청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 3년 이내에 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것에 정당한 사유가 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2017.10.10. OOO 토지 OOO㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득한 후, 2017.11.17.지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 부칙 제25조 및지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제78조 제4항 제2호 가목에 따라 산업단지에서 산업용 건축물 등을 건축하기 위하여 취득하는 부동산으로 신고하여 취득세 등을 감면 받았다.
• 나. 청구법인은 2020.12.4. 감면유예기간(3년) 내에 산업용 건축물을 신축하지 아니함에 따라 당초 감면받았던 취득세 등 합계 OOO원(이하 “쟁점취득세”라 한다)을 신고‧납부하였다.
• 다. 청구법인은 2021.2.24. 감면유예기간 내에 쟁점토지를 해당 용도로 직접 사용하지 못한 데에는지방세특례제한법제78조 제5항 제1호에 규정된 ‘정당한 사유’가 있다는 취지로 쟁점취득세의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2021.4.15. 이를 거부하였고, 2021.5.4. 기 감면하였던 2018∼2020년도 재산세 등 합계 OOO원(이하 “쟁점재산세”라 하고, 쟁점취득세와 합하여 “쟁점처분”이라 한다)을 부과·고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2021.5.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2018년 6월 대기업의 합작 투자를 유치하고자 하였으나 실패하였고, 2020년 2월 공장설계를 발주하였으나 지역 내 코로나 발생에 따른 정상적인 경제활동이 불가하여 건축설계가 지연되었으며, 2020.5.14. 전체 사업장이 휴업(2개월)을 하여 공장의 정상운영도 불가하였다. 그러나 청구법인은 2020.5.19. 쟁점토지에 건축허가 신청을 하였고 2020.7.15. 처분청으로부터 건축허가 승인을 받은 후, 2020.7.16. 착공하여 2020.12.11. 사용승인을 받았다. 대법원은 건축공사에 착공한 때에는 당해 용도에 사용하기 위한 정당한 사유가 있다고 보고 있는바, 청구법인은 감면유예기간 내에 공장으로 사용하기 위해 착공시부터 준공시까지 실제적인 행위를 하였고, 유예기간 종료일(2020. 10.9.) 기준 공장 건축물의 철골작업이 완료되었던 점에서 착공 이후 80% 정도의 공정이 진행되었다고 볼 수 있다. 또한 감면유예기간 내에 건축공사 준공은 이루어지지 아니하였으나, 사용승인일까지 63일만을 경과하였고, 처분청의 건축허가 심의기간을 제외할 경우 초과일수는 5일에 불과하다. 따라서 청구법인이 감면유예기간 내에 공장용 건축물을 착공하였고, 유예기간 종료일 당시 80% 수준의 공정이 진행되었던 점에서 청구법인에게 쟁점토지를 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 없다고 본 쟁점처분은 위법·부당하다.
• 나. 처분청 의견 조세의 감면 요건은 특별한 사정이 없는 한 납세의무자에게 입증책임이 있는바, 대기업의 투자 유치 실패와 코로나 발생에 따른 정상적인 경제활동 불가, 전체 사업장의 휴업 등 법령상 또는 사실상 장애사유 여부에 대하여는 청구법인이 이를 입증하여야 하나, 객관적인 증빙을 제출하지 않아 구체적인 사안을 파악하기 어렵다. 또한, 기업이 특정 프로젝트 및 사업을 목적으로 합작 투자 유치를 시도하였다가 실패한 것은 기업 내부의 문제로, 기업의 자금사정이나 수익상의 문제, 전반적인 경기침체 등의 사정으로 건축 공사가 연기되었다는 사정은 해당 기업의 귀책사유에 비롯된 것에 불과할 뿐, 거기에 ‘정당한 사유’가 있다고 할 수 없다. 구체적으로 보면, 청구법인은 대기업의 투자 유치를 실패한 이후 쟁점토지를 나대지로 방치하다가 2년 후인 2020년 7월에야 착공이 이루어진 점에서 쟁점토지를 해당 용도로 직접 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였다고 보기도 어렵다. 청구법인은 코로나19 사태 및 사업장 휴업으로 인하여 공장 착공을 하지 못하였다고 주장하나, 이러한 사정은 쟁점토지 취득 후 상당한 시간(각 2년 4개월, 2년 7개월)이 지나서 발생되었고, 실제 건축기간은 약 5개월이 소요된 점에서 만약 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 바로 착공하였더라면 감면유예기간 내에 충분히 해당 용도에 맞게 직접 사용이 가능하였을 것으로 보이는 점 등에서 이를 정당한 사유로 볼 수 없다. 한편 청구법인은 감면유예기간 내 착공을 하였으며 유예기간 종료시점에 건축의 80% 공정이 진행되었던 점을 들어 정당한 사유가 있다고도 주장하나, 건축물 착공은 정당한 사유를 판단하는 데 있어 참작할만한 사정은 될 수 있으나 착공을 하였다고 해서 바로 정당한 사유가 인정되는 것은 아니고, 청구법인은 취득일부터 2년 9개월이 지나서야 착공한 점에서 쟁점토지를 목적사업에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다했다고 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 3년 이내에 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것에 정당한 사유가 있는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 일부 개정된 것) 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. “직접 사용”이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다. 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ① 산업입지 및 개발에 관한 법률 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 산업기술단지 지원에 관한 특례법 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대해서는 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60)를 2016년 12월 31일까지 각각 경감한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다.

