[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
- 가. 청구법인은 정유정제업 등을 영위하는 법인으로 OOO 일대 토지(이하 “OOO산업단지”라 한다)상에서 연면적 102,428.97㎡ 지하 3층․지상 7층 규모의 산업용 건축물 OOO(이하 “OOO”라 한다)를 신축하는 사업시행자이다.
- 나. 청구법인은 2014.12.31. 이 건 토지 중 획지구역(BL)내 토지인 OOO 9,114㎡, OOO 4,339㎡, OOO 4,166㎡ 합계 17,619㎡(이하 “쟁점1토지(OOO)”라 한다)와 OOO 4,098㎡, OOO 3,664㎡, OOO 3,718㎡ 합계 11,480㎡(이하 “쟁점2토지(OOO)”라 하고, 쟁점1(OOO)․2토지(OOO)를 합하여 이하 “이 건 토지”라 한다)를 각 분양받아 취득한 후, 같은 날 처분청에 이 건 토지의 취득가격인 OOO원을 과세표준으로 하고 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 이전의 것, 이하 같다) 제78조 제4항에 따른 산업단지에서 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산으로 신고하여 (1) 그 취득세 등과 (2) 2015년부터 2019년까지의 재산세 등을 각각 감면(50%)받았고, 이후 청구법인은 2017.7.25. 쟁점2토지(OOO)상에는 산업용(윤활실험동․지원시설 등 OOO㎡ 지하 1층․지상 2층, 화학실험동 지하 1층․지상 2층OOO㎡)용 건축물을 신축하였으나, 나머지 쟁점1토지(OOO)상에는 2017.12.31.까지 착공을 하지 못하였다.
- 다. 처분청은 청구법인이 쟁점1토지(OOO) 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 산업용으로 직접 사용하지 않아 지방세특례제한법제78조 제5항 제1호에 따른 추징사유가 발생한 것으로 보아, (1) 쟁점1토지(OOO)의 취득가격인 OOO원을 과세표준으로 하고, 지방세법제11조 제1항 제7호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO원, 2016년도 재산세 등 OOO원, 2017년 재산세 등 OOO원, 2018년도 재산세 등 OOO원, 2019년도 재산세 등 OOO원(이하 “이 건 재산세”라 한다) 합계 OOO원(이 건 취득세와 재산세를 합하여 이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 2020.12.10. 청구법인에게 각각 부과ㆍ고지하였다.
- 라. 청구법인은 이에 불복하여, 2021.3.9. 이의신청을 거쳐 2021.8.31. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
- 가. 청구법인 주장 청구법인은 석유정제사업 등을 영위하는 법인으로서 향후 종합 에너지․화학사업 등을 추가로 영위하기 위하여 석유화학 분야를 연구할 연구소용 건축물 신축이 필요하여 연구개발업․토탈솔루션(원료․가공․제품설계 등) 기능을 통합한 OOO를 신축하기 위해 이 건 토지를 취득하고, 쟁점2(OOO) 토지상에 산업용 건축물을 우선 신축한 후, 나머지 쟁점1(OOO)토지 상에 순차적으로 해당 건축물을 신축 중에 있었음에도 처분청은 이 건 토지 취득일부터 3년 이내에 쟁점1토지(OOO)상에 건축물을 신축하지 않았다는 이유로 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 다음과 같은 사유로 부당하다.
(1) 청구법인은 이 건 토지를 취득할 당시 OOO가 분양하는 OOO산업단지 내 토지 중 OOO를 수용할 만한 대규모 택지를 희망하였으나 왕복 2차선 도로를 사이에 두고 쟁점1(OOO)․2토지(OOO)가 분리된 토지밖에는 분양받을 수 없어 부득이하게 쟁점1(OOO)․2토지(OOO)를 각각 취득할 수밖에 없었다. (가) 이후 청구법인은 이 건 토지가 비록 도로를 사이에 두고 서로 분리되었다 하더라도 입지상 연접되어 있어 하나의 OOO 조성사업이 가능하다고 판단한 후, 쟁점1토지(OOO)상에는 실험동을, 쟁점2토지(OOO)상에는 연구동을 하나로 묶는 프로젝트를 진행하여 쟁점2토지(OOO)상에 산업용 건축물을 우선 신축하되, 입주계약서(처분청과 OOO이 2014.2.19. 협약)․청구법인 사업계획서․건축허가서(심의서) 등에 따라 나중에 쟁점1토지(OOO)상에 산업용 건축물을 신축한 후 이들 각각의 건축물을 통합하여 사용하는 것으로 프로젝트를 진행하였다. (나) 이에 따라, 쟁점1토지(OOO)상에 산업용 건축물(연구동)이 신축되면 기 신축된 쟁점2토지(OOO)상의 산업용 건축물(실험동)에서 진행 중인 분석기능과 연구인력 등이 위 연구동(OOO)으로 이전하여 연구활동을 수행하게 되고, 위 실험동(OOO)에서는 중합․가공․물성평가 등의 기능이 서로 유기적으로 왕래하는 기능이 수행되며 이를 위해 청구법인은 위 연구동(OOO)․실험동(OOO)간 분리된 기능을 데이터 관리 및 보안 등으로 통합하기 위한 통신케이블 지하연결관로를 설치하는 공사를 시공 중에 있다. (다) 또한, 처분청이 주장하는 쟁점1(OOO)․2토지(OOO)상의 각각의 건축허가서 교부 등은 건축법상의 형식에 따른 것일 뿐 이 건 토지의 취득목적, 사용현황, 경제적 일체성 등을 종합적으로 고려할 때 이 건 OOO 신축사업은 쟁점1(OOO)․2토지(OOO)상에 각각 별개의 기업부설연구소용 건축물을 신축하는 사업이 아니라 경제적 일체성을 가지는 이 건 토지 전체는 하나의 1구의 토지(지방세특례제한법제46조 제1항에 따른 건축물 바닥면적의 7배)로서 2017년 7월에 기 신축완료된 쟁점2토지(OOO)상의 건축물(윤활․화학실험동)과 함께 쟁점1토지(OOO)도 지방세특례제한법제78조 제4항에 따른 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용한 경우에 해당한다.
