청구법인이 쟁점호실을 취득일부터 5년 이내에 지식산업센터 외의 다른 용도(임대)로 사용한 것으로 보아 감면한 취득세 등을 추징한 처분의 당부

[참조결정] 조심2017지0344 / 조심2015지0157

[주 문] OOO이 2021.6.28. 청구법인에게 한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2020.1.3. OOO건물 OOO㎡ 및 그 부속토지 OOO㎡(이하 “쟁점호실”이라 한다)를 취득한 후, 지방세특례제한법(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제58조의2 제2항의 규정에 따라 지식산업센터를 최초로 분양받은 입주자가 지식산업센터용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 취득세의 100분의 50을 경감받았다.
• 나. 처분청은 2021.6.28. 청구법인이 쟁점호실을 주식회사 AAA(이하 “AAA”이라 한다)에게 임대하는 등 취득한 날부터 5년 이내에 쟁점호실을 지식산업센터 외의 다른 용도로 사용한 것으로 보아, 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(가산세 포함)을 부과․고지(이하 “이 건 부과처분”이라 한다)하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.7.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 처분청은 현지확인을 통해 AAA의 직원이 쟁점호실에서 근무 중이고, 쟁점호실 입구에 AAA의 간판이 있었다는 사유로, 청구법인이 쟁점호실을 지식산업센터 외의 다른 용도로 사용한 것으로 보아 취득세 등을 추징하였으나, 청구법인은 쟁점호실을 임대 등의 다른 용도로 사용한 것이 아니라, 처분청 현지확인 당시 반도체 장비 및 전자부품 제조업을 운영하고 있는 청구법인은 코로나 위기 속에서 또 다른 활로를 모색하고자 추가로 그래핀 소재 개발․양산을 위하여 AAA와 협력 중에 있었다. 즉, AAA의 직원이 청구법인과 공동연구 및 개발활동을 위해 필요시 쟁점호실에 가끔 드나들었던 것이다. 또한, 처분청은 쟁점호실의 입구에 AAA의 간판이 설치되어 있었다고 하나, 이는 사업장의 간판이 아니라 AAA의 기술력을 검증받기 위해 타 기관에서 원활히 찾아오도록 하기 위해 출입구에 가로 45Cm, 세로 15Cm의 상호를 기재하여 한시적으로 부착했던 것이고, 심판청구일 현재는 설치되어 있지도 않다. AAA가 쟁점호실을 기반으로 하여 우편물을 수취한 적도 없고, 통신요금, 각종 공과금 등을 납부한 적도 없다. 결국 쟁점호실은 AAA가 사업장으로 사용되는 곳이 아니다. AAA는 OOO주변에 본사를 둔 회사이며, AAA의 소속 임직원은 총 4명으로 AAA의 임직원이 쟁점호실에 상주하면서 근무를 할 만한 인력이 없다. 조세심판원은 사업의 필요에 의하여 타 법인의 직원들에게 일시적으로 사용하게 하였다는 사실만으로 지식산업센터 외의 다른 용도로 사용하였다고 보기는 어렵다는 결정(조심 2017지344, 2017.8.7.)을 한바 있다. 청구법인 또한 쟁점호실에 대하여 AAA와 어떠한 임대차계약을 체결한 사실이 없고, 일시적으로 공동연구 등 필요에 따라 AAA의 직원이 일시적으로 사용하였을 뿐이다. 따라서, 처분청이 쟁점호실을 다른 용도(임대)로 사용한 것으로 보아 이 건 부과처분을 한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 쟁점호실에 대하여 임대차 계약을 하지 않았으며, “일시적으로 사용한 경우 다른 용도로 사용하였다고 보기는 어렵다”라고 결정한 사례(조심 2017지344, 2017.8.7.)와 동일하다고 주장하고 있으나, 감면제도는 그 자체가 일반납세자와의 과세형평에 있어서 불공평한 제도로 특별히 공익적 목적이 있는 경우에 한하여 일정 조건을 붙여 감면하는 것으로, 지방세특례제한법 제58조의2 제2항 제1호에서 규정하는 “다른 용도에 사용하는 경우”는 취득한 지식산업센터용 부동산을 제3자에게 임대하여 사용하게 하는 경우도 해당한다 할 것(조심 2015지157, 2015.5.27.)이며, 그 임대가 무상이라 하더라도 달리 볼 수 있는 것은 아니라 할 것(대법원 2010.8.26. 선고 2009두21963 판결)인바, 청구법인은 쟁점호실을 공동연구 등을 위해 AAA의 직원이 사용하고 있으며, AAA의 기술력을 검증받기 위해 타 기관에서 원활히 찾아오도록 출입구에 간판을 설치하였다고 주장하는 점, 쟁점호실은 지식산업센터 사후관리대상으로 2021.4.5. 현장조사한 결과, 청구법인의 간판과 동일한 크기의 AAA의 간판이 존재하고, AAA의 직원이 현장에 상주하는 것이 확인되는 점에 비추어 볼 때, 청구법인은 쟁점호실을 다른 용도(임대)로 사용한 경우에 해당한다 할 것이다. 따라서, 처분청이 청구법인에게 이 건 부과처분을 한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인이 쟁점호실을 취득일부터 5년 이내에 지식산업센터 외의 다른 용도(임대)로 사용한 것으로 보아 감면한 취득세 등을 추징한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세기본법 제17조(실질과세) ② 이 법 또는 지방세관계법 중 과세표준 또는 세액의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질내용에 따라 적용한다.

