[참조결정] 조심2015지1230 / 조심2017지0847 / 조심2017지0619
[주 문] OOO도 OOO시장(OOO장)이 청구법인에게 한 ＜별지＞과 같은 취득세 등 부과처분 중
1. ＜별지＞ 순번 1∼8 부과처분은 OOO 일원 OOO경제자유구역 OOO지구 개발사업 대상 토지면적 OOO㎡ 중 2020.12.31. 지목변경되어 2021.2.12. 청구법인에게 무상귀속되는 토지면적 OOO㎡ 부분은 청구법인의 지목변경 취득세 과세대상에서 제외하는 것으로 하여 과세표준 및 세액을 경정하고,
2. ＜별지＞ 순번 9 부과처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
- 가. 청구법인은 2008년 3월 지방공기업법제49조 및 OOO시 OOO도시공사의 설립 및 운영 조례에 근거하여 설립된 법인으로, 토지개발사업 및 관리 등을 주요 사업으로 영위하고 있다.
- 나. 청구법인(20%)은 2012.8.22. OOO주택도시공사(80%)와 공동으로 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법(이하 “경자법”이라 한다)에 따라 경제자유구역으로 지정된 OOO경제자유구역 OOO지구(OOO 일원 토지 총 OOO㎡로, 이하 “OOO지구”라고 한다) 개발사업(이하 “이 건 개발사업”이라 한다)의 사업시행자로 지정되었다.
- 다. 청구법인은 국토의 계획 및 이용에 관한 법률(이하 “국토계획법”이라 한다) 제65조에 따라 이 건 개발사업과 관련하여 2020.12.31.(준공일) 신규로 설치한 공공시설과 그 부지 OOO㎡의 소유권을 2021.2.12. 국가 등에 귀속시키고, 같은 날 이에 대응하여 이 건 개발사업의 시행으로 용도 폐지되는 공공시설에 관한 토지 OOO㎡(이하 “쟁점토지”라 하고, 위 토지 중 청구법인에게 최종 귀속되는 토지를 “쟁점①토지”라 하며, 그 지상에 공공시설이 설치되어 있어 취득 즉시 국가 등에게 다시 무상귀속되는 토지를 “쟁점②토지”라 한다)를 국가 등으로부터 취득하였다.
- 라. 청구법인이 이 건 개발사업을 진행하면서 취득한 과세대상 토지에 대한 취득세 등 신고·납부내역은 아래 ＜표1＞과 같다. ＜표1＞ 취득세 등 납부내역 (단위: 원) OOO
- 마. 청구법인은 2021.2.25. 이 건 개발사업의 준공(2020.12.31.)과 함께 지목변경(이하 “이 건 지목변경”이라 한다)에 따른 취득세 신고를 하면서, OOO지구의 전체 사업면적 OOO㎡ 중 국가 등에 무상귀속되는 공공시설의 면적 OOO㎡를 제외한 OOO㎡(75.38%, 쟁점①토지를 포함한 면적)를 과세대상 면적으로 보고, 이 건 개발사업에서 발생된 전체 투입비용의 단위면적당 가액을 산정하여 이를 기준으로 과세표준을 계산하여 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다.
- 바. 처분청은 2021.4.19.∼2021.5.8. 기간 동안 세무조사를 실시한 결과, 청구법인이 ‘토지조성관련 부담금 및 용역비’ 등을 이 건 지목변경 취득세 과세표준에서 신고 누락하고, 쟁점②토지는 일단 청구법인이 취득하였다가 국가 등에 재차 무상귀속한 것이므로 청구법인에게 취득세 납세의무가 있다고 보아, 2021.6.14. 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 합계 OOO원을 아래와 ＜표2＞와 같이 부과·고지하였다. ＜표2＞ 취득세 등 부과내역 (단위: 원) OOO
- 라. 청구법인은 이에 불복하여 2021.9.10. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점토지의 지목변경 당시 쟁점①토지의 소유자는 국가 등이므로, 지목변경 취득세 납세의무자를 청구법인으로 보고 한 이 건 지목변경 취득세 부과처분은 위법하다. (가) 경제자유구역지구의 지목변경에 따른 취득세 납세의무 성립시기는 공부상 지목이 변경된 날과 준공일 중 빠른 날에 해당하고, 지목변경 취득세 납세의무는 취득 당시 소유자인 국가 등에 있다.