(2) 청구법인이 이 건 토지를 취득한 후, 그 지상에 하나의 OOO를 신축하려고 하였으나, 분양과정에서 이 건 토지를 일괄하여 취득할 수 없어 부득이 쟁점1(OOO)․2토지(OOO)로 분리하여 취득하였으며, 이후 OOO 신축과정에서 청구법인이 통제할 수 없는 세계유가 시장의 극심한 변동에 따라 당초 계획인 2014년~2017년 신축일정을 변경하여 다소 늦은 2017년~2019년부터 신축공사가 진행될 수 밖에 없었고 이러한 사정을 감안하여 OOO 정책심의위원회에서도 2023년 2월까지 사업연장을 승인까지 하였는바, 설령, 청구법인이 쟁점1토지(OOO)상에 산업용 건축물을 신축하지 못해 해당 용도로 직접 사용하지 못한 것으로 본다 하더라도, 청구법인은 쟁점1토지(OOO)상에서 산업용 건축물을 신축하기 위하여 2017.2.6. 착공신고를 하고, 터파기 공사를 진행하는 등 이후 공사를 계속 진행 중에 있었고, 위와 같은 사유로 처분청으로부터 2023년 2월까지 사업연장 승인을 받은 점 등을 고려할 때, 지방세특례제한법제78조 제5항에 따른 토지 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도대로 직접 사용하려고 하였으나, 외부적 요인 등에 따라 그 유예기간을 경과한 것으로 청구법인이 쟁점1토지(OOO)상에서 산업용 건축물을 신축하지 못한 것에 대하여는 정당한 사유가 있다고 보아야 한다. (3)지방세법(2018.12.31. 법률 제16194호로 개정된 것, 이하 같다) 제106조 제1항에서 재산세 과세대상 토지를 종합합산과세대상·별도합산과세대상·분리과세대상으로 각각 분류하도록 규정하고 있고, 재산세 과세대상 토지 중 재산세가 경감되는 부분의 토지 역시 위 규정에 따른 종합합산과세대상·별도합산과세대상·분리과세대상 중 어느 하나에 반드시 포함되어야 한다고 규정하고 있으며,지방세법제106조 제1항에서지방세법또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지에 대하여는 종합합산과세대상이나 별도합산과세대상으로 보지 않는다고 규정하고 있으므로 재산세가 경감되는 부분의 토지에 대하여는지방세법제106조 제1항 제3호에 따른 분리과세대상에 명시적으로 해당하지 않더라도 정책적인 고려에 따라 마련된지방세법제106조 제1항 제1호 단서 나목 및 제2호 단서의 규정으로 인하여 별도합산과세대상이나 종합합산과세대상이 아닌 분리과세대상으로 보아야 할 것(대법원 2018.11.29. 선고 2018두45725 판결, 같은 뜻임)이다. 따라서, 설령 청구법인이 쟁점1토지(OOO)상에 산업용 건축물을 신축하지 못하여지방세특례제한법제78조 제4항 및 제5항에 따라 해당 용도대로 직접 사용하지 못하였거나 취득세 감면유예 기간을 경과한 정당한 사유에 해당하지 않는다 하더라도 2015년부터 2019년까지의 쟁점1토지(OOO)에 대한 재산세 과세대상 구분은 분리과세대상으로 구분하여 산출한 세액으로 하여 이 건 재산세 부과처분을 경정하여야 한다.
- 나. 처분청 의견 처분청은 청구법인이 쟁점1토지(OOO)에 대하여 그 취득일부터 3년 이내에 산업용 건축물을 신축하지 않아 이 건 취득세 등의 부과처분을 하였는바 이는 다음의 사유와 같이 정당하다.