(2) 지방세특례제한법(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정되기 전의 것) 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다. 제58조의2(지식산업센터 등에 대한 감면) ② 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의4에 따라 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 설립한 자로부터 최초로 해당 지식산업센터를 분양받은 입주자(중소기업기본법 제2조에 따른 중소기업을 영위하는 자로 한정한다)에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 2019년 12월 31일까지 사업시설용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.

• 가. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
• 나. 그 취득일부터 5년 이내에 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2016.3.28. OOO를 본점 소재지로 하여 설립된 법인으로, 2020.1.3. 주식회사 BBB으로부터 쟁점호실을 분양받아 분양금액인 OOO원을 과세표준으로 하여 취득세 등 OOO원을 신고․납부하였고, 그 후 처분청은 청구법인이 제조업(측정검사 장비 제조 등)을 영위하기 위하여 쟁점호실을 취득하였다고 보아 취득세 등 OOO원을 환급하였다. (나) 그 후 처분청은 2021.4.5. 지식산업센터 감면 사후관리 목적으로 쟁점호실에 현지 출장하여, 쟁점호실 입구에 청구법인과 동일한 크기의 AAA의 간판이 존재하고, AAA의 직원이 현장에 상주하고 있다는 정황에 기초하여 청구법인이 쟁점호실을 AAA에게 임대하는 등 취득한 날부터 5년 이내에 쟁점호실을 지식산업센터 외의 다른 용도로 사용한 것으로 보아, 2021.6.28. 청구법인에게 이 건 부과처분을 하였다. (다) 처분청의 임차현황 자료 요청(세무과-8383, 2021.4.14.)에 대하여 AAA는 2021.4.26. “청구법인과의 협력 관계로 청구법인이 소유한 호실 중 일부를 필요시 사용하고 있다”고 회신하였다. (라) AAA는 2017.9.20. OOO를 사업장 소재지로 하고, 업태는 “제조업, 도매업 등”으로, 종목은 “그래핀 소재 및 장비, 유기발광다이오드 디스플레이 등”으로 하여 사업자등록을 하였으며, 4대 사회보험 사업장 가입자 명부상 직원은 총 4명으로 기재되어 있고, 그 밖에 AAA가 본점 또는 지점을 쟁점호실로 이전한 사실은 나타나지 않는다. (마) 우리 원 조사담당자가 2022.7.6. 처분청 담당공무원과 통화한 결과, 처분청 담당공무원은 출장당시(2021.4.5.) 