청구법인이 과점주주에 해당하는지 여부

[주 문] OOO구청장이 2020.11.18. 청구법인에게 한 취득세 등 OOO원에 대한 경정청구거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2014.10.OOO. 집합투자업자인 AAA주식회사(이하 “AAA”이라 한다)와 OOO(이하 “OOO”이라 한다)에 관한 신탁계약을 체결하고 BBB 주식회사(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 의결권 있는 지분 OOO%(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 취득하여 소유하고 있다.
• 나. CCC 주식회사(이하 “CCC”이라 한다)는 2018.5.25. 쟁점법인의 의결권 있는 지분 OOO%를 취득하였고, 청구법인은 DDD 주식회사(이하 “DDD”라 한다)를 매개로 하여 CCC과 특수관계에 있으므로 지방세법제7조 제5항에 따른 과점주주에 해당하는 것으로 보아 쟁점주식 취득에 따른 과점주주 간주 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 2018.7.2. 신고납부하였다.
• 다. 이후 청구법인은 2020.10.19. 청구법인과 CCC은 특수관계인에 해당되지 아니하므로 과점주주에 해당하지 아니함에도 착오로 취득세를 신고납부하였다는 사유로 기 납부한 취득세 등에 대한 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2020.11.18. 이를 거부하는 통지를 하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2021.2.1. 이의신청을 거쳐, 2021.5.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 세법은 기업회계기준과 근본적으로 그 목적과 체계를 달리하므로 기업회계기준 상 연결대상법인의 판단기준과 지방세법령 상 과점주주의 판단기준은 완전히 별개의 판단기준에 해당된다. 지방세법제7조 제5항에 따른 과점주주의 간주취득세 납세의무를 부담하는 과점주주에 해당하는지 여부는 지방세법령 상 과점주주의 성립 요건 규정에 따라 판단하여야 하며, 이때 관련 지방세법에서 위탁자를 기준으로 납세의무를 부담하도록 하는 별도의 예외 규정을 두고 있지 않은 이상 수탁자를 기준으로 판단하여야 할 것이다. 지방세법령 상 과점주주의 성립 요건 규정을 보면, 과점주주에 해당하기 위해서는 주주가 ⅰ) 50% 이상 출자요건, 또는 ⅱ) 사실상 영향력 요건을 충족하는 특수관계인과 함께 ① 지분율 요건과 ② 실질적 행사 요건을 모두 충족하여야 한다. 그런데 청구법인에는 외형적으로 50% 이상 출자요건을 충족하는 특수관계인이 없으며 청구법인과 CCC은 완전히 독립된 별개의 법인이고, 청구법인과 CCC의 위탁자로서 별개의 법인인 AAA과 OOO이 청구법인과 CCC에 위탁하여 운영하고 있는 사모부동산투자신탁의 수익증권을 소유한 DDD와 EEE 유한회사(이하 “EEE”라 한다)는 주주권과 동일한 권리가 인정되지 않는 수익증권만을 보유하고 있을 뿐이므로 이러한 수익증권 보유 법인을 매개체로 하여 청구법인과 CCC이 지방세법령상 특수관계인에 해당하므로 청구법인에게 과점주주에 해당하는 취득세 납세의무가 있다고 할 수는 없다 할 것인바, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 이 건의 쟁점은 집합투자업자인 AAA이 OOO를, OOO이 OOO(이하 “OOO”라 한다)를 각각 설립하였고, 이러한 펀드에서 수익증권의 판매를 통하여 조성한 자금으로 쟁점법인의 주식 OOO%와 OOO%를 위탁운영사인 청구법인과 CCC 명의로 각각 취득하였으며, 이러한 2개 사모펀드의 수익증권 중 OOO의 수익증권은 DDD가 OOO%를, OOO의 수익증권은 EEE가 OOO%를 소유하고 있는데, EEE의 수익증권 취득자금은 DDD가 대여한 것이므로 사실상 쟁점법인의 주식소유자인 2개 펀드에게 투자한 DDD를 중심으로 청구법인과 CCC이 특수관계인에 해당하는지 여부에 관한 것이라 할 것이다. 