[주 문] OOO군수가 2021.4.1. 청구법인에게 한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 재산세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
- 가. 청구법인은 2015.6.23. OOO 토지 OOO㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득한 후, 이 건 토지를 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 부칙 제25조에 따른 제78조 제1항에 따른 사업시행자와 2015년 12월 31일까지 분양계약을 체결하고 산업용 건축물등을 건축하려는 자가 제78조 제4항에 따라 취득하는 부동산으로 신고하여 취득세 등은 면제받고 나머지 농어촌특별세 OOO원을 2015.7.14. 처분청에 신고․납부하였다.
- 나. 처분청은 이 건 토지 중 OOO㎡의 토지가 나대지 상태인 것을 확인한 후, 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 이전의 것) 제78조 제5항 제1호에 따른 정당한 사유 없이 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 않아 취득세 및 재산세 등의 추징사유가 발생한 것으로 보아, 2021.4.1. 청구법인에게 쟁점토지의 취득가액인 OOO원을 과세표준으로 하고, 지방세법 제11조 제1항 제7호의 세율(4%)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 및 2016년∼2020년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 각 개별공시지가 총액에 공정시장가격 비율(70%)을 적용하여 산출한 금액을 과세표준으로 하여 산출한 재산세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과․고지하였다.
- 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.5.26. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 이 건 토지를 분양으로 취득하고 그 토지상에 공장용 건축물 OOO㎡(건폐율 18.13%)를 신축한 후, 공장등록까지 완료하였다. 처분청은 이 건 토지상에 공장용 건축물을 신축하면서 그 바닥면적 토지와 콘크리트로 포장된 주차장 용도로 사용하는 토지를 제외한 나머지 쟁점토지가 나대지 상태로 방치하였다는 의견이나, 쟁점토지는 이 건 토지상에 공장용 건축물을 건축한 후 남은 잔여지이며 사실상 방치한 것이 아니라 평탄화 작업을 완료하고 쇄석ㆍ자갈 등을 바닥에 깔아 마무리 작업을 하였으며, 해당 면적 일부 지하에 공장 배수설비가 설치되어 공장 건축물의 부속 설비로 계속 사용되고 있으며, 쟁점토지 중 한 곳은 향후 공장용 건축물의 증축을 계획하고 있는 토지이고 필요에 따라 주차장 등으로 활용하고 있으며, 나머지 다른 한 곳은 종업원 복리후생시설(체육기구 설치 및 녹지 조성)로 사용하고 있으나 현재는 코로나19의 영향으로 대내외 활동이 없는 상태의 토지이며 청구법인이 생산하는 제품은 자동차용 타이어 등에 들어가는 섬유 소재의 제품으로서 특성상 온도ㆍ습도에 영향이 많아 햇빛에 노출되는 실외에는 제품을 야적할 수도 없는 상황이다.
(2) 쟁점토지는 단일 필지의 공장용지로서 한 울타리내 경계로 둘러 쌓여 있고 하나의 출입문을 사용하고 있으므로, 사회통념상 공장 구내용 건축물의 앞마당으로 보는 것이 맞으며 포장되지 않는 쟁점토지 부지를 공장용 건축물의 부속토지 외에는 타 용도로 사용할 수 없는 토지이며 실제로도 임대 등 타 용도로 사용된 사실도 없다. 특히, 처분청은 2018년부터 2020년까지 이 건 토지의 재산세를 부과하면서 이 건 토지 전체 면적이 공장입지기준면적 이내의 토지로서 분리과세를 하였는바, 이는 처분청 스스로도 쟁점토지를 포함한 이 건 토지 전체가 공장용 건축물의 부속토지라는 사실을 인정하고 있는 것임에도 단지 1구내 토지 중 쟁점토지가 외형적으로 나대지 상태라는 이유로 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.
(1) 청구법인은 쟁점토지 지하에 공장용 배수설비가 설치되어 있고, 향후 공장용 건축물로 증축이 예정되어 있으며, 현재 쟁점토지 일부는 주차장, 종업원 복지후생시설(체육기구 설치, 녹지 조성) 등의 용도로 사용하고 있으므로 쟁점토지를 포함한 이 건 토지 전체가 이 건 공장용 건축물의 부속토지라고 주장하나, 처분청이 현지 확인한 바에 의하면, 청구법인은 이 건 토지를 취득한 후 3년이 경과한 2018.11.4. 현재까지 쟁점토지를 나대지 상태로 방치하였고, 항공사진에서도 2015.10.13.부터 2017.11.4.까지 나대지 상태인 것으로 확인되고 있는 점에 비추어, 청구법인은 쟁점토지를 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 않았으므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.