상황에 대하여 “ⅰ) 쟁점호실이 소재한 OOO안내판에는 청구법인의 간판이, 쟁점호실 입구에는 AAA의 간판이 각 설치되어 있었고, ⅱ) 쟁점호실에 대한 청구법인과 AAA 간 임대차 계약서는 발견하지 못하였으며, ⅲ) 쟁점호실에 대한 관리비는 청구법인이 납부하였고, ⅳ) 쟁점호실 안에는 3～4명이 근무하고 있었는데, 그 중 1명은 AAA의 연구원으로 확인되었고, 나머지 인원의 소속은 알 수 없었다”고 답변하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 지방세특례제한법 제58조의2 제2항 제1호 나목에서 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의4에 따라 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 설립한 자로부터 최초로 해당 지식산업센터를 분양받은 입주자(중소기업기본법 제2조에 따른 중소기업을 영위하는 자로 한정한다)에 대해서는 사업시설용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서 취득세의 100분의 50을 경감하되, 그 취득일부터 5년 이내에 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 경감된 취득세를 추징하도록 규정하고 있다. (나) 처분청은 청구법인이 쟁점호실을 지식산업센터용으로 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산으로 보아 취득세를 경감받았음에도 불구하고, 이를 타 법인인 AAA에 임대하는 등 취득일부터 5년 이내에 다른 용도로 사용하는 경우에 해당한다고 보아 이 건 부과처분을 하였다. (다) 청구법인은 쟁점호실을 임대 등 다른 용도로 사용한 것이 아니라, 코로나 위기로 인한 종전 사업의 정체 상태를 극복하고자 그래핀 소재 개발․양산 등 새로운 사업을 위해 AAA와 협력하는 과정에서 쟁점호실을 일시적으로 사용하게 하였다는 취지로 주장한다. (라) 살피건대, 이 건의 경우 ① 처분청은 쟁점호실 입구에 AAA의 간판이 있었다는 점을 과세근거로 제시하였는데, 쟁점호실이 있는 빌딩의 1층 입구에는 청구법인의 간판은 존재하지만 AAA의 간판은 설치되지 않은 것으로 보이는 점,

② 또한, 처분청은 현지확인 당시 쟁점호실 안에 타 법인 직원 3～4명이 근무하고 있다는 사실로 보아 쟁점호실을 AAA에게 임대하였을 것으로 추정하였는데, OOO에 사업장을 가지고 있는 AAA가 대전사업장을 비워두고 전 직원 4명이 쟁점호실에서 상주하였다고 보기는 무리가 있어 보이는 점,

③ 청구법인이 쟁점호실을 AAA에게 임대하였다고 보려면 관련 임대차 계약서가 존재하였을 것인데 이를 확인하지 못하였고, 설령 구두로 임대차 계약을 체결하고 이를 무상으로 임대하였다고 보더라도 관리비 등은 임차인이 부담하는 것이 통상적인데, 이 건의 경우 쟁점호실에 대한 관리비 부담주체가 AAA가 아닌 청구법인으로 나타나는 점 등에 비추어, 청구법인은 신규 사업 추진을 위해 협력차원에서 쟁점호실을 협력사인 AAA의 직원에게 일시적으로 사용하게 한 것으로 보인다. 그렇다면, 사업의 필요에 의하여 쟁점호실을 타 법인과 협력을 위해 타 법인의 직원이 한시적으로 사용하였다는 사실만으로 쟁점호실을 임대하는 등 지식산업센터 외의 다른 용도로 사용하였다고 보기는 어렵다(조심 2017지344, 2017.8.7., 같은 뜻임) 하겠다. 따라서, 처분청이 쟁점호실을 취득일부터 5년 이내에 지식산업센터 외의 다른 용도(임대)로 사용한 것으로 보아 청구법인에게 이 건 부과처분을 한 것은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제96조 제6항, 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.