[요지] 청구법인은 유예기간 내에 쟁점건물을 준공할 목적으로 공사기간을 3개월 이내로 하여 조달청에 긴급입찰을 요청하였고, 청구법인이 제시한 쟁점건물의 신축과정을 보면, 청구법인은 쟁점토지를 취득한 이후부터 쟁점건물을 준공하기 위하여 장기간의 공백 없이 계속적으로 관련 업무를 이행한 것으로 나타나므로, 청구법인이 쟁점토지를 유예기간 내에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다한 것으로 판단됨.
[요지] 청구법인은 유예기간 내에 쟁점건물을 준공할 목적으로 공사기간을 3개월 이내로 하여 조달청에 긴급입찰을 요청하였고, 청구법인이 제시한 쟁점건물의 신축과정을 보면, 청구법인은 쟁점토지를 취득한 이후부터 쟁점건물을 준공하기 위하여 장기간의 공백 없이 계속적으로 관련 업무를 이행한 것으로 나타나므로, 청구법인이 쟁점토지를 유예기간 내에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다한 것으로 판단됨.
[주 문] OOO시장이 2021.2.1. 청구법인에게 한 취득세 등 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 당초에는 OOO와 창고ㆍ수리점의 두 개 동을 건축할 계획이었는데, 2019.7.1. 처분청 도로과 담당자의 변경 후 당초 계획으로는 건축허가를 받기 어렵게 되어 새로이 건축설계 업체를 선정하고 당초에 매입을 계획하였던 토지OOO의 대체 토지를 물색하는데 약 2개월 정도 소요되었다. (가) 당초 청구법인은 쟁점토지는 창고ㆍ수리점 용도로, 그 인근에 있는 OOO토지는 OOO건축용으로 사용하기 위하여 2019.3.19. 조합의 제4차 이사회에 안건을 상정하여 위 토지의 매입에 대한 승인을 받아 사업을 추진하였다. (나) 2019년 상반기에 OOO에 소재한 건축사무소의 협조를 받아 건축계획도를 작성하여 처분청의 건축과 담당자와 협의하였는데, 2019.7.1. 처분청 공무원의 인사발령 이후에 도로과에서 진출입시의 가감속 차로 문제로 건축허가에 난색을 표함에 따라 당초 구상한 건물의 형태와 디자인 등 사전작업을 다시 진행할 수밖에 없었고, 이에 따라 종전 건축사무소 외에 개발제한구역의 설계 경험이 있는 다른 설계업체OOO를 찾는 데 상당한 시간이 소요되었다. (다) 또한 로컬푸드직매장과 창고 예정지 사이에 OOO㎡ 면적의 OOO토지가 있었는데, 해당 토지를 매입하지 않는 경우 로컬푸드직매장의 운영에 어려움이 예상되어 해당 토지 소유자와 오랜 협상 끝에 당초 제시한 금액의 3배에 가까운 금액으로 매입하기로 합의함에 따라 2019년 10월 초에 설계계약을 체결하게 되었다. (라) 한편 창고용지로 사용할 계획이었던 쟁점토지에 쟁점건물의 건립을 추진하게 되면서 토지의 면적이 협소하여 추가부지 및 쟁점건물인 구판장의 부대시설로서의 창고를 건축하기 위하여 OOO토지주와 매입 협의를 하였으나 원만한 협의가 늦어지는 관계로 건축공사의 일정이 지연되었다.
(2) 청구법인의 쟁점건물 신축에 대한 OOO의 절차를 수행하고, 조달청을 통한 공개입찰에 약 2개월 이상이 소요되었는데, 이는 규정의 준수를 위해 불가피한 기간으로서 정당한 사유 판단시 고려되어야 한다. (가) OOO의 회원조합지도ㆍ지원규정 제41조에 따르면 OOO원 이상의 고정자산을 취득하는 경우 지역본부장의 허가를 받게 되어 있고, 청구법인이 OOO에게 로컬푸드직매장 신축에 따른 고정투자의 심의신청하여 허가받는 것에 약 24일이 소요되었다. (나) OOO에서 제정한 계약사무처리 준칙 제16조 제1항에서 공개경쟁을 통해 계약을 체결하여야 한다고 규정하고 있는바, 이 지침에 따라 청구법인이 조달청에 입찰의뢰하여 공개경쟁입찰 계약을 체결하는 것에 약 40일 정도의 일정이 소요되었다.
(3) 2020년도는 유례없는 긴 장마와 잦은 비로 인하여 공사현장이 진흙탕이 되어 중장비 및 자재 운반 차량 진출입이 불가능하여 공사기간이 당초 계약한 90일을 경과하여 늘어났고, 코로나19 팬더믹으로 인한 대형 건설공사가 중단됨에 따라 자재 생산이 중단되는 등 자재 수급 및 공사 인력수급 등에 많은 어려움이 있었다. 또한 2개층으로 건축된 쟁점건물은 연면적 OOO㎡로, 그중 2층의 면적은 OOO㎡으로 거의 단층 건물임에도 불구하고, 청구법인은 안전한 건물을 짓기 위해 지반ㆍ지질조사를 실시하여 기초 PHC 파일공사까지 시공함에 따라 공사기간이 더 소요되었다.