청구법인은 이러한 쟁점에 대하여 DDD, CCC, OOO, OOO가 기업회계기준상 연결대상법인이라 하여 지방세법상 특수관계가 성립하는 것은 아니며, 신탁형 집합투자기구의 수익증권을 보유하는 자는 집합투자재산에 대하여 주주권을 실질적으로 행사할 수 있는 지위에 있지 않으므로, DDD가 EEE, OOO, OOO, CCC에 OOO% 이상 출자하거나 사실상 영향력을 행사하고 있지도 아니하기 때문에 청구법인은 DDD를 매개로 CCC과 특수관계에 해당되지 않는다고 주장하고 있다. 지방세법상 과점주주에 해당하는지 여부는 납세의무자인 수탁자를 기준으로 판단하여야 하므로 청구법인과 CCC이 특수관계인에 해당되지 아니하므로 과점주주 간주취득세 납세의무가 없다는 청구주장은 현행 세법의 형식적 테두리 내에서는 타당한 것으로 보일수 있다. 그러나 금융권에서는 이른바 “쉐어딜”이라고 하여 대규모 프로젝트를 다수의 금융기관들이 나누어 투자하거나, 이미 투자된 프로젝트의 수익증권을 재거래하는 것으로 취득세를 회피하는 것으로 알려지고 있는데, 부동산 또는 부동산회사를 자산으로 매입하는 투자신탁의 수익증권을 거래하는 우회적인 부동산 또는 부동산회사의 취득이 취득세 과세대상에서 제외되는지를 검토할 필요가 있다. 수익증권의 거래에는 취득세를 과세하지 않는 것이 현행 지방세 행정의 기본적인 태도이나, 수익증권의 거래는 형식적일뿐 실질적으로 부동산 또는 부동산회사를 사실상 취득한 경우에는 취득세가 과세될 수 있기 때문이다. 궁극적으로 이러한 판단은 실질과세의 원칙에 따라 이뤄지는데 대법원 판결에 따르면 “실질과세의 원칙은 헌법상의 기본이념인 평등의 원칙을 조세법률관계에 구현하기 위한 실천적 원리로서, 조세의 부담을 회피할 목적으로 과세요건사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하는 경우에 그 형식이나 외관에 불구하고 실질에 따라 담세력이 있는 곳에 과세함으로써 부당한 조세회피행위를 규제하고 과세의 형평을 제고하여 조세정의를 실현하고자 하는 데 주된 목적이 있다”고 판시하면서 지방세기본법제17조 제1항에서는 ‘과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래가 서류상 귀속되는 자는 명의(名義)만 있을 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 이 법 또는 지방세관계법을 적용한다’고 규정하고 제2항에서는 ‘이 법 또는 지방세관계법 중 과세표준 또는 세액의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질내용에 따라 적용한다’고 규정하고 있다. 따라서 지방세법제7조 제5항, 이른바 과점주주의 간주취득을 적용함에 있어서도 실질과세원칙이 적용될 수 있다고 보인다고 판결하였다. 이른바 과점주주의 간주취득은 과점주주가 취득세 과세물건을 직접 취득한 것이 아님에도 불구하고 주식 등 취득을 자산의 취득으로 간주하는데 그 이유는 첫째 과점주주로서 당해 법인의 자산을 임의로 처분하거나 관리운용 할 수 있는 지위에 서게 되면 실제 자기의 재산과 다를 바 없으므로 이에 담세력이 있다 할 것이고, 둘째 부동산등을 직접 취득하지 않고 주식 등 취득을 통해 우회적으로 부동산등을 취득함으로써 취득세 납세의무를 회피하는 것을 방지하기 위한 취지이며, 셋째 비상장법인의 주식 등을 특정인이 독과점하는 것을 억제하여 주식 등 분산을 촉진함에 있다 할 것이다. 