이 건 부칙의 일반적 경과조치를 근거로, 개정 전「지방세법」의 적용을 전제로 하여「조세특례제한법」상 이월세액 공제규정을 적용할 수 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2015사업연도 이전에 지출한 고용창출투자비 등(이하 “이 건 투자비 등”이라 한다)을 2015사업연도부터 2017사업연도(이하 “이 건 사업연도”라 한다)에 구조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제144조 제1항에 따라 이월세액으로 공제하여 법인세를 신고·납부하였으나, 법인지방소득세는 이 건 투자비 등으로 인한 법인세 이월공제액을 그 과세표준에서 차감하지 않은 상태에서 산출한 세액으로 신고․납부하였다.
• 나. 청구법인은 2021.4.12. 이 건 사업연도의 법인지방소득세 과세표준에서 이 건 투자비 등에 따른 법인세 이월공제액을 차감하여야 한다는 취지로 이 건 사업연도의 법인지방소득세 합계 OOO원(이하 “이 건 지방소득세”라 한다)의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2021.6.3. 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.6.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 지방세법부칙(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것, 이하 “이 건 부칙”이라 한다) 제15조에서 규정하고 있는 일반적 경과조치는 납세자들에게 부여된 신뢰를 보호하기 위한 특별규정이고, 청구법인은 이 건 투자비 등을 지출함에 있어 법인세법령에 따른 세액공제 외에 법인지방소득세에 대해서도 5년간 이월하여 공제받을 수 있다는 신뢰를 가지고 있었다 할 것인바, 비록 종전 지방소득세 법인세분이 독립세 방식인 법인지방소득세로 전환하여 법인세 세액공제 규정이 배제되었다고 하더라도 이는 종전의 세액공제 혜택까지 배제하려는 취지로 볼 수는 없다. 또한, 이 건 부칙 제15조에서 규정하고 있는 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다”에는 개정 전 법령의 시행 당시 이미 과세요건이 충족되어 납세의무가 성립한 조세뿐만 아니라 과세요건이 모두 충족되지는 않았더라도 납세의무자가 개정 전 법령에 의한 지방세 감면 등을 신뢰하여 개정 전 법령의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우를 포함하는 것으로 이 건 사업연도의 법인지방소득세에 대하여도 이 건 부칙 제15조를 적용하여 이월공제를 적용하는 것이 타당하다 할 것이므로 처분청이 이 건 지방소득세의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 2014.1.1. 이전에는지방세법상 법인지방소득세가 법인세액을 과세표준으로 하고 10%의 세율을 적용하여 산출되었으므로, 이월공제가 적용된 법인세액을 과세표준으로 하여 법인지방소득세가 산출되어 법인지방소득세에서도 그 이월공제의 반사적 효과를 보았으나, 이는 지방세법령상 법인지방소득세 세액공제 관련 규정에 따른 법률효과는 아니었고, 법인세 이월공제액을 개정된 이 건 부칙 제15조에서 종전규정의 적용대상으로 규정한 ‘종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 지방세’에 해당한다고 볼 수 없으므로 이 건 지방소득세 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건 부칙의 일반적 경과조치를 근거로, 개정 전지방세법의 적용을 전제로 하여조세특례제한법상 이월세액 공제규정을 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법률: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청들이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인이 이 건 사업연도에 이월세액공제를 적용한 내역은 아래 ＜표1＞과 같다. ＜표1＞ 청구법인의 법인세 이월세액 공제 내역 (단위: 원) (나) 청구법인은 법인세 이월공제액을 적용하지 않은 상태에서 이 건 사업연도분 지방소득세를 납부한 후, 2021.4.12. 아래 ＜표2＞와 같이 지방소득세 경정청구를 하였다. ＜표2＞ 청구법인의 연도별 지방소득세 경정청구 내역 (단위: 원) (다) 청구법인은 이 건 사업연도에 이 건 투자비 등을 이월세액으로 공제하여 법인세를 신고·납부하였으므로 법인지방소득세 과세표준에서이 건 이월공제세액을 제외하여야 한다고 주장한다. (라) 2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된지방세법의 개정이유에는 “소득세 및 법인세의 부가세 형태로 부과ㆍ징수하고 있는 지방소득세를 독립세 방식으로 전환함으로써 지방자치단체의 자주재원을 확충하고 지역경제의 발전을 지방세수의 신장과 연계”하기 위한 것으로 기재되어 있다. (마) 개정지방세법이 발의되었을 당시 OOO전문위원이 작성한 검토보고서에 의하면, “구 지방세법 하에서 법인세 세액공제 및 감면에 연동하여 부가적으로 법인지방소득세도 세액공제ㆍ감면을 받았으나,지방세법의 개정으로 더 이상 이와 같은 혜택이 유지되지 않는다. 법률 개정안이 지방소득세를 부가세에서 독립세 방식으로 전환하였으므로, 지방소득세에 대한 특례조항을 별도로 규정할 필요가 있어 개정안은 개인지방소득세에 관한 세액공제 등에 대하여는 새로이지방세특례제한법등에 옮겨 규정하였던 반면, 법인지방소득세에 관한 특례조항은 배제함으로써 법인에 대한 지방소득세의 과세를 강화하였다”고 기재되어 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 2014.1.1. 개정된지방세법에서 종전 지방소득세 법인세분을 법인지방소득세로 개정한 취지가 법인세에 대한 세액공제를 배제하여 법인소득에 대한 지방세 과세를 강화하고자 하는데 있는 점, 2014.1.1. 개정 전지방세법상 법인지방소득세의 산정방식이 법인세액을 법인지방소득세 과세표준으로 삼았던 결과 법인지방소득세 산출시 법인세 이월공제에 따른 세액감소 효과를 보았던 것으로 이는 일종의 반사이익에 불과한 점, 이 건 부칙 제15조의 일반적 경과조치는 지방세법령에 명시적으로 규정한 내용에 한하여 그 효력이 미치는 것인데, 2014.1.1. 개정 전 지방세법령에서 법인세 이월공제에 관하여 별도로 규정한 바가 없으므로 법인세 이월공제에 따라 지방소득세가 경감되었다 하더라도 이를 일반적 경과 조치의 적용대상이라고 볼 수는 없는 점 등에 비추어 처분청이 이 건 지방소득세의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로지방세 기본법제96조 제6항,국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것) 제91조[신고납부] ① 법인세분의 납세의무자(연결집단의 경우에는 연결모법인을 말한다. 이하 같다)는 제89조에 따라 산출한 세액(이하 이 조에서 “산출세액”이라 한다)을 제87조 제2항 및 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 연결법인 또는 법인의 각 사업장 소재지 관할 지방자치단체별로 안분계산하여 해당 사업연도 종료일부터 4개월(연결법인의 경우에는 해당 연결사업연도 종료일부터 5개월,법인세법 또는국세기본법에 따라 세액이 결정되거나 경정되는 경우에는 그 고지서의 납부기한, 신고기한을 연장하는 경우에는 그 연장된 신고기간의 만료일, 수정신고를 하는 경우에는 그 신고일부터 각각 1개월) 내에 관할 지방자치단체의 장에게 신고하고 납부하여야 한다. 다만, 경정 또는 수정신고로 인하여 사업연도별로 추가납부 또는 환급되는 총세액이 당초에 결정 또는 신고한 세액의 100분의 10에 미달할 때에는 귀속사업연도에도 불구하고 경정고지일 또는 수정신고일이 속하는 사업연도분 법인세분에 가감하여 신고하고 납부할 수 있으며, 이 경우에는지방세기본법제77조를 적용하지 아니한다. 제94조[소득분의 계산방법] ① 소득분은소득세법과법인세법에 따라 신고하거나 결정·경정된 소득세 및 법인세(원천징수된 소득세 및 법인세를 포함한다)로서 납세의무자가 납부하여야 할 세액의 총액에 제89조 제1항의 세율을 적용하여 계산한다. 다만, 제87조 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 부과된 세액은 공제한다.

