[요지] 청구법인이 쟁점부동산을 취득하고 1년 내에 의료업에 직접 사용할 수 없었던 법령상의 장애사유 또는 행정관청의 귀책사유는 없었던 것으로 보이므로 처분청이 청구법인에게 한 이 건 부과처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.
[요지] 청구법인이 쟁점부동산을 취득하고 1년 내에 의료업에 직접 사용할 수 없었던 법령상의 장애사유 또는 행정관청의 귀책사유는 없었던 것으로 보이므로 처분청이 청구법인에게 한 이 건 부과처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.
[주 문] 심판청구를 기각한다
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 2016.4.29. 소유권이전등기를 완료하였으나 매도인(AAA 주식회사)과 임대차계약이 체결되어 있던 임차인(1층)의 명도가 이루어지지 아니하여 2016.9.29. 광주지방법원에 명도소송(사건번호: 2016가단35180)을 하게 되었고, 그 취득일(2016.4.29.)부터 1년 2개월 후인 2017.6.30. 명도를 이전받게 되었다.
(2) 청구인은 2017.1.11. 처분청으로부터 쟁점부동산에 대한 건축(리모델링 증축·대수선) 허가를 받아 2017.7.28. 리모델링 공사계약을 체결하였으나, 위 명도소송으로 인해 공사를 하지 못하였고, OOO으로부터의 OOO원 등 자금계획도 이루어지지 아니하였다.
(3) 청구법인은 쟁점부동산을 취득하고 해당 용도로 사용하기 위하여 2016년도에 건물내부 철거공사, 건축․구조설계, 내진보강공사, 건물하중보강공사, 정화조공사, 환자용엘리베이터 증축공사 등을 실시하는 등 의료업에 사용하기 위한 진지한 노력을 하였다. 한편, 재무구조의 악화로 직원들의 급여가 4 ~ 5개월 밀리는 등으로 인하여 휴업을 하게 되었고, 결국에는 부도가 나게 되었다. 이로 인하여 청구법인은 리모델링 공사비, 금융권 이자 등 약 OOO원의 막대한 손실을 보게 되면서 2020.1.6. 준공하지 못한 상태에서 쟁점부동산을 매각하게 되었다. 위 손실에 대하여는 청구법인이 부담한 취득세(OOO원), 리모델링 공사비에 대한 부가가치세(OOO원), 매입시 건물 부가가치세(OOO원) 등 합계액(OOO원)이 취득세를 감면받은 금액(OOO원) 보다 훨씬 많은 것을 보아도 알 수 있다.
(4) 그 후 청구법인은 2020.1.3. 유동성 위기로 병원을 휴업한 후, 2020.1.14. 부동산 강제경매가 진행되는 등 어려움 속에서도 2020.4.2. 재개원(요양병원에서 일반병원으로 변경 허가를 받음)하여 광주지방법원에 법인 회생을 신청하였다. 하지만, 광주지방법원(2020회합5005 회생)은 2020.8.12. 기업의 청산 가치보다 계속적 기업가치가 낮게 나오게 되어 그 신청을 기각하였고, 이후 청구법인은 매출의 급감과 코로나 영향으로 운영이 어려워지게 되자 2020.9.10. 2차 휴업을 하게 되었으며, 2021.1.5.에서야 재개원을 하여 힘겹게 병원을 운영해 오고 있다.
(5) 청구법인은 설립일(2013.4.24.) 이후부터 암전문 요양병원을 운영하면서 지역사회에 기여하고자 하였고, 2015년도 OOO에 OOO원을 기부하는 등 지역사회에 봉사와 이익금을 환원해 오고 있다. 이 건 부과처분은 법인의 운영을 멈추게 할 수 있는 큰 금액이므로 관용을 베풀어 위와 같이 지역사회에 기여할 수 있는 기회를 주었으면 한다.
(6) 따라서 쟁점부동산을 감면유예기간(취득일부터 1년) 내 해당 목적에 사용하지 아니한 정당한 사유가 있으므로 이 건 부과처분은 부당하다.
(1) 지특법 제38조 제1항에서는 “의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 감면하는 것”으로 규정하고 있고, 같은 법 제178조 제1호와 제2호에서는 “정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우(제1호)와 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우(제2호)”는 감면된 취득세를 추징한다”고 규정하고 있다.
(2) 위 취득세 감면규정의 입법취지가 비영리 의료업의 사회적 공공성을 강조한 조세정책적 차원에 있다고 하더라도, 감면제도는 그 자체가 일반납세자와의 과세형평에 있어서 불공평한 제도로서 특별히 공익적 목적이 있는 경우에 한해 일정 조건을 부여하여 감면하는 것으로 부여된 감면조건을 충족하지 못하거나 위배되는 경우에는 그 감면효력이 상실된다 할 것이다.
