[요지] 2020년도 신설된 지방세기본법 제154조는 2011년도 전환 전 국립대학의 지위를 부여받아 비과세 특례를 적용받다가 국립대학법인으로 전환되어 지방세를 부담하게 되는 불형평성을 해결하기 위한 것이므로 그 규정은 국립대학법인이 납세의무자에 해당하는 경우로 한정 적용되는 것이 타당하다고 보이는 점 등에 비추어 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단됨.
[요지] 2020년도 신설된 지방세기본법 제154조는 2011년도 전환 전 국립대학의 지위를 부여받아 비과세 특례를 적용받다가 국립대학법인으로 전환되어 지방세를 부담하게 되는 불형평성을 해결하기 위한 것이므로 그 규정은 국립대학법인이 납세의무자에 해당하는 경우로 한정 적용되는 것이 타당하다고 보이는 점 등에 비추어 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단됨.
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 이 건 실시협약에 따라 청구법인 명의로 이 건 건물을 신축(소유권보존등기)한 후 OOO에 소유권을 이전하였다. (가) 지방세법 제9조 제2항은 사인(私人)이 일시적으로 취득하나 최종적으로 국가 등에 귀속됨으로써 국가 등이 직접 취득하는 것과 동일하게 평가할 수 있는 경우에만 적용되므로, ① 국가 등에 소유권이 귀속되기 전까지 일시적·잠정적으로만 취득하는 것이어야 하고, ② 국가 등에 소유권을 귀속시키기로 한 점이 사인이 그 부동산을 취득할 때에부터 결정되어 있어야 하며, ③ 국가 등에 소유권을 귀속하는 것에 대한 반대급부로서 국가 등이 소유한 다른 부동산을 무상으로 양여받거나, 귀속하는 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우가 아니어야 한다. (나) 청구법인의 경우 OOO에 이 건 건물을 귀속하기 전까지만 일시적·잠정적으로 취득한 것이고, 이 건 건물 취득 이전에 OOO에 소유권을 귀속하기로 한 점이 이미 결정되어 있었으며, 다른 부동산을 무상 양여받지도 아니하였으므로 지방세법 제9조 제2항에 따라 비과세를 적용하여야 한다.
(2) 지방세기본법(2019.12.31. 법률 제16854호로 일부개정된 것) 제154조는 일반적으로 전환 국립대학법인(이하 “국립대학법인”이라 한다)을 과거와 같이 국가의 영조물로서 국가와 동일하게 취급하는 규정인바, OOO의 경우 동 규정에 따라 지방세법 제9조 제2항에서의 ‘국가 등’에 해당하는 것으로 보는 것이 타당하다. (가) 2019.12.31. 법률 제16854호로 일부개정으로 신설된 지방세기본법 제154조 본문에서는 “지방세관계법에 규정하는 납세의무에도 불구하고 종전에 국·공립대학이었다가 전환되는 국립대학법인에 대한 지방세의 납세의무를 적용할 때에는 국립대학법인을 별도의 법인으로 보지 아니하고 국립대학법인으로 전환되기 전의 국·공립학교로 본다”고 규정하고 있다. 동 규정은 OOO와 같이 국립대학법인의 경우 국세 또는 지방세 납세의무의 적용에 있어 국립대학법인으로 전환되기 전과 같이 국가의 영조물로 취급받게 되는 것(대법원 2015.6.25. 선고 2014다5531 전원합의체 판결 참조)이고, 국가의 영조물은 세법 해석·적용상 국가의 일부로서 국가와 동일하게 취급받기 위함이다. 즉, 그 취지는 국립대학법인과 다른 국립대학 간 세법상 지위의 차별을 해소하기 위한 것으로, 위 규정을 전환국립대학법인이 납세의무자인 경우에 한정하여 해석한다면 이는 다른 국립대학과의 세법상 지위의 차별을 해소하고자 하는 입법취지에 반하게 되는 것이다. (나) 위 지방세기본법 제154조는 지방세의 납세의무자에 한정적으로 적용되는 것이 아닌, 납세의무자가 누구인지와 관계없이 지방세 관련 규정을 해석하는 데 있어 국가의 영조물로서 국가와 동일하게 취급하는 것으로 해석·적용되어야 한다.
1. 지방세기본법 제154조의 입법취지는 국립대학법인으로의 전환을 통해 국립대학의 자율성 및 책임성을 강화하여 국제경쟁력을 높이고자 함이었고, 세수 확대는 전혀 고려사항이 아니었다.