(1) 청구법인은 이 건 토지는 1구내 사업용 토지로서 하나의 OOO 조성사업용 토지라고 주장하나, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 하여야 하고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결, 같은 뜻임)이다. 건축물의 부속토지란 그 건축물의 효용과 편익을 위해 사용되고 있는 토지를 말하고, 부속토지인지 여부는 필지 수나 공부상의 기재와 관계없이 토지의 이용현황에 따라 객관적으로 결정되는 것이므로 여러 필지의 토지가 하나의 건축물의 부속토지가 될 수 있는 반면, 1필지의 토지라도 그 일부가 건축물의 효용과 편익을 위해서가 아니라 명백히 별도의 용도로 사용되고 있는 경우에는 그 부분은 건축물의 부속토지로 볼 수 없으며(대법원 1995.11.21. 선고 92누3312 판결, 같은 뜻임), 이 건 토지의 3년간 항공사진에 의하면 쟁점1토지(OOO)와 쟁점2토지(OOO)는 10m 도로를 기준으로 물리적 경계로 구분이 되어 있고 청구법인은 2016.12.11. 쟁점2토지(OOO)상에서 착공을 하여 2017.7.25. 예정대로 건축물을 신축한 반면, 쟁점1토지(OOO)는 2017년 2월이 돼서야 주변 경계 펜스를 설치한 후 간헐적으로 공사가 진행되었을 뿐 착공을 하지 않아 취득세 유예기간(3년) 이내에 산업용 건축물로서의 요건을 갖추지 못하였고, 기 신축된 쟁점2토지(OOO)와 경제적 일체성이 있다고 인정하기도 어렵다 할 것이다.
(2) 청구법인은 쟁점1토지(OOO) 취득일부터 3년이 경과할 때까지 산업용 건축물 용도로 직접 사용하지 않은 정당한 사유가 있다고 주장하나, 지방세특례제한법제78조 제4항에서 산업단지에서 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산에 대해 ① 취득세를 면제하는 입법취지는 산업단지를 조성ㆍ입주하여 산업용 건축물 등을 건축하는 경우 취득세를 면제함으로써 산업단지 내 기업 입주를 촉진하고 산업단지의 경쟁력을 높이기 위한 것이고, 아울러 같은 조 제5항에서 감면된 취득세를 추징하기로 한 것은 토지 취득자에게 조속한 산업용 건축물 등의 건축과 영업 착수를 독려함과 동시에 산업용 건축물 등 건축 외에 부동산의 시세 차익을 노리거나 기타 세제상의 혜택만을 활용하고 그 용도를 변경하는 경우 등을 제재하기 위한 목적도 함께 있는 것이라 할 것이고, 여기에서 산업용 건축물 등을 착공하는 시점을 직접 사용의 개시일로 해석할 경우 취득일로부터 3년 이내에 착공하고, 착공 후 2년만 경과하면 그 후 토지를 매각한다 하더라도 취득세를 추징할 수 없게 되어 이를 쉽사리 수용할 수 없는 점, 문리적으로 보더라도 착공 행위는 토지를 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 행위라기보다는 이를 위한 준비행위에 가까운 점, ③지방세특례제한법 시행령제123조에서 법 또는 다른 법령에서의 토지에 대한 재산세의 감면규정을 적용할 때 직접 사용의 범위에는 해당 감면대상 업무에 사용할 건축물을 건축 중인 경우를 포함한다고 규정하고 있으나, 반대 해석상 이러한 규정을 두고 있지 않은 취득세의 경우에는 직접 사용의 범위에 건축물을 건축 중인 경우가 포함되지 않는 것으로 해석함이 타당한 점, ④ 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는 점 등을 종합적으로 고려하면, 산업용 건축물 등을 건축할 목적으로 토지를 취득한 경우에는 산업용 건축물 등에 사용승인을 받은 시점부터 그 토지를 직접 사용하는 것으로 보는 것이 타당하다(대법원 2015.2.12. 선고 2014두43752 판결, 같은 뜻임)고 할 것이다. 청구법인은 세계 유가 시장의 극심한 변동으로 중장기 투자 계획 이행 시기 조율 및 청구인의 OOO를 감안하여 OOO원이 소요되는 OOO 프로젝트 완공 이후 2단계로 OOO 프로젝트 진행 등을 정당한 사유로 주장하고 있으나, 이러한 사정만으로는 청구법인의 최상위 지배기업이 국제유가 형성에 가장 영향력이 큰 OOO인 점 등을 고려하여 볼 때 세계 유가 시장의 변동이 청구인에게 경영상의 위기를 미쳤다기보다는 내부적인 의사결정에 따른 사업 우선순위의 조정으로 밖에는 볼 수 없는 점, 이 건 토지 중 쟁점2토지OOO는 취득일인 2014.12.31.부터 3년 이내인 2017.7.25. 