[요지] 처분청이 쟁점토지를 정당한 사유 없이 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하여 지방세특례제한법 제11조 제3항 제1호에 따른 취득세 추징사유에 해당한다고 보아, 쟁점건물에 대한 취득세 부과처분을 포함하여 청구법인에게 이 건 부과처분을 한 것은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨.
[요지] 처분청이 쟁점토지를 정당한 사유 없이 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하여 지방세특례제한법 제11조 제3항 제1호에 따른 취득세 추징사유에 해당한다고 보아, 쟁점건물에 대한 취득세 부과처분을 포함하여 청구법인에게 이 건 부과처분을 한 것은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨.
[참조결정] 조심2018지2254 / 조심2019지1934 / 조심2021지1564 / 조심2013지0425
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 쟁점토지①, 쟁점토지②-1, 쟁점토지③을 취득일부터 1년이 경과할 때까지 영농에 직접 사용하였다. (가) 청구법인이 쟁점토지를 취득할 당시 쟁점토지는 사실상 임야에 가까웠고, 이와 같이 임야 상태의 토지에는 애당초 농사 자체가 불가능하였으며, 이에 청구법인은 쟁점토지 취득 직후인 2019년 5월경부터 잡초를 뽑고 돌을 걷어내며 수로를 내는 등의 공사작업을 통해 사실상 임야였던 쟁점토지를 농업용 전(田)으로 개간하였고, 이러한 공사는 최소 4개월 이상이 소요되었다. 청구법인은 장기간의 공사를 통해 쟁점토지를 어느 정도 농업용 전(田)으로 사용할 수 있는 형태로 바꾼 뒤, 쟁점토지에 비료를 뿌리면서 실제 농업에 사용할 수 있도록 토양상태를 조성하기 시작했다. 청구법인은 쟁점토지 주변 자연환경의 특성, 그에 따른 파종이나 식재의 적정도 등 쟁점토지에 관한 축척된 경험이 부족하였기 때문에 어느 정도의 사전준비작업이 필요하였다. 청구법인은 곡물 및 작물 재배 등에 직접 사용할 목적으로 쟁점토지 외에도 쟁점토지 근처의 OOO토지(이하 “쟁점외토지”라 한다)를 2019.5.10. 취득하였는데, 청구법인은 쟁점외토지를 사전준비작업의 일환으로 이용하여 영농을 시도해봄으로써 쟁점토지에 관한 지식과 영농에 대한 경험을 습득하고자 하였다. 이러한 배경 하에 청구법인은 2019년 하반기 경 쟁점외토지에 무를 심었으나, 관련 토지에 관한 지식과 경험이 부족하여 기대했던 결과를 얻을 수 없었다. 즉, 재배한 무의 상품성이 떨어졌고 설상가상으로 당시 무의 시장가격이 폭락함에 따라 청구법인은 재배한 무 중 일부만을 수확하여 보관하였다. 청구법인은 위와 같은 시행착오를 겪었지만 이러한 경험을 바탕으로 쟁점토지 및 쟁점외토지가 속한 지역 성질이나 상태, 주변 자연환경의 특성에 대한 지식을 쌓을 수 있었다. (나) 처분청은 2020.10.7. 및 2020.10.28. 쟁점토지 일대를 2회 현지 조사한 뒤 출장복명서를 작성하였고, 동 복명서상 기재내용을 과세근거로 삼아 이 건 부과처분을 하였는데, 출장복명서 기재내용에는 오류가 많고, 이에 터잡아 이루어진 이 건 부과처분은 그 자체로 위법하다.
1. 먼저, 쟁점토지①에 대하여 보면, 청구법인은 쟁점토지① 취득일부터 1년 이내인 2020년 4월경 AAA(OOO의 대표로 이하 OOO이라 한다)로부터 과실수를 매입하여 쟁점토지①에 이를 식재함으로써 영농을 개시하였고, 정성을 들여 잡초를 관리해 왔다. 청구법인은 2020.1.1.～2020.4.30. 사과, 배 등의 과실수 종자와 비료, 기타 과실수 식재에 필요한 장비 등을 취득하는 데에만 최소 OOO원을 사용하였고, 그 이후에도 지속적으로 추가적인 농사용 장비와 종자 등을 구입하였으며, 이에 더해 청구법인은 위 기간 중 전기요금만 최소 OOO원을 지출한 바 있다. 만약, 청구법인이 쟁점토지① 등을 영농에 사용하지 않았다면 거액을 들여 종자, 비료, 기타 식재에 필요한 장비를 구매하거나 대량의 전기를 사용한 사실을 도무지 설명할 방법이 없다. 따라서 위와 같은 사실은 청구법인이 쟁점토지① 등을 실제로 영농에 사용하였음을 보여주는 강한 징표이다. 한편, 청구법인은 2020.6.8. 쟁점토지①에 조경수를 추가로 식재하기 위하여 OOO과 조경조성공사계약을 체결하였는데, 당시 OOO은 청구법인에게 “2021년에 조경수를 식재하려면 복토 작업을 거쳐야 하므로 더 이상 잡초를 관리할 실익이 없다”는 취지의 조언을 하였고, 이에 청구법인은 처분청의 현지 조사 당시인 2020년 10월경에는 잡초 관리를 잠시 중단한 상태이었다. 결론적으로, 청구법인은 쟁점토지①에서 조경수를 추가로 식재하여 영농을 계속할 계획이 명백하였음에도 처분청은 출장복명서에 마치 청구법인이 쟁점토지①에서 영농을 포기하고 오랜 기간동안 토지를 방치해 두어 잡초만 무성했던 것처럼 기재하고 있는바, 이는 명백한 사실오인이다. 또한, 처분청은 2020.10.7.자 세무조사 당시 창고(쟁점건물) 관리인과의 면담 과정에서 “OOO토지(쟁점토지①)에 청구법인 대표이사 BBB이 식재 이후 몇 번 다녀갔다”는 진술을 청취하였다는 점을 근거로 영농 사실을 부인하였다. 그러나, 처분청이 창고 관리인이라고 하는 사람은 창고 관리인이 아니라 빈 창고를 임시로 타 용도로 활용하기 위해 물건을 적재하는 작업을 하던 직원에 불과했다. 해당 직원은 관리업무를 수행한 적이 없고, 창고 근방에 상주하거나 일대를 감시하고 있었던 것도 아니므로, 그가 청구법인의 영농행위를 보지 못했더라도 이를 근거로 청구법인이 당해 토지에서 영농행위를 한 적이 없다고 단정할 수는 없다. 또한, 처분청은 해당 직원과의 면담 내용을 의도적으로 편집․생략하는 방법으로 사실을 왜곡하고 있다. 해당 직원은 “청구법인이 당해 토지에 과실수를 식재한 이후에도 대표이사 BBB이 수차례 방문하는 것을 목격했다”는 취지의 답변을 했을 뿐, 청구법인이 당해 토지를 전혀 관리하지 않고 방치했다는 내용의 발언을 한 사실이 없다. 따라서, 처분청이 이 건 부과처분의 근거로 들고 있는 면담 내용은 잘못된 것일 뿐만 아니라 청구법인의 영농사실과 아무런 관계가 없다. 한편, 처분청은 청구법인이 세무조사 기간 동안 조경조성공사계약서를 제출하지 않았다는 점을 이유로 해당 계약서가 사후에 소급 작성된 것이라는 의혹을 제기하였다. 그러나, 납세자가 세무조사 기간 동안 제출하지 못한 증거자료라고 하여 그 진정성을 부정하는 선례는 어디에서도 찾아볼 수 없다. 청구법인은 세무조사 당시에는 소명자료를 제출할 필요성도 크게 느끼지 못하였고, 소명자료를 제출할 제대로 된 기회도 갖지 못하였다. 처분청은 청구법인의 계정별 원장에서 인건비나 비료 구입비용과 관련된 내역이 확인되지 않는다고 하지만, 계정별 원장상 생물자산, 소모품비에 비료 구입 및 농작물 구입 내역이 모두 기록되어 있다. 또한 처분청은 계정별 원장에 인건비가 기재되지 않은 것이 문제라고 지적했는데, 청구법인 소속 직원들은 비용절감 차원에서 직접 쟁점토지에 농산물을 식재하였던 것이므로 단지 계정별 원장에 인건비가 기재되지 않았다는 사실만으로 청구법인이 영농을 한 적이 없다고 추단하는 것은 지나친 논리 비약이다.