2. 그럼에도 불구하고 관련 세법에 이러한 취지가 제대로 반영되지 못하여 국립대학법인에 각종 세부담이 발생하고 있어, 이러한 입법 미비가 국립대학 법인화의 취지에 어긋날 뿐 아니라, 국립학교가 담당하여야 할 공공성 및 책임성을 제대로 수행하지 못하게 되는 결과를 초래하고 있다.
3. 그렇기 때문에 국립대학법인이 기존 국립대학과 동일한 공적 기능 및 책무를 계속 수행할 수 있도록 다른 국립대학과의 세법상 지위의 차별을 해소하고 OOO 설립·운영에 관한 법률(2010.12.27. 법률 제10413호로 개정된 것, 이하 “OOO법”이라 한다) 제정 당시의 입법적 흠결을 보완하기 위하여 도입된 것이다.
4. 이러한 입법 취지를 고려해 볼 때, 지방세기본법 제154조가 반드시 국립대학법인이 납세의무자가 되는 경우에만 한정하여 적용된다고 보기 어렵다.
5. 즉 납세의무자가 누구인지와 관계없이 국립대학법인에 대하여 다른 국립대학과의 동일한 세법상 지위를 부여하고, 국립대학법인이 실질적으로 조세를 부담하게 될 위험을 원천적으로 해소하여야 하는 것이다. (다) 만약 지방세기본법 제154조의 적용범위를 국립대학법인이 납세의무자가 되는 경우로 한정하여 해석·적용하게 된다면 이는 그 입법취지에 반하게 되는 것이다.
1. 지방세기본법 제154조를 국립대학법인이 납세의무자가 되는 경우에만 적용되는 것으로 한정하여 해석하게 된다면, 사인이 부동산을 신축하여 일반 국립대학에 기부하는 경우에는 지방세법 제9조 제2항에 따라 취득세 비과세가 적용되는 반면, 국립대학법인에 기부하는 경우에는 같은 비과세 규정을 적용받지 못하게 된다.
2. 이는 취득세 부담으로 인해 국립대학법인에 대한 기부를 위축하게 하는 결과를 가져오거나, 사실상 국립대학법인에게 세부담 등 비용을 전가하는 방식으로 기부 계약이 이루어질 수밖에 없게 되는 것이고, 결국에는 국립대학법인에 기부하는 것과 국립대학에 기부하는 것 간 그 실질이 아무런 차이가 없음에도 조세에 있어서 차이가 발생하게 되어 조세형평에도 반하게 된다.
3. 또한 경제당사자는 국립대학법인에 기부할지 아니면 일반 국립대학에 기부할지를 자신이 처한 경제 상황에 따라 스스로 결정할 수 있어야 함에도 불구하고, 오로지 취득세 납세의무에 있어서 차이를 둠으로써, 조세의 차이만으로 국민에게 특정한 방식의 경제적 판단을 유도하게 되어 조세 중립성의 원칙을 훼손하는 결과를 초래하게 될 것이다.
4. 따라서 국립대학법인이 기존 국립대학과 동일한 공적 기능 및 책무를 계속 수행할 수 있도록 다른 국립대학과의 세법상 지위의 차별을 해소하고자 하는 입법 취지에 반하게 되는 것이다. (라) 2019.12.31. 개정된 국세기본법 제13조 제8항 및 지방세기본법제154조와 관련하여, 2020년도 국세청 개정세법 해설과 2020년도 개정된 지방세법 운영 요령을 보면, 국립대학법인을 종전 지위(국가 → 비과세)와 같이 보아 전환 전 국·공립학교에게 과세특례를 적용하기 위해서 개정(신설)된 것임을 알 수 있다.
(3) 국립대학법인이 종전과 같이 국가 영조물의 지위를 인정받게 되어지방세법 제9조 제2항에서의 기부채납 대상자인 ‘국가 등’에 해당한다고 해석하는 것은 OOO법의 문언, 취지 및 체계에도 부합한다. (가) OOO법 제29조 및 제31조에서는 국가가 OOO에 교육의 질 향상과 국제경쟁력 강화에 기여할 수 있도록 안정적인 재정지원을 해야 할 의무 및 인건비, 시설 확충 및 지원금 출연을 규정하고 있다. 위와 같이 국가에서 OOO에 재정을 지원하는 상황에서 OOO를 ‘국가 등’으로 보지 아니한다면, 사실상 취득세가 OOO에 전가되어 국가의 재정지원 효과를 상쇄하게 되어 법률의 취지와도 상충하게 되고, 결과적으로 재정지원금이 취득세 명목으로 환수될 여지가 있어 국가의 총 재정 측면에서도 실익이 없게 된다. (나) OOO법 부칙 제8조 제1항 본문에서 “국립대학법인인 OOO는 종전의 OOO 학교 경영과 관련하여 발생한 국가의 권리·의무를 포괄 승계한다”고 규정하고 있는바, OOO가 법인격을 갖게 된 이후에도 기존에 국립대학으로서 가지고 있던 고등교육기관으로서의 권리와 의무를 기존과 같이 연속적으로 유지하게 되는 것이다. 위와 같이 OOO법 등에 비추어 OOO는 기존에 갖고 있던 국가 영조물의 지위를 전제로 하여 지방세법 제9조 제2항을 해석·적용하는 것이 타당하다.