(2) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제8조 및 공장입지기준고시 제3조 제1항에 따른 기준공장면적률 이내라도 이는 공장의 원활한 설립을 지원하기 위하여 공장입지의 기준을 규정한 것에 불과한 것(대법원 2014.5.26. 선고 2014두3389 판결 참조)이고, 감면받은 토지가 나대지 등으로 방치되고 있다면 이를 당해 공장용 건축물에 직접 사용한다고 보기에는 무리가 있어 추징대상에 해당된다 할 것(행정안전부 지방세특례제도과-1848, 2019.5.14. 및 지방세특례제도과-626, 2021.3.12. 참조)이다. 청구법인은 이 건 토지 전체가 공장입지기준면적 이내인 것으로 확인되므로 이 건 토지의 일부인 쟁점토지도 이 건 공장의 부속토지로서 직접 사용하였다고 주장하나, 쟁점토지가 비록 재산세 분리과세 또는 공장입지기준고시의 공장용 기준면적 이내라고 하더라도 감면유예기간 3년이 경과한 2021.2.8. 현재까지 쟁점토지를 수풀이 우거져 있는 등 나대지 상태로 계속 방치된 상태인 것으로 확인되는 이상 청구법인은 쟁점토지를 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 않은 것으로 보아 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁 점 청구법인이 공장입지기준면적 이내인 이 건 토지 중 쟁점토지를 산업용 건축물등의 용도에 직접 사용하지 않은 것으로 보아 이 건 취득세 등을 추징한 처분의 당부
- 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
- 다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료를 보면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 2015.6.23. 이 건 토지를 취득하여, 2017.12.20. 처분청으로부터 이 건 토지상에 공장용 건축물 OOO㎡(건폐율 18.13%)의 건축허가를 받아 2018.1.22. 공사착공을 한 후, 같은 건에 대하여 2018.6.4. 사용승인을 받았으며, 2019.1.10. OOO에 공장등록(업종: 자동차용 신품․부품 제조업)을 하였다. (나) 공장등록증 및 공장입지 기준고시(2016.3.8. 산업통상자원부고시 제2016-45호로 개정되기 전의 것)에 의하면, 청구법인은 기타 자동차 부품 제조업(타이어 등에 들어가는 섬유제품, 분류번호 30399)을 영위하는 법인으로 위 업종에 대한 기준공장 면적율은 12%이며, 동 면적율을 기준으로 지방세법 시행규칙 제50조에 따른 공장입지기준 면적을 산정하면 OOO㎡(건축물 연면적 OOO㎡×100/12)인 것으로 나타난다. (다) 재산세 과세내역서에 의하면, 처분청은 이 건 토지(OOO㎡)에 대해 위 공장입지 기준면적 이내인 것으로 보아 2018년부터 2020년까지의 재산세 과세대상구분을 분리과세한 것으로 확인된다. (라) 처분청 담당공무원은 2021.2.8. 현지 확인을 통해, 이 건 토지(OOO㎡)상에는 공장용 건축물(OOO㎡)이 신축되어 있으나 그 부속토지를 제외한 나머지 부분의 토지는 나대지(현장사진은 생략) 상태인 것으로 확인하였다. (마) 항공사진에 의하면, 이 건 토지의 이용현황은 2015.10.13.부터 2017.11.4.까지는 나대지인 것으로, 2018.11.4. 이후부터는 공장용 건축물이 신축되어 있으며, 쟁점토지는 계속하여 나대지(항공사진 생략)인 것으로 나타난다. (바) 청구법인은 쟁점토지를 컨테이너 건물 1동과 건축자재, 프라스틱 파레트, 공장 생산품, 프라스틱 파레트 등을 적재하는 용도로 사용하고 있다고 주장하고 있고, 이 건 공장용 건축물 도면 등에 의하면 쟁점토지상에는 쇄석 자갈이 깔려 있으며, 우수관, 맨홀 뚜껑 등의 배수설비가 설치되어 있고 이 건 공장용 건축물등은 제3자에게 임대한 사실은 없는 것으로 확인된다. (사) 이 건 토지는 공장용 건축물과 함께 하나의 울타리로 경계가 되어 있고, 하나의 출입문을 사용하며, 이 건 토지 중 쟁점토지에 대하여 다른 토지와 다르게 필지를 분할하였거나 별도로 구획을 하여 공장용 건축물과 다른 용도로 사용한 사실은 없는 것으로 나타난다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 제78조 제4항에서 제1호 각 목의 지역에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다고 규정하면서 그 제1호 가목에서 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지를, 그 제2호 가목에서 산업용 건축물등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 그 제2호 다목에서 가목의 부동산에 대한 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 75를 경감)한다고 규정하고 있고 제78조 제5항에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다고 규정하면서 그 제1호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우를 규정하고 있다. 