청구법인이 교회로 사용할 목적으로 취득한 부동산을 5년 이내에 다른 종교단체에게 임대함에 따라 감면한 취득세를 추징한 처분이 적법한지 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2016.5.30. OOO토지상의 건축물 중 제OOO호(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 취득하고, 2016.6.2. 처분청에 취득신고를 하면서 지방세특례제한법제50조 제1항에 따른 감면신청을 하여 취득세 등을 감면받았다.
• 나. 처분청은 2021.4.22. 현지 출장한 결과 청구법인이 쟁점부동산을 직접 사용하지 아니하고 다른 종교단체에게 임대한 사실을 확인하고, 2021.5.6. 청구법인에게 지방세특례제한법(2017.1.1. 법률 제14477호로 개정된 것, 이하 “지특법”이라 한다) 제50조 제1항 제1호 및 부칙 제4조 규정에 따라 취득세 신고납부 안내를 하였고, 청구법인은 2021.5.13. 처분청에 과세표준을 OOO원으로 하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고하였다.
• 다. 청구법인은 2021.6.8. 취득세 등의 감면을 구하는 취지의 경정청구를 하였고, 2021.6.8. 처분청은 이를 거부하는 통지를 하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2021.6.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 쟁점부동산을 취득한 후 취득목적대로 종교용으로 사용하던 중 대표자의 건강문제로 인하여 5년이 되기 2개월 전에 다른 종교단체에 임대를 하였던 것으로, 임대 당시 취득세 추징 사유에 해당한다는 사실을 알지 못하였고, 취득 당시 공인중개사 및 법무사로부터도 쟁점부동산을 매도하거나 종교 용도가 아닌 다른 용도로 임대하지만 아니하면 아무런 문제가 없다는 설명을 들었기 때문에 쟁점부동산을 종교 용도로만 사용하면 되는 것으로 알고 다른 종교단체에 이를 임대하였던 것으로서 세법에 무지하여 비롯된 일임을 감안하여 이 건 취득세 등을 취소하여 주기를 바랍니다.
• 나. 처분청 의견

(1) 지방세법제2조 제1항 제2호 및 법인세법제3항 제1호에서 수익사업의 범위에 임대사업을 포함하고 있고, 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 다른 종교단체에 임대한 사실에 대하여는 처분청과 청구법인 사이에 다툼이 없으므로, 청구법인이 쟁점부동산의 임대를 시작한 시점이 취득일부터 5년이 되기 2개월 전이라고 할지라도 이를 수익사업에 해당하지 아니한다고 볼 근거는 없으며, 지특법 제50조 제1항 제1호에서 종교단체가 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우 면제된 취득세를 추징하도록 규정하면서 수익사업에 사용하게 된 정당한 사유를 묻지 아니하고 있으므로, 처분청이 쟁점부동산을 수익사업에 사용하는 경우로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 적법하다 하겠다.

(2) 또한, 청구법인이 쟁점부동산을 다른 용도로 사용하도록 임대하거나 매각할 경우에 한하여 기 감면된 취득세가 추징되고 종교 용도로 사용하는 경우에는 추징사유에 해당하지 아니하는 것으로 알고 있었다고 하더라도, 취득세와 같은 세목은 납세의무자 스스로 납세의무 성립요건의 충족여부를 조사·확인하고 자신의 책임으로 세액을 신고·납부하여야 하는 신고납부방식의 조세로서 그 신고·납부에 대한 책임은 근본적으로 납세자에게 있는 것이고, 법령의 부지나 오인 등이 취득세 등을 추징하지 아니하여도 될 만한 사유에 해당하지 아니하는 것이므로, 처분청에서 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인이 교회로 사용할 목적으로 취득한 부동산을 5년 이내에 다른 종교단체에게 임대함에 따라 감면한 취득세를 추징한 처분이 적법한지 여부
• 나. 관련 법률

(1) 지방세특례제한법(2017.1.1. 법률 제14477호로 개정된 것) 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. “수익사업”이란 법인세법제3조 제3항에 따른 수익사업을 말한다. 제50조(종교단체 또는 향교에 대한 면제) ① 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

1. 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우

2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(2) 지방세특례제한법 부칙 ＜법률 제14477호, 2016.12.27.＞ 제4조(지방세 감면분 추징에 관한 적용례) 제22조 제1항 제1호, 제22조의2 제3항 단서, 제41조 제1항 제1호, 제43조 제1항 제1호, 제50조 제1항 제1호, 제52조 제2항 제1호, 제60조 제2항 제1호, 제72조 제1항 제1호, 제89조 제1항 제1호, 제90조 제1항 제1호 및 제91조 제1호의 개정규정은 이 법 시행 전에 감면받은 지방세를 이 법 시행 후 추징하는 경우에도 적용한다.

(3) 법인세법(2017.1.1. 법률 제14386호로 개정된 것) 제3조(과세소득의 범위) ③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도매업ㆍ소매업, 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료는 다음과 같다. (가) 청구법인은 2016.5.30. 쟁점부동산을 취득하고, 2016.6.2. 처분청에 취득 신고와 함께 감면신청을 하면서 감면신청서와 함께 사용계획서, 정관, 고유번호증 및 소속증명서 등을 증명서류로 제출하여 취득세를 감면받았다. (나) 처분청이 2021.4.22. 현지 출장을 하고 작성한 출장결과보고서상 조사내용은 다음과 같다.

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살펴본다. (가) 지특법 제50조 제1항 본문 및 제1호에서 종교단체가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제하되, 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우에는 감면한 취득세를 추징하도록 규정하고 있다. (나) 청구법인의 경우에 2016.5.30. 쟁점부동산을 취득한 후 5년 이내인 2021.3.22. 이를 다른 종교단체에 임대하고 임대보증금 및 임대료를 수취하고 있는 사실이 확인되므로 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우로서 감면한 취득세의 추징대상에 해당된다 할 것이다. (다) 지특법 제50조 제1항의 문언상 추징여부를 판단함에 있어서 5년 이내에 수익사업에 사용한 경우에 해당되는지 여부만 충족되면 추징대상에 해당된다 할 것이고, 청구법인 대표자의 건강상의 이유로 쟁점부동산을 직접 사용하지 아니하고 임대하였다거나, 임차인이 동일한 종교단체에 해당된다는 사유는 추징 여부를 판단함에 있어서 영향을 미칠 수 없다 할 것이므로, 처분청이 쟁점부동산에 대하여 감면한 취득세 등의 감면을 구하는 경정청구를 거부한 처분은 별다른 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.