2. 다음으로, 쟁점토지②-1 및 쟁점토지③에 대하여 보면, 청구법인은 쟁점토지 취득 직후인 2019년 5월경부터 수개월에 걸쳐 잡초를 뽑고 돌을 걷어내며 수로를 건설하는 등의 공사작업을 통해 사실상 임야였던 쟁점토지를 농업용 전(田)으로 개간하였다. 이에 쟁점토지②-1 및 쟁점토지③은 처분청의 현지조사 당시 이미 영농이 가능한 상태로 전환되어 있었다. 특히 쟁점토지의 2020.12.31.자 현황측량도를 보면, 쟁점토지①, 쟁점토지②-1, 쟁점토지③-1이 전(田)으로 사용되고 있었음을 명확히 확인할 수 있다. 사정이 이와 같음에도 처분청은 쟁점토지② 및 쟁점토지③ 전체를 식재가 불가능한 나대지로서 진입로 및 공터로 이용 중인 상태로 오인한 것이다. 쟁점토지③-2의 경우, 폭 4m 가량의 농업용 도로로 사용하였는데, 농업용 도로는 농업용 기계의 출입을 위하여 반드시 필요하므로, 토지에 이와 같은 도로를 설치하는 것 역시 당연히 토지를 농업용으로 사용하는 경우에 해당한다. 이러한 사정을 종합하면, 청구법인이 쟁점토지①, 쟁점토지②-1, 쟁점토지③을 그 취득일부터 1년 이내에 영농에 사용한 사실은 명백하다. 청구법인은 현황측량도라는 구체적․객관적인 자료를 제시하였는데도, 처분청은 여전히 일부 자료만을 가지고 쟁점토지② 및 쟁점토지③ 전체가 나대지로 방치되어 영농이 전혀 이루어지지 않았다고 하나, 이는 명백히 사실과 다르다. 그리고 처분청은 비록 청구법인이 일부 토지에 과실수를 식재하여 영농을 개시하였더라도 그 생산량 수준이 아직 대규모의 영농 단계에 이르지 못하였으므로 법률상 취득세 면제 요건인 영농에 해당하지 않는다고 하나, 이는 지방세특례제한법상 영농의 의미를 자의적으로 축소․왜곡하는 것이다. 처분청이 유사사례로 제시한 조세심판원 결정례(조심 2018지2254, 2019.1.15.)는 토지에 텐트 및 간이음식점을 설치하여 체험학습장업 용도로 사용하는 과정에서 토지에 자생하는 밤을 수확하였다고 하더라도 이는 농업회사법인이 기업적으로 농산물을 재배하는 영농에 해당하지 않아 취득세가 면제되지 않는다는 취지여서, 이 건과는 사실관계 면에서 아무런 유사성이 없다. 그리고, 처분청은 조세심판원 결정례(조심 2013지425, 2013.9.16.)에서 영농의 정의를 “농작물을 효율적으로 재배하고 이를 수확하는 활동”이라고 정하고 있으므로, 청구법인처럼 농작물 재배에 있어 고효율을 달성하지 못한 경우는 토지를 영농에 직접 사용한 경우에 해당하지 않는다는 취지의 의견을 제시하였으나, 해당 결정례는 영농과 유통을 구분하기 위한 취지에서 그처럼 정의한 것일 뿐, 재배활동의 효율성이 없으면 영농이고, 효율성이 낮으면 영농이 아니라는 뜻은 아니다. 한편, 처분청은 청구법인이 과실수를 식재한 이후로 영농 관련 지출 비용을 계정별 원장에 기재하지 않았다는 점을 지적하지만, 이 역시 영농을 하지 않았다는 증거가 될 수 없다. 청구법인은 쟁점토지 취득 이후 1년간 개간작업을 마치고 모든 원재료를 구입하여 식재까지 완료한 상황이었는데, 그 이후 추가적인 지출을 기록하지 않았다고 하여 그 간의 수많은 영농행위가 갑자기 무위로 돌아가지는 않는다. 종합하면, 2020.12.31.자 현황측량도에 전(田)으로 표시된 면적 부분인 쟁점토지①, 쟁점토지②-1, 쟁점토지③-1 및 농업용 도로인 쟁점토지③-2 만큼은 영농 사실이 명백히 인정된다.
