조세심판원 심판청구 법인세

청구법인이 쟁점토지의 취득일로부터 3년 이내에 산업단지를 조성하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부

사건번호 조심 2021지2877 선고일 2022-12-07 조세심판원

[요지] 이 건 산업단지 조성을 위해 최초로 취득한 시점 이후 10여년이 경과한 이 건 조세심판관 회의일 현재까지도 산업단지 조성인가가 나지 않은 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점토지를 취득하고 유예기간에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 보기 어려우므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

  • 가. 청구법인은 2013.6.13.~2016.2.3. OOO일원의 토지 OOO㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 OOO(이하 “이 건 산업단지”라 한다)를 조성할 목적으로 취득(협의매수 및 수용재결 등)하고지방세특례제한법제78조 제1항에 따라 산업단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산으로 처분청에 신고하여 취득세 등 합계 OOO원을 감면받았다.
  • 나. 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 취득하고 3년 이내에 산업단지를 조성하지 아니하자 정당한 사유 없이 산업단지를 조성하지 아니한 것으로 보아, 2021.1.10. 기 감면한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 부과·고지하였다. <취득세 등 부과 내역> (단위: 원)
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.2.17. 이의신청을 거쳐 2021.7.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 산업단지를 조성하기 위한 대상 토지를 수용하는 과정에서 매도인의 이의재결 및 행정소송 제기 등으로 사업 진행이 상당기간 지연되었다. 최종적으로 변경된 산업단지계획이 2014년 4월 승인 및 고시되었으나, 대상 토지 중 일부에 대하여 보상계약이 미체결됨에 따라, 청구법인은 2014년 11월 재 보상협의를 요청하였다. 그러나, 원만한 보상협의가 이루어지지 않아, 매도인 및 청구법인은 2015년 12월 OOO에 토지 등에 대한 수용재결을 신청하였고, OOO는 보상금을 더 지급할 것을 재결하면서 2016년 2월에서야 토지 소유권이 청구법인에게 이전되었다. 산업단지계획이 최종 승인된 일자로부터 약 2년이 경과한 후에야 청구법인으로 토지 소유권이 이전되었고, 그 이후에도 토지 매도자의 손실보상금 증액 관련 행정소송 제기 및 이의재결 신청이 여러 건 발생하였다. 이에 따라, 청구법인은 토지 소유권을 이전 받은 시점으로부터 약 2년이 추가적으로 경과한 2018년 6월에 최종적인 법원 화해권고 결정에 따라 토지를 용도에 직접 사용할 수 없었던 사유가 일부 종료되었다. 우선, 청구법인이 토지 매수 협의에 지속적인 노력을 기하였음에도 불구하고, 산업단지계획의 대상 토지의 최초 취득일이 2013년 6월부터 최종 취득일이 2016년 2월인바, 취득세 감면 대상이자, 산업단지를 조성하기 위한 토지를 취득하는 기간만 산정하더라도 약 3년이 소요되었다.지방세특례제한법상 3년의 유예기간을 준 것은 공사 진행 기간을 크게 염두한 것으로 보이는데, 장기간에 걸쳐 토지 취득이 이루어진 경우에 대상이 되는 토지 전체를 취득한 시점인 2016년을 기산점으로 고려하지 않는다면, 산업단지 조성에 혜택을 부여하고자 하는 당초 입법 취지와 부합하지 않는다. 또한, 청구법인이 쟁점토지의 소유권을 최종적으로 이전 받은 시점 이후에도 토지 소유권에 대한 행정소송이 종결되기까지 약 30개월이 추가 소요된바, 당초 취득세 감면시 부여하는 3년의 유예기간 중 30개월이 차지하는 비중은 상당하다. 청구법인이 2015년 12월 협의매수가 원활히 진행되지 않아 OOO수용재결을 신청하였음에도 불구하고, 행정소송 종결까지 상기의 기간이 소요되었다. 산업단지를 조성하는 과정에서 협의 과정상 장애나 소송 등은 발생 개연성이 흔한 일반적인 문제로, 충분히 예측가능한 사안이라 할지라도, 3년의 기간을 훨씬 초과하여 소요되는 경우는 흔하지 않을 뿐더러 쉽게 예측되는 경우라고 할 수 없고, 이의재결 및 행정소송이 기업 내부의 자금이나 수익 상의 문제라고 할지라도, 청구법인은 최근에도 OOO공장 생산 중단 및 대규모 정리해고를 단행하는 등 회사 경영상 금전적 어려움이 많았던 현실적인 사안을 고려하였을 때, 상기 장애 사유를 단순하게 수익 상의 문제 등으로 쟁점토지를 목적사업에 직접 사용하기를 포기한 것으로 보기 어렵다.