1. 지방세법 시행령제20조 제10항에서 토지의 지목변경에 따른 취득은 토지의 지목이 사실상 변경된 날과 공부상 변경된 날 중 빠른 날을 취득일로 본다고 규정하고 있고, 경자법 제14조 제1항에서는 개발사업시행자가 개발사업을 완료하였을 때에는 지체 없이 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 시·도지사의 준공검사를 받아야 한다고 규정하고 있다.
2. 위 규정에 따르면 개발사업시행자는 당초 인가받은 실시계획에 따라 경제자유구역지구의 조성을 완료할 경우 준공인가를 받을 수 있으므로, ‘준공인가일’이 토지의 지목이 사실상 변경된 날에 해당한다. 따라서 이 건 개발사업의 경우 2020.12.31. 준공이 완료되었으므로, 이 건 지목변경 역시 2020.12.31. 이루어진 것이며, 이는 처분청과 다툼이 없다
3. 결국 지방세법상 이 건 지목변경에 따른 취득세 납세의무자는 2020.12.31. 당시 쟁점①토지의 소유자인 국가 등이다. (나) 청구법인은 쟁점①토지 소유권을 2021.2.12. 취득한 것이므로, 2020.12.31. 성립한 이 건 지목변경에 따른 취득세 납세의무자에 해당하지 않는다.
1. 경자법 제9조의4 및 국토계획법 제65조 제5항에서는 개발사업의 시행자가 개발사업을 통해 새로 공공시설을 설치하거나 기존 공공시설에 대체되는 공공시설을 설치한 경우, 기존 공공시설은 사업시행자에게 무상으로 귀속되고, 신규로 설치되는 공공시설은 그 시설을 관리할 국가, 지방자치단체에 무상으로 귀속하되, 그 귀속시기는 당해 사업이 준공되어 관리청에 공공시설의 종류와 토지의 세목을 통지한 때로 규정하고 있다.
2. 이 건 개발사업의 경우 청구법인은 2021.2.12. 무상귀속 대상 토지의 세목을 통지하였으므로, 같은 날 청구법인은 무상귀속 대상 토지를 국가 등에게 귀속시키게 되는 동시에 쟁점①토지에 대한 소유권을 취득하게 된다.
3. 결국 청구법인은 쟁점①토지 지목변경이 이루어진 2020.12.31.경 쟁점①토지의 소유자에 해당하지 않고, 2021.2.12. 경에야 쟁점①토지의 소유권을 취득하게 되므로, 쟁점①토지 지목변경에 대한 취득세 납세의무자에 해당한다고 볼 수 없다. (다) 처분청 논리에 따르면 청구법인은 취득세를 이중으로 납부하게 된다.
1. 청구법인은 2021.2.12. 쟁점①토지의 소유권을 취득하게 되는바, 쟁점①토지 취득 당시 시가표준액은 2020.12.31. 준공이 완료된 이후의 가액이므로 준공과 함께 이루어진 ‘지목변경에 따른 가치상승분’을 포함하게 된다. 즉 청구법인은 쟁점①토지 취득 당시 지목변경에 따른 가치상승분을 포함하여 취득세를 납부하게 된다.
2. 그런데 처분청은 쟁점①토지 지목변경에 따른 가치상승분에 대하여 2020.12.31. 청구법인이 쟁점①토지를 사실상 취득한 것으로 보아 이 건 처분을 한 것이므로, 결국 청구법인은 ‘쟁점①토지 지목변경에 따른 가치상승분’이라는 과세표준에 대하여 ① 2020.12.31. 지목변경 취득세 등을 납부하고, ② 2021.2.12. 취득세 등을 납부하게 되므로, 이중으로 취득세 등을 납부하게 되는 것이다.