(2) 쟁점토지②-2, 쟁점토지④(지상의 쟁점건물 포함), 쟁점토지⑤ 취득일부터 1년이 경과할 때까지 영농에 직접 사용하지 아니한 “정당한 사유”가 있었다. (가) 먼저 쟁점토지②-2의 경우, 비가 오면 물이 고여 논으로 변할 정도여서 정상적인 영농이 불가능한 곳이었다. 유일한 해결책은 해당 토지에 수로를 더욱 깊게 파는 공사를 시행하는 것뿐인데, 이러한 건설공사는 상당한 시일이 소요되는 작업이었기 때문에 청구법인으로서는 어쩔 수 없이 일단 영농이 가능한 부분에만 과실수를 식재하여 영농을 시작하였다. 청구법인은 항변서 제출일 현재 수로 재건 공사를 완료하여 쟁점토지② 대부분을 영농 용도로 사용하고 있다. 요약하면, 청구법인이 처분청 현지조사 당시 쟁점토지②-2에서 영농을 하지 못한 것은 사실이지만, 여기에는 정당한 사유가 인정되고, 설령 정당한 사유가 인정되지 않더라도 청구법인이 전(田)으로 사용한 면적을 특정하지 않은 채 쟁점토지② 전체가 영농에 직접 사용되지 않았음을 전제로 이루어진 이 건 부과처분은 위법하다. (나) 다음으로 쟁점토지④에 대하여 보면, 청구법인은 농업용 기계 보관 및 농산물 저장용 창고로 활용하기 위해 쟁점토지④ 지상에 쟁점건물을 신축하였다. 처분청은 현지조사 당시 쟁점건물의 외관이나 구조 등이 농업용 창고로 부적합하다면서, 청구법인이 애초부터 쟁점건물을 용도 외의 창고로 사용하려는 목적을 가지고 있었다는 의혹을 제기하였다. 그러나, 쟁점건물은 OOO일대에서 농업용으로 사용되는 다른 수많은 창고들과 외관 및 설계구조가 동일하므로, 처분청의 지적은 타당하지 않다. 처분청의 현지조사 당시에는 청구법인이 원활히 농산물을 생산하는 단계에 이르지 못한 상태였기 때문에 창고에 저장할 농산물이 없었다. 이에 청구법인은 일단 창고에 농업용 기구를 보관함과 동시에 임시로 잉여공간을 활용하는 차원에서 용도 외의 물건들을 함께 보관하였다. 처분청의 현지조사 과정에서 청구법인이 이와 같은 사정을 설명하자, 처분청은 청구법인이 농산물을 원활히 생산할 수 있게 된 뒤에 창고를 지었어야 한다고 지적했는데, 쟁점토지에서 영농을 처음 시도해 본 청구법인으로서는 정확히 어느 시점부터 농작물이 본격적으로 생산되어 저장용 창고가 필요하게 될지 예상하기가 매우 어려웠고, 결국 창고를 미리 건설하여 대처할 수밖에 없었다. 무엇보다 청구법인으로서는 개간작업을 하면서 창고 건설도 동시에 진행해야만 굴착기 대여비용이나 인건비 등을 절감할 수 있었기 때문에 영농이 본격적으로 시작되기 전에 미리 쟁점건물을 건설할 필요가 있었다. 이는 지극히 합리적인 경영 판단이다. 그렇다면, 청구법인이 토지 취득일부터 1년 내에 쟁점건물을 농산물 보관용으로 사용 개시하지 못한 것에는 정당한 사유가 인정되므로 이와 같은 사정을 전혀 고려하지 않은 이 건 부과처분은 위법하다. (다) 마지막으로 쟁점토지⑤에 대하여 보면, 청구법인은 쟁점토지⑤를 개간하고 수로까지 만드는 등 대대적인 준비작업을 거쳤다. 만약 청구법인이 해당 토지를 영농에 직접 사용할 의사 없었다면 그러한 작업에 시간과 자금을 투자하지 않았을 것이다. 또한, 청구법인은 토지를 취득한 직후부터 수개월간 개간 작업을 실시하였고, 완료 후 수개월이 지나서야 폭우시 물이 넘쳐 농작물 식재가 불가능하다는 점을 인식하였으므로, 수로 재건작업을 실시할 수 있는 가장 빠른 시점은 이미 취득일로부터 1년이 경과한 이후였다. 다만, 개간작업을 모두 마친 이후에도 해당 토지는 비가 조금만 내려도 물이 넘치고 진흙탕으로 변하는 문제가 있어 바로 농산물을 식재할 수 없었고, 수로를 재건설할 필요가 있었다. 이러한 이유로 청구법인은 토지 취득일부터 1년이 지나도록 해당 토지에서 본격적인 영농작업을 시작하지 못했던 것이므로 쟁점토지②-2, 쟁점토지④(지상의 쟁점건물 포함), 쟁점토지⑤에 대하여 정당한 사유를 인정하여야 한다.
(3) 처분청이 쟁점건물 취득에 대하여 취득세를 부과한 처분은 근거과세의 원칙을 위반하였다. 처분청은 세무조사 결과통지서 및 납세고지서를 통해 청구법인이 쟁점건물을 영농에 미사용하였음을 이유로 지방세특례제한법에 따라 감면된 취득세 등을 추징한다고 통보하였을 뿐, 쟁점건물의 취득시점을 2020.3.2.로 판단한 이유 등을 포함하여 처분청이 그러한 판단에 이르게 된 이유에 대해서 밝히지 않았다. 특히, 처분청은 쟁점건물 등에 대한 단 한차례의 현장조사만으로 쟁점건물이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 영농에 직접 사용되지 않았다고 단정하였다. 그리고 이러한 판단은 현장 방문일 현재 쟁점건물이 실제 농업용 창고로 사용되고 있는지를 육안으로 확인하는 정도의 조사로 이루어진 것으로 이해된다. 그러나, 쟁점건물 등이 영농에 직접 사용되었는지 여부는 단순히 육안으로 잠시 외관을 살펴보는 것을 넘어, 청구법인의 사업목적과 부동산 취득 목적으로 종합적으로 고려하여 그 실제의 사용관계를 객관적으로 판단해야 한다(대법원 2002.4.26. 선고 2000두3238 판결 등). 이에 처분청은 이 건 부과처분에 앞서 단순히 육안으로 확인되는 사정뿐만 아니라 쟁점건물 등 취득 및 사용과 관련한 청구법인의 의사결정자료, 자금집행내역, 유지 보수 관리 비용 지출내역, 관련 계약서 등을 종합적으로 검토했어야 한다. 예를 들면, 청구법인의 발기인총회 의사록 및 감사의 조사보고서에 의하면, 청구법인은 영농을 목적으로 상법에 따라 적법하게 설립되었고, 청구법인의 정관이나 법인등기부에도 청구법인은 영농을 목적으로 설립되었다고 기재되어 있는 점, 청구법인의 권리능력은 정관상 목적에 의해 제한되므로 영농에 사용하기 위한 경우 외에는 청구법인의 부동산 취득이 원칙적으로 금지된다는 점 등을 종합하면, 청구법인이 영농 목적으로 쟁점건물 등을 취득하였다는 사실을 확인할 수 있다. 또한, 과실수 식재를 위한 종자, 비료, 농기구를 구입한 자산 취득 내역 내지 자금 집행 내역이 존재한다는 점, 이러한 구입물품들은 쟁점건물에 보관되었을 수밖에 없다는 점, 실제 영농 과정에서 거액의 전기료를 유지보수 관리비용으로 지출한 사정이 확인되는 점, 과실수가 실제로 식재된 모습까지 육안으로 확인된다는 점 등을 종합하여, 쟁점건물 등 취득 이후 이를 실제로 영농에 사용하였다는 사실을 확인할 수 있다. 또한, 쟁점건물과 관련한 추징처분이 적법하기 위해서는 “정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 않은 경우”에 해당하여야 한다. 그런데 청구법인은 2019년 12월경 쟁점건물을 취득하였고, 처분청의 세무조사는 쟁점건물 취득일부터 1년이 경과하지도 않은 2020년 10월경 이루어졌는바, 이에 터잡아 쟁점건물에 대해 취득세를 추징한 것은 그 자체로 위법하다. 한편, 처분청은 쟁점건물의 취득일을 2020.3.2.로 보아 지방세특례제한법 제11조 제3항 제1호에 따른 2020년 귀속 취득세 등을 추징한 것으로 보인다. 이에 청구법인은 처분청이 쟁점건물의 취득일을 2020.3.2.로 이유에 대해 설명을 요구하였지만, 처분청은 여전히 아무런 근거를 제시하지 못하고 있다. 결국, 처분청이 쟁점건물의 취득일을 2020.3.2.로 본 것은 아무런 근거가 없고, 실제 취득일인 2019년 12월경을 기준으로 하면 쟁점건물에 대한 취득세 부과처분은 취득일부터 1년이 지나지 않은 시점에서의 사용현황을 근거로 한 것이어서 위법하다.
