법인지방소득세의 과세표준 산정 시 2014.1.1. 이전 발생한 법인세 외국납부세액을 차감할 수 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2018년 간접외국납부세액공제 및 간주외국납부세액공제와 관련된 소송에서 대법원 확정판결을 받고, 동 판결에 따라 인정된 이월공제 대상금액 합계 OOO원(2011사업연도 OOO원, 2012사업연도 OOO원, 이하 “쟁점세액”이하 한다)을 2015사업연도 법인세 경정청구를 통하여 추가 공제받았다.
• 나. 청구법인은 2021.3.19. 쟁점세액이 2015사업연도 법인지방소득세 과세표준에도 제외되어야 한다는 취지로 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2021.3.30. 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.5.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 법인지방소득세는 2014년 전까지 ‘법인세할 소득세’로 불리며 국세인 법인세의 10%를 부가세로 과세하던 방식을 따랐고, 법인이 외국납부세액공제를 받을 경우 자동으로 법인세할 소득세도 세액공제를 받았는데, 이후 2014년 독립세로 전환되면서 그 명칭이 ‘법인지방소득세’로 바뀌면서 법인세와 과세표준은 동일하되, 별도의 세율 체계를 두어 외국납부세액을 소득에 포함시켜 과세하게 되었다. 그런데 외국납부세액을 국세인 법인세에만 공제하고, 법인지방소득세에서는 공제하지 않는 것은 이중과세에 해당할 수 있는바, 이러한 점을 반영하여 2021년 개정된지방세법에서는 외국납부세액을 법인지방소득세 과세표준에서 제외하였고, 부칙을 두어 2021.6.30.까지 경정청구 시 2014∼2019사업연도 외국납부세액에 대하여도 환급할 수 있도록 하였다. 청구법인은 2018년 간접·간주 외국납부세액공제와 관련된 소송에서 대법원에서 최종 승소하였고, 이에 국세청으로부터 통보받은 2011∼2012사업연도 발생 쟁점세액을 이월공제 대상금액에 반영하여 2015사업연도 법인세 경정청구에서 추가로 공제 받았다. 그러나 처분청은 쟁점세액이 2015사업연도 법인지방소득세 과세표준에도 제외되어야 한다는 청구법인의 경정청구를 거부하였는바, 이는 이중과세에 대한 입법미비를 고려하여 2021년 개정된지방세법규정과 부칙을 반영하지 못한 위법한 처분이다.
• 나. 처분청 의견 지방세법이 2014.1.1. 개정됨에 따라 소득세 및 법인세의 부가세 행태로 징수하고 있던 지방소득세가 독립세 방식으로 전환되어 2014 사업연도 이후의 소득에 대한 법인지방소득세는 개정된지방세법에서 규정한 과세체계를 적용하여야 하고,지방세법제103조의22에서 법인지방소득세의 세액공제 및 감면에 관한 사항은지방세특례제한법에서 정하도록 하였으나, 현행법에서는 법인지방소득세에 대한 세액공제 및 감면에 대한 규정이 없는 것으로 확인된다. 또한 2014년 이전에는 법인지방소득세가 법인세액을 과세표준으로 하고 10%의 세율을 적용하여 산출되었으므로, 외국납부세액공제를 적용한 법인세액을 과세표준으로 하여 법인지방소득세를 산출한 결과 법인지방소득세에서도 법인세법령상 외국납부세액 이월공제의 반사적 효과를 보았으나, 이는 지방세법령상 법인지방소득세 세액공제 관련 규정에 따른 법률효과로 볼 수는 없다. 한편 행정안전부 환급지침에 따르면, 외국납부세액과 관련된 환급대상을 지방소득세 독립세 이후 2014∼2019사업연도 발생분으로 한정하고 있는 점에서도 쟁점세액은 2021년 개정지방세법부칙 제13조의 적용대상으로 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 법인지방소득세의 과세표준 산정 시 2014.1.1. 이전 발생한 법인세 외국납부세액을 차감할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것) 제103조의19(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은법인세법제13조에 따라 계산한 금액(조세특례제한법 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 금액)으로 한다. 제103조의20(세율) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 표준세율은 다음 표와 같다. 과세표준 세율 2억원 이하 과세표준의 1000분의 10 2억원 초과 200억원 이하 2백만원+(2억원을 초과하는 금액의 1000분의 20) 200억원 초과 3억9천8백만원+(200억원을 초과하는 금액의 1000분의 22) 제103조의22(세액공제 및 세액감면) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정한다. 이 경우 공제 및 감면되는 세액은 법인지방소득세 산출세액(제103조의31에 따른 토지 등 양도소득, 법인세법제56조 및조세특례제한법제100조의32 제2항에 따른 미환류소득에 대한 법인지방소득세 세액을 제외한 법인지방소득세 산출세액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 공제한다.

