청구법인의 쟁점주식 취득이 과점주주 취득세 과세대상에 해당되는지 여부

[참조결정] 조심2016지0562

[주 문] OOO시장이 2021.4.30. 청구법인에게 한 취득세 등의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2019.12.11. 기업회생절차가 진행중인 회사정리 농업회사법인 유한회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)의 전체 주식의 94%에 해당하는 OOO주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 출자하여 취득한 후, 지방세법제7조 제5항 및 제10조 제4항에 따라 OOO의 부동산 등을 취득한 것으로 보아 그 부동산 등의 총가액을 그 법인의 출자의 총수로 나눈 가액에 과점주주가 취득한 출자의 수를 곱한 금액인 OOO원을 과세표준으로 하고, 지방세법제15조 제2항 제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 2020.6.12. 처분청에 신고·납부하였다.
• 나. 청구법인은 2021.3.18. 쟁점주식 취득은 지방세기본법제46조 본문 단서의 의결권이 없어 실질적으로 권리행사를 할 수 없는 주식을 취득한 것으로 OOO의 과점주주라고 볼 수 없어 과점주주 취득세 과세대상으로 볼 수 없으므로 이 건 취득세 등은 환급되어야 한다는 사유로 경정청구를 하였으나, 처분청은 2021.4.30. 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.5.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 취득세 납세의무를 부담하는 과점주주는 지방세기본법제46조 제2호에서 정하고 있는 형식적 요건을 충족해야 할 뿐 아니라 소유하고 있는 주식에 관한 의사결정 행사 등 법인의 운영을 실질적으로 지배할 수 있는 지위에 있어야 하는데, 청구법인이 2019.12.11. 회생절차가 진행중인 OOO의 쟁점주식을 취득하여 과점주주의 형식적 요건은 충족하였더라도 법원의 회생절차 종결 결정을 받은 2020.1.30.까지 주주로서 의결권 행사를 할 수 없게 되어 OOO을 실질적으로 지배할 수 있는 지위에 있지 아니하므로 과점주주 취득세 납세의무는 없고, 기업인수합병(이하 “M＆A”라 한다) 조건부인수계약은 회사정리절차가 진행 중인 법인의 지분인수에 필요한 사항을 정하는 계약일 뿐 그 계약서상 계약체결일부터 회사정리절차가 종결될 때가지 청구법인에게 OOO의 운영을 실질적으로 지배할 수 있는 지위나 권한을 부여받는 계약은 아니다. 또한,채무자 회생 및 파산에 관한 법률(이하 “채무자회생법” 이라 한다)에 의하여 회사정리절차개시결정을 한 경우 법인의 경영과 재산의 관리 및 처분을 하는 권리는 관리인에게 전속한다고 규정하고 있고, 관리인은 정리회사의 기관이나 그 대표자는 아니지만 회사의 채권자 및 주주로 구성되는 이해관계인 단체의 관리자이자, 일종의 공적 수탁자라는 입장에서 재산관리 등의 권한을 혼자서 행사할 수 있으므로 그 개시결정 이후에는 대주주가 주주권 행사를 할 수 없게 되므로 회사정리절차개시결정 이후 OOO의 쟁점주식을 취득한 청구법인은 과점주주 취득세 납세의무가 있다고 볼 수 없다.
• 나. 처분청 의견

(1) OOO의견 청구법인은 OOO의 회생절차가 개시된 이후 OOO과 M＆A로 위한 조건부인수계약을 체결한 후 쟁점주식을 취득하고, 이후 해당 주식 인수대금으로 채무를 변제함으로써 회생종결 신청을 통하여 회생종결이 되었는 바, 청구법인은 회생절차 진행 중에 있는 법인의 주식을 취득하였고, 채무자회생법 등을 보았을 때 청구법인의 쟁점주식은 의결권이 없는 것으로 보이므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