(4) 이 건 부과처분은 위법한 세무조사에 근거한 것이어서 그 자체로 위법하다. 세무조사란 지방세의 부과․징수를 위하여 질문을 하거나 장부․서류 또는 그 밖의 물건을 검사․조사하거나 그 제출을 명하는 활동을 의미한다(지방세기본법 제2조 제36호). 세무공무원은 지방세에 관한 세무조사를 하는 경우 원칙적으로 조사를 받을 납세자에게 조사 시작 15일 전까지 사전통지를 해야 하고, 증거인멸이 우려되는 등의 특별한 사정이 인정되는 경우에는 예외적으로 사전통지를 생략할 수 있다(지방세기본법 제83조 제1항). 이와 관련하여 법원은 사전통지 생략 사유를 엄격하게 해석하여, 탈세 제보가 있는 경우처럼 증거인멸 우려가 큰 경우에만 사전통지를 생략할 수 있다고 보는 경향이 있다(서울고등법원 2012.7.20. 선고 2011누29672 판결). 이에 따라 처분청의 2020.10.7.자 토지 이용현황 조사는 위법한 세무조사에 해당한다. 처분청이 2020.10.5. 청구법인에게 통지한 통지서[지방세 법인 세무조사(직접조사)를 위한 관련 서류 제출 요청]에 따르면, 처분청은 2020.10.26.～2020.10.30. 기간 중 청구법인에 대한 세무조사를 예정하고 있었다. 그럼에도 불구하고 처분청은 예고된 세무조사 기간이 도래하기도 전인 2020.10.7. 과세자료를 확보하기 위한 목적에서 쟁점토지를 검사․조사하고, 관련자에게 질문을 하였다. 즉, 처분청은 청구법인에게 어떠한 사전통지도 하지 않은 채 사유지인 쟁점토지에 무단으로 들어와 토지의 현황 등을 조사한 뒤 이를 기록하고, 나아가 사진촬영을 하였으며, 현장에 있던 직원에게 각종 질문을 하였다. 이러한 처분청의 2020.10.7.자 행위는 어느 모로 보나 이 건 부과처분을 위한 질문․검사권의 행사로서 실질적인 세무조사 행위에 해당하는데, 이는 적법한 사전통지 없이 이루어진 것이어서 위법하다. 따라서, 처분청은 2020.10.7. 세무조사를 통해 수집한 증거자료인 출장보고서, 증거사진, 면담내용을 과세근거로 삼아 이 건 부과처분을 하였는데, 위법한 세무조사에 터잡은 이 건 부과처분 또한 위법하다.
(1) 청구법인은 쟁점토지①, 쟁점토지②-1, 쟁점토지③을 취득일부터 1년이 경과할 때까지 영농에 직접 사용하였다고 하나, 이를 인정하기 어렵다. 청구법인은 쟁점토지를 취득하고 농업용 전(田)으로 개간하기 위하여 수개월간 공사를 진행하였고, 비료 및 과실수를 구입하여 쟁점토지에 식재하면서 많은 비용을 들여 영농에 필요한 준비과정을 거쳤으므로 이 건 부과처분이 부당하다고 주장하나, 지방세특례제한법 제11조 제1항에서 규정한 농업회사법인이 영농에 사용하기 위하여 취득하는 부동산이란 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제19조 제1항의 입법 취지에 따라 해당 법인이 기업적으로 농산물을 재배하는 토지거나 수확한 농산물을 출하․유통 및 가공 등을 하는데 사용하는 부동산으로 보는 것이 타당하다 할 것(조심 2018지2254, 2019.1.15.)이고, “영농”이라 함은 농어업․농어촌 및 식품산업 기본법 제3조 제1호 및 같은 법 시행령 제2조에서 규정한 농업(농작물 재배업, 축산업, 임업)을 경영하는 것이고, 영농의 사전적 의미로도 농업을 경영하는 것이라 함은 농작물을 효율적으로 재배하고 이를 수확하는 활동을 의미하는 것으로 보아야 할 것(조심 2013지425, 2013.9.16.)인바, 청구법인이 2020.4.20.～2020.5.14. 사과, 배 등의 과실수를 구입한 내역이 계정별 원장에서 확인은 되나, 쟁점토지①에 대하여만 식재가 이루어졌으며, 이마저도 관리가 소홀하여 쟁점토지①에 잡초가 무성한 상태인 것이 출장복명서에서 확인되는 점, 청구법인이 쟁점토지와 관련하여 인건비 지급내역이나 비료 구입 등이 계정별 원장에서 확인되지 않는 점, 감면제도는 그 자체가 일반납세자와의 과세형평에 있어서 불공정한 제도로 특별히 공익적 목적이 있는 경우에 한하여 일정조건을 붙여 감면하는 것으로 부여된 감면조건을 충족하지 못하거나 위배되는 경우는 그 감면효력이 상실된다 할 것(조심 2019지1934, 2019.8.20.)