(2) 청구법인은 산업단지계획을 승인받기 위해 사전적으로 환경보전방안 검토 및 검토서를 제출하였고 당시 환경영향평가 협의가 완료되었음에도 불구하고,환경영향평가법제32조 제1항 제1호에 따라 산업단지계획 승인 이후 5년 내 사업을 착공하지 아니한 경우에 해당하여 재협의가 추가적으로 이루어진 것이다. 산업단지계획이 2014년 4월 최종 승인되었음에도 불구하고, 토지 매도인의 이의재결 및 행정소송 제기 등으로 공사 착공이 불가능한 채 약 3년이 경과하였고, 2017년 11월 환경영향평가 재협의가 논의되었으며, 2018년 1월 환경영향평가 항목 등의 결정내용이 공개되었다. 이의재결 및 행정소송 등의 사유로만 공사 착공이 5년 지연됨에 이어, 그로 인해 파생되는 법적 절차가 추가된 바, 착공에 추가적인 기간이 소요되었다. 그럼에도 불구하고, 청구법인은 2018년 5월 환경영향평가서 초안을 제출하였고, 최종적인 환경영향평가 절차가 2019년 6월 완료되기까지 약 12개월 정도 소요되었는바, 이는 다른 일반산업단지의 환경영향평가 사례에 비추어 보면 통상적인 수준으로 소요된 것이라 할 것이다. 청구법인은 환경영향평가법에 따른 법적 의무이행 절차와 통상적인 소요기간을 미리 파악하고 있었음에도 불구하고, 사전적으로 예측할 수 없었던 비경상적인 사건이 발생하였고, 이에 따른 공사 착공이 지연된바, 이는 청구법인의 내부적인 귀책사유로만 볼 수 없고 정당한 사유가 있는 것으로 보아야 한다.

(3) 청구법인은 산업단지 대상이 되는 쟁점토지 중 일부를 최초 취득한 시점인 2013년 6월 이후 취득 목적대로 사용하고자 2013년 7월 송수관 부설 공사 및 2014년 6월 가압장 및 배수지 영상감시장치 제작설치 공사에 대한 입찰을 공고하였고, 이는 청구법인이 당초 산업단지 대상이 되는 쟁점토지 전체를 취득하기까지 약 3년의 시간이 소요될 것이라고 예측하지 못했던바, 쟁점토지 취득 완료시 관련 공사 진행에 차질이 없도록 사전적인 계획하에 충분한 노력을 기울였다. 청구법인이 산업단지조성 대상 토지를 취득한 최초 시점 이후, 2013년 10월 산업단지계획 변경이 승인 및 고시되었고, 지적분할측량 결과에 따라 2014년 4월 추가적인 변경 승인 및 고시가 있었으며, 산업단지 사업계획 변경승인을 받기 위하여 행정절차 등을 진행하는 과정에서는 약 6개월 정도만 소요된바, 유예기간 내 회사 내부적인 귀책사유로 인한 장기간 공사 지연은 없었다. 또한, 청구법인은 토지 소유권 관련 행정소송이 최종 종료된 2018년 6월 즉시 공사 착공을 위한 절차를 진행하고자, 2018년 8월 건설공사 도급자 선정 및 도급계약에 대한 내부 품의를 통해 11월 계약을 체결하였고, 2018년 12월 착공계를 제출하였다. 청구법인은 행정소송으로 인한 환경영향평가 재협의로 실제로는 2019년 7월에야 산업단지 조성공사를 착공하였으나, 1년이 경과한 시점에 공사 진행률이 50%정도인 바, 실질적인 공사 진행 기간을 고려하였을 때 유예기간은 3년 이내라고 할 것이고, 뿐만 아니라, 착공계를 제출한 일자로부터 준공일자까지 소요된 기간이 실질적인 공사 진행기간임을 고려할 때, 인근 타 산업단지OOO의 공사 진행 기간(약 3년∼4년 5개월)에 비하여 청구법인은 경영상 어려움을 겪었음에도 불구하고 신속히 조성공사를 진행하고 있고 산업단지 조성을 위하여 진지한 노력을 다 하였으므로 이 건 취득세 부과처분은 부당하다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 쟁점토지를 취득하는 과정에서 이의재결 및 행정소송은 금액에 관한 문제로 기업 내부의 자금이나 수익상의 문제이고, 산업단지를 조성하는 과정에서 협의 과정상 장애나 소송 등은 발생 개연성이 흔한 일반적인 문제로, 이는 충분히 예측 가능하다.

