쟁점토지를 1년 이내에 해당용도로 직접사용하지 못한데 정당한 사유가 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2019.1.24. OOO필지 OOO㎡, 2019.1.30. OOO필지 OOO㎡(이하 OOO필지와 합하여 “쟁점토지”라 한다)를 각 취득한 후, OOO원을 과세표준으로 하고 지방세특례제한법 제11조 제2항에 따라 농업법인이 영농․유통․가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 산출된 취득세 OOO의 100분의 50을 경감하여 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고․납부하였다.
• 나. 처분청은 2020.11.26. 쟁점토지에 출장하여 확인한 결과 청구법인이 쟁점토지를 정당한 사유 없이 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당용도로 직접사용하지 아니한 것으로 보아, 지방세특례제한법 제11조 제3항 제1호에 따라 2021.3.15. 청구법인에게 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 부과․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.6.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 농수산축산물 가공공장을 설립할 목적으로 2019.1.24. 및 2019.1.30. 쟁점토지를 취득하여 2019.3.27. 공장설립허가 및 이를 위한 도시계획심의를 신청하였다. 처분청은 2019.8.6., 2019.11.6., 2019.12.1. OOO를 각 개최하였으나, 대형차량의 원활한 진․출입 및 남서측 마을 진입도로와의 상충방지 등을 이유로 재심의 결정되었고, 청구법인은 ‘사업부지의 진입로 회전반경 확보’를 위해 추가로 부지를 구입할 수밖에 없는 상황이 되었다. 청구법인은 2019년 12월 이후 진입로 인접부지 소유자인 aaa으로부터 OOO㎡를 매입하기 위해 노력하였으나 실패하였고, 결국 2020.3.2. 공장설립 승인신청을 취하하게 되었다. 그 외에도 청구법인은 쟁점토지를 해당 용도로 직접사용하기 위하여 소규모 제조시설을 설치할 목적으로 2020.7.13. 개발행위허가를 신청하였다가 2020.9.23. 취하하였다. 이후 2020.11.3. OOO임야 OOO㎡를 청구법인의 실질경영자 bbb 명의로 매입하였고, 2020.12.18. 다시 공장설립 승인을 신청하였으며 2021.4.21. 조건부 승인을 받아 2021년 7월 공장설립승인을 받았으며 현재 부지조성공사를 완료하였으나 아직 건축허가는 받지 못하였다. 즉, 청구법인은 식품가공공장을 설립할 목적으로 쟁점토지를 취득하여 토지 취득 직후 쟁점토지 지상에 공장설립 승인을 신청하였으나 진입로를 추가 확보하지 못하여 공장의 설립이 지연된 것에 불과하므로, 쟁점토지를 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당용도로 직접사용하지 못한데 정당한 사유가 있는 것으로 보아야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 2019.3.27. 공장신설승인 신청을 허가부서에 접수하였고 이후 지속적으로 허가를 득하기 위해 노력했다고는 하나, 그에 대한 사전 준비가 미비하여 도시계획위원회의 심의결과 재심의 결정과 심의자료 보완을 수차례 요구받았다. 도시계획위원회의 재심의 결정 및 보완요청으로 공장신설승인이 지연되었다 하더라도 이러한 허가절차는 쟁점토지가 해당 용도에 직접 사용하기 위해 사전에 이행하여야 할 절차에 불과하므로 청구법인 스스로 이러한 허가과정이 신속히 진행되어 감면요건이 충족되도록 적극 노력하여야 하나, 청구법인은 심의위원회의 보완요청 기한을 계속 연기하는 등 허가과정을 신속히 진행하기 위한 진지한 노력을 다했다고 인정하기 어렵다. 또한, 그 보완내용이 법령의 제한이나 행정기관의 귀책사유 등의 외부적 사유가 아닌 진출입로 확보 등으로 청구법인이 쟁점토지를 취득할 당시 사전에 충분히 고려했어야 하는 내부사정으로 보이는 점, 대형차량의 원활한 진·출입을 위한 진입로 확보는 2019년 8월경부터 보완이 요구되었으나 이후 개최된 심의위원회에서도 지속적으로 해결되지 않은 점, 취득일부터 1년이 경과한 2020.3.2. 공장설립승인을 취하하고, 이후 2020.7.13. 개발행위허가를 재신청하였으나 2020.9.23. 개발행위허가 취하한 점, 2020.11.26. 처분청이 현지 출장 결과 잡풀과 쓰레기가 방치되어 있는 나대지 및 잡종지인 채 영농 목적에 사용되지 않고 있었던 것으로 확인되는 점, 2019.1.30. 취득 이후 2년 4개월이 경과한 2021년 6월 현재까지도 도시계획심의가 조건부 수용되었을 뿐 건축허가 및 착공 절차조차 마치지 못한 점 등에 비추어 볼 때, 처분청에서 청구법인이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 쟁점토지를 영농에 직접 사용하지 않은 사실을 확인하고 취득세 등을 과세한 것은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점토지를 1년 이내에 해당용도로 직접사용하지 못한데 정당한 사유가 있는지 여부
• 나. 관련 법률

