[요지]
(1) 과점주주 간주취득(쟁점2처분)이 먼저 이루어졌고, 법인의 합병에 따라 실제로 쟁점부동산을 취득(쟁점1신고분)한 것은 나중이므로 이중과세에 해당한다고 주장하는 쟁점1신고분에 대하여 추후 경정청구 절차 등을 통해 구제받는 것은 별론으로 하더라도 과점주주 취득에 따른 처분청의 쟁점2처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨. (2) 청구법인은 결과적으로 과점주주 취득세에 대한 신고 등의 의무를 이행하지 아니한 경우로 보는 것이 타당하다 할 것이므로 처분청이 쟁점2처분을 하면서 쟁점가산세를 포함한 취득세 등을 부과·고지한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 대법원, OOO지방법원 및 조세심판원 등에서는 ‘과점주주 간주취득세는 실제 자산을 취득하지는 아니하였지만 임의처분하거나 관리 운용할 수 있는 지위를 취득한 것으로 보고 그 자산 자체를 취득한 것으로 의제하여 취득세를 부과한 것이므로, 이후 과점주주가 영업양수도 방식으로 법인의 자산 전부를 실제 취득하고 취득세를 납부하였다면, 그 중 과점주주가 이미 납부한 간주취득세 상당액 부분은 동일한 물건의 취득에 대한 이중과세에 해당한다.’고 판단하고 있는바, 청구법인은 쟁점해산법인과의 합병과정에서 쟁점부동산의 실제 취득세(쟁점1신고분)를 납부하였음에도 과점주주 간주 취득세를 다시 부과(쟁점2신고분)하는 것은 이중과세에 해당하여 부당하므로 처분청의 이 건 과점주주 취득세 부과처분 중 이중과세 부분은 취소되어야 한다.
(2) 설령, 과점주주 간주취득세 부과처분이 이중과세에 해당하지 않는다 하더라도, 청구법인은 2020년 2월 취득세 등의 신고·납부 당시 쟁점부동산의 실제 취득세(쟁점1신고분)와 과점주주 간주 취득세(쟁점2신고분)의 이중과세에 대하여 처분청과 충분히 소통하고 협의하였고, 처분청도 충분한 검토를 거쳐 이중과세에 해당한다는 결론에 따라 당초 2020.2.28. 쟁점해산법인과의 합병에 따라 취득한 쟁점부동산의 취득세 등(쟁점1신고분)은 신고·납부하였고, 2020.2.24. 신고한 과점주주 취득세 신고에 대하여는 2020.2.26. ‘간주취득세 신고서 삭제 요청서’를 처분청에 제출하여 이를 철회하였는바, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서 그 의무의 이행을 납세의무자에게 기대하는 것이 무리인 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다고 할 것이고, 기한 내에 과점주주 취득세를 신고한 청구법인에게 처분청이 가산세를 포함한 이 건 과점주주 취득세 등(쟁점2신고분)을 부과하는 것은 신의·성실의 원칙에 위배되는 부당한 처분이므로 이 건 가산세 OOO원(이하 “쟁점가산세”라 한다)은 취소되어야 한다.
(1) 청구법인은 2019.12.30. 쟁점해산법인의 주식 100% 취득하여 과점주주로서 쟁점해산법인의 쟁점부동산을 취득한 것으로 간주되었고, 2020.2.14. 청구법인이 쟁점해산법인을 흡수합병 함에 따라 쟁점해산법인 소유의 쟁점부동산을 포괄적으로 승계하여 실질적으로 완전한 소유권을 취득하였는데 이 경우 전자의 취득 간주행위와 후자의 취득행위는 취득세의 과세객체로서 독립적인 취득행위로서 성질을 갖는다 할 것이므로, 청구법인이 쟁점해산법인과의 합병에 따라 쟁점부동산을 취득한 것에 대한 취득세(쟁점1신고분)와 과점주주로서의 간주 취득세(쟁점2신고분)는 이중과세로 볼 수 없으므로 처분청의 이 건 과점주주 취득세 부과처분은 적법하다.