(4) 따라서 청구법인이 이 건 건물을 원시취득하고 이 건 건물을 국가 등에 기부채납하였으므로 처분청이 청구법인에게 이 건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
(1) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한 것인바(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결 등 참조), 일단 법령에 정한 요건이 사실이 충족되면 일률적으로 그 법령을 적용하여야 하는 것이 원칙이고, 구체적인 사안에서 그 입법목적과의 배치 여부를 따져 그 적용 여부를 결정할 수 없는 것(대법원 1999.3.26. 선고 98두1673 판결 참조)이다. 행정안전부에서는 “지방세기본법제154조를 문리해석하면 국립대학법인이 납세의무자인 경우에만 적용된다 할 수 있으므로, 국립대학법인은 기부채납의 상대방으로서 유동화전문회사(Special Purpose Company, SPC)가 원시취득 납세의무자인 경우에는 동 규정의 적용대상이 아니고, 국립대학법인을 전환되기 전의 국․공립학교로 볼 여지가 없으므로 지방세법 제9조 제2항에 따른 비과세를 적용할 수 없다”고 해석하였다(부동산세제과-1336, 2020.6.15.).
(2) 지방세기본법제154조에서는 전환국립대학법인이 취득세 납세의무자인 경우에 한하여 국립대학법인으로 전환되기 전의 국립학교로 본다고 특례로 규정하고 있는바, 지방세법제9조 제2항에서 국립대학법인을 국가로 보는 것은 문리해석의 범위를 벗어난 확장해석으로 조세법률주의 원칙에 반한다. 위와 같이 비과세 규정은 특혜규정이므로 엄격해석의 원칙에 따라 특례적용의 대상을 국립대학법인이 납세의무자인 경우로 한정하여 해석하여야 하고, 국립대학법인과 연관된 제3의 납세의무자에게까지 확장하는 것은 입법취지 및 지원 범위를 넘어서는 해석에 해당하므로 허용되지 아니한다.
(3) 청구법인은 취득세 등이 비과세가 되지 않을 경우 국립대학법인에 대한 기부가 줄어들 수 있어 이는 국립대학과의 조세형평에 맞지 않는다고 주장하나, 비과세·감면 조항에 대한 해석은 법문 그대로 엄격하게 해석하여야 하는 것으로서, 국립대학법인에 대한 기부행위 축소가능성 등을 고려하여 특별히 엄격하게 해석할 것을 요구하는 비과세 규정을 임의로 해석할 수는 없을 것이다. 뿐만 아니라 기부 측면을 고려하여 보더라도 건물을 신축하여 증여하는 것 외에도 다양한 기부방식이 존재하고, 세금 부담 때문에 기부를 철회한다는 가정을 살펴보더라도 이 건 협약체결(2016.8.22.) 당시는 지방세기본법제154조가 2019.12.31. 신설되기 전으로서 OOO는 취득세 등이 비과세되지 않아 취득에 따른 납세의무가 발생함을 충분히 인지한 상황에서도 이 건 건물을 신축하여 기부채납하기로 한 청구법인의 사례를 보더라도 기부 감소 등을 이유로 한 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다.