(1) 지방세특례제한법(2020.1.15. 법률 제16865호로 일부개정되기 전의 것) 제11조(농업법인에 대한 감면) ② 농업법인이 영농·유통·가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 각각 2020년 12월 31일까지 경감한다.

③ 제1항 및 제2항에 대한 감면을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 5년 미만인 상태에서 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제20조의3에 따라 해산명령을 받은 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2019.1.24. 및 2019.1.30. 쟁점토지를 각 취득한 후, 지방세특례제한법 제11조 제2항에 따라 농업법인이 영농․유통․가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 산출된 취득세 등의 100분의 50을 경감하여 신고․납부하였다.

(2) 처분청은 2020.11.26. 쟁점토지에 출장하여 확인한 결과 청구법인이 쟁점토지를 정당한 사유 없이 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당용도로 직접사용하지 아니한 것으로 보아, 지방세특례제한법 제11조 제3항 제1호에 따라 2021.3.15. 청구법인에게 취득세 등 합계 OOO원을 부과․고지하였다. (가) 등기사항증명서에 따르면, 청구법인은 본점을 OOO으로 하여 2017.11.2. 설립되었고, 목적 사업은 농축산물 유통·가공·판매업인 것으로 확인된다. (나) 청구법인이 쟁점토지에 대한 감면을 신청하면서 제출한 사용목적확인서에는 “사용목적: 영농으로 사용 및 유통․가공에 직접 사용”, “구체적 계획: 닭 가공에 필요한 건물을 신축 부지”라고 기재한 것이 확인된다. (다) 청구법인은 2019.3.27. OOO에 쟁점토지의 공장설립의 승인을 신청하였으나, 처분청이 요청한 보완자료를 제출하지 못하였고 2020.3.2. 공장설립 승인을 취하한 것으로 확인된다.

1. 처분청은 2019.4.15. ① 공장설립1팀에서 배수계획 제출, 세척공정 및 청소작업에 용수사용여부 제출, ② 개발행위1팀에서 도시계획위원회 심의대상으로 심의자료 제출, 건폐율 적용을 위한 개발행위목적 및 사업계획서상 업종 명확히 표기, ③ 수질관리과에서 특정수질유해물질, 중금속, 광유류가 포함된 폐수배출여부, 용수사용량, 최대폐수발생량, 재료, 기계설비, 용기, 사업장 바닥 등의 세척에 사용되는 용수사용량, 폐수처리방법 기재 등을 보완할 것을 요청하였다.

2. 이후 2019.6.7. 처분청은 도시관리계획도 내 도시계획시설(철도, 도로)은 도시계획시설별 표기방법에 맞게 재작성, 모든 계획도면에 남서측 현황도로 및 진․출입도로 구간 지반고, 계획고 추가 표시, 진출입로 상세계획도상 버스장류장 표시, 개발 전 배수유역설정도 내 우수흐름 재검토, 사업부지 남서측 기존 개거가 가감속차로 구간 내 신설우수관과 연결되는지 여부 재검토, 식재단면도는 토심, 토질, 식재방법 등 관련사항을 추가하여 재작성, 건축계획과 상이한 종․횡단면도상 B동 건축물 재확인 등 보완사항을 추가로 요청하였다.

3. 처분청은 2019.8.5. 청구법인의 공장신설승인신청에 대한 도시계획위원회 심의결과 “조건부 의결”되었다고 통지하며, 다음과 같은 보완자료를 ⃞ 보완내용