3. 결국 처분청의 이 건 취득세 등 부과처분은 동일한 과세표준에 대한 이중과세에 해당한다. (라) 요컨대, 청구법인은 2020.12.31. 지목변경에 따른 취득세 납세의무 성립 당시 쟁점①토지 소유자가 아닌 점, 청구법인은 2021.2.12.경에야 쟁점①토지 소유권을 취득한 점, 처분청 논리에 따르면 쟁점①토지 지목변경에 따른 가치상승분에 대해 청구법인이 2중으로 취득세 등을 납부하게 되는 점 등 이 건 취득세 등 부과처분은 위법하므로 취소되어야 한다.
(2) 쟁점토지 중 일부인 쟁점②토지는 국가 등에게 무상귀속되는 공공시설 및 토지에 포함되어 있으므로, 쟁점②토지는 결국 청구법인이 취득한 것으로 볼 수 없거나, 취득한 것으로 보더라도 국가 등에게 귀속될 토지이므로 취득세 비과세 대상에 해당한다. (가) 조세심판원 선결정례(조심 2017지619, 2018.4.18. 같은 뜻임)에 의하면, 신설 및 용도폐지되는 정비기반 시설 내역에서 용도폐지되는 토지 중 일부가 신설할 정비기반시설의 신설도로에 재편입됨이 확인되고 실제 당해 토지가 용도폐지되어 청구법인이 무상 취득한 후 새로이 설치한 기반시설을 처분청에 무상으로 귀속한 사안에서, 당해 정비사업의 사업시행인가·고시 시 용도폐지되는 토지로서 신설할 정비기반시설의 신설도로에 재편입되는 것으로 예정되어 있었고, 정비사업이 준공인가 됨에 따라 당해 토지를 포함한 기반시설이 처분청에 귀속되었으므로, 당해 토지를 취득하기 전에 국가 등에 귀속시키는 것이 확정되었다고 볼 수 있으므로 지방세법제9조 제2항에 따라 취득세 등을 비과세하는 것이 타당하다고 판단하였다. (나) 이 사건으로 돌아와 보건대, 청구법인이 용도폐지에 따라 취득하게 되는 쟁점②토지의 경우 그 지상에 공공시설이 설치되어 있어, 결국 국가 등에게 다시 무상귀속될 운명이므로, 위 토지는 최종적으로 청구법인이 소유권을 취득한다고 볼 수 없다. (다) 따라서, 쟁점②토지는 애당초 청구법인이 취득하는 토지가 아니므로 취득세 과세대상이 아니거나, 위 선결정례 취지에 따라 청구법인이 취득하였다고 보더라도 국가 등에게 즉시 무상귀속될 토지이므로 지방세법제9조 제2항에 따라 취득세 등을 비과세하는 것이 타당하므로 ＜별지＞ 순번 9 처분은 모두 취소되어야 한다.