화학실험동과 윤활실험동의 산업용 건축물을 사용 승인받은 점에 비추어 같인 시기에 취득한 쟁점1토지(OOO)에 정상적인 노력을 하였는지를 묻기에 앞서 산업용 건축물 등을 건축할 시간적인 여유가 없었다고 볼 이유도 없는 점, 그 외 청구법인의 주장을 입증할 객관적 사실을 찾아볼 수 없는 점 등을 종합하여 볼 때, 이 건 쟁점1토지(OOO)를 취득세 유예기간(3년) 내에 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것에 대한 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다. (3)지방세법 시행령제102조에서 분리과세대상 토지를 한정적으로 열거하고 있는 이상지방세법제106조 제1항 제1호 나목 및 제2호 단서(이하 “쟁점조항”이라 한다)는 그 경감비율에 해당하는 토지를 종합합산 또는 별도합산과세대상으로 보지 않겠다는 것으로 재산세 경감비율에 해당하는 토지를 제외한 나머지 토지는 종합합산과세대상 또는 별도합산과세대상으로 구분하겠다는 취지로 해석하는 것이 타당하다 할 것이므로 처분청이 이 건 토지 중 경감 비율만큼 토지에 대하여 재산세를 면제하고, 나머지 쟁점1토지(OOO)는 그 현황에 따라 종합합산 등으로 구분하여 이 건 재산세를 부과한 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
(1) 쟁점1토지(OOO)는 기 신축한 산업용 건축물의 1구내에 속하는 부속토지로서 그 취득세 등의 감면대상이라는 청구주장의 당부
(2) 쟁점1토지(OOO)는 감면유예기간(3년) 이내에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부
(3) 쟁점1토지(OOO)는 재산세 분리과세 대상 토지라는 청구주장의 당부
- 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
- 다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료를 보면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 OOO를 본점소재지로 하고, 유제품․가스, 윤활기유․윤활유․그리스, 화학제품 및 관련 제품의 제조․수송․저장 및 매매, 원유․석유제품 등의 수출입업 등의 사업을 영위하기 위하여 OOO 설립된 법인이다. (나) 청구법인은 이 건 토지 취득이전에 동 토지상에 OOO를 신축하기 위하여 다음과 같이 사업계획을 수립하였다. OOO (다) 청구법인은 2013.8.27. OOO에게 OOO일반산업단지 입주의향서를 다음과 같이 제출하였다. OOO (라) 청구법인(“을”)과 공사(“갑”)는 2014.2.19. 다음과 같이 이 건 토지의 분양계약을 체결하였다. OOO (마) 청구법인(“을”)과 OOO시장(“갑”)은 2014년 2월 쟁점1토지(OOO) 및 쟁점2토지(OOO)상에 건축물을 신축한 후 다음과 같이 입주계약을 체결하였다. OOO (바) 건축허가서에 의하면, 처분청(건축과장)은 2015.6.1. 쟁점2토지(OOO)상에 교육연구시설용 건축물 5,378.2㎡, 연면적 34,952.73㎡(사업명칭: OOO 조성사업[연구동], 착공일자 2016.2.11.)를, 같은 날 쟁점1토지OOO상에 교육연구시설용 건축물 4,797.44㎡, 연면적 8,853.13㎡OOO를 각각 신축하는 건축허가OOO를 한 것으로 나타난다. (사) 청구법인은 쟁점2토지(OOO)상에 산업시설용 건축물 등을 신축하기 위하여 2015.6.1. 처분청으로부터 건축허가를 받아 2016.2.11.부터 공사착공을 한 후, 2017.7.25. 지하 1층ㆍ지상 2층 규모의 윤활실험용 건축물 OOO㎡과 지하 1층ㆍ지상 3층 규모의 화학실험용 건축물 OOO㎡를 신축(아래 사실관계 (자)의 현장사진 중 파랑색 부분 참조)하였다. (아) 청구법인은 공사에게 쟁점1토지(OOO)상에서 신축예정인 산업용 건축물의 1차 착공(당초 착공일 2017.2.6.)연기를 신청하였고, 처분청(건축과장)은 2016.5.20. 1차 착공연기(2017.5.31.까지)를 승인하였으며, 이후 청구법인은 2019.10.18. 공사에게 2차로 착공연기를 신청하였고, 이에 공사는 2019.10.30. 제43차 OOO 정책심의위원회OOO 심의를 통해 2020년 12월까지 토목공사 완료를 조건으로 하되, 기한 내에 토목공사를 완료하지 못할 경우 입주계약을 해지하는 조건으로 2023년 2월까지 준공기한을 2차 연장승인하였다. OOO (자) 처분청은 2020.4.28. 현지[쟁점1토지(OOO)]를 출장하여 다음과 같이 출장결과보고서를 작성하였다. OOO (차) 처분청은 청구법인이 쟁점1토지OOO)상에 산업용 건축물을 신축하기 위하여 처분청으로부터 건축허가(2015.6.1.)를 받고 착공신고(2017.2.6.)까지 하였으나, 쟁점1토지(OOO) 취득일(2014.12.31.).부터 3년이 경과한 2020.2.3. 