관리기금의 수탁관리자 명의로 등기하면 임대, 매각 및 직접사용 대상 토지에서 발생하는 수익을 더 효율적으로 농지관리기금에 편입‧관리하는 것이 가능하기 때문이다. 또한 농지관리기금이 투입된 사업으로 조성된 매립지의 임대, 매각 및 직접사용으로 인해 발생하는 수익은 관련 법령상 농지관리기금에 반드시 납부되도록 규정되어 있다. 따라서 임대, 매각 및 직접사용 대상 토지를 ‘농지관리기금 수탁관리자’인 청구법인 앞으로 등기하면 그 토지의 임대, 처분, 사용으로 인해 발생하는 수익금을 더 효율적으로 농지관리기금에 편입‧관리할 수 있다.
(2) 쟁점토지에 대한 관리ㆍ처분권은 국가에게 있으며, 쟁점토지로 인한 비용 및 수익 모두 국가에 귀속된다. (가) 농지관리기금을 재원으로 조성된 토지는 농업생산기반시설에 제공되지 아니할 경우 사업시행자가 ‘농림축산식품부장관의 승인’을 받아 임대,ž매각,ž직접사용,ž일시사용 중의 하나에 해당하는 방법으로 관리‧처분하도록 되어 있고, 그 매각대금, 임대료 및 일시사용료는 기금에 납입하여야 한다. (나) 청구법인은 쟁점토지와 관련하여 매년 시행계획을 수립하여 제출하고, 농림축산식품부의 승인을 받아 이 사건 처분에 따른 납부세액을 비롯하여 쟁점토지와 관련하여 발생하는 비용에 대해 청구법인의 자체 예산이 아닌, 농지관리기금 내 ‘운영비’의 항목으로 예산을 지원받아 비용을 처리하여 왔다. (다) 쟁점토지를 임대 등에 활용하여 얻어지는 수익은 전액 농지관리기금으로 납입된다.
(3) 법원도 농지관리기금을 재원으로 한 새만금사업으로 조성된 토지에 대해 청구법인에게 사용‧수익‧처분할 권한이 없으므로 재산세의 납부의무가 없다고 명확하게 판단하였다. 법원은, ① 새만금사업의 준공인가 조건상 청구법인이 대상 토지를 사용‧수익‧처분하려면 국가의 승인을 받아야 하며, 청구법인이 국가 승인 없이 임의로 사용‧수익‧처분한 자료가 없는 점, ② 대상 토지는 전액 국고로 조성되어 청구인에게 이전등기 되었는데, 청구인이 소유권이전에 대한 대가를 지급한 바 없고, 청구인이 독립 당사자로서 소유권이전에 관한 협의를 한 사정도 없으며, 청구인이 농어촌공사법 제44조에 의한 ‘양여’로서 소유권을 이전받은 사정도 없어 대상토지에 대한 청구인 앞으로의 등기는 청구인에게 온전한 소유권을 양도하기 위함이 아니라 공부상 명의자를 청구인으로 하되 국가가 효율적으로 이용하기 위함이었다고 보이는 점, ③ 대상 토지의 유지‧관리에 필요한 비용은 국고로 충당되고 발생하는 수익은 농지관리기금에 귀속되는 점 등을 고려할 때, 청구인을 대상토지의 사실상 소유자로 볼 수 없다고 판단하였다. 위 판결은 해당 사건의 처분청이 항소하였으나 대법원의 심리불속행 기각 판결로 그대로 확정되었다. 쟁점토지 역시 전액 국고로 조성되어, 청구법인 앞으로 소유권 등기되었으나 이는 국가의 효율적인 관리‧수익을 위한 것이다. 청구법인에게는 쟁점토지의 사용‧수익 권한이 없으며, 국가(농림축산식품부)의 승인을 받아 관리하고 그 비용 및 수익은 전부 국고에 귀속되었는바, 위 대법원 판결의 사안과 동일하며 달리 판단될 이유가 없다.
