2014.1.1. 개정된 「지방세법」의 일반적 경과조치에 따라 개정 이후 사업연도의 법인지방소득세 산정시 「조세특례제한법」상 세액감면을 적용할 수 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2015사업연도 법인세 신고를 하면서 조세특례제한법 제6조 제2항(이하 “쟁점감면규정”이라 한다)에 따른 창업벤처중소기업 세액감면을 적용하여 법인세를 신고․납부하였으나 2015사업연도 법인지방소득세 신고․납부시 쟁점감면규정을 적용하지 아니하였다.
• 나. 청구법인은 2021.4.27. 쟁점감면규정을 적용하여 2015사업연도의 법인지방소득세 합계 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2021.6.8. 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.8.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 2014.1.1. 개정된 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것, 이하 “개정 지방세법”이라 한다) 부칙에서는 “종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.”고 규정하고 있는바, 해당 경과규정의 문언과 취지 및 납세자의 신뢰보호를 고려할 때 2014.1.1. 전에 원인행위를 완료하여 법적 지위 또는 법률관계를 형성한 경우에는 개정 지방세법 시행 이후에도 종전 규정을 적용하여 법인지방소득세가 감면되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 지방세 부과는 납세의무 성립당시에 유효한 법령의 규정에 따라 이루어져야 하므로 2015사업연도 법인지방소득세에 적용되는 법령은 2015.12.31. 현재 시행중인 개정 지방세법이다. 2014.1.1. 개정전 지방세법상 법인지방소득세의 산정방식이 법인세액을 법인지방소득세 과세표준으로 삼았던 결과 법인지방소득세 산출시 법인세 감면에 따른 세액감소 효과를 간접적으로 보았던 것뿐이므로, 위 법령에서 법인지방소득세에 대하여도 비과세 내지 감면을 명시적으로 규정하고 있었다고 보기 어려우므로, 이 건 부과처분에 달리 잘못이 없는 것으로 보인다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 2014.1.1. 개정된 지방세법의 일반적 경과조치에 따라 개정 이후 사업연도의 법인지방소득세 산정시 조세특례제한법상 세액감면을 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 2015사업연도 법인세 신고를 하면서 쟁점감면규정에 따른 창업벤처중소기업 세액감면을 적용하여 법인세를 신고․납부하였으나 2015사업연도 법인지방소득세 신고․납부시 쟁점감면규정을 적용하지 아니하였다. (나) 청구법인은 2021.4.27.조세특례제한법상 창업벤처중소기업에 대한 세액감면을 적용하여 2015사업연도의 법인지방소득세 합계 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2021.6.8. 이를 거부하였다. (다) 개정 지방세법 제103조의19는 2014.1.1. 지방소득세를 독립세 방식으로 전환함에 따라 신설된 조문으로, 이에 대한 제정·개정이유는 다음과 같이 나타난다.

• 자. 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세 과세표준은 법인세법과 동일하게 하되, 표준세율을 별도로 정하고 지방자치단체의 조례로 표준세율의 100분의 50의 범위 내에서 세율을 가감할 수 있도록 함(제103조의19 및 제103조의20 신설).

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 청구법인은 이 건 경정청구 거부처분이 부당하다고 주장하나, 법인세 세액공제를 규정한 조세특례제한법에서는 창업벤처중소기업 등 각종 세액공제대상을 법인세에서 공제한다고 규정한 것인데 2014.1.1. 개정전 지방세법상 법인지방소득세의 산정방식이 법인세액을 법인지방소득세 과세표준으로 삼았던 결과 법인지방소득세 산출시 법인세 세액공제에 따른 세액감소 효과를 간접적으로 보았던 것뿐이므로, 위 법령에서 법인지방소득세에 대하여도 비과세 내지 감면을 명시적으로 규정하고 있었다고 보기 어렵고, 지방세법령에서도 달리 세액공제에 관하여 정한 바가 없어 법인세 세액공제에 따른 지방소득세 경감액을 개정된 지방세법부칙 제15조에서 규정한 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세”에 해당한다고 보기 어려우므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제6항, 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법률

(1) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것) 제103조의19(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 법인세법제13조에 따라 계산한 금액(조세특례제한법 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 금액)으로 한다. 제103조의20(세율) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 표준세율은 다음 표와 같다.(표 생략) 제103조의22(세액공제 및 세액감면) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정한다. 이 경우 공제 및 감면되는 세액은 법인지방소득세 산출세액(제103조의31에 따른 토지 등 양도소득, 조세특례제한법 제100조의32 제2항에 따른 미환류소득에 대한 법인지방소득세 세액을 제외한 법인지방소득세 산출세액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 공제한다. 부 칙 제15조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

(2) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것) 제6조[창업중소기업 등에 대한 세액감면] ② 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항에 따른 벤처기업(이하 "벤처기업"이라 한다) 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업 후 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 2015년 12월 31일까지 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 "창업벤처중소기업"이라 한다)의 경우에는 그 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도(벤처기업으로 확인받은 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항을 적용받는 경우는 제외하며, 감면기간 중 벤처기업의 확인이 취소된 경우에는 취소일이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 아니한다.