(2) 환경영향평가 재협의는 산업단지계획 승인 후 5년이 도과되도록 청구법인이 조성사업에 착공하지 아니하여 발생한 것으로, 청구법인이 쟁점토지를 취득하기 전부터 해당 법령 규정(환경영향평가법제32조 제1항 제1호)에서 이미 재협의 조건이 명시되어 있어 이를 충분히 예측할 수 있어 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다.

(3) 청구법인은 산업단지조성계획을 승인을 받은 후 6차례에 걸쳐 변경신청을 하여 그 개발기간을 연장하였는데, 그 원인의 대부분(4회)이 보상 협의 지연에 따른 소송 등으로 청구법인의 자금 사정이나 수익 상의 문제에서 기인한 것이다.

(4) 사업시행자인 청구법인은 산업단지 개발사업의 신속하고 효율적인 수행을 위해, 산업단지 개발사업에 필요한 토지 등을 수용할 수 있는 권한이 있고, 협의매수가 잘 진행되지 않을 경우 OOO에 조속히 수용재결도 신청할 수 있었음에도, 청구법인은 산업단지조성계획 고시일부터 5년이 도과한 시점(2015.12.14.)에 이를 신청하였다.

(5) 환경영향평가 재협의 기간에 있어서도 인근 산업단지인 OOO의 경우 협의 초안 접수부터 완료시까지 각 4∼5개월간 신속히 진행한 것에 비해 청구법인의 경우에는 약 12개월이나 소요되었다. 이는 인근 산업단지 보다 그 소요기간이 2∼3배 더 길고, 인근 OOO의 경우 산업단지조성계획 승인은 청구법인보다 3∼4년 더 늦게 받았지만, 토지 취득일부터 1년 이내에 공사 착공계를 제출하고, 신속히 공사를 진행하여 조성사업을 이미 완료하였다. 반면, 청구법인의 경우 착공계를 토지 취득일부터 짧게는 3년 길게는 7년이 도과한 2019.6.28.에 이르러서야 제출하였고, 사업 완료도 그로부터 4∼8년이 도과한 시점인 2022.6.30.에 준공 인가될 예정인 점으로 볼 때 청구법인이 산업단지조성 사업을 진행하기 위한 노력이나 어떠한 의지도 찾아볼 수가 없어 정당한 사유가 존재한다고 볼 수 없으므로 이 건 취득세 부과처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁점 청구법인이 쟁점토지의 취득일로부터 3년 이내에 산업단지를 조성하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부
  • 나. 관련 법률

(1) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ①산업입지 및 개발에 관한 법률제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는산업기술단지 지원에 관한 특례법제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대하여는 2014년 12월 31일까지 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