이러한 법리를 이 건에 대입해 보면, 이 건은 일반적인 투자신탁과는 달리, 쟁점법인의 설립 당시 당초 의결권 있는 주식 OOO%의 주식취득자금을 OOO% 이상 수익증권 형태로 투자한 DDD가, 2018년 5월 쟁점법인의 당초 과점주주였던 ㈜GGG의 보통주식 OOO주를 OOO를 통해 인수하는 과정에서 주식인수대금의 OOO% 이상을 EEE에 대여하고, EEE는 OOO의 수익증권을 매입하고, FFF은 주식명의인을 CCC으로 구성하여 의결권 있는 주식 OOO%를 사실상 취득하였던 것이다. 외관상으로는 수익증권을 투자한 것으로 보이지만 실질상으로는 쟁점법인의 주식을 취득한 것으로 보아야 할 것이며, 결과적으로 DDD는 2018년 5월 경에 당초 투자집단의 의결권 있는 지분율 OOO%와 신규 투자집단의 의결권 있는 지분율 OOO%, 도합 OOO%의 의결권 있는 지분율을 갖춘 사실상 과점주주로서 쟁점법인의 자산을 임의로 처분하거나 관리운용 할 수 있는 지위에 서 있다고 볼 수 있고, 부동산등을 직접 취득하지 않고 주식 등 취득을 통해 우회적으로 부동산등을 취득하였다고 볼 수 있다고 할 것이다. 다만 EEE가 독립적인 수익증권의 투자자로서 기능한다면 DDD는 당초 투자집단을 통해 OOO%의 의결권 있는 주식을 지배하고 있다고 판단할 수 있을 것인데, 2018년 5월 당초 과점주주였던 ㈜GGG의 보통주식 OOO주를 OOO를 통해 취득한 부분까지 DDD의 지배력에 포함시키는 것은 무리한 해석이라고 볼 수 있지만, EEE는 수익증권을 취득하기 위하여 그 취득자금을 모두 DDD로부터 차용하여 취득하였고, 이에 대한 대출약정서에서 EEE는 DDD로부터 대출받은 금원을 수익증권의 취득을 위해서만 사용하여야 하며, 모든 수익을 DDD에 제공한 담보대상계좌로 수령하여야 하며, DDD의 동의 없이는 해산, 청산, 자산 양도, 담보목적물의 처분을 금지하고, 대출금을 용도 이외로 사용하지 못하도록 하도록 하는 등 EEE의 준수사항을 별도로 마련하여 두고 있는 점에 비추어, DDD가 EEE에 수익증권 취득을 위한 투자자금을 대여하여 그 명의로 취득하도록 하는 형태로 실질적으로는 OOO의 수익증권을 지배·관리하였다고 볼 수 있다 할 것이다. 결국 전체적으로 DDD는 당초 투자집단을 통해 쟁점법인의 의결권 있는 주식 OOO%에 대하여 영향력을 행사하고 있고, 신규 투자를 통하여 의결권 있는 주식 OOO%의 사실상 주주권을 행사하는 지위를 갖추었다고 할 것이다. 따라서, DDD는 이른바 쉐어딜 방식으로 쟁점법인의 의결권 있는 주식 OOO%를 주식명의인인 청구법인과 CCC을 통하여 사실상 지배·관리하고 있는 것으로 판단되므로, 처분청이 청구법인과 CCC이 특수관계인으로서 과점주주에 해당된다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 적법하다고 판단된다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인이 과점주주에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세기본법(2019.1.1. 법률 제16039호로 개정되기 전의 것) 제46조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(주식을 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에 상장한 법인은 제외한다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일(이에 관한 규정이 없는 세목의 경우에는 납기개시일) 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 소유주식수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