현재까지 착공을 하지 않았다는 의견이며, 그 입증자료로 2017년부터 2019년까지의 현장사진의 제출하였다. OOO (카) 공사도급계약서에 의하면, 청구법인(도급자)과 AAA은 2019년 1월 공사도급계약OOO을, 청구법인(도급과)과 BBB는 2019.1.16. 감리용역3차계약OOO을, 청구법인(도급과)과 BBB는 2020.2.7. 단기감리용역계약OOO을, 청구법인(도급자)과 주식회사 OOO(수급자)는 2020년 5월 쟁점토지상에 토목공사(지하 층 공사 포함)를 위한 공사도급계약OOO을, 청구법인(도급자)과 BBB(수급자)는 2020.5.21. 감리용역4차계약OOO을 각각 체결하였다. (타) 산업단지관리지침제9조 제6항에 의하면, 산업시설구역에서 입주기업체가 제조업을 하면서 도로, 구거 등으로 연접하여 분리된 반대쪽 산업용지에 부대시설을 물리적 또는 기능적으로 설치ㆍ증설하여 해당 제조시설과 연계하려는 경우 산업단지 관리 등에 지장이 초래하지 않고 그 필요성이 인정되는 범위에서 입주계약을 하나로 체결할 수 있다고 규정하고 있다. (파) 청구법인 2019년도 사업보고서(2020.3.30.)에 의하면, 청구법인의 대주주인 CCC는 2015.1.19. 본인 보유주식을 OOO에 전량 매각하여, 같은 날 현재 OOO는 청구법인이 발행한 주식(보통주)의 63.41%의 지분을 보유하였으며, 이에 따라 청구법인의 지배기업은 OOO이고, 최상위 지배기업은 OOO인 것으로 나타난다. (하) 처분청은 2020.7.7. 현지확인을 통하여 청구법인이 쟁점1토지(OOO)상에 산업용 건축물 신축을 위한 착공을 하지 않은 사실을 확인한 후, 지방세특례제한법제78조 제5항 제1호에 따른 추징사유가 발생한 것으로 보아, 2020.8.4. 청구법인에게 쟁점1토지(OOO)의 취득세 등의 과세예고 하였고, 과세전적부심사를 거쳐 2020.12.10. 청구법인에게 쟁점1토지(OOO)에 대한 이 건 취득세 등을 부과ㆍ고지 하였고, 청구법인은 이에 불복하여 2021.3.9. OOO에게 이의신청을 하였으나, OOO은 2021.6.7. 이의신청결정통지(기각)를 하였다. (거) 청구법인은 2020.10.23. 처분청(건축과장)에 쟁점1토지(OOO)상의 산업용 건축물 신축을 위한 공사중단 확인요청을 하였고, 처분청(건축과장)은 2020.10.27. 청구법인에게 다음과 회신하였다. ◯◯◯ (너) 청구법인은 쟁점1토지(OOO)는 기 2017.7.25. 신축한 쟁점1토지(OOO)상의 산업용 건축물(윤활ㆍ화학실험동)과 1구내 토지에 해당한다고 주장하며 다음의 추가 입증자료를 제출하였다.
1. 현장사진에 의하면, 2023년 6월 현재 쟁점1토지(OOO)상에는 산업용 건축물 신축공사(공정율 85%, 마감공사ㆍ조경공사 등)가 진행 중인 것으로 나타난다. ＜현장사진＞ ◯◯◯
2. 처분청 공문(2023년 상반기 도로관리심의 위원회 심의ㆍ조정결과, 2023.2.28.) 및 청구법인 지하연결로 설치공사 계획서 등에 의하면, 청구법인은 쟁점1토지(OOO, 신축 중)ㆍ2토지(OOO, 기 신축)상의 산업용 건축물간에 효율적인 제품개발 업무 수행 및 자료 관리 등을 위해 랜선으로 연결하여 일체성 있는 제품개발이 될 수 있도록 통신케이블 등을 강관을 통하여 총 연장 38m를 지하에 매립(아래 조감도 노란색 부분 참조)하는 방식으로 통신선로를 매립하는 계획 중인 것으로 나타난다. OOO
- 더) 위 사실관계 (가)~(너)의 내용을 종합하면, 청구법인은 이 건 토지를 취득한 후, 취득세 감면 유예기간(3년) 이내에 쟁점1토지(OOO) 토지상에 산업용 건축물을 신축하였으나, 쟁점2토지(OOO)의 경우 위 유예기간을 경과한 2023년 6월 현재까지 그 지상에서 산업용 건축물 신축공사를 진행 중인 것으로 나타나며, 세부 건축일정은 다음과 같다. ＜쟁점1․2토지상 건축경과＞ OOO (러) 입법연혁에 의하면, 지방세법제106조 제1항 제1호 가목 및 나목의 규정은 2019.12.3. 다음과 같은 사유로 개정(삭제)된 것으로 나타난다. ＜개정이유＞ 현행 규정상 이 법 또는 관계법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지 등을 종합합산과세대상 및 별도합산과세대상으로 보지 아니하도록 규정하고 있는 취지는 과세대상 구분 체계상 종합합산과세대상ㆍ별도합산과세대상에서 분리과세대상으로 전환하려는 것이 아니라 경감 비율에 해당하는 만큼을 과세표준에서 차감하려는 것인바, 그 의미를 명확히 하기 위하여 토지에 대한 재산세의 과세대상 구분에 관한 조항에 규정되어 있는 내용을 세율적용에 관한 조항으로 옮겨 규정하려는 것임. ＜신․구조문 대비표＞ 종전 현행 제106조(과세대상의 구분 등) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.