(1) 실질과세원칙에 따라 쟁점①토지 지목변경에 따른 가치상승은 결국 청구법인이 향유하게 되는 것이므로, 쟁점①토지 지목변경 취득세는 청구법인이 납세의무를 부담한다. (가) 지방세기본법제17조의 제1항에서 규정하는 실질귀속자 과세의 원칙은 소득이나 수익, 재산, 거래 등의 과세대상에 관하여 그 귀속 명의와 달리 실질적으로 귀속되는 자가 따로 있는 경우에는 형식이나 외관을 이유로 그 귀속 명의자를 납세의무자로 삼을 것이 아니라 실질적으로 귀속되는 자를 납세의무자로 삼겠다는 것이다. (나) 쟁점①토지에 대한 법률적인 소유권이 이 건 개발사업의 준공인가를 득한 후 2021.2.12.경에야 청구법인에게 귀속한다고 하더라도, 청구법인은 이 건 개발사업의 사업시행자 지위에서 쟁점①토지를 포함한 전체 사업부지의 지목변경을 변경하는데 소요된 비용을 부담하였고, 준공인가 전에 이미 쟁점①토지에 대한 귀속이 확정되어 있어 그 토지의 가액 증가로 인한 이익은 청구법인에게 전적으로 귀속되므로, 쟁점①토지의 지목변경 납세의무는 국가 등이 아닌 청구법인에게 있다고 보는 것이 실질과세원칙에 부합한다 할 것인 점, 승계 취득하는 과정에서 승계취득에 대한 취득의 시기가 성립되기 전에 지목변경 공사부터 먼저 함으로써 지목변경 취득세가 승계취득에 대한 취득세보다 먼저 발생하는 경우에는 각기의 과세객체의 발생은 독립적인 것으로 보아야 할 것이므로 이중납부에 해당하지 않는 점 등을 종합하여 볼 때, 처분청이 이 건 지목변경에 대한 과세비율을 산정함에 있어 쟁점①토지에 안분 귀속되는 부분을 포함한 과세비율을 적용하여 취득세 등을 부과고지한 것은 달리 잘못이 없다 할 것이다.
(2) 국토계획법 제65조 제1항은 사업시행자가 공공시설을 관리청에 무상으로 귀속시킴으로 야기되는 사업시행자의 재산상 손실을 고려하여 그 사업시행자가 새로 설치한 공공시설의 설치비용에 상당하는 범위 안에서 용도가 폐지되는 국가 또는 지방자치단체 소유의 공공시설을 무상으로 양도되도록 하여 재산상의 손실을 합리적인 범위 안에서 보전하여 주고자 하는데 입법취지가 있는 점, 청구법인의 쟁점②토지 취득은 새로이 설치하는 공공시설의 설치비용에 대한 손실을 보전하기 위하여 무상으로 취득하는 것으로 봄이 타당하므로, 지방세법제9조 제2항의 국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에 해당한다고 볼 수 없는 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점②토지는 국가 등에 귀속 또는 기부채납의 반대급부로 국가 등이 소유하고 있는 부동산을 무상으로 취득하는 부동산으로 보는 것이 타당하므로, 취득세 과세대상에 해당한다.
3. 심리 및 판단
① 실질과세원칙에 따라 쟁점①토지 지목변경에 따른 이익이 청구법인에 귀속한다고 보아 청구법인에게 지목변경에 따른 취득세를 부과한 처분의 당부
② 청구법인은 용도폐지 대상 토지인 동시에 공공시설이 설치되어 무상귀속 대상인 쟁점②토지에 대한 취득세 납세의무가 없다는 청구주장의 당부
(1) 지방세법 제7조(납세의무자 등) ④ 선박, 차량과 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경함으로써 그 가액이 증가한 경우에는 취득으로 본다. 이 경우 도시개발법에 따른 도시개발사업(환지방식만 해당한다)의 시행으로 토지의 지목이 사실상 변경된 때에는 그 환지계획에 따라 공급되는 환지는 조합원이, 체비지 또는 보류지는 사업시행자가 각각 취득한 것으로 본다. 제9조(비과세) ① 국가 또는 지방자치단체(다른 법률에서 국가 또는 지방자치단체로 의제되는 법인은 제외한다. 이하 같다), 지방자치법 제176조 제1항에 따른 지방자치단체조합(이하 “지방자치단체조합”이라 한다), 외국정부 및 주한국제기구의 취득에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대한민국 정부기관의 취득에 대하여 과세하는 외국정부의 취득에 대해서는 취득세를 부과한다.
② 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 항에서 “국가등”이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(사회기반시설에 대한 민간투자법 제4조 제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다. 이하 이 항에서 “귀속등”이라 한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및 사회기반시설에 대한 민간투자법 제2조 제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다.
(2) 지방세법 시행령 제20조(취득의 시기 등) ⑩ 토지의 지목변경에 따른 취득은 토지의 지목이 사실상 변경된 날과 공부상 변경된 날 중 빠른 날을 취득일로 본다. 다만, 토지의 지목변경일 이전에 사용하는 부분에 대해서는 그 사실상의 사용일을 취득일로 본다.