(4) OOO시세 감면 조례 제10조(직접 사용의 의미)에서 토지에 대한 재산세의 감면규정을 볼 때 직접 사용의 범위에는 해당 감면대상 업무에 사용할 건축물을 건축 중인 경우를 포함한다라고 규정하고 있어 건축물의 공사기간도 직접 사용한 기간으로 보아야 한다.
(5) 청구법인은 조달청 입찰신청시부터 3개월 이내 공사를 완료할 수 있도록 2020년 6월말을 준공기한으로 정하여 공사업체를 선정하도록 하였고, 통상적으로 약 40일 이상 소요되는 건축허가를 빨리 받기 위해 처분청의 건축허가 담당 부서를 수차례 방문하여 철저한 사전준비를 거쳐 허가에 소요되는 기간을 단축하는 등 유예기간 내에 준공하기 위하여 정상적인 노력을 다하였다.
(1) 청구법인은 2차례(2019.1.21., 3.19.) 사전 이사회 심사를 거쳐 고유업무OOO에 사용하고자 2019.7.11. 이 건 토지를 취득하였으나, 약 8개월이 지난 후에야 이 건 건축물에 대해 착공신고를 하였으며 2020.9.4. 사용승인을 받은 것으로 확인되었고, 건물의 착공행위는 토지를 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 행위라기보다는 이를 위한 준비행위에 해당하여 특별한 사정이 없는 한 그 신축한 건축물에 대하여 사용승인을 받은 시점에 그 토지를 해당 용도로 직접 사용하는 것으로 봄이 상당하다 할 것(대법원 2008.5.29. 선고 2008두3319 판결 참조)이다.
(2) 쟁점건물의 신축공사가 지연된 주된 이유는 법령상·사실상의 장애 및 행정관청의 금지나 제한 등의 외부적 사유가 아니라 인근 사업부지 취득의 지연, 사업 진행에 필요한 투자계획 승인 및 시공사 선정 지연 등의 내부적인 사유로 인한 것인데, 그러한 내부적인 사유는 정당한 사유로 보기 어렵다.
(3) 청구법인이 쟁점토지의 취득일(2019.7.11.)부터 약 4개월이 지난 시점(2019.11.6.)에 쟁점건물의 신축을 위한 건축 소위원회 심의신청을 하였고, 건축 소위원회 심의신청일(2019.11.6.)부터 건축허가일(2019.11.29.)까지 약 23일밖에 소요되지 않아 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 쟁점건물 신축을 위해 진지한 노력을 다하였다고 보기 어려우며, 장마 등 계절적 공사 장애요인은 청구법인이 정상적인 주의의무를 다하였다면 충분히 예측할 수 있었던 사유에 불과하다고 보인다.
3. 심리 및 판단
(1) 지방세특례제한법(2018.12.24. 법률 제16041호로 일부개정된 것) 제14조(농업협동조합 등의 농어업 관련 사업 등에 대한 감면) ③ 농업협동조합법에 따라 설립된 조합(조합공동사업법인을 포함한다), 수산업협동조합법에 따라 설립된 조합(어촌계 및 조합공동사업법인을 포함한다), 산림조합법에 따라 설립된 산림조합(산림계 및 조합공동사업법인을 포함한다) 및 엽연초생산협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 각각 2020년 12월 31일까지 면제한다. 제177조의2(지방세 감면 특례의 제한) ① 이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제(지방세 특례 중에서 세액감면율이 100분의 100인 경우와 세율경감률이 지방세법에 따른 해당 과세대상에 대한 세율 전부를 감면하는 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다)되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율(지방세법 제13조 제1항부터 제4항까지의 세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다.(단서 이하 생략) 제178조(감면된 취득세의 추징) 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우
(2) 농업협동조합법 제115조(회원) ① 중앙회는 지역조합, 품목조합 및 제138조에 따른 품목조합연합회를 회원으로 한다. 제142조(중앙회의 지도) ① 회장은 이 법에서 정하는 바에 따라 회원을 지도하며 이에 필요한 규정이나 지침 등을 정할 수 있다. 제146조(회원에 대한 감사 등) ① 조합감사위원회는 회원의 재산 및 업무집행상황에 대하여 2년(상임감사를 두는 조합의 경우에는 3년)마다 1회 이상 회원을 감사하여야 한다.