(3) 청구법인은 임차인의 계약기간에 대한 착오로 계약기간이 2년 자동 연장되어 임대차 기간이 남아있는 상태에서 쟁점부동산을 취득하였는바, 이로 인한 명도소송은 예측할 수 없는 불가항력적인 외부적 장애 사유라기보다는 취득하기 이전에 이미 발생하였던 장애 사유로 보아야 한다. 또한, 명도소송으로 인해 자금계획이 무너져 리모델링 공사자금을 충분히 마련하지 못한 사유는 내부사정으로 인한 것이므로 쟁점부동산을 감면 유예기간 이내에 의료업에 직접 사용하지 아니한 정당한 사유로 인정할 수 없다.
(4) 해당 목적에 직접 사용하는 부동산이라 함은 현실적으로 그 사업에 직접 사용되고 있는 것을 의미하는 것으로서, 단지 해당 용도로 직접 사용하기 위한 준비를 하고 있는 것까지 포함한다고 볼 수 없다 할 것이다(대법원 2002.10.11. 선고 2002두6491 판결, 같은 뜻임). 위 대법원의 취지 등에 비추어 건물내부 철거공사, 건축구조설계, 내진보강공사, 건물하중보강공사 등 공사는 쟁점부동산을 해당 용도로 직접 사용하기 위한 준비과정에 해당할 뿐 의료업에 직접 사용하였다고 볼 수 없다.
(5) 청구법인은 쟁점부동산을 취득하고 결국 준공하지 못한 상태에서 2020.1.6. 매각하였으므로 이는 정당한 사유 없이 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하고, 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 상태에서 매각한 것이다.
(6) 따라서 쟁점부동산을 감면유예기간 내 사용하지 아니하고 매각한 것으로 보아 이 건 부과처분을 한 것은 정당하다.
3. 심리 및 판단
(1) 지방세법(2016.12.27. 법률 제14475호로 일부 개정되기 전의 것) 제11조(부동산 취득의 세율) ① 부동산에 대한 취득세는 제10조의 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.
7. 그 밖의 원인으로 인한 취득
(2) 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정되기 전의 것) 제38조(의료법인 등에 대한 과세특례) ① 의료법 제48조에 따라 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 2016년 12월 31일까지 취득세의 100분의 75(2017년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지는 100분의 50)를 경감[특별시ㆍ광역시 및 도청소재지인 시 지역에서 취득하는 부동산에 대해서는 2016년 12월 31일까지 지방세법 제11조 제1항의 세율에서 1천분의 15(2017년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지는 지방세법 제11조 제1항의 세율에서 1천분의 10)를 경감하는 것을 말한다]하고, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 2016년 12월 31일까지 재산세(지방세법 제112조에 따른 부과액을 포함한다)의 100분의 75(2017년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지는 100분의 50)를 경감한다. 제178조(감면된 취득세의 추징) 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인의 법인등기사항전부증명서(2021.10.6. 열람) 및 정관(2014년 5월)에 의하면, 청구법인은 2013.4.24. 비영리 의료법인으로서 의료기관을 설치 운영하고 보건의료에 관한 연구개발 등을 통하여 국민보건 향상에 이바지하는 것을 목적 사업을 하여 OOO에서 설립되었다. (나) 쟁점부동산의 등기사항전부증명서 갑구(소유권에 관한 사항)에 의하면, 청구법인이 2016.4.29. 소유권이전등기(등기원인: 2016.3.3. 매매)를 경료하였고, 2020.1.6. 주식회사BBB에게 소유권이전등기(등기원인: 2020.1.6. 매매)를 하였다. (다) 쟁점부동산의 매매계약서(2016.3.3.)에 의하면, 청구법인이 AAA 주식회사로부터 쟁점부동산을 OOO원(Vat OOO원 별도)에 매수하는 계약(잔금일 2016.4.30. 잔금: OOO원)을 체결하였다. 