(2) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것) 제103조의19[과세표준] 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은법인세법제13조에 따라 계산한 금액(조세특례제한법및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 법인세의 과세표준)과 동일한 금액으로 한다. 제103조의22[세액공제 및 세액감면] ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은지방세특례제한법에서 정한다. 이 경우 공제 및 감면되는 세액은 법인지방소득세 산출세액(제103조의31에 따른 토지 등 양도소득에 대한 법인지방소득세 세액을 제외한 법인지방소득세 산출세액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 공제한다.

② 제1항에 따른 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 공제세액 또는 감면세액이 법인지방소득세 산출세액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 한다.

(3) 지방세법 부칙(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것) 제15조[일반적 경과조치] 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

(4) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것) 제26조[고용창출투자세액공제] ① 내국인이 2014년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자와 수도권과밀억제권역 내에 투자하는 경우는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 하는 경우로서 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 감소하지 아니한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 더한 금액을 해당 투자가 이루어지는 각 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 중소기업의 경우에는 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우에도 제1호를 적용한다. 이 경우 제1호의 금액에서 감소한 상시근로자 1명당 1천만원씩 뺀 금액으로 하며, 해당 금액이 음수(陰數)인 경우에는 영으로 한다. (각호 생략) 제144조[세액공제액의 이월공제] ① 제5조, 제7조의2, 제8조의3, 제10조, 제11조, 제12조제2항, 제12조의3, 제12조의4, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제29조의2, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의22, 제104조의25, 제126조의6, 제126조의7 제8항 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년(제5조에 따라 공제할 세액으로서 중소기업이 설립일로부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 7년) 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세[사업소득(제126조의6을 적용하는 경우에는소득세법제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다.