(1) 심리자료의 내용은 아래와 같다. (가) 청구법인이 제시한 쟁점건물의 신축과정은 아래 ＜표＞와 같다. ＜표＞ 쟁점건물 신축과정 (나) 청구법인의 2019.3.19.자 제4차 이사회 부의안건 자료에 따르면, 청구법인은 쟁점토지OOO에는 창고ㆍ수리점을, OOO외 필지에는 OOO를 건축하기 위한 용지매입 예산 OOO원의 승인을 요청하여 승인받았고, 이후 OOO에 OOO를 건축하는 계획은 이행되지 아니한 것으로 나타난다. (다) OOO2019년 하반기 정기 인사발령이라는 제목의 2019.6.27.자 신문 보도자료에 따르면, 2019.7.1.자로 처분청 소속 공무원 187명의 인사발령이 단행된 것으로 나타난다. (라) 청구법인이 지역본부에 고정투자 심사를 요청한 근거인 OOO가 제정한 회원조합지도․지원규정의 내용은 아래와 같다. (마) OOO에서 제정한 계약사무처리 준칙 제16조 제1항에서 “규정(모범안) 제6조에 의한 경쟁은 입찰방법이나 입찰방법에 준하여 경매의 방법으로 하여야 한다.”라고 규정하고 있다. (바) 처분청이 조달청에 보낸 “시설공사 계약업무 협의 회신 알림” 문서에 따르면, 청구법인은 공사기간을 3개월 이내로 하여 긴급입찰을 요청한 것으로 나타나고, 긴급입찰사유로 “OOO2019년 로컬푸드직매장 건립지원 사업 추가시행에 따라 2019년도 하반기 추가 지원 업체로 선정되어 토지매입, 설계 및 인허가 등이 지연되었으나, OOO지방재정 조기 집행 방침에 의거 2020년 상반기 내 조기완공 요청 및 1년 내 고유목적 사업에 사용하여야 되기에 2020년 상반기 내에 조속한 건축을 시행하고자 함”이라는 내용이 기재되어 있다. (사) OOO에서 청구법인 등에게 보낸 시설공사 계약체결 안내 공문에는 계약금액은 OOO원으로, 착공일자는 2020.3.25.로, 준공기한은 2020.6.22.(착공일부터 90일)로, 계약자는 AAA 주식회사로 각각 기재되어 있다. (아) 청구법인이 2019.12.23. OOO에게 보낸 고정투자 심의신청 서류에 따르면, 공사예정기간은 2020년 1월부터 6월까지 6개월간으로 되어 있다. (자) 청구법인이 제시한 과거 날씨 조회자료에 따르면, 2020년 3월부터 8월까지의 기간 중에 비온 날은 3월에 6일, 4월에 5일, 5월에 18일, 6월에 16일, 7월에 20일, 8월에 23일로 나타난다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다. (가) 처분청은 청구법인이 유예기간을 경과하여 쟁점토지를 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것에 정당한 사유가 없다는 의견을 제시하였다. (나) 지방세특례제한법제14조 제3항에서는 “OOO에 따라 설립된 조합 등이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2020년 12월 31일까지 면제한다”라고, 같은 법 제178조 제1호에서는 “정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다”라고 각각 규정하고 있다. 위 규정에서 정하고 있는 “정당한 사유”란 법령에 의한 금지, 제한 등 납세의무자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 해당 용도로 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함한다 할 것이고, 정당한 사유가 있는지를 판단할 때에는 납세의무자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 않는 입법 취지를 충분히 고려하면서, 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 납세의무자가 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2017.8.18. 선고 2017두42293 판결 등 참조). (다) 아래의 내용을 감안하면, 청구법인이 쟁점토지를 1년 내에 해당 용도로 직접 사용하지 못한 것에 정당한 사유가 있다고 봄이 타당하다 할 것이므로, 감면된 취득세 등을 추징한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
1. OOO에 따라 설립된 지역조합인 청구법인은 같은 법 제142조 및 제146조에 따라 OOO의 지도 및 감사 등을 받으므로, OOO가 제정한 지침이나 규정을 준수할 수밖에 없고, 그러한 지침이나 규정을 이행하는 과정에서 일반적인 경우에 비하여 공사기간이 길어질 수밖에 없는 특수한 상황을 고려할 필요가 있다(대법원 1993.2.26. 선고 92누8750 판결 참조)고 보인다.
2. 쟁점건물의 신축과정에서 OOO가 제정한 회원조합지도․지원규정 제41조를 이행하기 위하여 건축허가(2019.11.29.)를 받은 후 OOO에게 고정투자 심의를 승인받는(2020.1.22.) 데에 약 1개월 24일의 기간이, OOO가 제정한 계약사무처리 준칙 제16조 제1항을 준수하기 위하여 조달청 경쟁입찰을 의뢰(2020.2.5.)하여 계약(2020.3.16.)하는 데에 약 40일의 기간이 각각 추가적으로 소요된 것으로 나타나고, 이러한 추가적으로 소요된 기간(약 3개월 이상)만으로도 청구법인이 유예기간을 넘겨서 쟁점건물을 준공한 기간인 1개월 24일보다 훨씬 긴 기간이므로, 위와 같은 불가피한 기간소요가 없었더라면 청구법인은 쟁점건물을 유예기간 내에 준공할 수도 있었을 것으로 보인다.
3. 특히 청구법인은 유예기간 내에 쟁점건물을 준공할 목적으로 공사기간을 3개월 이내로 하여 조달청에 긴급입찰을 요청하였고, 청구법인이 제시한 쟁점건물의 신축과정을 보면, 청구법인은 쟁점토지를 취득한 이후부터 쟁점건물을 준공하기 위하여 장기간의 공백 없이 계속적으로 관련 업무를 이행한 것으로 나타나므로, 청구법인이 쟁점토지를 유예기간 내에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다한 것으로 보인다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.