④ 제1호 각 목의 지역(이하 “산업단지등”이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 대상 지역

• 가. 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지

2. 경감 내용

• 가. 산업용 건축물등을 건축하려는 자[공장용 건축물(건축법 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다]가 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2016년 12월 31일까지 경감한다.

⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 부 칙 제25조(산업단지 입주기업 등에 대한 경감세율 특례) 제78조 제1항에 따른 사업시행자와 2015년 12월 31일까지 분양계약을 체결하고 제78조 제4항 제1호의 대상지역에서 산업용 건축물 등을 건축［공장용 건축물(건축법제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다］ 또는 대수선 하려는 자가 제78조 제4항에 따라 취득하는 부동산에 대해서는 이 법 개정 법률에도 불구하고 2017년 12월 31일까지 종전의 법률을 적용한다.

(2) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 일부 개정되기 전의 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1호 각 목의 지역(이하 “산업단지등”이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다.

1. 대상 지역 가.산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지

2. 감면 내용

• 가. 산업용 건축물 등을 건축하려는 자[공장용 건축물(건축법 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다]가 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.
• 다. 가목의 부동산에 대한 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다.

⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 OOO에서 자동차 부품 제조업, 공작기계 부품 제조업 등을 영위하고 있는 법인이다.

(2) 청구법인은 2014.7.31. 산업용 건축물을 신축하기 위하여 OOO일반산업단지 내 쟁점토지를 AAA주식회사와 분양계약을 체결하고, 2017.10.10. 분양대금 잔금완납 후, 2017.11.17.지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 부칙 제25조 및지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제78조 제4항 제2호 가목에 따라 취득세 등을 감면받았다.

(3) 청구법인은 2020.5.19. 건축허가 신청을 하였고, 2020.7.15. 건축허가 승인을 받았으며, 2020.7.16. 착공을 하고, 2020.11.23. 준공검사 신청 후 2020.12.11. 건축물 사용승인을 받았다.

