쟁점토지를 취득한 후 3년 이내에 해당 용도로 사용하지 못한 것으로 보아 취득세 및 재산세 등을 과세한 처분의 당부

[주 문] OOO군수가 2021.4.6. 청구법인에게 한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원 및 재산세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2014.7.30. AAA와 OOO산업단지 내에 소재한 OOO토지 OOO㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 연부취득하는 매매계약을 체결하고 2017.4.18.까지 대금을 지급한 후, 지방세특례제한법 제78조 제4항에 따른 산업용 건축물을 신축하기 위하여 취득하는 부동산으로 신고하여 취득세 등을 감면받았다.
• 나. 청구법인은 2017.12.26. 등에 이 건 토지 지상에 산업용 건축물 OOO㎡(공장동 2층, 사무동 3층, 연결통로 포함)를 신축하여 취득한 후, 위 법률에 따라 취득세 등을 감면받았다.
• 다. 처분청은 이 건 토지에 대한 현장을 확인한 후, 청구법인이 이 건 토지 중 일부인 OOO㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 해당 용도에 직접 사용하지 아니하여 취득세 등의 추징사유가 발생한 것으로 보아, 2021.4.6. 청구법인에게 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원 및 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 구분하여 산출한 2017년도분부터 2020년도분까지의 재산세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 부과‧고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2021.5.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 국가산업단지로 사업장을 이전하기 위하여 이 건 토지를 취득하였고 입주 당시 국가산업단지관리공단으로부터 용적율 15% 이상만 유지하면 아무런 문제가 없다는 얘기를 들었기 때문에 세금이 부과될 것이라고 예상하지 못했으며, 입주 당시 3년 이내에 증축 계획을 가지고 있었으나 예상치 못한 코로나19 사태로 사업이 불투명하여 불가피하게 증축계획을 연기할 수 밖에 없었다.

(2) 또한, 토지를 취득한 후 세금이 부과될 수 있다는 행정지도나 사전안내를 받지 못하여 청구법인이 미리 조치를 취할 수 있는 가능성이 배제되었으며, 쟁점토지는 청구법인이 영리 목적으로 사용한 것이 아니라 임직원 복리후생 공간의 개념으로 주말농장 텃밭과 운동장으로 사용되었던바, 처분청이 이를 해당 용도로 직접 사용하지 않았다고 보아 감면된 취득세와 재산세 등을 추징한 처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 취득세 등을 감면받은 토지가 공장의 울타리 안에 있는 공장용지라고 하더라도 감면 유예기간 3년이 지나도록 공장용 건축물의 토지로 사용되지 않고 주말농장 텃밭과 나대지 상태로 방치되고 있다면, 이는 당해 공장용 건축물의 효용과 편익을 위해 쟁점토지가 직접 사용된다고 보기는 어렵다.

(2) 또한, 코로나19는 이 건 토지를 취득한 후 3년이 경과된 시점에 발생하였고, 이로 인해 증축이 지연되었다는 사정을 정당한 사유로 보기 어려울 뿐만 아니라, 감면추징의 사전안내는 행정서비스에 지나지 않는 것이므로 이를 받지 못했다고 해서 취득세를 추징할 수 없다고 보기는 어렵다.