인 점, 청구법인은 쟁점건물을 취득하였음에도 지방세법 제20조에 따라 취득세를 신고․납부하지 않는 점 등을 비추어 볼 때, 청구법인이 쟁점토지를 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하여 지방세특례제한법 제11조 제3항에 따른 추징사유에 해당한다고 보아 이 건 부과처분을 한 것은 적법하다. 한편, 처분청은 2020.10.7. 쟁점토지에 대한 현지출장 당시 창고 관리인과의 면담에서 청구법인의 대표이사 BBB이 식재 이후 몇 번 다녀갔다고만 하였으며, 청구법인이 제출한 조경조성공사계약서 상 계약일은 2020.6.8., 계약금 지급일은 2021.3.30., 공사완료일은 2021.4.30.로 명시되어 있고, 처분청이 세무조사를 실시한 후, 청구법인에게 소명기회를 주었음에도 불구하고 청구법인은 조경조성공사계약과 관련하여 소명하지 못하여 청구법인의 추가 식재 공사계약은 감면요건 충족을 위한 형식적 행위로 판단되며, 청구법인은 쟁점토지②, 쟁점토지③에서 수로를 건설하는 등의 공사작업을 통해 처분청이 출장할 당시 이미 영농이 가능한 상태로 전환되었다고 주장하나, 처분청이 현지출장(2020.10.7. 및 2020.10.28.) 당시, 쟁점토지② 및 쟁점토지③은 전체 면적이 경작의 흔적이 없는 나대지 상태로 컨테이너 여러 동 등이 적치되어 있는 것을 확인하였고, 청구법인이 주장한 대로 과실수를 식재하였다고 하더라도 이를 영농에 직접 사용했다고 보기 어려우며, 청구법인은 쟁점토지④ 취득 후 농산물 저장용 창고로 활용하기 위해 쟁점건물을 신축하였다고 주장하나, 처분청이 출장당시 쟁점건물 내부에 에어컨 관련 물품으로 가득 차 있었으며, 물품을 하치 중인 인부 및 관리인이 근무하고 있음을 확인하였고, 쟁점토지⑤는 잡초가 우거져 있는 상태로 방치되어 있었으며, 청구법인이 쟁점토지 취득일부터 1년이 훨씬 경과한 시점에서야 농작물을 심을 수 있는 토지로 변경하였으므로 이는 청구법인이 적극적인 농업경영을 할 의지가 없었다고 봄이 타당하다. 한편, 청구법인은 2019.3.8. 기업적 농업경영을 목적사업으로 농업회사법인을 설립한 후, 2020.4.30. 쟁점토지를 약 OOO원에 매매를 원인으로 취득하였으며, 취득세 감면신고 시 제출한 사업계획서에는 매년 5명 이상의 인원을 채용하고, 재배품종은 고구마, 마늘, 땅콩, 더덕이라고 기재되어 있다. 그러나, 사과, 배 등의 과실수를 구입하여 일부 식재한 후 방치한 것으로 보이며, 이와 같은 식재 사실만으로는 농업회사법인이 OOO원의 토지를 취득하면서 기업적인 농업경영을 위하여 쟁점토지를 취득하였다고 보기는 어렵다 할 것이다. 세무조사 당시 청구법인의 대표이사는 감면 혜택을 받지 못할 것 같으면 이렇게 농업회사법인을 설립하여 부동산을 취득하지 않았다고 언급하기도 했고, 더욱이 쟁점토지는 보금자리지구 해제 후 특별관리지역으로 지정되어 있다가, 2021.2.24. OOO신도시 예정지로 발표된 토지로서, 투기수요 유입으로 인해 사회적 문제가 대두되고 있으며, 신도시 예정지역에서 농업회사법인을 이용한 편법 농지 취득에 대하여는 이미 언론에서도 조명한 바 있으므로, 향후 야기될 수 있는 논란을 차단하기 위해 엄격하고 객관적으로 감면 해당 여부를 판단하여야 할 것으로 보인다. 상법상 영리목적의 농업회사법인인 청구법인이 취득 후 즉시 농사짓기도 힘들어 개간작업을 하여야 하는 쟁점토지를 취득하여 사실상 법인 직원 한명도 없이 대표이사 혼자서 법인의 목적사업인 기업적 영농을 계속하여 영위하는 것으로 기대하기도 어렵다 하겠다. 따라서, 처분청이 쟁점토지①, 쟁점토지②-1, 쟁점토지③에 대하여 취득일부터 1년이 경과할 때까지 영농에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 이 건 부과처분을 한 것은 정당하다.
(2) 청구법인은 쟁점토지②-2, 쟁점토지④(지상의 쟁점건물 포함), 쟁점토지⑤에 대하여 취득일부터 1년이 경과할 때까지 영농에 직접 사용하지 아니한 “정당한 사유”가 있었다고 주장하나, 이를 인정하기 어렵다. 청구법인이 2021년 6월 현재 촬영한 쟁점토지의 일부 사진은 세무조사 기간 이후에 식재한 사진으로 감면 요건 충족을 위한 형식적인 행위로 판단되고, 청구법인이 제시한 수로 재건 공사, 농업용 도로로 사용, 창고의 임시 타용도 사용 등의 사유만으로는 취득일부터 1년이 경과할 때까지 영농에 직접 사용하지 아니한 정당한 사유를 인정하기 어렵다.