2. 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들(이하 "과점주주"라 한다)

(2) 지방세기본법 시행령 제2조(특수관계인의 범위) ③ 법 제2조 제1항 제34호 다목에서 "주주ㆍ출자자 등 대통령령으로 정하는 경영지배관계"란 다음 각 호의 구분에 따른 관계를 말한다.

2. 본인이 법인인 경우

• 가. 개인 또는 법인이 직접 또는 그와 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자를 통하여 본인인 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 개인 또는 법인
• 나. 본인이 직접 또는 그와 경제적 연관관계 또는 가목의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

④ 제3항을 적용할 때 다음 각 호의 구분에 따른 요건에 해당하는 경우 해당 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 것으로 본다.

1. 영리법인인 경우

• 가. 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50 이상을 출자한 경우
• 나. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 경우

(3) 지방세법(2019.1.1. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제7조(납세의무자 등) ⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 지방세기본법제46조 제2호에 따른 과점주주(이하 "과점주주"라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등(법인이 신탁법에 따라 신탁한 재산으로서 수탁자 명의로 등기ㆍ등록이 되어 있는 부동산등을 포함한다)을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다. 이 경우 과점주주의 연대납세의무에 관하여는 지방세기본법제44조를 준용한다.

(4) 지방세법 시행령(2019.1.1. 대통령령 제29437호로 개정되기 전의 것) 제11조(과점주주의 취득 등) ① 법인의 과점주주(지방세기본법 제46조 제2호에 따른 과점주주를 말한다. 이하 같다)가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분(이하 "주식 등"이라 한다)을 취득하거나 증자 등으로 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 해당 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식 등을 모두 취득한 것으로 보아 법 제7조제5항에 따라 취득세를 부과한다.

(5) 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제6조(금융투자업) ⑤ 제4항에서 "집합투자"란 2인 이상의 투자자로부터 모은 금전 등을 투자자로부터 일상적인 운용지시를 받지 아니하면서 재산적 가치가 있는 투자대상자산을 취득ㆍ처분, 그 밖의 방법으로 운용하고 그 결과를 투자자에게 배분하여 귀속시키는 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외한다.

1. 대통령령으로 정하는 법률에 따라 사모(私募)의 방법으로 금전등을 모아 운용ㆍ배분하는 것으로서 대통령령으로 정하는 투자자의 총수가 대통령령으로 정하는 수 이하인 경우 제9조(그 밖의 용어의 정의) ⑱ 이 법에서 "집합투자기구"란 집합투자를 수행하기 위한 기구로서 다음 각 호의 것을 말한다.

1. 집합투자업자인 위탁자가 신탁업자에게 신탁한 재산을 신탁업자로 하여금 그 집합투자업자의 지시에 따라 투자ㆍ운용하게 하는 신탁 형태의 집합투자기구(이하 "투자신탁"이라 한다) 제81조(자산운용의 제한) ① 집합투자업자는 집합투자재산을 운용함에 있어서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 하여서는 아니 된다. 다만, 투자자 보호 및 집합투자재산의 안정적 운용을 해할 우려가 없는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 이를 할 수 있다.

1. 집합투자재산을 증권(집합투자증권, 그 밖에 대통령령으로 정하는 증권을 제외하며, 대통령령으로 정하는 투자대상자산을 포함한다. 이하 이 호에서 같다) 또는 파생상품에 운용함에 있어서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 행위

• 가. 각 집합투자기구 자산총액의 100분의 10 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율을 초과하여 동일종목의 증권에 투자하는 행위. 이 경우 동일법인 등이 발행한 증권 중 지분증권(그 법인 등이 발행한 지분증권과 관련된 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 관에서 같다)과 지분증권을 제외한 증권은 각각 동일종목으로 본다.
• 다. 각 집합투자기구 자산총액으로 동일법인 등이 발행한 지분증권 총수의 100분의 10을 초과하여 투자하는 행위 제87조(의결권 등) ① 집합투자업자(투자신탁이나 투자익명조합의 집합투자업자에 한한다. 이하 이 조에서 같다)는 투자자의 이익을 보호하기 위하여 집합투자재산에 속하는 주식의 의결권을 충실하게 행사하여야 한다.

④ 집합투자업자는 제81조 제1항 및 제84조 제4항에 따른 투자한도를 초과하여 취득한 주식에 대하여는 그 주식의 의결권을 행사할 수 없다.

(6) 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제87조(불건전 영업행위의 금지) ④ 법 제85조 제8호에서 "대통령령으로 정하는 행위"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 말한다.