(1) 농어촌정비법 제10조에 따라 농업생산기반 정비사업은 국가, 지방자치단체, 한국농어촌공사 또는 토지 소유자가 시행할 수 있으나, 쟁점토지가 포함된 지구의 사업시행자는 청구법인 또는 지방자치단체장이다. 매립지등의 관리·처분에 관한 규정(농림축산식품부 훈령) 제4조에서 임대차, 매각, 일시사용 및 직접사용 대상 매립지등은 한국농어촌공사(기금수탁관리자) 명의로 등기, 제2호에는 제1호이외의 매립지등은 농림축산식품부를 관리청으로 추가 기재하여 국가 명의로 등기라고 규정하고 있는데, 국가의 소유라면 한국농어촌공사 및 농지기금관리법 제41조에 따라 국가 명의로 촉탁등기를 하였어야 하나, 위 규정에 따라 쟁점토지를 청구법인(기금수탁관리자)으로 소유권 이전등기 및 보존등기를 하였으므로 명백히 소유권을 취득하였고, 조세의 부담을 회피할 목적으로 실질과 다르게 비합리적인 형식이나 외관을 취하였다고 볼 수 없으며, 농어촌정비법 제14조에 따라 농업생산기반 정비사업 시행으로 조성된 재산을 임대·매각·직접사용·일시사용 등 관리·처분 하는 사업시행 당사자로서 청구법인이 사실상 소유자임을 부정할 수 없다. 부동산에 관하여 소유권이전등기가 마쳐져 있는 경우에는 등기명의자는 제3자에 대하여서 뿐 아니라 전소유자에 대하여서도 적법한 등기원인에 의하여 소유권을 취득한 것으로 추정되고 부동산등기는 현재의 진실한 권리상태를 공시하면 그에 이른 과정이나 태양을 그대로 반영하지 아니하였어도 유효한 것이다. 또한 소유권이전등기가 전소유자의 의사에 반하여 이루어진 것이 아니라면 명의자가 등기원인행위의 태양이나 과정을 다소 다르게 주장한다고 하여 이러한 주장만 가지고 그 등기의 추정력이 깨어진다고 할 수 없다.
(2) 청구법인은 국가의 재원으로 운영되는 법인이기 때문에 설립목적에 맞는 사업을 진행하도록 감독하기 위해 위임기관의 지휘·감독권의 일종으로 기금의 분리운영이나 계약체결 승인 등 여러 가지 공익적인 제한을 법령에 직접 규정하고 있는 것이다. 이러한 기금의 용도, 운영·관리 등 공익적인 제한이 있다는 이유만으로 청구법인에 임대·매각·직접사용 등 관리·처분 권한이 없다던가, 소유권 이전 및 보존 등기로 취득한 것을 부동산에 관한 법률행위로 대내외적으로 그 효력을 부정할 수 없다 할 것이다. 오히려, 매립지등의 관리·처분에 관한 규정 제6조에 따라 이 사건 토지를 청구법인으로 등기하는 것은 관리·처분 및 소유권을 명확히 하고자 함입니다. 국가의 취득이란 국가가 취득의 주체가 취득하는 경우만을 의미한 것으로 한정적으로 해석하여야 할 것으로, 국가의 재원으로 국가 외의 자가 물건을 취득하는 경우까지 확장하여 적용 할 수 없다. 농지관리기금이 국가재원으로 조성되었다 하더라도 쟁점토지와 관련한 사업시행에 따른 비용 등 농지관리기금의 주된 사용자는 청구법인이며, 청구법인의 주요사업으로서 이에 따른 조직과 기능을 갖추고 있으며, 매각·임대 등 계약당사자로서 지위에 있으며, 농림축산식품부 장관의 승인을 받아 관리·처분을 할 수 있는 즉, 이용행위를 할 수 있는 실질적인 사용자 또한 청구법인이다.
(3) 쟁점판결에서 다룬 대상 토지는 국가가 시행한 새만금사업에 의하여 조성된 토지로서 국가 명의로 먼저 등기한 후 청구법인 명의로 이전 등기한 것이고, 청구법인 또는 시장‧군수가 시행한 농업생산기반 정비사업에 의하여 조성된 쟁점토지는 청구법인 명의로 소유권보존등기된 것으로 이 건과 쟁점판결의 사안을 동일하게 볼 수 없다.
