[요지] 청구법인의 경우 2020.8.1.부터 2020.12.31.까지의 사업실적은 확인이 되나, 도․소매업에 의한 상품매출액에 해당하는지 또는 제조업에 의한 제품매출액인지의 여부가 불분명하므로 처분청이 청구법인의 설립당시인 2020.7.6.부터 2020.12.31.까지의 기간에 대한 사업실적(재무제표, 세금계산서, 제조시설 구입시기, 송금자료 등)을 재조사하여 도․소매업에 따른 사업실적이 있는 것으로 확인되는 경우에는 처분을 유지하고, 설립 당시의 업종인 도․소매업과는 다른 별도의 생산설비를 갖추고 창업의 목적에 부합하는 제조업을 영위한 사실이 있는 경우에는 이 건 경정청구 거부처분을 취소함이 타당하다고 판단됨.
[참조결정] 조심2013지0058
[주 문] OOO이 2022.2.3. 청구법인에게 한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원의 경정청구 거부처분은 처분청이 2020.7.6.부터 2020.12.31.까지의 기간에 대한 청구법인의 사업실적을 재조사 하여 청구법인이 2020.7.6. 설립 당시의 업종인 도․소매업을 영위한 사실이 없이 별도의 생산설비를 갖추고 제조업을 영위한 사실이 확인되는 경우 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 2020.7.6. 설립된 법인으로 벤처기업육성에 관한 특별조치법에 따라 2021.1.12. 창업벤처기업으로 인정을 받은 법인으로서 설립당시에는 식품 및 건강식품 원료․제품․관련기기 등의 도․소매업을 영위할 계획이었으나 직원(연구원) 부족으로 아무런 사업을 영위하지 못하였다. 이후 2020.10.26.부터 직원을 충원(청구법인 대표이사인 AAA의 전 직장인 주식회사 BBB 소속)하였고 이 때 주식회사 CCC 소유의 공장인 이 건 부동산을 청구법인과 공동으로 사용하는 사업협정을 체결하면서 생산시설을 확보하게 되었고 본격적으로 화장품 제조업 등의 사업을 영위할 수 있었다. 따라서 청구법인의 매출액은 2020년에는 전혀 없었고 2021년 1월부터 4월까지 매출 누계액은 OOO원 정도에 불과하다.
(2) 지방세특례제한법 제58조의3 제2항에서 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항에 따른 벤처기업 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업일부터 3년 이내에 벤처기업으로 확인받은 기업이 최초로 확인받은 날부터 4년 이내에 취득하는 부동산에 대해서는 그 취득세 등을 감면(75%)하도록 규정하고 있다. 지방세특례제한법과 조세특례제한법은 창업중소기업과 창업벤처중소기업에 대해 감면혜택을 부여하면서 창업중소기업은 창업당시의 업종과 과밀억제권역에서의 창업을 제한하고 있는 반면, 창업벤처중소기업에 대해서는 창업당시로 업종과 지역 제한이 없는바, 청구법인은 창업벤처중소기업으로 인정(2021.1.12.)을 받았고 업종은 제조업․연구개발업이며, 창업벤처중소기업으로 인정을 받은 지 4개월이 경과하여 이 건 부동산을 취득하였으므로 위 규정에 따른 감면요건을 모두 준수하였음에도 처분청은 청구법인이 설립(2020.7.6.)될 당시에 과밀억제권역인 OOO에서 창업을 하였고 창업일 당시의 업종이 도․소매업을 영위하였다는 이유로 청구법인은 지방세특례제한법 제58조 제1항에 따른 창업중소기업 또는 같은 조 제2항에 따른 창업벤처중소기업도 아니라고 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