(4) 따라서 처분청이 청구법인에게 이 건 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인의 등기사항전부증명서 및 사업자등록증에 의하면, 청구법인은 OOO을 사업장(본점) 소재지로 하여 부동산업/부동산 개발·운영·매매를 영위할 목적으로 2014.4.30. 설립(개업)을 하였다. (나) 이 건 취득세 등 신고서(부속서류인 도급계약서 등 포함)에 의하면, 이 건 건물의 취득가격(OOO원)과 취득세 등(OOO원)이 확인된다. (다) 청구법인은 2016.8.22. OOO, 처분청과 이 건 실시협약을 체결하였는바, 그 협약서에 의하면, 다음과 같이 청구법인은 OOO를 조성한 후 캠퍼스 내에 신축한 건축물 및 부지의 소유권을 OOO 또는 OOO의 관계기관으로 이전하기로 하였다. (라) 청구법인은 위 약정에 따라 2018.9.7. ~ 2020.10.29. 기간 동안 이 건 건물을 신축한 후 2020.7.24. ~ 2021.2.10. 기간 동안 ‘증여를 원인으로 하여 OOO에 소유권이전등기를 하였다. (마) 청구법인은 2021.4.15. 처분청에 이 건 경정청구를 하였고, 처분청은 2021.6.11. 청구법인에게 다음과 같이 이 건 경정청구를 거부하였다. (바) 2019.12.31. 법률 제16854호 일부개정으로 지방세기본법 제154조의 ‘국립대학법인의 비과세 특례 부여’ 규정이 신설되었고, 같은 날 법률 제16841호 일부개정으로 국세기본법 제13조 제8항에도 ‘국립대학법인의 납세의무 적용 특례’ 규정이 신설되었다. (사) 위 국세기본법 일부개정에 대하여 국회 기획재정위원회에서 작성한 개정법률안 검토보고서(2019년 11월)에 의하면, 다음과 같은 입법 취지가 확인된다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 지방세법 제9조 제2항 본문에 의하면, “국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산 및 사회기반시설에 대한 민간투자법 제2조 제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다”고 규정하고 있다. 한편, 2019.12.31. 법률 제16854호로 일부 개정(신설)된 지방세기본법 제154조에 의하면, “지방세관계법에서 규정하는 납세의무에도 불구하고 종전에 국립대학 또는 공립대학이었다가 전환된 국립대학법인에 대한 지방세의 납세의무를 적용할 때에는 전환 국립대학법인을 별도의 법인으로 보지 아니하고 국립대학법인으로 전환되기 전의 국립학교 또는 공립학교로 보되, 다만, 전환국립대학법인이 해당 법인의 설립근거가 되는 법률에 따른 교육ㆍ연구 활동에 지장이 없는 범위 외의 수익사업에 사용된 과세대상에 대한 납세의무에 대해서는 그러지 아니하다”고 규정하고 있다. 또한 부칙 제16조에 의하면, “제154조의 개정규정은 이 법 시행 전에 전환된 국립대학법인에 대해서도 적용하고(제1항), 이 법 시행 이후 성립하는 납세의무부터 적용한다(제2항)”고 규정하고 있다. (나) 청구법인은 OOO를 지방세법 제9조 제2항의 ‘국가 등’에 해당하는 것으로 보아 이 건 건물을 OOO에 기부채납한 데 대하여 지방세법 제9조 제2항의 비과세를 적용하여야 한다고 주장한다. (다) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결 같은 뜻임)인바,
1. 지방세법 제9조 제2항의 비과세가 되는 경우는 ‘국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합’에 귀속 또는 기부채납하는 경우로 규정되어 있는 점,
2. OOO는 국립대학법인으로 전환된 이후부터는 민법상 재단법인에 관한 규정을 적용받고 있는 별개의 법인격을 갖춘 학교에 해당하므로 국가 등과는 그 법적․경제적 성격을 같이 하는 것으로 보기 어려운 점,
3. 2020년도 신설된 지방세기본법 제154조는 2011년도 전환 전 국립대학의 지위를 부여받아 비과세 특례를 적용받다가 국립대학법인으로 전환되어 지방세를 부담하게 되는 불형평성을 해결하기 위한 것이므로 그 규정은 국립대학법인이 납세의무자에 해당하는 경우로 한정 적용되는 것이 타당하다고 보이는 점 등에 비추어 청구주장은 받아들이기 어렵다 하겠다. (라) 따라서 처분청이 청구법인에게 이 건 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 등
(1) 지방세기본법(2019.12.31. 법률 제16854호로 일부 개정된 것) 제154조(전환 국립대학법인의 납세의무에 대한 특례) 지방세관계법에서 규정하는 납세의무에도 불구하고 종전에 국립대학 또는 공립대학이었다가 전환된 국립대학법인에 대한 지방세의 납세의무를 적용할 때에는 전환 국립대학법인을 별도의 법인으로 보지 아니하고 국립대학법인으로 전환되기 전의 국립학교 또는 공립학교로 본다. 다만, 전환국립대학법인이 해당 법인의 설립근거가 되는 법률에 따른 교육ㆍ연구 활동에 지장이 없는 범위 외의 수익사업에 사용된 과세대상에 대한 납세의무에 대해서는 그러지 아니하다. ＜신설 2019.12.31.＞ ※ 부칙 제16조(국립대학법인의 납세의무에 대한 적용례) ① 제154조의 개정규정은 이 법 시행 전에 전환된 국립대학법인에 대해서도 적용한다.