1. 종합합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지는 종합합산과세대상으로 보지 아니한다.
- 가. 이 법 또는 관계 법령에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지
- 나. 이 법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지
2. 별도합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지. 다만, 제1호가목 및 나목에 따른 토지는 별도합산과세대상으로 보지 아니한다. 제106조(과세대상의 구분 등) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.
1. 종합합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지는 종합합산과세대상으로 보지 아니한다.
2. 별도합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지. ＜단서 삭제＞ 제113조(세율적용) ① 토지에 대한 재산세는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 세율을 적용한다.＜단서 신설＞ 제113조(세율적용) ① 토지에 대한 재산세는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 세율을 적용한다. 다만, 이 법 또는 관계 법령에 따라 재산세를 경감할 때에는 다음 각 호의 과세표준에서 경감대상 토지의 과세표준액에 경감비율(비과세 또는 면제의 경우에는 이를 100분의 100으로 본다)을 곱한 금액을 공제하여 세율을 적용한다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점(1)에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 쟁점1토지(OOO)는 기 쟁점2토지(OOO)상에 신축한 산업용 건축물과 같은 경계구역(1구)내에 속하는 부속토지로서 그 취득세 등의 감면대상이라고 주장한다. (나) 지방세법 시행령제101조 제1항에서 법 제106조 제1항 제2호 가목에서 “공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물의 부속토지를 말한다고 규정하면서 그 제1호에서 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시ㆍ특별자치도 및 시지역의 공장용 건축물의 부속토지로서 공장용 건축물의 바닥면적에 제2항에 따른 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 범위의 토지를 규정하고 있고, 제103조 제1항에서 제101조 제1항에 따른 건축물의 범위에는 다음 각 호의 건축물을 포함한다고 규정하면서 그 제3호에서 건축법에 따른 건축허가를 받거나 건축신고를 한 건축물로서 같은 법에 따른 공사계획을 신고하고 공사에 착수한 건축물로서 과세기준일 현재 정당한 사유 없이 6개월 이상 공사가 중단된 경우는 제외한다고 규정하고 있다. (다) 지상정착물의 부속토지란 지상정착물의 효용과 편익을 위해 사용되고 있는 토지를 말하고, 부속토지인지 여부는 필지 수나 공부상의 기재와 관계없이 토지의 이용현황에 따라 객관적으로 결정되는 것이므로, 여러 필지의 토지가 하나의 지상정착물의 부속토지가 될 수 있는 반면, 1필지의 토지라도 그 일부가 지상정착물의 효용과 편익을 위해서가 아니라 명백히 별도의 용도로 사용되고 있는 경우에는 그 부분은 지상정착물의 부속토지라고 볼 수 없다 할 것이다(대법원 1995.11.21. 선고 95누3312 판결, 같은 뜻임). (라) 쟁점2토지(OOO)상의 기존 건축물과 도로를 사이에 두고 있는 쟁점1토지(OOO)를 기존 건축물의 경계구역(1구) 내에 있는 것으로 볼지 여부에 대하여 지방세법령에서 명시적인 규정은 없으나 위 규정과 법리를 종합하면 ① 쟁점1․2토지가 도로․담장 등에 의하여 외형상 분리가 되어 있는 지 여부, ② 쟁점1․2토지와의 거리 ③ 쟁점1․2 토지상의 실제 기능․관리현황 등을 종합하여 쟁점1토지가 사회통념상 기존 건축물(쟁점2토지)과 합하여 유기적인 구역을 이루고 있는지를 종합하여 판단하여야 할 것이다. 청구법인은 처음부터 쟁점1ㆍ2토지상에서 각각 별개의 건축허가를 받았고 쟁점1ㆍ2토지 사이에는 도로가 있으며 서로 경계구역(담장)이 설치된 것으로 보아 외형상 1필지가 아닌 서로 분리된 것으로 보이는 점, 처분청 현지확인과 항공사진에 의하면 청구법인은 쟁점1토지 취득 후 유예기간인 3년이 경과한 2020년도 현재까지도 착공이 이루어지지 않은 것으로 확인되는 점, 청구법인은 쟁점1ㆍ2토지를 취득한 후 먼저 2017년 7월 쟁점2토지(OOO)상에 연구동인 산업용 건축물을 신축하였으나 이로부터 무려 6년이 경과한 심리일 현재까지도 쟁점1토지(OOO)상에 건축물을 준공하지 못하고 있는 점, 현재 쟁점1토지(OOO)상에 신축(공정율 85%) 중인 건축물과 기존 건축물[쟁점2토지(OOO)]간에 지하 통신선 연결 공사를 설치하고 있다는 주장에 대해서도 이러한 사실만으로 쟁점1․2토지가 인적․물적 교류를 통한 하나의 경계구역을 이루고 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 쟁점2토지(OOO)상에 신축된 기존 건축물과 현재 건축물이 신축 중인 쟁점1토지(OOO)는 사회 통념상 하나의 경계구역(1구)으로 볼 만한 사정이 없어 청구주장을 인용하기는 어려우므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