(2) 처분청 의견 M＆A 조건부인수계약서 내용을 살펴보면 청구법인과 OOO이 비용 발생에 대해 협의하여 부담하도록 하고 있고, 업무에 관해 상호 논의하도록 되어 있는 등 전적으로 청구인이 과점주주로서 주주권을 행사할 수 없었다고 보기는 어려운 점, 회생 정리 계획안이 자본의 감소와 신주의 발행을 전제로 진행되어 청구법인이 새로이 94%의 쟁점주식을 2019.12.11. 취득한 점, 쟁점주식을 취득한 후 2019.12.31. 임원해임 및 선임 허가 신청한 점, 이어 2020.1.17. 회생절차 종결신청을 하고 2020.1.30. 회생절차가 종결된 점, 청구법인이 2019.12.11. 쟁점주식을 취득한 후 6개월이 지난 2020.6.12. 과점주주 취득세 등의 신고를 한 점 등을 고려할 때 청구법인은 쟁점주식을 취득함과 동시에 실질적인 경영권을 확보했다고 보이므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 청구법인의 쟁점주식 취득이 과점주주 취득세 과세대상에 해당되는지 여부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. (가) OOO의 법인등기부를 보면 OOO은 1999.11.11. 양돈계열화사업, 축산업 사육업 등을 목적사업으로 하고, OOO을 본점사업장으로 하여 설립되었다가, 2019.4.5. 회생절차 개시결정이 되었으며, 2020.3.13. 법인명을 농업회사법인 유한회사 OOO으로 변경하였다. (나) 청구법인의 법인등기부를 보면 1999.10.1. 사료제조업, 축산업 등을 목적사업으로 하고, OOO을 본점사업장으로 하여 설립되었다. (다) OOO은 아래 대구지방법원 2019.4.5. 선고 2019회합108 결정으로 회생절차가 결정되었고, 그 결정서를 보면 2018년말 OOO의 부채 총액이 자산 총액보다 더 큰 것으로 기재되어 있다. (라) OOO과 OOO은 2019.9.24. OOO M＆A를 위한 조건부인수계약을 아래와 같이 체결하였다. (마) 대구지방법원은 2019.12.9. 선고 2019회합108 결정에서 OOO 관리인 AAA이 제출한 회생계획안을 인가하였고, 그 인가의 요지 중 출자지분의 권리변경에 대한 주요내용은 아래와 같다. (바) OOO의 2019년말 주식등변동상황명세서를 보면 아래와 같다. (단위: 주, 원, %) (사) 대구지방법원의 2020.1.30. 선고 2019회합108 회생관련 회생절차종결 검토보고서상 회생절차 주요경과를 보면 2019.12.9. 대구지방법원으로부터 인가 받은 회생계획안 이외에 별도의 변경계획안을 인가받은 것은 없는 것으로 확인된다. (아) 대구지방법원은 2020.1.30. 선고 2019회합108 결정에서 OOO에 대한 회생절차를 아래의 이유로 종결하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 지방세기본법제46조에서 법인의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 소유주식수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다고 하고, 그 제2호에서 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들(이하 “과점주주”라 한다)이라고 규정하고 있고, 지방세법제7조 제5항에서 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써지방세기본법제46조 제2호에 따른 과점주주(이하 “과점주주”라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다고 규정하고 있다. 처분청은 청구법인의 쟁점주식 취득이 과점주주 취득세 과세대상에 해당된다는 의견이나, 채무자회생법제146조 제3항에서 회생절차의 개시 당시 채무자의 부채총액이 자산총액을 초과하는 때에는 주주ㆍ지분권자는 의결권을 가지지 아니한다고 규정하고 있는바, 청구법인은 회생절차의 개시 당시 채무자의 부채 총액이 자산 총액을 초과하고 있었던 점, 지방세기본법제46조 제2호 등에서 의결권이 없는 주식의 취득은 과점주주 간주취득세 과세대상에 해당되지 않는다고 규정하고 있는바, 채무자회생법에 의한 정리절차개시결정이 있은 때에는 회사사업의 경영과 재산의 관리처분권은 관리인에 전속하고, 관리인은 정리회사의 기관이거나 그 대표자는 아니지만 정리회사와 그 채권자 및 주주로 구성되는 이해관계인 단체의 관리자인 일종의 공적 수탁자라는 입장에서 정리회사의 대표, 업무집행 및 재산관리 등의 권한행사를 혼자서 할 수 있게 되므로 정리절차개시 후에 비로소 과점주주가 된 청구법인으로서는 과점주주로서의 주주권을 행사할 수 없게 되는 점(대법원 1994.5.24. 선고 92누11138 판결, 같은 뜻임) 등에 비추어 청구법인은 의결권이 없는 쟁점주식을 취득한 것으로 볼 수 있어 과점주주 취득세 등의 납세의무가 있다고 보기 어려우므로(조심 2016지562, 2016.12.20., 같은 뜻임) 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법률

(1) 지방세법 제7조(납세의무자 등) ⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써지방세기본법제46조 제2호에 따른 과점주주(이하 “과점주주”라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등(법인이 신탁법에 따라 신탁한 재산으로서 수탁자 명의로 등기ㆍ등록이 되어 있는 부동산등을 포함한다)을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다. 이 경우 과점주주의 연대납세의무에 관하여는지방세기본법제44조를 준용한다. 제10조(과세표준) ④ 제7조 제5항 본문에 따라 과점주주가 취득한 것으로 보는 해당 법인의 부동산등에 대한 과세표준은 그 부동산등의 총가액을 그 법인의 주식 또는 출자의 총수로 나눈 가액에 과점주주가 취득한 주식 또는 출자의 수를 곱한 금액으로 한다. 이 경우 과점주주는 조례로 정하는 바에 따라 과세표준 및 그 밖에 필요한 사항을 신고하여야 하되, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 과세표준보다 적을 때에는 지방자치단체의 장이 해당 법인의 결산서 및 그 밖의 장부 등에 따른 취득세 과세대상 자산총액을 기초로 전단의 계산방법으로 산출한 금액을 과세표준으로 한다.