한편, 위 같은 법 부칙 제25조에서 제78조 제1항에 따른 사업시행자와 2015년 12월 31일까지 분양계약을 체결하고 제78조 제4항 제1호의 대상지역에서 산업용 건축물등을 건축하려는 자가 제78조 제4항에 따라 취득하는 부동산에 대해서는 이 법 개정 법률에도 불구하고 2017년 12월 31일까지 종전의 법률을 적용한다고 규정하고 있다. (나) 처분청은 지방세법령에 의한 공장입지기준면적 이내의 토지라 하더라도 쟁점토지가 나대지 상태로 있으므로 지방세특례제한법 제78조 제5항 제1호에 따른 취득세 및 재산세 등의 추징대상이라는 의견이나, 쟁점토지가 비록 나대지 상태라 하더라도 이 건 토지는 하나의 울타리로 경계가 되어 있으면서 하나의 출입문을 사용하는 1구의 공장용 토지에 해당하고, 쟁점토지 아래에는 공장용 배수설비 등이 매설되어 있고 그 지상에 맨홀이 설치되어 있어 무단으로 방치되어 있는 통상의 나대지와는 그 사실관계가 다르다고 하겠으므로 쟁점토지를 포함한 이 건 토지 전체가 사실상 일단의 공장용 건축물의 부속토지로 볼 수 있다 하겠으며, 청구법인이 이 건 토지 중 쟁점토지에 대하여만 별도로 필지를 분할하였거나 별도 구획을 하여 공장 이외의 다른 용도로 사용한 사실이 없고, 쟁점토지를 제3자에게 임대한 사실도 없다 하겠으므로 청구법인이 쟁점토지를 공장용도에 직접 사용하지 않은 것으로 단정하기 어려운 점, 이 건 토지상의 공장용 건축물(OOO㎡)은 2019.1.10. OOO으로부터 공장으로 등록이 되었고, 그 공장등록증명서에 의하면 이 건 토지 전체가 공장용 건축물의 부속토지로서 기준공장 면적률이 12%로 기재되어 있으며, 지방세법 시행규칙 제50조에 따른 공장입지기준면적을 산정하면 OOO㎡로 산정되어 쟁점토지를 포함한 이 건 토지 면적(OOO㎡)이 일반적인 공장용 건축물의 부속토지와 달리 지나치게 넓은 토지라고 보기 어렵고, 처분청이 2018년부터 2020년까지 재산세를 부과하면서 이 건 토지 전부를 공장입지기준면적 이내의 토지인 것으로 인정하여 재산세를 분리과세하였으며, 청구법인이 이 건 토지상의 공장용 건축물을 계속하여 정상적으로 가동․운영하고 있는 점 등에 비추어, 처분청이 이 건 토지 중 쟁점토지만을 청구법인의 제조업에 직접 사용하지 아니한 경우로 보아 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령
(1) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1호 각 목의 지역(이하 “산업단지등”이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다.
1. 대상 지역
- 가. 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지
- 나. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 따른 유치지역
- 다. 산업기술단지 지원에 관한 특례법에 따라 조성된 산업기술단지
2. 감면 내용
- 가. 산업용 건축물등을 건축하려는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.
- 나. 산업단지등에서 산업용 건축물등을 대수선하여 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세의 100분의 50을 경감한다.
- 다. 가목의 부동산에 대한 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다.
⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우
⑥ 제2항 및 제4항에 따른 공장의 업종 및 그 규모, 감면 등의 적용기준은 안전행정부령으로 정한다.
(2) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1호 각 목의 지역(이하 “산업단지등”이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.
1. 대상 지역
- 가. 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지
- 나. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 따른 유치지역
- 다. 산업기술단지 지원에 관한 특례법에 따라 조성된 산업기술단지
2. 경감 내용
- 가. 산업용 건축물등을 건축하려는 자[공장용 건축물(건축법 제2조제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다]가 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2016년 12월 31일까지 경감한다.
- 나. 산업단지등에서 산업용 건축물등을 대수선하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 25를 2016년 12월 31일까지 경감한다.
- 다. 가목의 부동산에 대한 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 75를 경감)한다.
⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우
⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우
⑥ 제2항 및 제4항에 따른 공장의 업종 및 그 규모, 감면 등의 적용기준은 안전행정부령으로 정한다. ＜부칙＞ 제25조(산업단지 입주기업 등에 대한 경감세율 특례) 제78조 제1항에 따른 사업시행자와 2015년 12월 31일까지 분양계약을 체결하고 제78조 제4항 제1호의 대상지역에서 산업용 건축물등을 건축［공장용 건축물(건축법 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다］ 또는 대수선 하려는 자가 제78조 제4항에 따라 취득하는 부동산에 대해서는 이 법 개정 법률에도 불구하고 2017년 12월 31일까지 종전의 법률을 적용한다.