(2) 과세관청이 납세의무자에게 신고납부서 등 교부하는 행위나 그 과정에서 납세의무자에게 과세표준 및 세액의 결정에 관한 사항을 안내 또는 설명하거나 보완을 요구하는 행위는 납세자의 편의를 도모하기 위한 단순한 사무행위일 뿐 과세관청에 과세표준과 세액을 신고함에 있어서 세무공무원이 그 신고를 수리하기 전에 그 신고의 적법 여부를 심사하여 신고내용을 수정 또는 보완해야 할 의무는 없으므로 취득세 등의 과세표준과 세액은 납세의무자가 스스로 판단하여 결정하여야 하는 것인바, 청구법인은 2020.2.24. 과점주주 취득세 등 OOO원을 신고하였다가 2020.2.26. 이중과세 등을 이유로 ‘간주취득세 신고서 삭제 요청서’를 처분청에 제출하여 취득세 신고 행위 자체가 삭제되었다면 그 신고의무를 이행하지 아니한 경우라 할 것이고, 그 후, 처분청이 과점주주 취득세를 부과하였다고 하여 이를 신의·성실의 원칙에 위배되었다고 할 수는 없다 할 것이므로 처분청이 쟁점가산세를 포함한 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다.
3. 심리 및 판단
(1) 동일한 과세물건에 대하여 과점주주 취득세와 합병으로 인한 부동산 취득에 대하여 부담한 취득세는 이중과세에 해당하여 부당하다는 청구주장의 당부
(2) 쟁점가산세 부과처분의 적법 여부
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 부동산 임대업, 주차장업 등을 목적사업으로 하고, OOO를 본점 소재지로 하여 2001.1.8. 설립된 법인이다. (나) 쟁점해산법인은 부동산 매매업, 부동산 임대업, 인테리어업, 부동산컨설팅 및 중개업, 숙박업 등을 목적사업으로 하고, OOO을 본점 소재지로 하여 2012.12.21. 설립되었다. (다) 주주명부 및 주식양도·양수계약서 등에 의하면, 쟁점해산법인은 아래 ＜표＞와 같이 aaa 외 2인이 발행주식 OOO주를 소유하고 있었으나, 2019.12.30. 주식양도·양수계약에 따라 청구법인이 주주들로부터 주식 전부를 취득하여 100% 과점주주가 된 것으로 나타난다. ＜ 쟁점해산법인 주주명부 현황(2019.10.10. 현재) ＞ OOO (라) 합병계약서 및 등기사항전부증명서 등에 의하면, 청구법인은 2019.12.30. 쟁점해산법인의 일체의 재산 및 권리와 의무 등을 포괄적으로 이전하여 흡수합병하기로 하고, 2010.1.14. 합병결의 주주총회일로, 2020.2.14.을 합병기일로 하여 합병계약서를 작성하여 2020.2.14. 합병등기를 하였으며, 쟁점해산법인은 2020.2.14. 흡수합병으로 해산된 것으로 나타난다. (마) 등기사항전부증명서에 의하면, 쟁점부동산은 지상 9층 규모의 숙박시설로서 쟁점해산법인이 2013.2.15. 매매를 원인으로 이를 취득하여 2013.4.11. 소유권이전등기를 하였으며, 2020.2.14. 회사합병을 원인으로 2020.2.28. 청구법인에게 소유권이 이전된 것으로 나타난다. (바) 청구법인은 주식 OOO주를 취득하여 쟁점해산법인의 과점주주(100%)가 된 것에 대하여 쟁점부동산을 과세물건으로 하여 2020.2.24. 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고하였다가, 2020.2.26. ‘간주취득세 신고서 삭제요청서’를 처분청에 제출하였고, 처분청은 과점주주 취득세 신고내역을 삭제하였다. (사) 그 후, 청구법인은 쟁점해산법인과의 합병에 따라 취득한 쟁점부동산에 대하여 2020.2.28. 취득세 OOO원 지방교육세 OOO원, 합계 OOO원을 신고·납부하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저, 쟁점(1)에 대하여 살피건대, 법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 된 자에 대한 간주 취득세는 실제 법인의 자산을 취득하지는 아니하였지만 임의처분하거나 관리 운용할 수 있는 지위를 취득한 것으로 보고 그 자산 자체를 취득한 것으로 의제하여 취득세를 부과하는 것이므로, 이후 과점주주가 그 법인의 자산 전부를 실제 취득하고 취득세를 납부하였다면, 그 중 과점주주가 이미 납부한 간주취득세 상당액 부분은 동일한 물건의 취득에 대한 이중과세에 해당한다고 보는 것이 타당하다고 판단된다. 다만, 청구법인의 경우 2019.12.30. 쟁점해산법인의 주식 전부를 취득함으로써 과점주주가 되어 취득세 납세의무가 발생하였고(쟁점2신고분), 그 후 2020.2.14. 쟁점해산법인과의 합병에 따라 쟁점해산법인의 쟁점부동산을 실제 취득한 후, 2020.2.28. 