청구법인은 2016.4.29. AAA 주식회사로부터 건물의 공급대가 OOO원(공급가액 OOO원, 부가가치세 OOO원)에 대하여 (매입)세금계산서를 발급받았다. 위 계약서상 제9조(특약사항)에 의하면, ‘3. 임차인의 명도에 대해서는 매도인이 최대한 협조한다’는 내용이 기재되어 있다. (라) 청구법인은 2016.9.29. 광주지방법원에 건물명도 소송(사건번호: 2016가단35180)을 접수하여 2017.6.21. ‘2017.7.15.까지 명도 인도하는 것’으로 하여 조정이 성립되었다. 위 명도소송의 임대차계약서 제2조(임대차 기간과 연장)에 의하면, ‘임대차 기간은 2013.11.19. ~ 2015.11.18. 기간이나, 이 계약당사자 일방이 임대차 기간만료 30일 전까지 임대차 기간의 연장에 대한 반대 의사를 상대방에게 서면으로 통지하지 아니한 경우에는 이 계약상의 임대차 기간은 자동적으로 이전 계약기간(2년)만큼 연장되는 것으로 되어 있다. (마) 청구법인의 이사회 회의록(2016.4.22.)에 의하면, 이사장 BBB 외 4명의 이사가 참석하여 쟁점부동산을 인수하고, 다음과 같이 그 매입자금으로 대출을 실행하는데 찬성을 하였다. 쟁점부동산의 등기사항전부증명서 OOO(소유권 이외의 권리에 관한 사항)에 의하면, 청구법인이 2016.4.28. 채권최고액 OOO원에 대하여 근저당권자를 OOO으로 하여 근저당권설정 등기를 하였다. 위 등기는 2017.8.28. 등기말소되었고, 그 이후 근저당권 설정등기는 2020.4.7. 주식회사BBB의 채무 인수로 채무자가 변경되었다. (바) 청구법인은 2016.9.1. 주식회사 CCC(대표이사 CCC)와 시설물의 안전진단 표준계약(내용: OOO빌딩의 용도변경에 따른 정밀 안전진단 및 내진성능평가 용역, 기간: 2016.9.1. ~ 2016.11.19., 금액: OOO원, Vat 포함)을 체결하였다. 위 계약과 관련하여 이체확인증(2020.8.17.)에 의하면, 청구법인의 OOO에서 주식회사 CCC의 OOO로 2017.3.31. ~ 2017.9.14. 기간 동안 4차례에 걸쳐 OOO원이 이체되었다. (사) 처분청(건축과)은 2017.1.11. 청구법인에게 아래 ＜표1＞과 같이 쟁점부동산에 대한 건축허가(증축, 대수선, 용도변경) 통지를 하였다. ＜표1＞ 건축허가 내역 (단위: ㎡) (아) 처분청은 2017.3.16. 청구법인에게 쟁점부동산의 현 이용현황을 미사용(명도소송중)으로 확인하여 취득세 감면유예기간(기한: 2017.4.28.)에 대한 안내를 하였다. 그 후 처분청은 쟁점부동산 현장에 방문(2017.6.9.)하여 명도소송 중으로 공사가 중단된 것을 확인하였다. (자) 청구법인은 2017.7.28. DDD주식회사(대표이사 DDD)와 리모델링 공사 계약(금액: OOO원, 착공일: 2017.7.28., 준공예정일: 2017.12.30.)을 체결하였다. (차) 청구법인은 쟁점부동산의 리모델링 공사 계약 체결의 전후로 다음과 같이 관련된 공사 계약을 체결하였다.
1. 청구법인은 2016.8.26. 주식회사 EEE(대표이사 EEE)과 정화조 시설 변경공사 계약(금액: OOO원, 착공예정일: 2016.9.1., 준공예정일: 2016.11.30.)을 체결하였다. 위 계약과 관련하여 이체확인증(2020.8.17.)에 의하면, 청구법인의 OOO에서 주식회사 EEE의 OOO로 2016.9.12. ~ 2017.9.17. 기간 동안 5차례에 걸쳐 OOO원이 이체되었다.
2. 청구법인은 2016.10.31. FFF 주식회사(대표이사 FFF)와 내진보강공사 계약(금액: OOO원, 기간: 추후 협의 후 설정)을 체결하였다. 위 계약과 관련하여 이체확인증(2020.8.17.)에 의하면, 청구법인의 OOO에서 FFF 주식회사의 OOO로 2016.11.3.·2018.7.24. 2차례에 걸쳐 OOO원이 이체되었다.
3. 청구법인은 2017.8.12. 주식회사 GGG(대표이사 GGG)과 OOO빌딩 리모델링 공사 중 철거공사(석면해체․제거 등) 계약에 대한 변경계약을 아래 ＜표2＞와 같이 체결하였다. ＜표2＞ 민간건설공사 변경계약의 주요내용 위 계약과 관련하여 이체확인증(2020.8.17.)에 의하면, 청구법인의 OOO에서 주식회사 GGG의 OOO로 2016.9.12. ~ 2018.2.14. 기간 동안 5차례에 걸쳐 OOO원이 이체되었다.