(3) 청구법인은 처분청이 쟁점건물 취득에 대하여 취득세를 부과한 처분은 근거과세의 원칙을 위반하였다고 주장하나 사실과 다르다. 지방세법 제6조 및 제7조 제1항, 건축법 제2조 제1항에 따르면, 건축물을 신축하여 취득하는 경우 취득세는 부동산 등을 취득한 자에게 부과하도록 되어 있고, 지방세법 제7조 제2항에 따라 민법 등 관계 법령에 따른 등기․등록하지 아니한 경우라도 사실상 취득하면 각각 취득한 것으로 보며, 같은 법 제20조 제1항 및 제21조 제1항에 따라 취득세 과세물건을 취득한 자는 그 취득한 날부터 60일 이내에 그 과세표준과 세액을 신고납부하여야 하고, 그 취득자가 취득세 신고 또는 납부의무를 다하지 아니하면 보통징수의 방법으로 징수한다고 규정하고 있다. 청구법인은 쟁점건물을 신축하여 에어컨 부품 창고로 사용하고 있었음에도 불구하고 처분청에 취득세 신고를 하지 않았으며, 이에 처분청은 계정별 원장상의 전력비 내역과 청구법인 대표이사의 진술을 토대로 취득일을 2020.3.2.로 하여 쟁점건물에 대한 취득세를 추징하였다. 또한, 청구법인은 지방세특례제한법 제11조 제3항 제1호의 유예기간(1년)에 따른 위법함을 주장하나, 쟁점건물은 영농에 직접 사용하지도 않았고, 청구법인은 쟁점건물 신축에 따른 취득세 신고조차 하지 않았다. 설령, 쟁점건물에 대하여 지방세특례제한법 제11조 제1항에 따라 감면이 적용된다 하더라도 해당 취득세에 대한 과세표준과 세액의 신고의무까지 면제되는 것은 아니다. 또한, 지방세특례제한법 제2조 제1항 제8호에서 “직접 사용이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다”고 규정하고 있고, 직접 사용은 해당 사업 또는 업무의 목적에 맞게 지속적으로 사용함을 의미하는 것이므로, 필요에 따라 일시적․간헐적으로 사용하는 것은 직접 사용에 해당하지 않는다. 쟁점토지는 농지인데도 불구하고, 경계선 전체에 대하여 펜스를 설치하였으며, 쟁점토지④ 지상에 불법건축물인 쟁점건물을 신축하여 에어컨 실외기 등 관련 물품을 보관하고 있었으며, 가설사무실에 창고 관리인을 두어 물품 반출입을 관리하며, 지게차로 물품을 운반하는 기사도 있었다. 창고 관리인은 청구법인의 존재도 모르고 있었으며, 쟁점토지의 소유자를 청구법인이 아닌 주식회사 CCC으로 알고 있었고, 창고 임대료에 대하여 질의하였더니 임대료는 없으며, 임대차계약서도 없다고 진술하였다. 세무조사기간 중에도 쟁점토지에 대하여 청구법인의 대표이사와 같이 현지 확인을 하였으며, 2020.7.10.자 현지확인과 달라진 것이라고는 창고 관리인과 물품운반기사가 없어진 정도였고, 쟁점건물 안에 에어컨 실외기 등이 보관되어 있는 사실도 청구법인의 대표이사와 같이 확인한 사안이다. 따라서, 처분청이 쟁점건물의 취득시기를 2020.3.2.로 보아 취득세 등을 추징한 처분은 정당하다.
(4) 이 건 부과처분은 위법한 세무조사에 근거한 것이 아니다. 청구법인은 처분청의 2020.10.7.자 토지 이용현황 조사는 위법한 세무조사에 해당한다고 주장하나, 해당 조사는 농업회사법인으로 감면받은 부동산에 대한 과세자료 수집 및 현황 확인을 위해 수행한 것으로서 사전통지 의무가 없으며, 감면요건인 유예기간 내 직접 사용 여부를 판단하기 위한 일상적인 현지확인 업무이다. 일반적으로 세무공무원이 부동산의 실제 사용현황을 조사할 때, 사전에 당사자에게 그 조사 사실을 알리게 되면, 당사자가 사용현황을 사실과 다르게 조작하여 조사의 목적을 달성할 수 없게 될 우려도 있다. 2020.10.7.자 현지조사 시 현장에 있던 직원은 청구법인의 소속 직원도 아니었으며, 2020.10.28.자 현지조사 시에서 확인한 바와 같이 2020.10.7.자 현지조사에서 수집한 자료는 세무조사 기간에 수집한 자료와 실질적으로 차이가 없다. 청구법인의 주장처럼 과세관청의 과세자료 수집 또는 단순한 현지확인 등의 모든 조사행위가 세무조사에 해당한다고 볼 경우에는 과세관청으로서는 단순한 사실관계의 확인만으로 충분한 사안인 것도 언제나 정식 세무조사에 착수할 수밖에 없고, 납세자로서도 불필요하게 정식 세무조사에 응하여야 하는 불필요한 번거로움이 있다. 이와 같이 단순한 사실관계 확인이나 통상적인 현지확인은 세무조사가 아니라고 봐야 하며, 대법원에서도 일시적인 토지 이용현황 조사는 세무조사에 해당되지 않는다는 취지로 판단하고 있다.(대법원 2017.3.16. 선고 2014두8360 판결). 과세관청의 단순한 토지 이용현황 조사를 세무조사라고 한다면, 감면 비과세 사후관리는 모두 세무조사에 해당되어 공평과세 실현 등을 위한 과세관청의 업무처리에 막대한 지장을 초래할 것이다. 따라서, 이 건 부과처분은 위법한 세무조사에 근거한 것이 아니다.
3. 심리 및 판단
① 쟁점토지①, 쟁점토지②-1, 쟁점토지③ 취득일부터 1년이 경과할 때까지 영농에 직접 사용하였다는 청구주장의 당부
② 쟁점토지②-2, 쟁점토지④(지상의 쟁점건물 포함), 쟁점토지⑤ 취득일부터 1년이 경과할 때까지 영농에 직접 사용하지 아니한 정당한 사유가 있었다는 청구주장의 당부
③ 쟁점건물 취득에 대하여 취득세를 부과한 처분이 근거과세의 원칙을 위반하였다는 청구주장의 당부
④ 처분청의 2020.10.7.자 토지 이용현황 조사는 위법한 세무조사에 해당한다는 청구주장의 당부
(1) 지방세기본법 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다
36. “세무조사”란 지방세의 부과ㆍ징수를 위하여 질문을 하거나 해당 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건(이하 “장부등”이라 한다)을 검사ㆍ조사하거나 그 제출을 명하는 활동을 말한다. 제19조(근거과세) ① 납세의무자가 지방세관계법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있을 때에는 해당 지방세의 과세표준 조사 및 결정은 기록한 장부와 이에 관계되는 증거자료에 따라야 한다. 제83조(세무조사의 사전통지와 연기신청) ① 세무공무원은 지방세에 관한 세무조사를 하는 경우에는 조사를 받을 납세자(제139조에 따른 납세관리인이 정해져 있는 경우에는 납세관리인을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)에게 조사를 시작하기 15일 전까지 조사대상 세목, 조사기간, 조사 사유 및 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항을 알려야 한다. 다만, 사전에 알릴 경우 증거인멸 등으로 세무조사의 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 사전통지를 생략할 수 있다.
④ 세무공무원은 제1항 단서에 따라 사전통지를 생략하고 세무조사를 하는 경우 세무조사를 개시할 때 다음 각 호의 사항이 포함된 세무조사통지서를 세무조사를 받을 납세자에게 교부하여야 한다. 다만, 폐업 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 제1항 본문에 따른 사전통지 사항
2. 제1항 단서에 따라 사전통지를 하지 아니한 사유
(2) 지방세법 제6조(정의) 취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.