② 제1항에 따른 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 공제세액 또는 감면세액이 법인지방소득세 산출세액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 한다. 부칙 제15조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

(2) 지방세법(2020.12.29. 법률 제17769호로 개정된 것) 제103조의19(과세표준) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 법인세법 제13조에 따라 계산한 법인세의 과세표준(조세특례제한법 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정과 관련된 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 법인세의 과세표준)과 동일한 금액으로 한다. ② 제1항에도 불구하고 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세 과세표준에 국외원천소득이 포함되어 있는 경우로서 법인세법 제57조에 따라 외국 납부 세액공제를 하는 경우에는 같은 조 제1항에 따른 외국법인세액(이하 “외국법인세액”이라 한다)을 이 조 제1항에 따른 금액에서 차감한 금액을 법인지방소득세 과세표준으로 한다. 이 경우 해당 사업연도의 과세표준에법인세법제57조 제2항 단서에 따라 손금에 산입한 외국법인세액이 있는 경우에는 그 금액을 이 조 제1항에 따른 금액에 가산한 이후에 전단의 규정을 적용한다. 부칙 제1조(시행일) 이 법은 2021년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제93조제12항, 제111조의2, 제112조, 제113조 및 제123조의 개정규정은 공포한 날부터, 제71조 제1항의 개정규정은 공포 후 1년이 경과한 날부터, 제93조제17항의 개정규정은 2023년 1월 1일부터, 제103조의46제1항의 개정규정은 2024년 1월 1일부터 시행한다. 제13조(종전에 납부한 외국납부세액의 환급에 관한 특례) ① 2014년 1월 1일부터 2019년 12월 31일 이전까지 개시한 사업연도에 국외원천소득이 있는 내국법인이 종전의 법인세법(법률 제17652호 법인세법 일부개정법률에 따라 개정되기 전의 것을 말한다) 제57조 제1항제1호에 따라 외국법인세액을 해당 사업연도의 산출세액에서 공제하는 방법을 선택한 경우로서 해당 사업연도의 법인지방소득세 과세표준에 외국법인세액이 포함된 경우에는 이미 납부한 해당 사업연도의 법인지방소득세액과 해당 사업연도의 법인지방소득세 과세표준에서 외국법인세액을 차감하여 계산한 해당 사업연도의 법인지방소득세액과의 차액을지방세기본법제60조에 따라 환급받을 수 있다. 이 경우 외국법인세액이 해당 사업연도의 법인지방소득세 과세표준을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액은 해당 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 10년 이내에 끝나는 각 사업연도로 이월하여 그 이월된 사업연도의 법인지방소득세 과세표준을 계산할 때 차감할 수 있다.

② 제1항에 따라 환급을 받으려는 내국법인은 이 법 시행 전에 지방세기본법제50조 제1항의 경정청구 기한이 경과한 경우라 하더라도 2021년 6월 30일까지 납세지 관할 지방자치단체의 장에게 경정을 청구할 수 있다. 이 경우 경정을 청구받은 지방자치단체의 장은 지방세기본법제50조 제3항에 따른 처분을 하여야 한다.

③ 납세지 관할 지방자치단체의 장은 제1항에 따른 환급을 위하여 필요한 경우에는 해당 내국법인에게 해당 사업연도의 외국납부세액 납부에 관한 자료를 요구할 수 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2011∼2012사업연도 기간 동안의 외국납부세액 공제와 관련하여, 간접외국납부세액에 대하여는 2018.4.16. 대법원에서 최종 승소하였고, 간주외국납부세액에 대하여는 2018.3.20. 최종 승소하였다.

(2) 청구법인은 위 확정판결에 따라 발생한 쟁점세액(2011∼2012사업연도에 공제한도를 초과하여 공제받지 못한 외국납부세액)을 2015사업연도 법인세 경정청구를 통하여 추가 공제받았다.