3. 심리 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료를 보면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 법인등기부등본에 의하면, 주식회사 DDD은 수도권정비법에 따른 과밀억제권역에 소재하는 OOO를 본점소재지로 하고, 식품 및 건강식품 원료․제품․관련기기 등의 도․소매업 등을 영위하기 위하여 2020.7.6. 설립되었고, 이로부터 3개월이 경과된 2020.10.30. 화장품 및 화장품원료의 연구개발ㆍ제조업 등의 목적 사업을 추가한 것으로 나타난다. (나) 주식회사 DDD은 2021.1.16. 상호가 청구법인으로 변경되었고, 2021.5.4. OOO로 본점소재지가 이전되었다. (다) 청구법인 정관(제2조)에 의하면, 청구법인은 2020.7.6. 현재 식품 및 건강식품 원료, 제품, 관련기기 등의 도ㆍ소매업, 무역업(수출입) 등의 사업을 영위하는 것으로 나타나며, 연구개발업 및 제조업 등의 목적사업을 영위한다고 기재되어 있지 아니한 것으로 나타난다. (라) 2021사업연도(2021.1.1.~2021.4.30.) 재무제표에 의하면, 청구법인의 사업종류는 “제조업”, 종목은 “화장품 원료”인 것으로, 매출액은 2021년도에는 OOO원, 2020년도에는 OOO원인 것으로 나타나고, 부가가치세과세표준증명서에 의하면, 업태는 “도매 및 소매업”, 종목은 “식품 및 식품원료”인 것으로, 2020.8.1.부터 2020.12.31.까지의 매출액은 OOO원인 것으로 나타나며, 사업자등록증명서에 의하면, 청구법인은 2020.8.1.부터 사업을 개시하였고 업태는 “도매 및 소매업/제조업 등”, 종목은 “식품 및 식품원료/화장품 원료 및 약학 연구개발업”을 영위하는 것으로 나타난다. (마) 벤처기업확인서에 의하면, 청구법인은 2021.1.12. OOO이사장으로부터 벤처기업 인정(유효기간 2021.1.12.~2023.1.11.)을 받은 것으로 나타난다. (바) 공장 매매계약서에 의하면, 청구법인과 주식회사 EEE은 2021.3.25. 이 건 부동산을 OOO원에 매매하는 계약을 체결한 것으로 나타난다. (사) 기업부설연구소 인정서에 의하면, 청구법인은 2021.3.22. 과학기술정보통신부 장관의 위임을 받은 OOO으로부터 기업부설연구소로 인정을 받은 것으로 나타난다. (아) 청구법인은 이 건 부동산을 제조시설용으로 사용하였다고 주장하며 다음의 입증자료를 제출하였다.
1. 폐수배출시설 설치신고서에 의하면, 청구법인은 처분청에 폐수배출시설 설치신고(배출시설: 화장품 제조시설, 폐수배출량: OOO㎡/일 등)를 하였고, 처분청(환경정책과장)은 2021.7.26. 청구법인에게 폐수배출시설 설치신고를 수리한다는 내용의 문서를 통보하였다.
2. 세금납입영수증에 의하면, 청구법인은 2020.12.28. OOO에게 OOO이라는 제품을 공급가액 OOO원에 납품한 것으로 나타난다.
3. 공장등록증명(신청)서 등에 의하면, OOO은 2021.8.17. 청구법인이 이 건 부동산 소재지에서 2020.8.1.부터 화장품 제조시설(제조시설 OOO㎡, 부대시설 OOO㎡)용 공장으로 사업을 개시하였다는 증명서를 발급하였다.
4. 화장품 제조업 등록필증에 의하면, OOO은 2022.1.28. 청구법인이 이 건 부동산 소재지에서 화장품 제조를 위탁받아 제조하는 업을 영위한다는 내용의 증명서를 발급하였다.
5. 표준하도급 기본계약서에 의하면, 청구법인은 농업회사법인인 주식회사 FFF 농장에게 2020.12.1.부터 2021.11.30.까지 화장품 원료의 제조를 위탁생산하여 납품한다는 등의 계약을 체결한 것으로 나타난다.