(3) 지방세법 제106조(과세대상의 구분 등) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.
3. 분리과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지
- 가. 공장용지ㆍ전ㆍ답ㆍ과수원 및 목장용지로서 대통령령으로 정하는 토지
(4) 지방세법 시행령 제102조(분리과세대상 토지의 범위) ① 법 제106조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.
1. 공장용지: 제101조 제1항 제1호 각 목에서 정하는 지역에 있는 공장용 건축물(제103조 제1항 제2호 및 제3호의 건축물을 포함한다)의 부속토지로서 행정안전부령으로 정하는 공장입지기준면적 범위의 토지. 다만, 건축법 등 관계 법령에 따라 허가 등을 받아야 하는 건축물로서 허가 등을 받지 않은 공장용 건축물이나 사용승인을 받아야 하는 건축물로서 사용승인(임시사용승인을 포함한다)을 받지 않고 사용 중인 공장용 건축물의 부속토지는 제외한다.
(5) 지방세법 시행규칙 제50조(공장입지기준면적) 영 제102조 제1항 제1호에서 “행정자치부령으로 정하는 공장입지기준면적”이란 별표3에 따른 공장입지기준면적을 말한다. 【별표3】공장입지기준면적(제50조 관련) 1.공장입지기준면적＝공장건축물 연면적× 100 업종별 기준공장 면적률
2. 공장입지기준면적의 산출기준
- 가. 공장건축물 연면적: 해당 공장의 경계구역 안에 있는 모든 공장용 건축물 연면적(종업원의 후생복지시설 등 각종 부대시설의 연면적을 포함하되, 무허가 건축물 및 위법시공 건축물 연면적은 제외한다)과 옥외에 있는 기계장치 또는 저장시설의 수평투영면적을 합한 면적을 말한다.
- 나. 업종별 기준공장면적률: 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제8조에 따라 산업통상자원부장관이 고시하는 “업종별 기준공장면적률”에 따른다.
(6) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제8조(공장입지의 기준) 산업통상자원부장관은 관계 중앙행정기관의 장과 협의하여 다음 각 호의 사항에 관한 공장입지의 기준(이하 “입지기준”이라 한다)을 정하여 고시하여야 한다. 이를 변경한 경우에도 또한 같다. 1.국토의 계획 및 이용에 관한 법률등 대통령령으로 정하는 법령에서 용도지역별로 허용 또는 제한되는 공장의 업종ㆍ규모 및 범위 등에 관한 사항
2. 제조업종별 공장부지면적에 대한 대통령령으로 정하는 공장건축물등(이하 “공장건축물등”이라 한다)의 면적의 비율(이하 “기준공장면적률”이라 한다)과 그 적용 대상
3. 제조업종별 환경오염 방지에 관한 사항
4. 환경오염을 일으킬 수 있는 공장의 입지 제한에 관한 사항
(7) 공장입지 기준고시(2016.3.8. 산업통상자원부고시 제2016-45호로 개정되기 전의 것) 제3조(기준공장면적률과 그 적용방법) ① 법 제8조 제2호의 제조업종별 공장부지면적에 대한 공장건축면적의 비율(이하 "기준공장면적률"이라 한다)은 별표1과 같다. 이 때, 공장부지면적 및 공장건축면적의 산정방법은 다음 각 호에 따른다.
1. 공장부지면적의 산정방법: 공장이 설치된 부지의 수평투영면적으로 한다.
2. 공장건축면적의 산정방법
- 가. 공장건축면적은 공장부지내의 모든 건축물 각층의 바닥면적 합계와 건축물의 외부에 설치된 기계·장치 기타 공작물의 수평투영면적을 합산한 면적으로 한다.
- 나. "가"목의 "공장건축면적"에는 공장설립(신설·증설·이전)승인일부터 4년이내의 공장건축 계획분을 포함한다. 다만, 시장·군수·구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)또는 관리기관이 지역의 경제여건이나 공장의 규모 등을 고려하여 동기간을 초과하여 공장을 건축하는 것이 부득이 하다고 인정하는 경우에는 그 기간을 연장하여 적용할 수 있다. [별표1] 업종변경의 대상이 되는 업종분류 및 기준공장면적률 세분류 세세분류 기준공장면적률 분류번호 업종명 분류번호 업종명 3039 기타 자동차 부품 제조업 30399 그 외 기타 자동차 부품 제조업 12%