취득세 등을 신고·납부(쟁점1신고분)하였는바, 순서적으로, 과점주주 간주취득(쟁점2신고분)이 먼저 이루어졌고, 법인의 합병에 따라 실제로 쟁점부동산을 취득(쟁점1신고분)한 것은 나중이므로 이중과세에 해당한다고 주장하는 쟁점1신고분에 대하여 추후 경정청구 절차 등을 통해 구제받는 것은 별론으로 하더라도 과점주주 취득에 따른 처분청의 쟁점2신고분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. (나) 다음으로, 쟁점가산세 부과처분이 적법한지의 여부에 대한 쟁점(2)에 대하여 살피건대, 취득세는 신고납세방식의 조세로서 납세의무자가 스스로 과세관청에 과세표준 및 세액 등을 신고하는 때에 확정되는 것이고, 설령 그 신고·납부를 이행하는 과정에서 납세의무자가 처분청 담당공무원의 잘못된 설명을 믿고 그에 따라 신고·납부를 하였다거나 신고·납부를 철회하였다 하더라도 그 신고·납부에 대한 책임은 근본적으로 납세자인 청구법인에게 있다 하겠으므로 그러한 사유만으로 가산세를 면제할 만한 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다 할 것인바, 청구법인은 2019.12.30. 쟁점해산법인의 주식 OOO주를 취득하여 과점주주(100%)가 된 것에 대하여 2020.2.24. 취득세 등을 신고하였다가, 2020.2.26. ‘간주취득세 신고서 삭제요청서’를 처분청에 제출하여 그 신고행위가 삭제된 사실이 확인되는 이상 청구법인은 결과적으로 과점주주 취득세에 대한 신고 등의 의무를 이행하지 아니한 경우로 보는 것이 타당하다 할 것이므로 처분청이 쟁점2신고분을 하면서 쟁점가산세를 포함한 취득세 등을 부과·고지한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령
(1) 지방세기본법 제52조(가산세의 부과) ① 지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따른 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 지방세관계법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다. 제57조(가산세의 감면 등) ① 지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제26조제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 해당 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있을 때에는 가산세를 부과하지 아니한다.
(2) 지방세법 제7조(납세의무자 등) ① 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 지방세기본법제46조제2호에 따른 과점주주(이하 “과점주주”라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등(법인이 신탁법에 따라 신탁한 재산으로서 수탁자 명의로 등기·등록에 되어 있는 부동산을 포함한다)을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다. 이 경우 과점주주의 연대납세의무에 관하여는 지방세기본법제44조를 준용한다. 제15조(세율의 특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 취득에 대한 취득세는 제11조 및 제12조에 따른 세율에서 중과기준세율을 뺀 세율로 산출한 금액을 그 세액으로 하되, 제11조 제1항 제8호에 따른 주택의 취득에 대한 취득세는 해당 세율에 100분의 50을 곱한 세율을 적용하여 산출한 금액을 그 세액으로 한다.
3. 법인세법 제44조제2항 또는 제3항에 해당하는 법인의 합병으로 인한 취득. 제20조(신고납부) ① 취득세 과세물건을 취득한 자는 그 취득한 날부터 60일 이내에 그 과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다. 제21조(부족세액의 추징 및 가산세) ① 취득세 납세의무자가 제20조에 따른 신고 또는 납부의무를 다하지 아니하면 제10조부터 제15조까지의 규정에 따라 산출한 세액(이하 이 장에서 "산출세액"이라 한다) 또는 그 부족세액에 지방세기본법 제53조부터 제55조까지의 규정에 따라 산출한 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법으로 징수한다.
(3) 지방세특례제한법 제57조의2(기업합병·분할 등에 대한 감면) ①법인세법 제44조제2항 또는 제3항에 해당하는 합병으로서 대통령령으로 정하는 합병에 따라 양수(讓受)하는 사업용 재산을 2021년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 지방세법 제15조 제1항에 따라 산출한 취득세의 100분의 50(법인으로서 중소기업기본법에 따른 중소기업 간 합병 및 법인이 대통령령으로 정하는 기술혁신형사업법인과의 합병을 하는 경우에는 취득세의 100분의 60)을 경감하되, 해당 재산이 지방세법 제15조 제1항 제3호 단서에 해당하는 경우에는 다음 각 호에서 정하는 금액을 빼고 산출한 취득세를 경감한다.