1. “취득”이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수, 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득(수용재결로 취득한 경우 등 과세대상이 이미 존재하는 상태에서 취득하는 경우는 제외한다), 승계취득 또는 유상ㆍ무상의 모든 취득을 말한다. 제7조(납세의무자 등) ① 취득세는 부동산, 차량, 기계장비, 항공기, 선박, 입목, 광업권, 어업권, 양식업권, 골프회원권, 승마회원권, 콘도미니엄 회원권, 종합체육시설 이용회원권 또는 요트회원권(이하 이 장에서 “부동산등”이라 한다)을 취득한 자에게 부과한다.
② 부동산등의 취득은 민법, 자동차관리법, 건설기계관리법, 항공안전법, 선박법, 입목에 관한 법률, 광업법, 수산업법 또는 양식산업발전법 등 관계 법령에 따른 등기ㆍ등록 등을 하지 아니한 경우라도 사실상 취득하면 각각 취득한 것으로 보고 해당 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다. 다만, 차량, 기계장비, 항공기 및 주문을 받아 건조하는 선박은 승계취득인 경우에만 해당한다. 제20조(신고 및 납부) ① 취득세 과세물건을 취득한 자는 그 취득한 날(괄호 생략)부터 60일(괄호 생략) 이내에 그 과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다. 제21조(부족세액의 추징 및 가산세) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제10조부터 제15조까지의 규정에 따라 산출한 세액(이하 이 장에서 “산출세액”이라 한다) 또는 그 부족세액에 지방세기본법 제53조부터 제55조까지의 규정에 따라 산출한 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법으로 징수한다.
1. 취득세 납세의무자가 제20조에 따른 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 경우
(3) 지방세특례제한법(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정되기 전의 것) 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자(신탁법 제2조에 따른 수탁자를 포함하며, 신탁등기를 하는 경우만 해당한다)가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다. 제11조(농업법인에 대한 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농업법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2019년 12월 31일까지 면제한다.
2. 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제19조에 따른 농업회사법인
③ 제1항 및 제2항에 대한 감면을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
(4) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제19조(농업회사법인 및 어업회사법인의 설립 등) ① 농업의 경영이나 농산물의 유통ㆍ가공ㆍ판매를 기업적으로 하려는 자나 농업인의 농작업을 대행하거나 농어촌 관광휴양사업을 하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농업회사법인을 설립할 수 있다.
(5) 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 제3조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. “농업”이란 농작물재배업, 축산업, 임업 및 이들과 관련된 산업으로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.
(6) 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 시행령 제2조(농업의 범위) 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법(이하 “법”이라 한다) 제3조 제1호에 따른 농업은 다음 각 호와 같다.
1. 농작물재배업: 식량작물 재배업, 채소작물 재배업, 과실작물 재배업, 화훼작물 재배업, 특용작물 재배업, 약용작물 재배업, 사료작물 재배업, 풋거름작물 재배업, 버섯 재배업, 양잠업 및 종자ㆍ묘목 재배업(임업용 종자ㆍ묘목 재배업은 제외한다)
(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2019.3.8. 곡물 및 기타 식량작물 재배업을 영위할 목적으로 하여 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제19조에 따라 설립된 농업회사법인으로, OOO을 본점 소재지로 두고 있다. (나) 청구법인은 2019.4.30. 쟁점토지를 취득한 후, 지방세특례제한법 제11조 제1항에 따라 농업법인이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 해당한다고 보아 취득세를 면제받았다. (다) 처분청이 2020.10.5. 청구법인에게 발송한 “지방세 법인 세무조사(직접조사)를 위한 관련 서류제출 요청”이라는 제목의 공문서에는 조사기간이 2020.10.26.～2020.10.30.(5일)로 기재되어 있으며, 실제 세무조사는 2020.10.26.～2020.11.14. 실시하였다. (라) 처분청은 2020.10.7. 및 2020.10.28. 쟁점토지에 2차례 현지 조사를 한 결과, 아래와 같은 내용의 출장복명서를 제출하였다. (마) 처분청은 2021.2.15. 청구법인이 쟁점토지를 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하여 지방세특례제한법 제11조 제3항에 따른 추징사유에 해당한다고 보는 한편, 쟁점건물을 신축한 후 취득세를 신고․납부하지 아니하였다고 보아, 청구법인에게 이 건 부과처분을 하였다. (바) 청구법인의 2020사업연도 계정별 원장(생물자산) 기재 내용은 아래와 같다. (단위: 원) (사) 청구법인의 2020사업연도 계정별 원장(전력비) 기재내용은 아래와 같다. (단위: 원) (아) 청구법인의 2020사업연도 계정별 원장(소모품비) 기재내용은 아래와 같다. (단위: 원) (자) 청구법인과 OOO이 2020.6.8. 작성한 “조경 조성 공사계약서” 주요 기재 내용은 아래와 같다. (차) 주식회사 DDD이 2020.12.31. 측량한 현황측량도에는 쟁점토지① 전체 면적(OOO㎡), 쟁점토지② 중 일부(OOO㎡ 중 OOO㎡), 쟁점토지③ 중 일부(OOO㎡ 중 OOO㎡)를 전으로 사용하고 있다고 기재되어 있다. (카) 청구법인이 농산물을 재배, 출하, 유통하기 위한 조직, 설비, 인력 등을 갖춘 사실은 나타나지 않는다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 본다. 청구법인은 해당 토지(쟁점토지①, 쟁점토지②-1, 쟁점토지③)를 취득일(2019.4.30.)부터 1년(2020.4.30.)이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하였으므로 지방세특례제한법 제11조 제3항 제1호에 따른 취득세 추징대상이 아니라고 주장하나, 지방세특례제한법 제11조에서 규정한 영농의 의미는 농어업ㆍ농어촌 및 식품산업 기본법 제3조 제1호 및 같은 법 시행령 제2조에서 규정하는 농작물 재배업ㆍ축산업ㆍ임업 등을 직접 경영하는 것을 말하고, 사전적 의미로도 농작물을 효율적으로 재배하고 이를 수확하는 활동을 의미(조심 2013지425, 2013.9.16. 