(3) 다음으로 쟁점(2)에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점1토지(OOO)상에 산업용 건축물 등을 신축하지 못한 정당한 사유(유가하락 등)가 있다고 주장한다. (가)지방세특례제한법제78조 제4항에서 제1호 각 목의 지역에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다고 규정하면서 그 제2호 가목에서 산업용 건축물등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제하고, 그 제2호 다목에서 부동산에 대한 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감한다고 각각 규정하고 있다. 한편, 같은 조 제5항에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다고 규정하면서 그 제1호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우를 규정하고 있다. (나) 위 규정에서 “정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우”에는 취득세를 추징하도록 규정하고 있는바, 여기서 정당한 사유라 함은 법령에 의한 금지․제한 등 그 법인 등이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함된다 할 것이고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 부동산의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상․사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 취득자가 부동산을 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 고려하여 판단하여야 할 것이다(대법원 2009.1.15. 선고, 2006두14926 판결, 같은 뜻임). (다) 이 건의 경우, 청구법인은 쟁점1토지상 건축물 신축 공사가 중단된 주요원인은 예기치 못한 유가하락으로 투자금이 부족한 것에 기인한다고 하나 이러한 사유는 청구법인 내부의 사유인 것으로 보이는 반면, 쟁점1토지상에서 착공을 하지 못할 건축법령의 변경 등 처분청의 귀책사유가 확인되지 않는 점, 청구법인은 2019년 10월 처분청으로부터 쟁점1토지상의 건축물 신축공사 연기승인을 받았다 하더라도 이는 감면유예기간(2017년)이 휠씬 경과한 이후의 것으로 정당한 사유 여부 판단에는 아무런 영향이 미치지 못하는 점 등에 비추어, 청구법인은 쟁점1토지를 유예기간 내에 그 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하였으나 그 시간이 부족하여 유예기간을 경과한 것으로 보기 어려우므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
(4) 마지막으로, 쟁점(3)에 대하여 살피건대, 청구법인은 재산세가 경감(50%)되는 토지 이외 나머지 토지에 대해서는 종합 또는 별도합산과세대상 어디에도 해당하지 않으므로 분리과세대상인 것으로 보아야 한다고 주장한다. (가)지방세법(2019.12.3. 법률 제16663호로 개정되기 이전의 것) 제106조 제1항에서 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다고 규정하면서 그 제1호에서 종합합산과세대상을 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지로 보되 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지는 종합합산과세대상으로 보지 아니한다고 규정하면서 그 가목에서 이 법 또는 관계 법령에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지를 그 나목에서 이 법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지를 각각 규정하고 있다고 그 제2호에서 별도합산과세대상을 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지로 보되 제1호 가목 및 나목에 따른 토지는 별도합산과세대상으로 보지 아니한다고 각각 규정하고 있다. (나) 한편, 지방세법(2019.12.3. 법률 제16663호로 개정된 것) 제106조 제1항에서 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다고 규정하면서 그 제1호에서 종합합산과세대상을 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지로 규정하고 있고, 제113조 제1항 본문 단서 에서 이 법 또는 관계 법령에 따라 재산세를 경감할 때에는 다음 각 호의 과세표준에서 경감대상 토지의 과세표준액에 경감비율(비과세 또는 면제의 경우에는 이를 100분의 100으로 본다)을 곱한 금액을 공제하여 세율을 적용한다고 규정하고 있다. (다) 문언적 측면에서 위 (가)의 규정은 재산세가 경감되는 토지(경감비율에 해당하는 토지)를 종합합산과세대상 또는 별도합산과세대상으로 보지 않겠다는 것일 뿐 재산세가 경감되지 않는 나머지 부분(쟁점토지)을 분리과세대상으로 구분한다는 것은 아닌 점, 위 (가)의 규정을 종합합산과세대상 또는 별도합산과세대상이 아닌 경우 분리과세대상으로 구분한다는 의미로 해석한다면지방세법 시행령제102조 제1항에서 열거하고 있는 분리과세대상토지에 해당하지 않는 쟁점1토지(OOO)의 경우에는 과세대상 구분체계(종합합산, 별도합산, 분리과세) 어디에도 속하지 않는 논리적 모순이 발생하는 점, 2019.12.3.지방세법이 개정되면서 재산세가 경감되는 토지는 분리과세대상으로 전환하는 취지가 아님을 명확히 한 점, 종합토지세가 신설된 1989년부터 현재까지 약 30년간 재산세 경감비율을 먼저 과세표준 합산에서 제외하고 나머지 부분에 대하여 그 현황 등에 따라 종합합산과세대상․별도합산과세대상․분리과세대상으로 구분하여 재산세 등을 부과하고 있는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점1토지(OOO)를 그 현황에 따라 별도합산과세대상 또는 종합합산과세대상으로 구분하여 이 건 재산세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제7항과 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령
(1) 지방세법(2019.12.3. 법률 제16663호로 개정되기 전의 것) 제106조(과세대상의 구분 등) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.
1. 종합합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지는 종합합산과세대상으로 보지 아니한다.