(3) 쟁점토지에 대한 항공사진을 보면, 2018년 11월부터 2020년 10월까지 잔디가 조성되었다거나 운동장의 외형을 갖추지 않은 나대지 상태로 있는 점, 처분청이 2021.2.8. 촬영한 사진상 쟁점토지에 경작의 흔적이 있고 마른 잡풀 정도가 있는 나대지 상태인 점 등을 볼 때 청구법인이 쟁점토지를 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하고 있다고 보기는 어렵다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점토지를 취득한 후 3년 이내에 해당 용도로 사용하지 못한 것으로 보아 취득세 및 재산세 등을 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 청구법인은 2017.4.18. 이 건 토지를 취득한 후, 지방세특례제한법제78조에 따른 감면을 적용하여 취득세 등을 신고‧납부하였고, 처분청은 이 건 토지에 대한 현장확인 결과 쟁점토지는 해당 용도에 직접 사용되지 않는다고 보아, 2021.4.6. 청구법인에게 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원 및 2017년～2020년 재산세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 부과‧고지하였다. (나) 청구법인은 이 건 토지 지상에 산업용 건축물 OOO㎡(공장동 2층, 사무동 3층, 연결통로 포함)를 유예기간 내에 신축하여 해당 용도로 직접 사용해 오고 있다. (다) 처분청이 2021.2.26. 이 건 토지에 현장확인을 실시한 후 작성한 출장복명서의 내용은 다음과 같이 나타난다. OOO (라) 처분청은 상기 현장확인시 산업용 건축물 등에 직접 사용하지 아니하는 쟁점토지의 면적을 실측을 통해 다음과 같이 산정한 것으로 나타난다. OOO (마) 처분청이 상기 현장확인시 촬영한 이 건 토지의 현황사진을 보면, 이 건 토지 중 일부가 야적장, 운동장, 주차장 등의 용도로 사용되고 있는 것으로 보인다. (바) 지방세법 제106조 제1항 제3호에서 재산세 분리과세대상 토지는 ‘과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지’라고 규정하면서, 그 가목에서 ‘공장용지ㆍ전ㆍ답ㆍ과수원 및 목장용지로서 대통령령으로 정하는 토지’라고 규정하고 있고, 지방세법 시행령제102조 제1항 제1호에서 ‘대통령령으로 정하는 토지’ 중 하나로 ‘공장용지: 제101조 제1항 제1호 각 목에서 정하는 지역에 있는 공장용 건축물의 부속토지(건축 중인 경우를 포함하되, 과세기준일 현재 정당한 사유 없이 6개월 이상 공사가 중단된 경우는 제외한다)로서 행정자치부령으로 정하는 공장입지기준면적 범위의 토지’를 규정하고 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 처분청은 이 건 토지 중 공장면적 및 주차장‧운동장‧야적장 등으로 사용하는 면적을 제외하고 남은 쟁점토지는 산업용 건축물의 부속토지로 볼 수 없다는 의견이다. 그러나, 지방세특례제한법 제78조 제4항, 같은 법 시행령 제38조 및 같은 법 시행규칙 제6조의 내용을 보면, 산업단지 감면대상으로 보는 공장의 범위만 규정하고 있을 뿐, 그 부속토지에 대한 범위를 달리 규정하고 있지 아니하므로, 공장 부속토지의 범위는 단순히 일시적 현황이 아닌 그 사용목적과 용도 및 업종별 조업의 반경범위 등을 종합적으로 고려하여 판단하는 것이 타당하다 할 것인 점, 청구법인은 2017.4.18. 이 건 토지 OOO㎡를 취득하였고, 2017.12.26. 등에 이 건 토지상에 산업용 건축물 OOO㎡를 신축하였으며, 건축물대장에 의하면 위 건축물의 대지면적은 OOO㎡로 기재되어 있는 점, 공장의 부속토지란 그 공장의 효용과 편익을 위해 사용되고 있는 토지를 말하는 것인데, 이 건 토지는 산업단지 내에 위치한 1필지의 토지로서 그 외곽에 분명한 경계가 있어 청구법인이 이를 배타적으로 사용함으로써 그 전체가 하나의 공장용 부속토지로서 해당 목적에 맞게 사용되고 있다고 보이는 점, 지방세법 제106조 제1항 제1호 가목, 같은 법 시행령 제102조 제1항 제1호 및 같은 법 시행규칙 제50조(별표6 포함) 등에서 재산세 분리과세대상으로 보는 공장용지의 기준을 규정하고 있는바, 청구법인은 플라스틱 제조업을 영위하는 법인이고, 산업통상자원부장관이 고시한 플라스틱 제조업의 기준공장 면적률(공장 연면적 ÷ 공장입지기준면적)이 7～15%에 지나지 않는데 비해, 청구법인은 이 건 토지 중 공장 연면적으로 OOO㎡를 사실상 사용하여 공장 면적률이 상기의 기준치를 크게 상회한다고 할 수 있는 점, 이 건 토지가 1필지의 토지로서 경제적 일체성을 이루고 있고, 상기 규정에 따라 이 건 토지 전체가 재산세 분리과세대상이 되는 공장용지의 기준에도 부합함에도 일시적 현황만을 이유로 쟁점토지를 공장용 건축물 등의 부속토지가 아니라고 보는 것은 불합리한 점 등에 비추어, 이 건 토지 전체는 그 지상에 신축된 산업용 건축물의 부속토지로서 취득세 등의 추징대상인 것으로 보기 어려우므로 처분청이 쟁점토지가 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용되지 아니하였다고 보아 청구법인에게 이 건 취득세 및 재산세 등을 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제96조 제6항, 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14477호로 일부 개정된 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ① 산업입지 및 개발에 관한 법률 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 산업기술단지 지원에 관한 특례법 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대해서는 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60)를 각각 2019년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다.