② 제154조의 개정규정은 이 법 시행 이후 성립하는 납세의무부터 적용한다.
(2) 지방세법(2020.12.29. 법률 제17769호로 일부 개정되기 전의 것) 제9조(비과세) ② 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 항에서 “국가등”이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(사회기반시설에 대한 민간투자법 제4조 제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다. 이하 이 항에서 “귀속등”이라 한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및 사회기반시설에 대한 민간투자법 제2조 제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과한다.
1. 국가등에 귀속등의 조건을 이행하지 아니하고 타인에게 매각ㆍ증여하거나 귀속등을 이행하지 아니하는 것으로 조건이 변경된 경우
2. 국가등에 귀속등의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우
(3) 국세기본법(2019.12.31. 법률 제16841호로 일부 개정된 것) 제13조(법인으로 보는 단체 등) ⑧ 세법에서 규정하는 납세의무에도 불구하고 전환 국립대학 법인(고등교육법 제3조에 따른 국립대학 법인 중 같은 법 제3조, 제18조 및 제19조에 따른 국립학교 또는 공립학교로 운영되다가 법인별 설립근거가 되는 법률에 따라 국립대학 법인으로 전환된 법인을 말한다. 이하 이 항에서 같다)에 대한 국세의 납세의무(국세를 징수하여 납부할 의무는 제외한다. 이하 이 항에서 같다)를 적용할 때에는 전환 국립대학 법인을 별도의 법인으로 보지 아니하고 국립대학 법인으로 전환되기 전의 국립학교 또는 공립학교로 본다. 다만, 전환 국립대학 법인이 해당 법인의 설립근거가 되는 법률에 따른 교육ㆍ연구 활동에 지장이 없는 범위 외의 수익사업을 하는 경우의 납세의무에 대해서는 그러하지 아니하다.＜신설 2019.12.31.＞
(4) OOO 설립․운영에 관한 법률(2010.12.27. 법률 제10413호로 제정된 것) 제29조(국가 및 지방자치단체의 재정 지원) ① 국가는 국립대학법인 OOO 교육의 질 향상과 국제경쟁력 강화에 기여할 수 있도록 국립대학법인 OOO에 안정적인 재정 지원을 하여야 한다.
② 국가 및 지방자치단체는 법령 및 조례를 통하여 국립대학법인 OOO와 국립대학법인 OOO의 중ㆍ장기적 교육 및 연구 등의 발전과 학생에 대한 장학금 지급에 드는 자금에 충당하기 위하여 별도의 법인으로 설립된 기금에 대하여 각종 제세공과금에 관한 특례를 규정할 수 있다. 제31조(국립대학의 사회적 책무 및 국가의 지원) ① 국립대학법인 OOO는 기초학문 등 필요한 분야의 지원ㆍ육성에 관한 4년 단위의 계획을 수립ㆍ공표하고, 매년 실행계획을 수립ㆍ시행하여야 한다.
② 국가는 제1항에 따른 연도별 실행계획의 시행을 위하여 예산의 범위에서 재정 지원 등 필요한 지원을 하여야 한다.
③ 국립대학법인 OOO는 우수하고 창의적인 인재를 양성하기 위한 교육ㆍ연구 환경을 조성하고, 학비 부담을 최소화할 수 있는 장학ㆍ복지 시책을 수립ㆍ시행하여야 한다.
④ 국가는 국립대학법인 OOO 학생의 경제적 부담과 관련이 없는 자체재원을 확충하기 위한 국립대학법인 OOO의 노력을 장려하여야 한다. ※ 부칙(법률 제10413호, 2010.12.27.) 제8조(국가의 권리ㆍ의무의 승계에 관한 경과조치) ① 국립대학법인 OOO는 종전의 OOO 학교 경영과 관련하여 발생한 국가의 권리ㆍ의무를 포괄 승계한다. 다만, 권리ㆍ의무의 성격상 국립대학법인 OOO가 포괄 승계하는 것이 적절하지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다.
② 제1항 단서에 따른 권리ㆍ의무의 내용 및 귀속 관계는 대통령령으로 정한다.