4. 청구법인은 2017.8.30. 주식회사 HHH(대표이사 HHH)과 증축공사 계약(기간: 2017.9.1. ~ 2018.1.31., 금액: OOO원)을 체결하였고, 2017.12.26. 증축공사에 대한 변경계약(사유: 공정추가로 계약금액 변경, 당초 금액: OOO원, 변경금액: OOO원, 증액 OOO원)을 체결하였다. 위 계약과 관련하여 이체확인증(2020.8.17.)에 의하면, 청구법인의 OOO에서 주식회사 HHH의 OOO로 2017.8.30. ~ 2018.6.29. 기간 동안 4차례에 걸쳐 OOO원이 이체되었다.
5. 청구법인은 2018.2.12. 주식회사 건축사사무소 III(대표이사 III)와 설계변경계약서(당초 계약금액 OOO원 2016.5.27., 추가 금액: OOO원)를 작성하였다. 위 계약과 관련하여 이체확인증(2020.8.17.)에 의하면, 청구법인의 OOO에서 주식회사 건축사사무소 III의 OOO로 2016.6.20. ~ 2018.2.14. 기간 동안 5차례에 걸쳐 OOO원이 이체되었다.
6. 청구법인은 위 공사와 관련하여 아래 ＜표3＞과 같이 세금계산서를 발급받았다. ＜표3＞ 세금계산서 수취내역 (단위: 원) (카) 쟁점부동산의 매매계약서(2020.1.6.)에 의하면, 청구법인(매도인)은 주식회사BBB(대표이사 JJJ)에게 쟁점부동산을 OOO원에 매각하는 계약(잔금일: 2020.1.6., 금액: OOO원)을 체결하였다. (타) 청구법인은 쟁점부동산을 취득하고 감면유예기간 내 해당 목적에 사용하기 위한 진지한 노력을 하였다고 주장하면서 아래 ＜표4＞와 같은 자료를 제출하였다. ＜표4＞ 청구법인이 제출한 자료내역
(2) 지특법 제38조 제1항에서는 “의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 2016.12.31.까지 취득세의 100분의 75%를 경감하되, 특별시ㆍ광역시 및 도청소재지인 시 지역에서 취득하는 부동산에 대해서는 2016년 12월 31일까지 지방세법 제11조 제1항의 세율에서 1천분의 15를 경감한다”고 규정하고 있고, 같은 법 제178조 제1호와 제2호에서는 “정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우(제1호)와 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우(제2호)”는 감면된 취득세를 추징한다”고 규정하고 있다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다. (가) 청구법인은 쟁점부동산을 취득일부터 1년 이내 직접 사용하지 아니하고 매각하게 된 정당한 사유가 있다고 주장한다. (나) 그러나 구 지방세법 제287조 제2항에서 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 등을 면제하되, 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유 없이 의료업에 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세 등을 추징하도록 규정하고 있으며, 그 ‘정당한 사유’라 함은 입법 취지, 사업용 재산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 사용할 수 없는 법령상ㆍ사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 그 재산을 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 포함되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다(대법원 2002.9.4. 선고 2001두229 판결 참조). (다) 청구법인은 2016.4.29. 쟁점부동산을 취득한 후 임차인의 명도거부로 법원에 소송을 제기하였고, 조정권고 결정을 받아 2017.7.15. 명도인도를 받았으며, 1년이 경과하여 2017.7.28. 리모델링 증축공사계약을 체결하여 같은 날 착공을 하게 되었으나 자금계획 등이 흐트러지게 되어 준공하지 못한 채 쟁점부동산을 2020.1.6. 매각하게 되었다. (라) 쟁점부동산의 매매계약서(2016.6.3.)에 의하면, 그 특약사항에 ‘임차인의 명도’에 대하여 명시되어 있는바, 청구법인은 쟁점부동산을 취득할 당시 임차인과의 명도 문제 등 사유로 원만하게 인도받기 어려운 사실상의 장애가 있다는 사실을 알고 있었거나 조금만 주의를 기울였으면 알 수 있었던 것으로 보인다. 위와 같이 청구법인이 주장하는 명도소송과 자금사정은 내부적인 사정으로 지특법 제178조 제1호 및 제2호에 추징의 예외사유에 해당하는 ‘정당한 사유’로 보기 어렵다. (마) 청구법인은 감면유예기간 내인 2016년도에 정화조 공사, 안전진단 검사, 철거 공사 등의 계약을 체결하고, 용역비용을 이체하였는데, 이에 대한 공사 내역은 리모델링 공사를 추진하여 의료업에 사용하기 위한 준비과정에 해당하는 것일 뿐, 위 공사를 수행하였다고 하여 의료업에 직접 사용하였다고도 보기 어렵다. (바) 위의 사정 외에 청구법인이 쟁점부동산을 취득하고 1년 내에 의료업에 직접 사용할 수 없었던 법령상의 장애사유 또는 행정관청의 귀책사유는 없었던 것으로 보인다. (사) 따라서 처분청이 청구법인에게 한 이 건 부과처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.