④ 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역(이하 “산업단지등”이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 대상 지역

• 가. 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지
• 나. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 따른 유치지역
• 다. 산업기술단지 지원에 관한 특례법에 따라 조성된 산업기술단지

2. 경감 내용

• 가. 산업용 건축물등을 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산(신축 또는 증축한 부분에 해당하는 부속토지를 포함한다)에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2019년 12월 31일까지 경감한다. 이 경우 공장용 건축물(건축법 제2조제1항제2호에 따른 건축물을 말한다)을 신축 또는 증축하여 중소기업자에게 임대하는 경우를 포함한다.
• 나. 산업단지등에서 산업용 건축물등을 대수선(건축법 제2조제1항제9호에 해당하는 경우로 한정한다)하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 25를 2019년 12월 31일까지 경감한다.
• 다. 가목의 부동산에 대해서는 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 75를 경감)한다.

⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

⑦ 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 공장의 업종 및 그 규모, 감면 등의 적용기준은 행정자치부령으로 정한다.

(2) 지방세특례제한법 시행령(2016.12.30. 대통령령 제27711호로 일부 개정된 것) 제29조(산업용 건축물 등의 범위) 법 제58조 제3항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 건축물”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물을 말한다.

1. 도시가스사업법 제2조제5호에 따른 가스공급시설용 건축물

2. 산업기술단지 지원에 관한 특례법에 따른 연구개발시설 및 시험생산시설용 건축물

3. 산업입지 및 개발에 관한 법률 제2조에 따른 공장ㆍ지식산업ㆍ문화산업ㆍ정보통신산업ㆍ자원비축시설용 건축물과 이와 직접 관련된 교육ㆍ연구ㆍ정보처리ㆍ유통시설용 건축물

4. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제30조제2항에 따른 관리기관이 산업단지의 관리, 입주기업체 지원 및 근로자의 후생복지를 위하여 설치하는 건축물(수익사업용으로 사용되는 부분은 제외한다)

5. 집단에너지사업법 제2조제6호에 따른 공급시설용 건축물

6. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령 제6조제5항제1호부터 제5호까지, 제7호 및 제8호에 해당하는 산업용 건축물 제38조(산업용 건축물 등의 범위) 법 제78조 제2항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 산업용 건축물등”이란 제29조 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물을 말한다. 다만, 제29조 제3호에 해당하는 공장용 건축물은 행정자치부령으로 정하는 업종 및 면적기준 등을 갖추어야 한다.

(3) 지방세특례제한법 시행규칙(2016.12.30. 행정자치부령 제101호로 일부 개정된 것) 제6조(산업단지 등 입주 공장의 범위) 법 제78조 제7항 및 영 제38조 단서에 따른 공장의 범위는 지방세법 시행규칙 별표 2에서 규정하는 업종의 공장으로서 생산설비를 갖춘 건축물의 연면적(옥외에 기계장치 또는 저장시설이 있는 경우에는 그 시설물의 수평투영면적을 포함한다)이 200제곱미터 이상인 것을 말한다. 이 경우 건축물의 연면적에는 그 제조시설을 지원하기 위하여 공장 경계구역 안에 설치되는 종업원의 후생복지시설 등 각종 부대시설(수익사업용으로 사용되는 부분은 제외한다)을 포함한다.

(4) 지방세법 제106조(과세대상의 구분 등) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지는 종합합산과세대상으로 보지 아니한다.

• 가. 이 법 또는 관계 법령에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지
• 나. 이 법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지

3. 분리과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

• 가. 공장용지ㆍ전ㆍ답ㆍ과수원 및 목장용지로서 대통령령으로 정하는 토지

(5) 지방세법 시행령 제102조(분리과세대상 토지의 범위) ① 법 제106조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.

1. 공장용지: 제101조 제1항 제1호 각 목에서 정하는 지역에 있는 공장용 건축물의 부속토지(건축 중인 경우를 포함하되, 과세기준일 현재 정당한 사유 없이 6개월 이상 공사가 중단된 경우는 제외한다)로서 행정자치부령으로 정하는 공장입지기준면적 범위의 토지

(6) 지방세법 시행규칙 제50조(공장입지기준면적) 영 제102조 제1항 제1호에서 “행정안전부령으로 정하는 공장입지기준면적”이란 별표 6에 따른 공장입지기준면적을 말한다. (별표 6 생략)