2020.7.10. 이전에 쟁점주택 및 그 부속토지의 각 지분에 대한 매매계약을 체결하고 계약금 등을 지급한 경우로 보아, 개정 「지방세법」 부칙 제6조에 따라 다주택자에 대한 취득세 중과 적용을 배제할 수 있는지 여부

[참조결정] 조심2012지0512

[주 문] OOO구청장이 2021.3.11. 청구인들에게 한 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구인들은 2020.11.15. 확정된 소유권이전등기 이행 판결(서울고등법원 2020.10.13. 선고 2019나2055898 판결로서, 이하 “이 건 확정판결”이라 하고, 그 판결서를 “이 건 확정판결서”라 한다)에 따라, 2020.12.3. OOO다가구주택(연면적이 OOO㎡로서, 이하 “쟁점주택”이라 한다) 및 그 부속토지 OOO㎡에 대한 각 지분(청구인 AAA 1,000분의 119, 청구인 BBB 1,000분의 119, 청구인 CCC 1,000분의 127)의 취득가액을 과세표준으로 하고, 지방세법(2020.8.12. 법률 제17473호로 개정된 것, 이하 “개정 지방세법”이라 한다) 제13조의2 제1항 제2호(청구인 AAA․CCC, 1,000분의 80) 또는 제3호(청구인 BBB, 1,000분의 120)에 따른 다주택자 중과세율을 적용하여 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고․납부하였고, 같은 날 소유권이전등기를 경료하였다.
• 나. 그 후 청구인들은 2021.2.23. 처분청에 쟁점주택 및 그 부속토지의 각 지분을 취득하기 위하여 최종적으로 잔금을 지급한 날짜가 2016.9.5.이므로 개정 지방세법 부칙 제6조에 따라 쟁점주택 및 그 부속토지의 각 지분 취득이 “2020.7.10. 이전에 주택에 대한 매매계약을 체결한 경우로서, 계약금을 지급한 사실 등이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우”에 해당된다고 보아, 2020.8.12. 법률 제17473호로 개정되기 이전의 지방세법(이하 “개정 전 지방세법”이라 한다)에 따른 세율(1,000분의 30)을 적용하여 계산한 취득세 등과 차액인 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2021.3.11. 이를 거부하였다.
• 다. 청구인들은 이에 불복하여 2021.5.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인들 주장 청구인들은 2015.7.5. OOO와 쟁점주택 및 그 부속토지에 대하여 지분 일부를 매매 및 공유하기로 하고, 매매대금 합계 OOO원의 부동산 매매 및 공유 계약(이하 “쟁점매매계약”이라 한다)을 체결한 후, 각자의 사정에 따라 2015.1.31.～2016.9.5. OOO에게 매매대금을 전부 지급하였다. 한편, OOO는 쟁점매매계약을 체결하면서 양도소득세 부담을 회피하고자 같은 교회의 교인인 청구인들에게 대외적으로는 임대차계약을 맺고 대내적으로는 매매 및 공유 계약을 맺을 것을 요구하여 쌍방은 이중계약(명의신탁약정)을 맺게 되었다. 그런데, 청구인들은 2018년 8월 OOO에서 내부 분쟁이 발생하여 교회를 떠나게 되었고, 이에 따라 청구인들은 2018년 10월 쟁점주택 및 그 부속토지의 지분에 대한 소유권이전을 요구하는 내용증명을 OOO에 보냈으나, OOO가 소유권이전을 거절하자 소유권이전을 다투는 소송을 제기하였다. 그리하여 1심 법원인 서울중앙지방법원은 2019.11.22. OOO의 소유권이전등기 이행거절에 대한 배상책임을 인정하고 청구인들에게 금전으로 배상하도록 판결(서울중앙지방법원 2019.11.22. 선고 2018가합584341 판결)하였으나, OOO가 이에 불복하고 항소하였다. 이에 대해 서울고등법원은 2020.10.13. “2015.7.5. 매매를 원인으로 한 지분이전 등기절차를 이행하라”는 판결(서울고등법원 2020.10.13. 선고 2019나2055898 판결)을 하였고, 쌍방 모두 상고하지 않아 2020.11.5. 판결은 그대로 확정되었다. 청구인들은 2020년 11월 이 건 확정판결에 따른 소유권이전등기 절차를 이행하고자 처분청에 세무상담을 하였는데, 처분청은 판결에 의한 소유권이전 관련 취득세는 판결서에 검인을 받은 날(2020.11.23.)을 매매계약일로 보아야 하므로 개정 지방세법에 따른 다주택자에 대한 취득세 중과대상이라고 안내함에 따라, 청구인들은 수긍할 수 없었으나, 부득이 2020.12.3. 