3. 심리 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 근거하여 대한민국이 자본금 전부를 출자하여 설립된 공법인이다. (나) 쟁점토지가 속한 농업생산기반 정비사업 지구별 사업 내역은 아래 ＜표2＞와 같다. ＜표2＞ 농업생산기반 정비사업 지구별 사업 내역 OOO (다) 위 사업으로 조성된 매립지는 매립지등의 관리ㆍ처분에 관한 규정 등에 따라 농업기반시설(도로‧구거‧제방‧유지 등)은 국유로, 농업기반시설 외 용지는 청구법인 명의로 소유권보존등기하되, 청구법인 명의로 등기하는 토지는 그 사용‧처분시 농림수산식품부 장관의 승인을 받고, 그 수익금은 농지관리기금에 납입하도록 하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대 아래와 같은 이유로 쟁점토지는 지방세법 제109조에 따른 재산세 비과세 대상에 해당하지 않는 것으로 보인다. (가) 청구법인은 쟁점토지의 관리ㆍ처분에 관하여 국가의 감독을 받아야 하는 지위에 있기는 하지만, 쟁점토지에 관하여 형식적인 소유 명의만을 가지고 있는 것이 아니라 임대차, 일시사용 또는 매매계약에 관한 사항, 매립지등의 임대료 및 일시사용료 등에 대한 회수 및 관리 등에 관한 처리 권한을 보유하고 있는바, 그 소유권은 법률상으로 뿐만 아니라 사실상으로도 국가와 별개로 독립한 법인격을 가진 공법인인 청구법인에게 귀속된다 할 것이다. (나) 설령, 청구법인이 쟁점토지의 수탁관리인의 지위로 본다 하더라도 수탁자 명의로 자산을 취득하는 경우에 수탁자산의 소유권은 대내외적으로 수탁자에게 있는 것이고, 특별한 사정이 없는 한 이러한 경우에까지 실질과세원칙을 적용하여 대내외적으로 수탁자를 소유자로 하여 형성된 법률관계를 부인하고 위탁자에게 수탁자산에 대한 납세의무를 지우기는 어렵다 할 것이다. (다) 새만금 간척사업으로 조성된 토지에 대해 청구법인을 사실상 소유자로 볼 수 없다고 판단한 법원의 판결이 있었지만, 해당 토지는 국비만 OOO원이 넘게 투입된 초대형 국책사업으로 새만금사업 촉진을 위한 특별법 등 사업시행을 위한 별도의 법령에 따라 조성되었고, 대한민국 명의로 보존등기한 후 정책적인 이유로 청구법인 명의로 등기한 것으로 쟁점토지의 사실상 소유자를 판단함에 있어 동일한 기준이 될 수는 없다 할 것이다.
(3) 따라서, 처분청들이 청구법인에게 이 건 재산세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령
(1) 지방세법 제9조(비과세) ① 국가 또는 지방자치단체(다른 법률에서 국가 또는 지방자치단체로 의제되는 법인은 제외한다. 이하 같다), 지방자치법 제176조 제1항에 따른 지방자치단체조합(이하 “지방자치단체조합”이라 한다), 외국정부 및 주한국제기구의 취득에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대한민국 정부기관의 취득에 대하여 과세하는 외국정부의 취득에 대해서는 취득세를 부과한다.