(3) 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법 제8조의3(개발사업시행자의 지정) ① 시ㆍ도지사는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자 중에서 경제자유구역 또는 해당 단위개발사업지구(제4조 제6항에 따라 분할하여 개발하는 경우에만 해당한다)에 대한 개발사업시행자를 지정한다.
4. 지방공기업법에 따라 설립된 지방공사 제9조의4(공공시설 및 토지 등의 귀속) 개발사업시행자가 개발사업의 시행으로 새로 공공시설(주차장과 운동장을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)을 설치하거나 기존의 공공시설에 대체되는 시설을 설치한 경우 그 시설의 귀속에 관하여는 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제65조 및 제99조를 준용한다. 이 경우 행정청으로 보는 개발사업시행자는 제8조의3 제1항 제1호부터 제4호까지의 어느 하나에 해당하는 자로 한정한다. 제14조(준공검사) ① 개발사업시행자는 개발사업의 전부 또는 일부를 완료한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 지체 없이 관할 시ㆍ도지사의 준공검사를 받아야 한다. 이 경우 관할 시ㆍ도지사는 미리 관계 행정기관의 장과 협의하여야 한다.
(4) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제65조(개발행위에 따른 공공시설 등의 귀속) ① 개발행위허가(다른 법률에 따라 개발행위허가가 의제되는 협의를 거친 인가ㆍ허가ㆍ승인 등을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 받은 자가 행정청인 경우 개발행위허가를 받은 자가 새로 공공시설을 설치하거나 기존의 공공시설에 대체되는 공공시설을 설치한 경우에는 국유재산법과 공유재산 및 물품 관리법에도 불구하고 새로 설치된 공공시설은 그 시설을 관리할 관리청에 무상으로 귀속되고, 종래의 공공시설은 개발행위허가를 받은 자에게 무상으로 귀속된다.
⑤ 개발행위허가를 받은 자가 행정청인 경우 개발행위허가를 받은 자는 개발행위가 끝나 준공검사를 마친 때에는 해당 시설의 관리청에 공공시설의 종류와 토지의 세목(細目)을 통지하여야 한다. 이 경우 공공시설은 그 통지한 날에 해당 시설을 관리할 관리청과 개발행위허가를 받은 자에게 각각 귀속된 것으로 본다.
(5) 지방세기본법 제17조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래가 서류상 귀속되는 자는 명의(名義)만 있을 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 이 법 또는 지방세관계법을 적용한다.
(1) 청구법인(20%)은 2012.8.22. OOO주택도시공사(80%)와 공동으로 이 건 개발사업의 사업시행자로 지정되었다.
(2) 청구법인은 2020.12.31. 이 건 개발사업을 완료하고 아래 ＜표3＞과 같이 준공인가를 득하였다(OOO 고시 제2020-286호). ＜표3＞ 2021.1.7.자 OOO도보 내용 중 발췌 OOO경제자유구역 OOO지구 개발사업 준공 고시 지식경제부 고시 제OOO호(2008.5.6.)로 최초 OOO경제자유구역으로 지정 고시되고 (중략) 다음과 같이 고시합니다. 2021.1.7. OOO경제자유구역청장
1. 개발사업의 명칭: OOO경제자유구역 OOO 지구
2. 개발사업시행자의 성명 및 주소 ㅇ 사업시행자: 청구법인, OOO주택도시공사 ㅇ 주소: 생략
3. 개발사업지역의 위치·면적 및 용도별 면적 ㅇ 위치: OOO 일원 ㅇ 면적: OOO㎡
4. 준공일: 2020.12.31. (이하 생략)
(3) 청구법인이 무상귀속 대상 공공시설의 종류와 토지의 세목(細目)을 2021.2.12. 관리청에 통보한 사실은 다툼이 없다.