- 가. 이 법 또는 관계 법령에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지
- 나. 이 법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지
2. 별도합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지. 다만, 제1호가목 및 나목에 따른 토지는 별도합산과세대상으로 보지 아니한다.
- 가. 공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지
- 나. 차고용 토지, 보세창고용 토지, 시험ㆍ연구ㆍ검사용 토지, 물류단지시설용 토지 등 공지상태(空地狀態)나 해당 토지의 이용에 필요한 시설 등을 설치하여 업무 또는 경제활동에 활용되는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지
- 다. 철거ㆍ멸실된 건축물 또는 주택의 부속토지로서 대통령령으로 정하는 부속토지
3. 분리과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호·지원 또는 중과가 필요한 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지.
- 가. 공장용지ㆍ전ㆍ답ㆍ과수원 및 목장용지로서 대통령령으로 정하는 토지
- 아. 그 밖에 지역경제의 발전, 공익성의 정도 등을 고려하여 분리과세하여야 할 타당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지
(2) 지방세법(2019.12.3. 법률 제16663호로 개정된 것) 제106조(과세대상의 구분 등) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.
1. 종합합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지.
2. 별도합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지.
- 가. 공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지
- 나. 차고용 토지, 보세창고용 토지, 시험ㆍ연구ㆍ검사용 토지, 물류단지시설용 토지 등 공지상태(空地狀態)나 해당 토지의 이용에 필요한 시설 등을 설치하여 업무 또는 경제활동에 활용되는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지
- 다. 철거ㆍ멸실된 건축물 또는 주택의 부속토지로서 대통령령으로 정하는 부속토지 제113조(세율적용) ① 토지에 대한 재산세는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 세율을 적용한다. 다만, 이 법 또는 관계 법령에 따라 재산세를 경감할 때에는 다음 각 호의 과세표준에서 경감대상 토지의 과세표준액에 경감비율(비과세 또는 면제의 경우에는 이를 100분의 100으로 본다)을 곱한 금액을 공제하여 세율을 적용한다.
(3) 지방세법 시행령(2018.12.31. 대통령령 제29437호로 개정된 것) 제103조(건축물의 범위 등) ① 제101조 제1항에 따른 건축물의 범위에는 다음 각 호의 건축물을 포함한다. 3.건축법에 따른 건축허가를 받거나 건축신고를 한 건축물로서 같은 법에 따른 공사계획을 신고하고 공사에 착수한 건축물[개발사업 관계법령에 따른 개발사업의 시행자가 소유하고 있는 토지로서 같은 법령에 따른 개발사업 실시계획의 승인을 받아 그 개발사업에 제공하는 토지(법 제106조 제1항 제3호에 따른 분리과세대상이 되는 토지는 제외한다)로서 건축물의 부속토지로 사용하기 위하여 토지조성공사에 착수하여 준공검사 또는 사용허가를 받기 전까지의 토지에 건축이 예정된 건축물(관계 행정기관이 허가 등으로 그 건축물의 용도 및 바닥면적을 확인한 건축물을 말한다)을 포함한다]. 다만, 과세기준일 현재 정당한 사유 없이 6개월 이상 공사가 중단된 경우는 제외한다.
(4) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
8. "직접 사용"이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다. 제46조(연구개발 지원을 위한 감면) ① 대통령령으로 정하는 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 조에서 같다)에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 2016년 12월 31일까지 각각 경감한다. 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다.
1. 대상 지역
- 가. 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지
- 나. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 따른 유치지역
- 다. 산업기술단지 지원에 관한 특례법에 따라 조성된 산업기술단지
2. 감면 내용
- 가. 산업용 건축물등을 건축하려는 자[공장용 건축물(건축법제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다]가 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.
- 나. 산업단지등에서 산업용 건축물등을 대수선하여 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세의 100분의 50을 경감한다.
- 다. 가목의 부동산에 대한 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다.
⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우
(5) 지방세특례제한법 시행령 (2014.12.31. 대통령령 제25958호로 개정되기 전의 것) 제23조(기업부설연구소) ① 법 제46조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 기업부설연구소”란 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조 제1항 제2호에 따른 기준을 갖춘 연구소로서 같은 법 시행령 제16조에 따라 미래창조과학부장관에게 신고하여 인정을 받은 것을 말한다. 제29조(산업용 건축물 등의 범위) 법 제58조 제3항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 건축물"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물을 말한다.
1. 산업입지 및 개발에 관한 법률 제2조에 따른 공장ㆍ지식산업ㆍ문화산업ㆍ정보통신산업ㆍ자원비축시설용 건축물 및 이와 직접 관련된 교육ㆍ연구ㆍ정보처리ㆍ유통시설용 건축물
3. 산업기술단지 지원에 관한 특례법에 따른 연구개발시설 및 시험생산시설용 건축물 제123조(직접 사용의 범위) 법 또는 다른 법령에서의 토지에 대한 재산세의 감면규정을 적용할 때 직접 사용의 범위에는 해당 감면대상 업무에 사용할 건축물을 건축 중인 경우를 포함한다.