쟁점주택 및 그 부속토지의 지분에 대해 매매계약서상 각자의 취득가격을 과세표준으로 하여 개정 지방세법 제13조의2 제1항 제2호 및 제3호에 따른 다주택자 중과세율을 적용하여 취득세 등을 신고․납부하게 된 것이다. 한편, 개정 지방세법 부칙 제6조에 따르면, 다주택자에 대하여 개정된 취득세 중과세율을 적용할 때 2020.7.10. 이전에 주택에 대한 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실 등이 입증되면 종전의 세율을 적용한다고 규정하고 있다. 그런데, 처분청은 쟁점매매계약이 명의신탁약정이므로 해지 약정에 따라 신탁자인 청구인들 명의로 소유권이전등기가 경료된 2020.12.3. 취득의 실질적 요건을 갖춘 것으로 볼 수 있다고 판단하여 개정 지방세법에 따라 취득세 중과세율 적용대상이라는 의견이다. 그러나, 쟁점매매계약이 명의신탁약정인지 여부와는 상관없이 개정 지방세법 부칙 제6조에 따라 2020.7.10. 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급하였는지 여부를 살펴보아야 할 것이다. 한편, 이 건 확정판결은 “당사자들은 쟁점매매계약을 체결함과 아울러 동일한 기회에 명의신탁약정(지분이전금지 특약)을 체결했다고 봄이 타당하며, 명의신탁약정은 부동산 실권리자명의 등기에 관한 법률 제4조 제1항에 의해 무효이므로 2015.7.5. 매매를 원인으로 한 지분이전등기절차를 이행하라”고 판시하고 있어 2015.7.5. 쟁점매매계약이 체결되었음을 인정하고 있고, 그에 따라 이 건 확정판결에 의거하여 경료한 등기사항전부증명서의 등기원인에도 “2015.7.5. 매매”라고 기재되어 있다. 또한, “취득”이란 일반적으로 부동산 매매대금의 지급과 같은 소유권 취득의 실질적 요건을 갖춘 경우를 말하는 것으로, 매수인인 청구인들과 매도인인 OOO가 쟁점주택 및 그 부속토지의 지분 일부에 대하여 2015.7.5. 쟁점매매계약을 체결하고, 2020.7.10. 이전에 매매대금을 전부 지급한 사실이 쟁점매매계약서, 이 건 확정판결서, 매매대금 지급 증빙서류 등에 의하여 확인되므로 개정 전 지방세법에 따라 종전의 취득세율을 적용하는 것이 타당하다. 따라서, 처분청이 청구인들의 경정청구를 거부한 처분은 위법하다.
• 나. 처분청 의견 지방세법 제6조 제1호에서 취득을 매매, 건축 등 이와 유사한 취득으로서, 원시취득, 승계취득 등 유상․무상의 모든 취득으로 정의하고 있고, 같은 법 제7조 제1항은 취득세는 부동산 등을 취득한 자에게 부과한다고 하면서, 같은 조 제2항에서는 부동산 등의 취득은 민법 등 관계 법령에 따른 등기․등록을 하지 아니한 경우라도 사실상 취득하면 각각 취득한 것으로 보고 해당 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다고 규정하고 있다. 이 건의 경우, 청구인들은 이 건 확정판결을 근거로 쟁점주택 및 그 부속토지의 취득일은 사실상 매매대금을 최종적으로 지급한 2016.9.5. 이라며 개정 전 지방세법의 취득세율을 적용하여야 한다고 주장하고 있으나, 청구인들의 경우 법원의 진정명의회복을 등기원인으로 한 소유권이전등기 절차의 이행을 명하는 판결을 받아 소유권이전등기를 한 것인바, 진정한 등기명의 회복을 위한 소유권이전등기는 이미 자기 앞으로 소유권을 표상하는 등기가 되어 있었거나 법률에 의하여 소유권을 취득한 자가 진정한 등기명의를 회복하기 위한 것으로서 소유권이전등기의 형식을 취하고 있는 이상, 소유권이전등기 시점에 취득세 납세의무가 성립되었다고 보아야 할 것(조심 2012지512, 2012.11.28.)이다. 따라서, 처분청이 쟁점토지 및 그 부속토지의 소유권이전등기일(2020.12.3.)을 그 취득시기로 보아 청구인들의 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 2020.7.10. 이전에 쟁점주택 및 그 부속토지의 각 지분에 대한 매매계약을 체결하고 계약금 등을 지급한 경우로 보아, 개정 지방세법 부칙 제6조에 따라 다주택자에 대한 취득세 중과 적용을 배제할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세법(2020.8.12. 법률 제17473호로 개정된 것) 제10조(과세표준) ⑤ 다음 각 호의 취득(증여ㆍ기부, 그 밖의 무상취득 및 소득세법 제101조 제1항 또는 법인세법 제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.

1. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합으로부터의 취득

2. 외국으로부터의 수입에 의한 취득

3. 판결문ㆍ법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득

4. 공매방법에 의한 취득

5. 부동산 거래신고 등에 관한 법률 제3조에 따른 신고서를 제출하여 같은 법 제5조에 따라 검증이 이루어진 취득 제13조의2(법인의 주택 취득 등 중과) ① 주택(제11조 제1항 제8호에 따른 주택을 말한다. 이 경우 주택의 공유지분이나 부속토지만을 소유하거나 취득하는 경우에도 주택을 소유하거나 취득한 것으로 본다. 이하 이 조 및 제13조의3에서 같다)을 유상거래를 원인으로 취득하는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제11조 제1항제8호에도 불구하고 다음 각 호에 따른 세율을 적용한다.

2. 1세대 2주택(대통령령으로 정하는 일시적 2주택은 제외한다)에 해당하는 주택으로서 주택법 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 이 장에서 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택을 취득하는 경우 또는 1세대 3주택에 해당하는 주택으로서 조정대상지역 외의 지역에 있는 주택을 취득하는 경우: 제11조 제1항 제7호 나목의 세율을 표준세율로 하여 해당 세율에 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율

3. 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택으로서 조정대상지역에 있는 주택을 취득하는 경우 또는 1세대 4주택 이상에 해당하는 주택으로서 조정대상지역 외의 지역에 있는 주택을 취득하는 경우: 제11조 제1항 제7호 나목의 세율을 표준세율로 하여 해당 세율에 중과기준세율의 100분의 400을 합한 세율 부 칙(법률 제17473호, 2020.8.12.) 제6조(법인의 주택 취득 등 중과에 대한 경과조치) 제13조 제2항 및 제13조의2의 개정규정을 적용할 때 법인 및 국내에 주택을 1개 이상 소유하고 있는 1세대가 2020년 7월 10일 이전에 주택에 대한 매매계약(공동주택 분양계약을 포함한다)을 체결한 경우에는 그 계약을 체결한 당사자의 해당 주택의 취득에 대하여 종전의 규정을 적용한다. 다만, 해당 계약이 계약금을 지급한 사실 등이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우에 한정한다.

(2) 지방세법 시행령(2020.8.12. 대통령령 제30939호로 개정된 것) 제20조(취득의 시기 등) ② 유상승계취득의 경우에는 다음 각 호에서 정하는 날에 취득한 것으로 본다.