(3) 청구법인은 2020.12.29. 법률 제17769호로 개정된지방세법(이하 “개정지방세법”이라 한다) 제103조의19 제2항에서 법인세 과세표준에서 외국납부세액을 차감하도록 하고 있고, 부칙 제13조에서 동 개정 이전에 납부한 외국납부세액에 대해서도 소급하여 경정청구할 수 있도록 하는 점을 근거로, 쟁점세액을 2015사업연도 법인지방소득세 과세표준에서 제외하여야 한다는 취지로 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 이를 거부하였다. ＜표＞ 2015사업연도 법인지방소득세 신고납부 및 경정청구 내역 (단위: 원) OOO

(4) 종전에는 법인지방소득세 산정시 외국법인세액을 법인지방소득세 과세표준에서 제외할 수 없는 것으로 해석하여 왔으나, 이에 대해 법원은 세액공제를 전제로 하여 외국법인세액을 법인지방소득세 과세표준에 포함시키는 것이므로 세액공제가 전제되지 않는다면 그 외국법인세액을 과세표준에서 차감하는 것이 타당하다는 취지로 판결하였다.

(5) 이에 행정안전부는 2020.8.11. 각 지방자치단체에 법인지방소득세 외국납부세액 관련 환급지침을 통보하였고, 그 주요내용은 다음과 같다. [환급금액] ㅇ‘법인이 기 납부한 법인지방소득세액’과 ‘법인지방소득세 과세표준에서 외국납부세액을 차감하여 재계산한 법인지방소득세액’의 차액을 환급 [환급 대상 사업연도] ㅇ경정청구기간 및 부과의 제척기간이 지나지 않은 사업연도의 외국납부세액에 대해서만 이 지침에 의해 환급이 가능하며, -경정청구기간 및 부과의 제척기간이 도과한 사업연도는 현행 지방세관계법 및 이 지침에 근거해서는 경정결정 및 환급 불가 ㅇ2019.12.31. 지방세법 개정에 따라, 2019.12.31.이 속하는 사업연도의 법인지방소득세 과세표준은 법인세 과세표준과 동일한 금액이므로, -2019.12.31.이 속하는 사업연도의 외국납부세액은 현행 지방세법 및 이 지침에 근거해서는 환급 곤란 ㅇ다만, 행정안전부는 경정청구기간 및 부과의 제척기간이 도과한 사업연도와 2019.12.31.이 속하는 사업연도에 대해서도 경정청구 및 감액경정이 가능하도록 지방세법 개정 추진 중이므로, 개정법률 시행 후(2021.1.1. 예상) 환급 추진

(6) 이후 2021.1.1. 시행되는 개정지방세법 제103조의19 제2항이 신설되어 법인세 과세표준에 국외원천소득이 포함되어 있는 경우로서 외국납부세액공제 방식을 채택하는 경우에는 같은 조 제1항에 따른 외국법인세액을 법인지방소득세의 과세표준에서 차감한 금액을 법인지방소득세 과세표준으로 하도록 개정되었고, 같은 법 부칙 제13조 제1항에서는 2014.1.1.부터 2019.12.31.까지 개시한 사업연도의 외국법인세액에 대하여 소급 적용할 수 있도록 하였으며, 같은 조 제2항에서 2021.1.1. 전에 경정청구 기한이 경과한 경우라 하더라도 2021.6.30.까지 경정청구를 할 수 있도록 규정하고 있다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 개정지방세법 제103조의19 제2항에서 법인세 과세표준 산정 시 외국납부세액을 제외하도록 하고 있고, 부칙 제13조에서 동 개정 이전에 납부한 외국납부세액에 대해서도 소급하여 환급받을 수 있도록 규정하고 있으므로 경정청구 거부처분은 위법하다고 주장하나,지방세법이 2014.1.1. 법률 제12153호로 개정됨에 따라 소득세 및 법인세의 부가세 형태로 징수하고 있던 지방소득세가 독립세 방식으로 전환된 2014사업연도 이후의 법인지방소득세는 위 개정 이후 지방세법에서 정한 과세체계를 적용하여야 할 것인 점, 종전 지방소득세 법인세분을 법인지방소득세로 전환한 위 개정의 취지는 법인세에 대한 세액공제를 배제하여 법인소득에 대한 지방세 과세를 강화하고자 하는 데 있고, 동 개정 이전 납세자의무가 법인지방소득세 산출시 법인세 이월공제에 따른 세액감소 효과를 보았던 것은 일종의 반사이익에 불과한 점, 법인지방소득세가 법인세와 과세표준을 공유함에 따라 발생하는 불합리한 과세를 제거하기 위해 개정지방세법 제103조의19 제2항이 신설되었으나, 그 부칙 제15조는 소급 환급대상을 법인지방소득세가 독립세 방식으로 전환된 2014.1.1.부터 2019.12.31.까지 개시한 사업연도의 외국법인세액으로 한정하고 있는 점 등에 비추어 처분청이 2015사업연도 법인지방소득세의 과세표준 산정 시 2014.1.1. 이전 발생한 쟁점세액을 차감할 수 없다고 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로지방세기본법제96조 제6항과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.