(4) 처분청 출장복명서 내용은 다음과 같다. (가) 1차 출장복명서(2020.11.5.)에 따르면, 청구법인은 2020.7.22.부터 건축공사를 진행하였고, 출장 당시 쟁점토지의 현황은 공장건축 중인데, 동 건축물의 외형공사는 완료된 것(골조공사 완료)으로 나타나며, 청구법인의 임원은 2020.11.15.까지 준공검사를 신청할 계획이라고 진술한 것으로 기재되어 있다. (나) 2차 출장복명서(2020.11.27.∼2020.11.30.)에 따르면, 처분청 담당공무원은 청구법인의 임원과 면담 후 취득세 자진신고 및 신고기한 연장 안내를 한 것으로 기재되어 있다. (다) 3차 출장복명서(2021.3.5.∼2021.3.16.)에 따르면, 공장건물 준공 후 청구법인은 이를 해당 용도로 사용하지 않아 폐문 상태로 있고, 준공된 공장 면적은 쟁점토지 면적의 일부일 뿐, 나머지는 나대지 상태로 방치되고 있는 것으로 기재되어 있다.

(5) 청구법인은 2020.12.4. 기 감면 취득세 자신신고 안내에 따라 쟁점취득세를 신고‧납부하였다가, 2021.2.24.지방세특례제한법제78조 제5항 제1호상 ‘정당한 사유’가 있다는 사유로 경정청구를 하였으나, 처분청은 2021.4.15. 및 2021.5.4. 청구법인에게 쟁점처분을 하였다. (6)지방세특례제한법제78조 제5항 제1호상 ‘정당한 사유’와 관련하여 청구법인이 주장하는 사실관계 및 제출 증빙은 다음과 같다. (가) 청구법인은 2018년 6월 대기업 합작 투자를 유치하고자 하였으나, 목적 외 사용 불가로 투자 유치에 실패하였다. (나) 청구법인은 2020.2.1. 공장설계를 발주하였으나 2020.2.18. 지역 코로나 발생에 따른 경제활동 위축으로 건축 설계가 지연되었고, 2020.5.14. 전체 사업장 휴업(2개월)에 따라 정상적인 운영도 불가능하였다. (다) 처분청에 제출된 공장건물의 감리완료보고서의 주요 내용은 아래 ＜표＞와 같다. ＜표＞ 감리완료보고서 OOO

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다. (가)지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제78조 제4항에서 제1호 각 목의 지역(이하 “산업단지 등”이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다고 규정하면서 제1호 가목에서산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지를, 제2호 가목에서 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다고 규정한다고 규정하고 있고, 같은 조 제5항에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다고 규정하면서 제1호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우를 규정하고 있다. (나) 한편 위 (가)에서 규정하는지방세특례제한법제78조 제5항 제1호의 ‘정당한 사유’는 법령에 의한 금지 제한 등 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함되고, 그 사유의 유무를 판단함에 있어서는 부동산의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상 사실상의 장애사유 및 장애 정도, 당해 취득자가 부동산을 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 고려하여 판단하여야 할 것이다. (다) 이 건의 경우 청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 3년 이내에 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 데에는 정당한 사유가 있다고 주장하나, 청구법인은 쟁점토지 취득 후 나대지로 방치하다가 2년 9개월이 지나서야 착공을 하였는바, 건축공사기간(4개월)을 감안할 때 쟁점토지 취득 후 바로 착공하였더라면 감면유예기간 내에 충분히 공장 사용승인을 받을 수 있었던 것으로 보이는 점, 청구법인이 주장하는 대기업 투자 유치 실패 및 코로나19 사태, 사업장 휴업 등의 사정은 행정관청의 사용 금지·제한 등 외부적 사유라거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 당초 용도에 사용할 수 없는 경우라고 보기는 어려운 점, 처분청 출장복명서에 의하면, 청구법인은 공장 사용승인을 받은 후 그 업무에 사용함에 있어 아무런 제한이 없음에도 쟁점처분 1개월 전까지 공장을 해당 용도로 사용하지 않고 폐문 상태로 두었던 것으로 나타나는 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 감면유예기간(3년) 이내에 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것에는 정당한 사유가 있다고 볼 수 없으므로 처분청이 청구법인에게 한 쟁점처분에는 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로지방세기본법제96조 제6항과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.