1. 법 제10조 제5항 제1호부터 제4호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일

⑬ 제1항, 제2항 및 제5항에 따른 취득일 전에 등기 또는 등록을 한 경우에는 그 등기일 또는 등록일에 취득한 것으로 본다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인들과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) OOO는 OOO에 소재하고 있는 OOO소속 교회로, 청구인들은 OOO의 교인들이었던 사람들이며, OOO는 2006.3.16.부터 OOO토지 OOO㎡를 소유하면서 어린이집으로 사용하다가 어린이집이 다른 곳으로 이전하게 되자, 그 토지 지상에 건물을 신축하여 교역자 사택으로 이용하면서 일부는 교인들에게 분양하기로 하고, 2014.7.28. 건축허가를 득한 후, 2015.3.23. 쟁점주택을 신축하게 되었고, 2015.4.16. 소유권보존등기(제106068호)를 하였다. (나) 청구인들과 OOO는 2015.7.5. OOO가 쟁점주택 및 그 부속토지의 일부 지분을 청구인들에게 매도하기로 하는 내용의 쟁점매매계약을 체결하고, 쟁점주택 및 그 부속토지를 공유하기로 하되, 청구인들은 각 지분에 대한 소유권이전등기는 하지 않기로 하였는데 그 계약의 주요 내용은 아래 기재와 같다. (다) 청구인 AAA는 2015.3.16.～2015.5.19. 쟁점주택 및 그 부속토지 중 자신의 지분에 대한 분양대금 OOO원을, 청구인 BBB은 2015.5.4.～2015.6.7. OOO원을, 청구인 CCC는 2015.3.11.～2016.9.5. OOO원을 각 지급한 내용이 금융거래자료에서 나타나고, 그 밖에 직접지출 건축비 지급명세서를 제출하였다. (라) 한편, 청구인들은 쟁점매매계약 체결 이전인 2015년 5월경 OOO와 쟁점주택 및 그 부속토지의 일부에 관하여 아래 ＜표＞와 같이 임대차기간을 2년으로 하여 임차하기로 하는 내용의 계약을 체결하였다. ＜표＞ 청구인별 계약체결일 및 임대차보증금 내역 (단위: 원) (마) 청구인들은 2018.11.26. 쟁점주택 및 그 부속토지 중 각자의 지분에 대한 소유권이전등기를 구하는 소송을 제기하였고, 1심 법원인 서울중앙지방법원은 2019.11.22. OOO의 소유권이전등기 이행거절에 대한 배상책임을 인정하고 청구인들에게 금전으로 배상하도록 판결(서울중앙지방법원 2019.11.22. 선고 2018가합584341 판결)하였으나, OOO가 이에 불복하고 항소하였으며, 2심 법원인 서울고등법원은 2020.10.13. “2015.7.5. 매매를 원인으로 한 지분이전 등기절차를 이행하라”는 판결(서울고등법원 2020.10.13. 선고 2019나2055898 판결)을 하였고, 이 건 판결은 2020.11.5. 확정되었다. (바) 이 건 확정판결서에 나타나는 주요 사실관계는 아래와 같으며, 청구인들은 부동산등기 특별조치법 제3조에 따라 2020.11.23. 이 건 확정판결서에 검인을 받았다. (사) 청구인들은 이 건 확정판결을 근거로 2020.12.3. 쟁점주택 및 그 부속토지의 각 지분(청구인 AAA 1,000분의 119, 청구인 BBB 1,000분의 119, 청구인 CCC 1,000분의 127)에 대하여 취득세를 신고하면서, 2주택자인 청구인 AAA․CCC는 지방세법 제13조의2 제1항 제2호의 세율(1,000분의 80)을, 3주택자인 청구인 BBB은 같은 항 제3호의 세율(1,000분의 120)을 적용하여 취득세 등을 신고․납부한 후, 2021.2.23. 처분청에 개정 지방세법 부칙 제6조에 따라 쟁점주택 및 그 부속토지의 각 지분 취득이 “2020.7.10. 이전에 주택에 대한 매매계약을 체결한 경우로서, 계약금을 지급한 사실 등이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우”에 해당된다고 보아 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2021.3.11. 이를 거부하였다. (아) 쟁점건물의 등기사항전부증명서 기재내용은 아래와 같다. (자) 쟁점건물 부속토지의 등기사항전부증명서 기재내용은 아래와 같다. (차) 청구인들은 아래와 같은 내용의 항변서를 제출하였다.