(2) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ①산업입지 및 개발에 관한 법률제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는산업기술단지 지원에 관한 특례법제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대해서는 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60)를 각각 2016년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2009년 11월, OOO에 산업단지조성 계획을 승인신청하였고, OOO는 2010.5.4. OOO로 이를 승인·고시하였다. <이 건 산업단지 승인고시 내역> (나) 청구법인은 2011.12.5.~2016.2.3. 쟁점토지에 이 건 산업단지를 조성할 목적으로 취득(협의매수 및 수용재결 등)하고 산업단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산으로 처분청에 신고하여 취득세 등 을 감면받았다. (다) 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 취득하고 3년 이내에 산업단지를 조성하지 아니하자 정당한 사유 없이 산업단지를 조성하지 아니한 것으로 보아, 기 감면한 취득세 등을 부과하였다. (라) 이 건 산업단지조성계획은 최초 승인·고시(2010.5.4.)된 이후 2013.10.9.부터 2020.12.30.까지 6차례에 걸쳐 변경승인·고시되었고, 2차례(2013년, 2014년)는 면적변경을 신청하여 승인·고시되었으며, 나머지 4차례는 토지 및 지장물 보상 협의 지연, 환경영향평가 재협의 등으로 인해 산업단지 개발기간을 연장하고자 변경신청하여 이를 승인받았다. <이 건 산업단지 변경승인·고시 내역> (마) 청구법인은 이 건 산업단지를 조성하기 위하여 쟁점토지를 수용하는 과정 및 취득이 완료된 이후에 아래와 같이 매도인의 이의재결 및 행정소송 제기 등으로 사업 진행이 지연되었다고 주장하고 있다. <쟁점토지 수용 관련 행정소송 및 이의재결 진행 내역> (바) 청구법인은 2013년 6월과 8월 환경보전방안 보완자료를 제출하고, 2013년 10월 환경영향평가 협의를 완료하였으나, 산업단지계획의 변경 고시로 인한 재협의 및 토지 매도자의 이의재결 및 행정소송 등으로 공사 착공 지연으로 환경영향평가 재협의를 진행하여 2019.6.18. 최종 재협의를 완료하였다. <환경영향평가 절차 진행 내역> (사) 청구법인이 조성하는 산업단지와 인근 산업단지의 환경영향평가 협의 소요기간은 초안 접수일로부터 협의 완료 시까지 약4∼13개월이 소요된 것으로 나타난다. <타 산업단지의 환경영향평가 협의 소요기간> (아) 청구법인은 산업단지 대상이 되는 토지 중 일부에 취득 목적대로 사용하기 위해 2013년 7월 송수관 부설 공사와 2014년 6월 가압장 및 배수지 영상감시장치 제작설치 공사에 대한 입찰을 공고하였다. (자) 청구법인은 토지 소유권 관련 행정소송이 최종 종료(2018년 6월)되자, 2018년 8월 건설공사 도급자 선정 및 도급계약에 대한 내부 품의를 통해 11월 계약을 체결하였고, 해당 계약서에 의하면, 12월 실착공계를 제출하는 것으로 기재되어 있으며, 행정소송으로 인한 환경영향평가 재협의로 실제로는 2019년 7월에야 산업단지 조성공사를 착공(착공계 제출일 2019.6.28.)하였으나, 1년이 경과한 시점에 공사 진행률은 약 50%로 나타난다. (차) 청구법인이 조성하는 산업단지와 인근 산업단지의 조성공사 기간은 약 3년∼약 4년 5개월이 소요되는 것으로 나타난다. <산업단지조성 공사 진행 기간>

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,지방세법특례제한법제78조 제1항에서산업입지 및 개발에 관한 법률제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자가 산업단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세(2014년까지는 면제, 2015년부터는 35%) 및 재산세(2014년까지는 면제, 2015년부터는 60%) 등을 감면하되 다만, 산업단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다고 규정하고 있다. 위 조항에 규정된 “정당한 사유”란 법령 등에 의한 금지·제한 등 청구인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 사업에 직접 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 사용할 수 없는 내부적인 사유도 포함되고 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 당해 토지의 취득목적에 비추어 직접 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 당해 토지를 직접 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지의 여부를 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(대법원 1998.11.27. 선고 97누5121 판결, 같은 뜻임)이다. 청구법인은 쟁점토지를 취득하고 유예기간에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 존재한다고 주장하나, 청구법인이 쟁점토지를 취득하는 과정에서 이의재결 및 행정소송은 금액에 관한 문제로 기업 내부의 자금이나 수익상의 문제이고, 산업단지를 조성하는 과정에서 협의 과정상 장애나 소송 등은 발생 개연성이 흔한 일반적인 문제로 이는 충분히 예측 가능할 수 있는 점, 사업시행자인 청구법인은 사업에 필요한 토지를 수용할 수 있는 권한이 있고 OOO에 조속히 수용재결을 신청할 수 있었음에도 산업단지 조성계획 고시일부터 5년이 도과한 2015년 12월에야 수용재결을 신청한 점, 환경영향평가 재협의는 산업단지계획 승인 후 5년이 도과되도록 청구법인이 조성사업에 착공하지 아니하여 발생한 것으로, 청구법인이 쟁점토지를 취득하기 전부터 해당 법령 규정(환경영향평가법제32조 제1항 제1호)에서 이미 재협의 조건이 명시되어 있어 이를 충분히 예측할 수 있는 점, 청구법인은 산업단지조성계획을 승인을 받은 후 6차례에 걸쳐 변경신청을 하여 그 개발기간을 연장하였는데, 그 원인의 대부분(4회)이 보상 협의 지연에 따른 소송 등으로 청구법인의 자금 사정이나 수익 상의 문제에서 기인한 것으로 볼 수 있는 점, 나아가 이 건 산업단지 조성을 위해 최초로 취득한 시점(2011년 12월) 이후 10여년이 경과한 이 건 조세심판관 회의일(2022.11.17.) 현재까지도 산업단지 조성인가가 나지 않은 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점토지를 취득하고 유예기간에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 보기 어려우므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로지방세기본법제96조 제6항,국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)