(2) 농어촌정비법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 5.“농업생산기반 정비사업”이란 다음 각 목의 사업을 말한다. 가.농어촌용수 개발사업 나.경지 정리, 배수(排水) 개선, 농업생산기반시설의 개수ㆍ보수와 준설(浚渫) 등 농업생산기반 개량사업 다.농수산업을 주목적으로 간척, 매립, 개간 등을 하는 농지확대 개발사업 라.농업 주 생산단지의 조성과 영농시설 확충사업 마.저수지[농어촌용수를 확보할 목적으로 하천, 하천구역 또는 연안구역 등에 물을 가두어 두거나 관리하기 위한 시설과 홍수위(洪水位: 하천의 최고 수위) 이하의 수면 및 토지를 말한다. 이하 같다], 담수호 등 호수와 늪의 수질오염 방지사업과 수질개선 사업 바.농지의 토양개선사업 사.그 밖에 농지를 개발하거나 이용하는 데에 필요한 사업 제10조(농업생산기반 정비사업 시행자) 농업생산기반 정비사업은 국가, 지방자치단체, 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사(이하 “한국농어촌공사”라 한다) 또는 토지 소유자가 시행한다. 다만, 제2조 제5호 라목의 농업 주 생산단지의 조성과 영농시설 확충사업은 농업협동조합법 제2조에 따른 조합도 시행할 수 있다. 제14조(농업생산기반 정비사업 시행으로 조성된 재산의 관리와 처분) ① 농업생산기반 정비사업 시행으로 조성된 재산 중 농업생산기반시설에 제공되지 아니하는 매립지ㆍ간척지ㆍ개간지ㆍ취토장(取土場: 쓸 흙을 파내는 곳) 등 토지와 그 밖의 물건 등(이하 “매립지등”이라 한다)은 대통령령으로 정하는 바에 따라 농업생산기반 정비사업 시행자가 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 관리ㆍ처분한다.
1. 임대
2. 매각
3. 직접 사용
4. 일시 사용
② 농업생산기반 정비사업 시행자가 제1항에 따라 매립지등을 관리ㆍ처분하려면 농림축산식품부장관의 승인을 받아야 하며, 이에 필요한 다음 각 호의 사항은 대통령령으로 정한다. 1.임대기간, 임대료 산정 기준, 임대 절차 및 방법, 임대료 감면 대상 2.매각 대상 자격자, 매각 절차, 매각방법 3.임대ㆍ매각 특례, 직접사용 및 일시사용 자격 등 그 밖에 필요한 사항
③ 제1항에 따라 매립지등을 처분한 경우에 그 매각 대금은 다음 각 호의 용도로 사용하여야 한다. 1.대통령령으로 정하는 채무 상환 및 농업생산기반시설의 유지관리사업 등을 위한 재원 조성 2.농어촌정비사업의 시행 3.다른 법령, 정관 또는 규약으로 정하는 용도 4.그 밖에 농림축산식품부령으로 정하는 용도
④ 국가가 시행한 농업생산기반 정비사업(한국농어촌공사 및 농지관리기금법 제34조에 따른 농지관리기금이 투입된 사업을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)으로 조성된 매립지등을 처분한 경우에는 제3항에도 불구하고 그 매각 대금을 한국농어촌공사 및 농지관리기금법 제31조에 따른 농지관리기금에 내야 한다. 제114조(준공검사 및 준공인가) ① 농어촌정비사업 시행자가 농어촌정비사업을 마친 경우에는 지체 없이 대통령령으로 정하는 바에 따라 농어촌정비사업의 시행ㆍ사업계획 승인권자에게 준공인가를 신청하여야 한다. 다만, 농어촌정비사업을 효율적으로 추진하기 위하여 필요한 경우에는 그 농어촌정비사업이 전부 끝나기 전이라도 완공된 부분만 준공인가를 신청할 수 있다.
② 제1항에 따라 준공인가 신청을 받은 농어촌정비사업의 시행ㆍ사업계획 승인권자는 지체 없이 준공검사를 하여야 한다.