6. 현장사진(사진첨부는 생략)에 의하면, 이 건 부동산 소재지상 2층 규모의 공장용 건축물 내부는 원료보관실, 창고, 부자재 보관실, 제품보관실, 품질관리실 등으로 구분되고 화장품 원료 등의 제품을 생산하는 제조용 시설이 있는 것으로 나타난다. (자) 청구법인은 2021년 4월에 이 건 부동산을 취득할 경우 지방세특례제한법 제58조의3 제2항에 따른 창업벤처중소기업 감면에 해당하는 지를 문의하였고, 처분청은 2021.4.26. 위 창업벤처중소기업 감면에 해당하지 않는다는 안내를 하였다. 이후 청구법인은 2021.5.3. 이 건 부동산을 취득하면서, 경정청구 절차 없이 2021.5.20. 심판청구를 제기하였고, 2022.2.3. 처분청에 이 건 부동산의 취득은 지방세특례제한법 제58조의3 규정에 따른 감면대상이라는 이유로 사후 이 건 경정청구를 하였으나, 같은 날 처분청은 이를 거부하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 지방세특례제한법 제58조의3 제2항에서 2023년 12월 31일까지 창업하는 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항에 따른 벤처기업 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업일부터 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업이 최초로 확인받은 날부터 4년 이내에 취득하는 부동산에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다고 규정하면서 그 제1호에서 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다고 규정하고 있고, 같은 조 제4항에서 창업벤처중소기업의 범위는 다음 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한정한다고 규정하면서 그 제2호에서 제조업을 규정하고 있다. 한편, 지방세특례제한법 부칙 제4조에서 제58조의3 제2항 등의 개정규정은 이 법 시행 이후 창업하는 경우부터 적용한다고 규정하고 있다. (나) 처분청은 청구법인이 설립할 당시에 창업벤처중소기업 제외 업종인 도․소매업을 영위하였으므로 이 건 부동산의 취득은 감면대상이 아니라는 의견이나, 청구법인이 창업벤처중소기업 제외 업종인 도․소매업을 목적으로 설립된 후 제조업을 추가하였다 하여 도․소매업을 실제로 영위하였는 지의 여부를 확인하지도 않고 이를 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우에 해당하는 것으로 보아 감면대상인 창업중소기업에서 제외된다고 보는 것은 창업벤처중소기업이 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대하여 취득세를 면제함으로써 지원하는 취지에 부합되지 않는다 할 것(조심 2013지58, 2013.5.3., 같은 뜻임)이다. 청구법인의 경우 2020.7.6. 창업벤처중소기업 제외 업종인 도․소매업(식품 및 건강식품 원료 등)을 목적사업으로 하여 설립되었으나 이로부터 3개월이 경과한 2020.10.30. 제조업(화장품 제조 및 원료 등)을 법인등기부상 목적사업에 추가하였고, 사업자등록증․공장등록증명서에도 2020.8.1.부터 화장품 및 화장품 원료 등의 제조업을 추가한 다음 2020.8.1.부터 2020.12.31.까지 이 건 부동산 소재지에서 사업을 영위한 사실이 부가가치세 매입매출실적(2020.12.28. 매출액 OOO원 등)에서 확인되는 점, 청구법인은 식품 및 건강식품 원료 등의 도․소매업을 영위하지도 않은 상태에서 화장품 및 원료 제조업을 영위하였다면 원시적으로 창업벤처중소기업에 대한 감면대상으로 볼 여지도 있다 할 것이다. (다) 청구법인의 경우 2020.8.1.부터 2020.12.31.까지의 사업실적은 확인이 되나, 도․소매업에 의한 상품매출액에 해당하는지 또는 제조업에 의한 제품매출액인지의 여부가 불분명하므로 처분청이 청구법인의 설립당시인 2020.7.6.부터 2020.12.31.까지의 기간에 대한 사업실적(재무제표, 세금계산서, 제조시설 구입시기, 송금자료 등)을 재조사하여 도․소매업에 따른 사업실적이 있는 것으로 확인되는 경우에는 처분을 유지하고, 설립 당시의 업종인 도․소매업과는 다른 별도의 생산설비를 갖추고 창업의 목적에 부합하는 제조업을 영위한 사실이 있는 경우에는 이 건 경정청구 거부처분을 취소함이 타당하다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령
(1) 지방세특례제한법(2020.12.29. 법률 제17771호로 개정된 것) 제58조의3(창업중소기업 등에 대한 감면) ② 2023년 12월 31일까지 창업하는 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항에 따른 벤처기업 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업일부터 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 이 조에서 “창업벤처중소기업”이라 한다)이 최초로 확인받은 날(이하 이 조에서 “확인일”이라 한다)부터 4년 이내(대통령령으로 정하는 청년창업벤처기업의 경우에는 5년 이내)에 취득하는 부동산에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.
1. 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다.
④ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 다음 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한정한다. 이 경우 제1호부터 제8호까지의 규정에 따른 업종은 통계법 제22조에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른 업종으로 한다.