(4) OOO경제자유구역청장의 2020.12.29.자 ‘OOO경제자유구역 OOO지구 개발계획(14차) 및 실시계획(6)차 변경승인, 지형도면 정정’ 고시(OOO경제자유구역청고시 제2020-5호)에 따르면, 이 건 개발사업 OOO지구 전체 면적은 OOO㎡로 확정되었고, 그 중 국가 등에게 귀속되는 공공기반시설용지의 면적은 OOO㎡로 확정되었으며, 쟁점②토지는 위 공공기반시설용지 면적 OOO㎡ 중 일부를 구성하고 있는 것이 확인되는바, 쟁점②토지의 경우 이미 국가 등에게 편입이 예정된 토지이다.
(5) 처분청은 이 건 처분 당시 쟁점토지 면적을 아래 ＜표4＞와 같이 계산하여 쟁점①토지와 쟁점②토지 면적으로 안분하였다. 즉 청구법인이 이 건 개발사업을 진행한 결과 전체면적 OOO㎡ 중 과세대상 토지 면적은 OOO㎡이고, 국가 등에 무상귀속되는 공공시설의 면적은 OOO㎡로서 과세대상 토지 면적이 전체면적에서 차지하는 비율을 계산하면 75.38%인바, 처분청은 위 비율을 그대로 적용하여 쟁점토지 면적 OOO㎡를 용도폐지 대상 쟁점토지 면적 중 청구법인이 취득하는 토지의 면적(쟁점①토지)과 용도폐지 대상 쟁점토지 면적 중 국가 등에 재편입된 토지의 면적(쟁점②토지)으로 안분하였다. ＜표4＞ 쟁점토지 OOO㎡ 안분 방법 (단위: ㎡, %) 구분 면적 비율 용도폐지 대상 쟁점토지 면적 중 청구법인이 취득하는 토지의 면적(쟁점①토지) OOO 75.38 용도폐지 대상 쟁점토지 면적 중 국가 등에 재편입된 토지의 면적(쟁점②토지) OOO 24.62 합계 OOO 100
(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저, 쟁점①에 관하여 살피건대, 처분청은 지방세법 시행령 제20조 제10항 및 경자법 제14조 제1항 등에 따라 쟁점①토지의 지목이 변경된 날은 2020.12.31.인 사실, 경자법 제9조의4 및 국토계획법 제65조 제5항에 따라 청구법인이 쟁점①토지의 소유권을 취득한 날은 2021.2.12.인 사실은 인정하나, 쟁점①토지 지목변경에 따른 가치상승 이익은 최종적으로 청구법인이 향유하게 되므로, 실질과세 원칙에 따라 쟁점①토지에 대한 지목변경 취득세 납세의무자를 청구법인으로 보아야 한다는 의견이다. 그러나, 실질과세의 원칙은 헌법상의 기본이념인 평등의 원칙을 조세법률관계에 구현하기 위한 실천적 원리로서, 조세의 부담을 회피할 목적으로 과세요건사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하는 경우에 그 형식이나 외관에 불구하고 실질에 따라 담세력이 있는 곳에 과세함으로써 부당한 조세회피행위를 규제하고 과세의 형평을 제고하여 조세정의를 실현하고자 하는 데 주된 목적이 있다. 따라서 소득이나 수익, 재산, 거래 등의 과세대상에 관하여 그 귀속 명의와 달리 실질적으로 귀속되는 자가 따로 있는 경우에는 형식이나 외관을 이유로 그 귀속 명의자를 납세의무자로 삼을 것이 아니라 실질적으로 귀속되는 자를 납세의무자로 삼겠다는 것이므로, 재산의 귀속 명의자는 이를 지배·관리할 능력이 없고, 그 명의자에 대한 지배권 등을 통하여 실질적으로 이를 지배·관리하는 자가 따로 있으며, 그와 같은 명의와 실질의 괴리가 조세를 회피할 목적에서 비롯된 경우에는, 그 재산에 관한 소득은 그 재산을 실질적으로 지배·관리하는 자에게 귀속된 것으로 보아 그를 납세의무자로 삼아야 할 것이다(대법원 2012.1.19. 선고 2008두8499 전원합의체 판결 등 다수). 