(3) 한국농어촌공사 및 농지관리기금법 제34조(기금의 용도) ① 기금은 다음 각 호에 해당하는 용도로 운용한다. 1.제18조에 따른 농지매매사업 등에 필요한 자금의 융자 2.제19조에 따른 농지의 장기임대차사업에 필요한 자금의 융자 및 장려금의 지급 3.제22조에 따른 농지의 교환 또는 분리ㆍ합병사업과 농어촌정비법에 따른 농업생산기반정비사업 시행자가 시행ㆍ알선하는 농지의 교환 또는 분리ㆍ합병 및 집단환지사업의 청산금 융자 및 필요한 경비의 지출 4.제24조 제1항에 따른 농지의 재개발사업에 필요한 자금의 융자 및 투자 5.제24조의2에 따른 농지의 매입사업에 필요한 자금의 융자 5의2. 다음 각 목의 농지 및 농업기반시설의 관리, 보수 및 보강에 필요한 자금의 보조 및 투자 가.제24조의2 제2항에 따라 공사가 농업생산기반정비사업 시행자로부터 인수하여 임대한 간척농지 나.가목에 따른 간척농지의 농업생산에 이용되는 방조제, 양수장, 배수장 등 대통령령으로 정하는 농업기반시설 6.제24조의3에 따른 경영회생 지원을 위한 농지매입사업에 필요한 자금의 융자 7.제24조의5에 따른 농지를 담보로 한 농업인의 노후생활안정 지원사업에 필요한 자금의 보조 및 융자 8.농어촌정비법에 따른 한계농지 등의 정비사업의 보조ㆍ융자 및 투자 9.농지조성사업에 필요한 자금의 융자 및 투자 9의2. 대단위농업개발사업(농어촌정비법 제2조 제5호 가목부터 다목까지 및 마목의 사업을 종합적으로 시행하는 것을 말한다)에 필요한 자금의 보조 및 투자 (이하 각 호 생략) 제35조(기금의 운용ㆍ관리) ① 기금은 농림축산식품부장관이 운용ㆍ관리한다.
② 농림축산식품부장관은 대통령령으로 정하는 바에 따라 기금의 운용ㆍ관리에 관한 업무의 일부를 공사에 위탁할 수 있다. 다만, 기금을 농업인에 대한 대출금으로 운용하려는 경우에는 농업협동조합법에 따른 조합 및 농협은행과 은행법에 따른 은행을 통하여 융자할 수 있다.
(4) 공유수면 관리 및 매립에 관한 법률 제45조(준공검사) ① 매립면허취득자는 매립공사를 완료하였을 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 매립지의 위치와 지목(공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률 제67조에 따른 지목을 말한다)을 정하여 매립면허관청에 준공검사를 신청하여야 한다. 이 경우 매립면허취득자가 제38조 제2항에 따라 공구를 구분하여 매립실시계획의 승인을 받은 경우에는 공구별로 준공검사를 신청할 수 있다.
② 제1항에 따라 준공검사를 신청받은 매립면허관청은 대통령령으로 정하는 바에 따라 준공검사를 한 후 그 공사가 매립실시계획의 승인된 내용대로 시행되었다고 인정하면 해양수산부령으로 정하는 준공검사확인증을 내주고 그 사실을 고시하여야 하며, 매립실시계획의 승인된 내용대로 시행되지 아니한 경우에는 지체 없이 보완공사 등 필요한 조치를 명하여야 한다.
③ 제1항에 따라 준공검사를 신청한 자가 제2항에 따른 준공검사확인증을 받은 경우에는 제39조 제1항 각 호 및 같은 조 제2항의 인가ㆍ허가등에 따른 해당 사업의 준공검사 또는 준공인가를 받은 것으로 본다. 이 경우 매립면허관청은 그 준공검사에 관하여 미리 관계 행정기관의 장과 협의하여야 한다.
④ 제3항에 따라 준공검사ㆍ준공인가의 의제를 받으려는 자는 제1항에 따라 준공검사를 신청할 때 해당 법률에서 정하는 관련 서류를 함께 제출하여야 한다.
(5) 매립지등의 관리ㆍ처분에 관한 규정 제4조(매립지등의 소유권 보존등기) ① 사업시행자가 농어촌정비법 제114조 및 공유수면 관리 및 매립에 관한 법률 제45조에 따라 준공(부분준공을 포함한다) 검사를 받은 경우에는 지체 없이 매립지등에 대하여 지적공부 정리와 소유권 보존등기를 하여야 한다.
② 사업시행자는 제1항에 따른 지적공부 정리와 소유권보존등기를 할 경우 명의방법은 다음 각 호와 같다. 1.임대차, 매각, 일시사용 및 직접사용 대상 매립지등: 한국농어촌공사(기금수탁관리자) 명의로 등기 2.제1호 이외의 매립지등: 농림축산식품부를 관리청으로 추가 기재하여 국가 명의로 등기