• 가. 차량회차, 작업공간 확보 등을 위하여 A동 1,2층 바닥면적을 현 용적률 내에서 동일하게 조정
• 나. 화재 등 재난상황 고려 및 개방감 확보를 위하여 건축물 간 3m이상 이격하고, A, B동 건축물과 남동측 경계부 녹지대 사이에 편측 통행로 확보
• 다. 대형차량의 원활한 진․출입 및 남서측 마을 진입도로와의 상충방지, 버스정류장 이용객들의 안전한 보행환경 조성 등을 위하여 불합리한 현 진․출입계획은 지양하고, 남동측 축사 진․출입도로와 마주보게 조정 또는 별도의 ․출입계획 제시
• 라. A동 호기성접촉여과공법 오수처리시설은 막분리공법으로 프로세스 변경하고, 한곳으로 통합사용 가능여부 검토
• 마. 사업부지 동측 철도변에서의 경관영향 저감을 위하여 A동 동측 녹지대는 축소(B=3.0m 이상)하고, 건축물 외관 친환경 소재 활용, 건축물 색채계획 수립 등 경관향상 방안 마련
• 바. 인근 주택 및 농경지에서의 경관영향 저감을 이하여 옹벽 노출부는 담쟁이 넝쿨 식재 등 경관향상 방안 마련
• 사. 사업부지 인근 주택의 정주환경 보호를 위하여 경계부 녹지대는 최소폭 3m 이상 확보하고, 방화수종을 추가하여 다층 식재
• 아. 농경지 개발에 따른 연약지반 처리 및 건축물 부등침하 방지대책 마련
• 자. 사업부지 경계부 보강토옹벽 설치에 따른 구조안정성 검토 요청하였다. OOO 4) 처분청은 2019.12.10. 청구법인의 공장신설승인 신청에 따른 도시계획위원회 심의결과 “재심의” 결정되었다고 통지하며 다음과 같은 보완자료를 요청하였다. OOO (라) 청구법인은 2020.7.13. 개발행위 허가 신청서를 제출하였으나 허가조건을 충족하지 못하였고 2020.9.23. 이를 자진 취하하였다. (마) 청구법인은 2020.12.18. 다시 공장설립 승인을 신청하였으며 OOO는 2021.4.21. “조건부수용” 결정하였다. 2021.5.14.까지 청구법인이 보완하여야 하는 내용은 다음과 같다. OOO (바) 처분청은 2021년 7월 공장설립을 승인하였고, 청구인은 2022.6.8. 개최된 심판관회의에 참석하여 쟁점토지에 공장설립을 위한 부지조성공사를 완료하였다고 진술하였다. (사) 처분청은 쟁점토지의 현황 확인을 위해 현지출장(2020.11.26.) 하였고, 출장결과보고서(2020.12.6.)에 의하면 “① 현장방문 당시 OOO번지 토지 중 OOO번지 건물(공사현장 식당)과 잇닿은 극히 일부에 경작 흔적이 있었으나 이는 인근 공사현장 식당에서 식재료로 쓰기 위한 채소 등을 조그맣게 경작한 것으로 보임, ② OOO번지 토지는 길목에 위치하여 잡풀이나 쓰레기가 방치되어 있었고 OOO번지 토지는 관리되지 않은 듯 잡풀이 무성함”이라고 기재되어 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 지방세특례제한법 제11조 제2항은 농업법인이 영농·유통·가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 각각 2020년 12월 31일까지 경감한다고 규정하고 있고, 같은 조 제3항 제1호는 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 감면된 취득세 등을 추징한다고 규정하고 있다. 이 때 유예기간 내 해당용도에 직접 사용하지 못한 ‘정당한 사유’라 함은 법령에 의한 금지ㆍ제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론, 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 당해 사업에 대한 취득세 등을 감면하는 입법취지를 충분히 고려하면서 그 목적사업에 직접 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 직접 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다. 청구법인의 경우, 쟁점토지 취득일부터 1년이 경과한 2020.11.26. 처분청의 현지 출장 결과 “① 현장방문 당시 OOO번지 토지 중 OOO번지 건물(공사현장 식당)과 잇닿은 극히 일부에 경작 흔적이 있었으나 이는 인근 공사현장 식당에서 식재료로 쓰기 위한 채소 등을 조그맣게 경작한 것으로 보임, ② OOO번지 토지는 길목에 위치하여 잡풀이나 쓰레기가 방치되어 있었고 OOO번지 토지는 관리되지 않은 듯 잡풀이 무성함”이라고 기재되어 있는 것으로 확인되는 점, 대형차량의 원활한 진·출입을 위한 진입로 확보는 2019년 8월경부터 보완이 요구되었으나 이후 개최된 심의위원회에서도 지속적으로 해결되지 않았는데, 그 보완내용이 법령의 제한이나 행정기관의 귀책사유 등의 외부적 사유가 아닌 “진출입로 확보”로 이는 청구법인이 쟁점토지를 취득할 당시 사전에 충분히 고려했어야 하는 내부사정으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 취득일부터 1년이 경과할 때까지 쟁점토지를 영농에 직접 사용하지 아니한데 정당한 사유가 없는 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과․고지한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제6항, 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.