2. 제조업
5. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 전문, 과학 및 기술 서비스업(대통령령으로 정하는 엔지니어링사업을 포함한다)
⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 창업중소기업으로 지방세를 감면받은 경우에는 창업벤처중소기업에 대한 감면은 적용하지 아니한다.
⑥ 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 창업으로 보지 아니한다.
1. 합병ㆍ분할ㆍ현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우. 다만, 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수하거나 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우 그 자산가액의 합계가 부가가치세법 제5조 제2항에 따른 사업개시 당시 토지ㆍ건물 및 기계장치 등 대통령령으로 정하는 사업용자산의 총가액에서 차지하는 비율이 100분의 50 미만으로서 대통령령으로 정하는 비율 이하인 경우는 제외한다.
2. 거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우
3. 폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우
4. 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우
⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항 제1호 및 제2항 제1호에 따라 경감된 취득세를 추징한다. 다만, 조세특례제한법 제31조제1항에 따른 통합(이하 이 조에서 “중소기업간 통합”이라 한다)을 하는 경우와 같은 법 제32조제1항에 따른 법인전환(이하 이 조에서 “법인전환”이라 한다)을 하는 경우는 제외한다.
1. 정당한 사유 없이 취득일부터 3년 이내에 그 부동산을 해당 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우
2. 취득일부터 3년 이내에 다른 용도로 사용하거나 매각ㆍ증여하는 경우
3. 최초 사용일부터 계속하여 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 용도로 사용하거나 매각ㆍ증여하는 경우
⑧ 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 제1항 제2호 및 제2항 제2호에 따른 경감기간이 지나기 전에 중소기업간 통합 또는 법인전환을 하는 경우 그 법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 남은 경감기간에 대하여 제1항 제2호 및 제2항 제2호를 적용받을 수 있다. 다만, 중소기업간 통합 및 법인전환 전에 취득한 사업용재산에 대해서만 적용한다.
⑨ 제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 창업중소기업 및 창업벤처중소기업 감면을 적용받으려는 경우에는 행정안전부령으로 정하는 감면신청서를 관할 지방자치단체의 장에게 제출하여야 한다. ＜부 칙＞ 제4조(창업중소기업 등에 대한 감면에 관한 적용례) 제58조의3 제1항, 제2항 및 제4항의 개정규정은 이 법 시행 이후 창업하는 경우부터 적용한다.
(2) 지방세특례제한법 시행령 제29조의2(창업중소기업 등의 범위) ④ 법 제58조의3 제2항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기업”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업을 말한다.
1. 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조의2의 요건을 갖춘 중소기업(같은 조 제1항 제2호 나목에 해당하는 중소기업은 제외한다)
2. 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 조세특례제한법 시행령 별표6의 비용이 해당 과세연도의 수입금액의 100분의 5(벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조에 따라 벤처기업 해당 여부에 대한 확인을 받은 날이 속하는 과세연도부터 연구개발 및 인력개발을 위한 비용의 비율이 100분의 5 이상을 유지하는 경우로 한정한다) 이상인 중소기업
(3) 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조의2(벤처기업의 요건) ① 벤처기업은 다음 각 호의 요건을 갖추어야 한다.
1. 중소기업기본법 제2조에 따른 중소기업(이하 “중소기업”이라 한다)일 것
2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당할 것
(1) 벤처투자 촉진에 관한 법률 제2조 제10호에 따른 중소기업창업투자회사(이하 “중소기업창업투자회사”라 한다)
(2) 벤처투자 촉진에 관한 법률 제2조 제11호에 따른 벤처투자조합(이하 “벤처투자조합”이라 한다)
(3) 여신전문금융업법에 따른 신기술사업금융업자(이하 “신기술사업금융업자”라 한다)
(4) 여신전문금융업법에 따른 신기술사업투자조합(이하 “신기술사업투자조합”이라 한다)
(6) 벤처투자 촉진에 관한 법률 제66조에 따른 한국벤처투자
(7) 중소기업에 대한 기술평가 및 투자를 하는 자로서 대통령령으로 정하는 자
(8) 투자실적, 경력, 자격요건 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 개인
1. 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조의2 제1항에 따라 인정받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서
2. 문화산업진흥 기본법 제17조의3 제1항에 따라 인정받은 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서
② 제1항 제2호 나목 및 다목에 따른 평가기준과 평가방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.