5. 투자자와의 이면계약 등에 따라 그 투자자로부터 일상적으로 명령ㆍ지시ㆍ요청 등을 받아 집합투자재산을 운용하는 행위

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료는 다음과 같다. (가) 쟁점법인과 관련한 투자현황은 아래 ＜표＞와 같다. ＜표＞ 투자현황 OOO (나) 쟁점법인은 2014.10.27. OOO의 개발사업 등을 시행할 목적으로 설립된 프로젝트금융회사이다. (다) 청구법인은 2014.10.27. AAA과 OOO에 관한 신탁계약을 체결하고 쟁점법인의 의결권 있는 지분 OOO%를 취득하였다. (라) EEE는 2018.5.10. 설립되었으며 2018.5.25. DDD로부터 쟁점법인의 수익증권을 취득하기 위한 목적으로 OOO원을 대여받아 OOO의 수익증권을 취득하였으며, 대출약정서에는 아래와 같은 내용이 기재되어 있습니다. OOO (마) CCC은 자본시장법에 따른 증권금융 업무 등을 수행하고 있으며 OOO가 지분 OOO%를 보유하고 있다. (바) CCC은 2018.5.25. OOO과 OOO에 관한 신탁계약을 체결하고 쟁점법인의 의결권 있는 주식 OOO%를 주식회사 HHH 및 주식회사 GGG으로부터 취득하였다. (사) DDD는 자신을 연결모법인으로, DDD를 연결자법인으로 하여 청구법인, OOO, EEE, 쟁점법인, OOO, CCC 등을 연결집단으로 신고하여 국세청의 승인을 받았다. (아) 쟁점법인의 2018년 귀속 감사보고서상 2018년말 주주현황은 아래 ＜표＞와 같다. ＜표＞ 쟁점법인의 주주현황 OOO

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살펴본다. (가) 지방세법제7조 제5항에서 법인의 주식을 취득함으로써 지방세기본법 제46조 제2호에 따른 과점주주가 되었을 때 그 과점주주가 해당 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 본다고 규정하고 있고, 지방세기본법 제46조 제2호에서 과점주주란 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들을 말하는 것으로 규정하고 있다. (나) 위 규정에 따른 과점주주 간주 취득세 제도는 비상장법인의 주식 과반수를 초과하여 취득한 경우에는 당해 법인이 소유한 취득세 과세대상물건을 취득한 것으로 의제하여 과세하는 제도로서, 부동산 등 취득세의 과세대상물건을 취득하지 아니하였으나 법률로서 부동산 등을 취득한 것으로 의제하여 취득세를 과세하는 것인바, 과점주주 간주 취득세를 과세하기 위해서는 ‘비상장법인이 발행한 주식의 과반수 초과 취득’이라는 과세요건이 충족되어야 할 것이고, 과점주주 취득세 제도는 취득세 과세대상물건을 직접 취득하지 아니하였으나 법률상 동 물건을 취득한 것으로 의제하는 성격 등을 감안하여 볼 때, 위 과세요건의 충족 여부는 엄격하게 판단되어야 할 것(대법원 2022.1.14. 선고 2021두51973 판결 등 다수, 같은 뜻임)이다. (다) 처분청은 주주명부상의 주주 명의가 아니라 그 주식에 관하여 주주권을 실질적으로 행사하여 법인의 운영을 지배하는지 여부를 기준으로 과점주주에 해당하는지 여부를 판단하여야 한다는 전제 하에, OOO와 OOO의 수익증권을 거의 대부분 소유하고 있는 DDD를 기준으로 하면 청구법인과 CCC이 경제적 연관관계에 있는 특수관계인에 해당하는 것으로 보아 과점주주에 해당된다는 의견이나, 이 건의 경우 형식상 쟁점법인의 주주인 청구법인과 CCC은 지방세법령상 직접적인 특수관계에 있는 자에 해당되지 아니하며, DDD가 OOO의 수익증권 OOO%를 소유하고 있는 한편, DDD로부터 자금을 대여받은 EEE가 OOO의 수익증권 OOO%를 취득하였으나, 이러한 수익증권을 소유한 DDD나 EEE가 AAA과 OOO이 실질적으로 소유한 쟁점법인의 주식에 대하여 이를 취득하였다거나 주주와 유사한 법인의 경영권에 대한 지배력을 갖추었다고 보기는 어렵다 할 것이다. 따라서, 처분청이 쟁점법인의 주식의 수탁자인 청구법인이 DDD로 매개로 하여 CCC과 특수관계에 있어 쟁점법인의 과점주주에 해당되는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이라고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.