같은 뜻임)하는 것이며, 법인이 농산물을 재배하고 있다 하더라도 이를 공동으로 출하하거나 유통한 사실이 확인되지 않으면 이를 농업회사법인이 영농활동을 하였다고 보기는 어렵다고 할 것(조심 2018지2254, 2019.1.15. 같은 뜻임)인바, 이 건의 경우, ① 청구법인은 쟁점토지를 영농에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당한다고 보아 취득세를 면제받은 농업회사법인임에도 불구하고, 유예기간(1년)이 경과할 때까지 그 면적이 OOO㎡(약 OOO평)에 달하는 토지에서 농산물을 재배, 출하, 유통하기 위한 조직, 설비, 인력 등을 갖춘 사실이 나타나지 않는 점, ② 당초 청구법인이 처분청에 제출한 사업계획서에는 매년 5명 이상의 인원을 채용하고, 고구마, 마늘, 땅콩, 더덕을 재배할 계획이라고 하였으나, 쟁점토지 취득일부터 유예기간 내의 기간(2019.4.30.～2020.4.30.)은 영농이 가능한 기간임에도 이들 작물을 재배, 출하하거나 유통한 사실이 확인되지 않는 점, ③ 청구법인은 비록 과실수 묘목을 구매한 내역을 제출하기는 하였으나, 그 구매일자가 감면유예기간(2020.4.30.)이 임박하거나 경과한 2020.4.20.～2020.5.21. 기간동안의 내역인 점, ④ 청구법인은 쟁점토지의 현황측량도에서 쟁점토지①, 쟁점토지②-1, 쟁점토지③-1이 전(田)으로 사용되고 있었음을 명확히 확인할 수 있다고 하나, 동 현황측량도는 2020.12.31. 측량한 자료로서 유예기간(2020.4.30.)보다 약 8개월이 지나 작성된 자료이므로 유예기간 내에 영농에 직접 사용하였다는 사실을 입증하기에 부족해 보이는 점, ⑤ 청구법인이 OOO과 체결한 “조경조성공사계약” 또한, 유예기간(2020.4.30.)이 지난 2020.6.8. 작성한 계약이고, 그 공사기간도 유예기간 종료일부터 1년이 지난 2021.4.30. 무렵임을 감안하면 역시 유예기간 내의 영농사실을 입증하기에 부족한 점 등에 비추어, 청구법인이 쟁점토지①, 쟁점토지②-1, 쟁점토지③을 취득일부터 1년이 경과할 때까지 영농에 직접 사용하였다고 보기는 어렵다 할 것이다. (나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 본다. 청구법인은 쟁점토지②-2, 쟁점토지④, 쟁점토지⑤에 대하여 수로 재건 공사, 창고의 임시 타용도 사용의 사유를 들어 유예기간이 경과할 때까지 영농에 직접 사용하지 아니한 정당한 사유가 있었다고 주장하나, 지방세특례제한법 제11조 제3항 제1호에 따라 유예기간(1년) 내에 해당 용도로 직접 사용하지 못한 “정당한 사유”를 판단함에 있어서는 법령에 의한 금지․제한 등 농업회사법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 그 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부사유도 포함된다 할 것인바(조심 2021지1564, 2022.6.22., 같은 뜻임), 이 건의 경우, ① 청구법인이 쟁점토지를 유예기간(1년) 내에 영농에 직접 사용하지 못한 데에 법령에 의한 금지․제한 등 농업회사법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 그 용도에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부사유가 있었다고 보기 어려운 점, ② 청구법인이 쟁점토지를 취득할 당시 쟁점토지가 사실상 임야에 가까웠고 이와 같이 임야 상태의 토지에는 애당초 농사 자체가 불가능하였다는 청구주장으로 보아 유예기간(1년) 내에 영농에 직접 사용하기 어려운 사정을 이미 알고 있는 상태에서 쟁점토지를 취득한 것으로 보이는 점, ③ 청구법인이 주장하는 수로 재건 공사, 창고의 임시 타용도 사용 등의 사유만으로 정당한 사유를 인정하기 어려운 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점토지②-2, 쟁점토지④, 쟁점토지⑤를 해당 사업에 직접 사용하지 아니한 정당한 사유가 있었다고 보기는 어렵다 하겠다. (다) 다음으로, 쟁점③에 대하여 본다. 청구법인은 2019년 12월경 취득한 쟁점건물에 대하여 처분청의 세무조사는 쟁점건물 취득일부터 1년이 경과하지도 않은 2020년 10월경 이루어졌으므로 이에 터잡아 쟁점건물에 대해 취득세를 추징한 것은 그 자체로 위법하고, 처분청이 쟁점건물의 취득일을 2020.3.2.로 본 것은 아무런 근거가 없으므로 쟁점건물의 취득에 대하여 취득세를 부과한 처분이 근거과세의 원칙을 위반하였다고 주장하나, 처분청이 쟁점건물의 취득에 대해 청구법인에게 취득세를 부과한 것은 감면된 세액을 추징한 것이 아니라, 청구법인이 쟁점건물을 취득하였음에도 불구하고 관련 취득세를 신고․납부하지 아니한 사실에 대하여 취득세를 부과처분한 것이므로, 쟁점건물의 취득일이 언제인지는 가산세 부과처분의 기산일이 언제인지에 다툼이 될 뿐, 취득세 납세의무 성립에는 영향을 주지 않는다 할 것이어서, 유예기간 내 취득세를 부과하였다 하여 위법하거나 근거과세의 원칙을 위반하였다고 보기 어렵다 할 것이다. (라) 마지막으로, 쟁점④에 대하여 본다. 청구법인은 처분청이 예고된 세무조사 기간(2020.10.26.～2020.10.30.)이 도래하기도 전인 2020.10.7. 과세자료를 확보하기 위한 목적에서 쟁점토지를 검사․조사하고, 관련자에게 질문을 하는 등 2020.10.7.자 세무조사는 위법한 것이므로 이에 터잡은 이 건 부과처분도 위법하여 취소하여야 한다고 주장하나, 세무공무원의 조사행위가 사업장의 현황 확인, 기장 여부의 단순 확인, 특정한 매출사실의 확인, 행정민원서류의 발급을 통한 확인, 납세자 등이 자발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같이 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 원칙적으로 재조사가 금지되는 세무조사로 보기 어렵다고 할 것(대법원 2017.3.16. 선고, 2014두8360 판결)인바, 처분청이 2020.10.5. 청구법인에게 발송한 “지방세 법인 세무조사(직접조사)를 위한 관련 서류제출 요청”이라는 제목의 공문서에는 조사기간이 2020.10.26.～2020.10.30.(5일)로 기재되어 있으며, 실제 세무조사는 2020.10.26.～2020.11.14. 실시한 것으로 보아, 처분청의 2020.10.7.자 토지 이용현황 조사는 세무조사라기 보다는 “감면현장의 현황확인” 등 단순한 사실관계의 확인이라 보는 것이 타당해 보이고, 처분청은 그 후 세무조사 기간 중인 2020.10.28. 현장확인을 다시 한 것으로 보아 이 때 진정한 세무조사를 한 것으로 볼 수 있다 할 것이다. (마) 따라서, 처분청이 쟁점토지를 정당한 사유 없이 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하여 지방세특례제한법 제11조 제3항 제1호에 따른 취득세 추징사유에 해당한다고 보아, 쟁점건물에 대한 취득세 부과처분을 포함하여 청구법인에게 이 건 부과처분을 한 것은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제6항과국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.