(2) 지방세기본법 제46조(출자자의 제2차 납세의무) 법인의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 소유주식수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

1. 무한책임사원

2. 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들(이하 “과점주주”라 한다)

(3) 채무자 회생 및 파산에 관한 법률 제55조(회생절차개시 후의 자본감소 등) ① 회생절차개시 이후부터 그 회생절차가 종료될 때까지는 채무자는 회생절차에 의하지 아니하고는 다음 각호의 행위를 할 수 없다.

1. 자본 또는 출자액의 감소

2. 지분권자의 가입, 신주 또는 사채의 발행

3. 자본 또는 출자액의 증가

4. 주식의 포괄적 교환 또는 주식의 포괄적 이전

5. 합병ㆍ분할ㆍ분할합병 또는 조직변경

6. 해산 또는 회사의 계속

7. 이익 또는 이자의 배당

② 회생절차개시 이후부터 그 회생절차가 종료될 때까지 회생절차에 의하지 아니하고 법인인 채무자의 정관을 변경하고자 하는 때에는 법원의 허가를 받아야 한다. 제56조(회생절차개시 후의 업무와 재산의 관리) ① 회생절차개시결정이 있는 때에는 채무자의 업무의 수행과 재산의 관리 및 처분을 하는 권한은 관리인에게 전속한다.

② 개인인 채무자 또는 개인이 아닌 채무자의 이사는 제1항에 규정에 의한 관리인의 권한을 침해하거나 부당하게 그 행사에 관여할 수 없다. 제61조(법원의 허가를 받아야 하는 행위) ① 법원은 필요하다고 인정하는 때에는 관리인이 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 행위를 하고자 하는 때에 법원의 허가를 받도록 할 수 있다.

1. 재산의 처분

2. 재산의 양수

3. 자금의 차입 등 차재

4. 제119조의 규정에 의한 계약의 해제 또는 해지

5. 소의 제기

6. 화해 또는 중재계약

7. 권리의 포기

8. 공익채권 또는 환취권의 승인

9. 그 밖에 법원이 지정하는 행위

② 관리인은 법원의 허가를 받지 아니하고는 다음 각호의 행위를 하지 못한다.

1. 채무자의 영업 또는 재산을 양수하는 행위

2. 채무자에 대하여 자기의 영업 또는 재산을 양도하는 행위

3. 그 밖에 자기 또는 제3자를 위하여 채무자와 거래하는 행위

③ 법원의 허가를 받지 아니하고 한 제1항 각호 또는 제2항 각호의 행위는 무효로 한다. 다만, 선의의 제3자에게 대항하지 못한다. 제146조(주주·지분권자의 권리) ① 주주ㆍ지분권자는 그가 가진 주식 또는 출자지분으로 회생절차에 참가할 수 있다.

② 주주ㆍ지분권자는 그가 가진 주식 또는 출자지분의 수 또는 액수에 비례하여 의결권을 가진다.

③ 회생절차의 개시 당시 채무자의 부채총액이 자산총액을 초과하는 때에는 주주ㆍ지분권자는 의결권을 가지지 아니한다. 다만, 제282조의 규정에 의한 회생계획의 변경계획안을 제출할 당시 채무자의 자산총액이 부채총액을 초과하는 때에는 그러하지 아니하다.

④ 제282조의 규정에 의한 회생계획의 변경계획안을 제출할 당시 채무자의 부채총액이 자산총액을 초과하는 때에는 주주ㆍ지분권자는 그 변경계획안에 대하여 의결권을 가지지 아니한다. 제250조(회생계획의 효력범위) ① 회생계획은 다음 각 호의 자에 대하여 효력이 있다.

1. 채무자

2. 회생채권자ㆍ회생담보권자ㆍ주주ㆍ지분권자

3. 회생을 위하여 채무를 부담하거나 담보를 제공하는 자

4. 신회사(합병 또는 분할합병으로 설립되는 신회사를 제외한다)

② 회생계획은 다음 각호의 권리 또는 담보에 영향을 미치지 아니한다.

1. 회생채권자 또는 회생담보권자가 회생절차가 개시된 채무자의 보증인 그 밖에 회생절차가 개시된 채무자와 함께 채무를 부담하는 자에 대하여 가지는 권리

2. 채무자 외의 자가 회생채권자 또는 회생담보권자를 위하여 제공한 담보