1. 처분청이 제시한 조세심판원 선결정례(조심 2012지512, 2012.11.28.)는 진정명의회복을 원인으로 경료한 소유권이전등기의 경우 취득세 과세대상에 해당한다는 결정이고, 다만, 부수적으로 결정서의 마지막 문장에서 “소유권이전등기 시점에 취득세 납세의무가 성립되었다고 보여진다”고 언급하고 있기는 하다. 그러나, 청구인들은 이 건 확정판결에 따라 경료한 쟁점주택 및 그 부속토지의 소유권이전등기가 취득세 과세대상이라는 점은 인정하고 있으며, 취득세 과세대상 여부를 다투는 것이 아니므로 위 심판결정례를 근거로 이 건 처분에 잘못이 없다는 의견은 적절하지 않다고 보인다. 한편 위 심판결정례에서 소유권이전등기 시점에 취득세 납세의무가 성립되었다고 보여진다고 언급한 이유는 해당 사건의 경우 1967.8.3. 명의신탁 방식으로 제3자에게 소유권을 이전하였다가, 45년이나 경과한 2012.4.3.에야 진정명의회복을 원인으로 소유권이전등기를 경료하였고, 달리 고려할 법률적 변수가 없었던 상황에 있었기 때문에 부수적으로 언급한 것으로 보인다. 따라서 법률적 상황이 전혀 다른 청구인들의 이 건 심판청구사건에 위 심판결정례의 부수적 언급 내용을 그대로 적용하는 것은 수긍하기 어렵다.

2. 처분청은 청구인들이 2015.7.5. 쟁점주택 및 그 부속토지를 취득하고도 2020.12.3. 소유권이전등기를 함으로써 반대급부 이행 완료일로부터 3년 이내에 소유권이전등기를 하지 않아 부동산실명법 제10조 제1항을 위반하였다는 이유로 2021.5.18. 청구인 AAA에게 과징금 OOO원을 부과하였고, 다른 청구인들에게도 비슷한 금액을 부과하였으며, 청구인들은 항변서 제출일 현재까지도 과징금을 분납하고 있다.

3. 위와 같이 처분청은 청구인들에게 부동산실명법을 적용하여 과징금을 부과할 때에는 2015.7.5. 매매계약일을 취득시기로 인정한 반면, 이 건 경정청구 거부처분에 대해서는 2020.12.3. 소유권이전등기일을 취득시기로 인정하여 중과세율 적용대상으로 보았는데. 이는 과세권을 가진 처분청이 청구인들의 동일한 1개의 거래사실에 대하여 법률의 명시적 규정도 배제하면서 서로 다른 기준을 적용하여 가혹한 처분을 한 것이 된다. (카) 청구인들이 추가로 제출한 청구인 AAA에 대한 처분청의 행정처분 명령서(2021.5.17.) 위반사항란에 “2015.7.5. 쟁점주택 및 그 부속토지의 1,000분의 119지분을 취득하여 2020.12.3. 소유권이전등기를 함으로써 반대급부 이행완료일로부터 3년 이내에 소유권이전등기를 하지 아니한 사실”로 기재되어 있고, 과징금 OOO원을 부과하는 내용이 기재되어 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구인들이 진정명의회복을 등기원인으로 한 소유권이전등기 절차의 이행을 명하는 판결을 받아 소유권이전등기를 한 것이므로 소유권이전등기 시점에 취득세 납세의무가 성립되었고, 따라서, 개정 지방세법 부칙 제6조에 따라 청구인들에게 다주택자에 대한 취득세 중과 규정을 적용하여야 한다는 의견이나, 이 건의 경우, 청구인들은 2015.7.5. OOO로부터 쟁점주택 및 그 부속토지 중 각자의 지분을 취득하기로 하는 계약을 체결한 사실이 있고, 2015.5.4～2016.9.5. 그 계약금 뿐만 아니라 잔금까지 최종적으로 OOO에게 지급한 사실이 이 건 확정판결서 등을 통하여 명확히 입증되고 있으므로, 청구인들이 2015.5.4～2016.9.5. 사실상 취득을 한 쟁점주택 및 그 부속토지는 2020.8.12. 신설된 지방세법 제13조의2 적용대상이 아니다. 따라서, 처분청이 청구인들에게 한 경정청구 거부처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제96조 제6항, 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.