따라서 이 사건에서 청구법인에게 실질과세원칙을 적용하기 위해서는 청구법인이 조세를 회피할 목적으로 과세요건사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하여 명의와 실질의 괴리를 초래하였다고 볼 수 있는 경우에 해당하여야 할 것인데, 처분청은 지목변경에 따른 이익이 사실상 청구법인에게 귀속된다는 의견만 제시하고 있을 뿐 청구법인에게 조세회피 목적이 있었다거나, 명의와 실질의 괴리가 있었다는 점에 대한 그 어떠한 주장·입증을 하고 있지 아니할 뿐만 아니라, 쟁점①토지의 지목변경 시기(2020.12.31.)나, 청구법인의 쟁점①토지 취득 시기(2021.2.12.)는 지방세법, 국토계획법, 경자법 등 관계 법령 규정에 따라 정해지는 것이므로, 청구법인이 조세회피 목적으로 비합리적인 형식이나 외관을 취함으로써 위 시기를 자의적으로 변경할 수 있다고 볼 수 없으므로, 이 사건에 실질과세원칙을 적용하기는 어려운 것으로 보이는 점, 뿐만 아니라, 지목변경에 따른 취득세나 쟁점①토지 취득에 따른 취득세는 모두 토지의 ‘취득 가액’을 과세대상으로 삼고 있으므로, 처분청 의견과 같이 청구법인이 2020.12.31.자 쟁점①토지 지목변경에 따른 취득세를 납부한 후, 2021.2.12. 쟁점①토지 취득에 따른 취득세를 납부하여야 한다고 보면, 청구법인은 ‘지목변경으로 인한 가액상승분’에 대하여 지목변경 당시와 쟁점①토지 취득 당시 이중으로 취득세를 납부하게 되는 점[OOO고등법원 2021.12.15. 선고 (OOO) 2020누10404 판결, 같은 뜻임], 결국 지목변경에 따른 토지의 가액 증가는 부동산의 취득에 해당하고 그 취득자는 당해 토지의 공부상 소유자라고 할 것인바 지목변경에 따른 취득세 납세의무자는 특별한 사정이 없는 한 지목변경 당시의 토지 소유자라 할 것이므로(조심 2015지1230, 2015.12.1., 대법원 2012.6.14. 선고 2010두2395 판결 같은 뜻임), 쟁점①토지에 대한 지목변경 취득세 납세의무자는 2020.12.31. 쟁점①토지 소유자인 국가 등으로 보는 것이 타당하고 할 것이다. 따라서, 처분청이 이 건 처분을 하면서 쟁점①토지에 대한 지목변경 취득세 납세의무자를 청구법인으로 보아 취득세 등을 부과한 부분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 관하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 새로이 설치하는 공공시설의 설치비용에 대한 손실을 보전하기 위하여 일단 쟁점②토지를 무상으로 취득한 것으로 봄이 타당하므로, 쟁점②토지는 취득세 과세대상에 해당한다는 의견이다. 그러나, 청구법인이 쟁점②토지를 공공시설의 설치비용에 대한 대가로 취득한 것이라 하더라도 다시 국가 등으로 귀속되는 조건으로 취득한 것이라면 지방세법제9조 제2항에 따른 취득세 등의 비과세 대상에 해당한다고 할 것이다(조심 2017지847, 2018.2.22. 등 다수, 같은 뜻임). 청구법인과 처분청 사이에 쟁점토지 중 쟁점②토지 면적 OOO㎡가 OOO경제자유구역청장의 2020.12.29.자 고시에 기초하여 국가 등에게 귀속할 토지라는 사실은 다툼이 없으므로, 처분청이 이 건 처분 중 이 부분에 대하여 취득세 등을 부과한 처분(＜별지＞ 순번 9 부과처분)은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제96조 제7항, 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 취득세 등 부과처분 내역 (단위: 원) OOO