[참조결정] 조심2016지1199 / 조심2011지0650
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
- 가. 청구법인은 1999.10.7. 반도체 관련 제품 제조 판매업 등을 영위할 목적으로 설립된 법인으로, 2017.4.12. OOO로부터 OOO블럭 산업시설용지 OOO㎡(예정지번이 OOO으로서 OOO내이며, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO원에 취득한 후, 2019.5.15. 지방세특례제한법 제78조 제4항 제2호 가목 및 제8항의 산업용 건축물을 신축하여 취득하는 부동산의 부속토지에 대한 감면율(100분의 75)을 적용하여 취득세 등 OOO원을 기한 후 신고․납부하였다.
- 나. 처분청은 2020.10.13. 청구법인에 대한 세무조사를 하여, 지방세특례제한법 제78조 제5항 제1호의 규정에 따라 청구법인이 “정당한 사유” 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 쟁점토지를 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우에 해당한다고 보아, 2021.2.10. 청구법인에게 취득세 등 OOO원(가산세가 포함되어 있으며, 이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과․고지하였다.
- 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.5.6. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 반도체 및 디스플레이 산업의 핵심공정인 박막공정 및 식각공정 장비에서 사용 중인 OOO을 제조하는 국내 최고의 반도체 장비 제조업체이며, OOO에 본사를 두고 있다. 청구법인은 OOO소재 OOO내에 OOO(지하 3층～지상 10층의 연면적 OOO㎡ 규모로서, 이하 “이 건 연구센터”라 한다)를 신축하기 위하여 2016.9.30. OOO과 OOO에 입주하기로 하는 계약을 체결한 후, 2017.4.12. OOO로부터 OOO내에 있는 쟁점토지를 취득하였다. OOO는 청구법인이 설립한 OOO과도 일일생활권이 가능한 지리적 위치로 해외고객(현 중화권 시장) 진입과 빠른 대응을 위해 청구법인이 필수적으로 진행해야 했던 프로젝트이었다.
(2) 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 취득한 날(2017.4.12.)부터 3년이 경과할 때(2020.4.12.)까지 쟁점토지를 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 경우로 보아 이 건 취득세를 부과하였는데, 이는 아래와 같은 사유로 부당하다. (가) 처분청은 대법원 판례(대법원 2015.2.12. 선고 2014두43752 판결)만을 근거로 감면 규정의 입법 취지를 말하고 있으나, 해당 판결은 토지를 사용승인 받은 후 건축물을 사용하지 아니하고 계속하여 공실로 유지한 사례로, 청구법인의 경우와 사실관계가 다르다. 또한, 해당 판례는 “산업용 건축물을 신축하기 위하여 취득하는 부동산의 부속토지에 대한 감면의 입법 취지는 산업단지를 조성․입주하여 산업용 건축물 등을 건축하는 경우 취득세를 감면함으로써 산업단지 내 기업 입주를 촉진하고 산업단지의 경쟁력을 높이기 위한 것이고, 아울러 같은 조 제5항에서 감면된 취득세를 추징하기로 한 것은 토지 취득자에게 조속한 산업용 건축물 등의 건축과 영업 착수를 독려함과 동시에 산업용 건축물 등 건축 외에 부동산 시세 차익을 노리거나 기타 세제상의 혜택만을 활용하고 그 용도를 변경하는 경우 등을 제재하기 위한 목적도 함께 있는 것이라 할 것”이라고 판시하였으나, 청구법인의 경우 쟁점토지 취득당시부터 연구개발 분야에 집중하기 위한 신기술연구센터 건립이 목적이었는바, 시세차익을 볼 수 없는 청구법인의 사정이 명백하고, 그 용도를 변경하고자 하는 목적 또한 없었다. 더군다나 청구법인에 의하여 수행되는 사업의 공익성과 해외진출을 통한 국가경쟁력 확보로 경제발전에 이바지할 수 있는 이 건 연구센터 건립 취지를 감안해 보면, 취득세를 감면하는 입법취지는 충분히 달성하고 있다. 결과적으로 쟁점토지에서 이 건 연구센터를 신축하여 계속 사용한다면 입법목적을 충분히 달성하는 것이고, 만약 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각․증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우가 발생한다면 지방세특례제한법 제78조 제5항 제2호에 따라 이후에도 추징이 가능한 상황임에도 불구하고, 입법목적을 달성하고 목적사업에 사용하기 위해 정상적으로 건축이 진행되고 있는 시점에서 취득세를 추징할 이유가 없다. (나) 처분청은 “정당한 사유”에 대해 내부적인 사유도 포함되는 것이라고 스스로 인정하며 관련 판결(대법원 2003.12.12. 선고 2003두9978 판결)을 인용하였음에도, 이 건 연구센터의 착공이 늦어진 사유가 내부적인 의사결정에 해당되어 정당한 사유가 인정되지 않는다는 의견이다. 다수의 판결(대법원 1993.2.26. 선고 92누8750 판결, 대법원 2004.4.28. 선고 2002두11752 판결)을 살펴보면, “정당한 사유”는 고유 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령․사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하도록 판시하고 있다. 이는 산업용 건축물의 신축 목적 및 사용용도가 회사별로 상이한바, 법인이 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 사유를 개별적으로 판단하도록 한 것이며, 청구법인의 경우 아래와 같이 사업의 수행에 필요한 각종 행정절차를 진지하게 수행해 온 사실이 분명하므로 “정당한 사유”가 있음이 인정되어야 할 것이다.
1. 내부적 요인 가 반도체 장비 제조업의 특수성 및 연구소 설계의 복잡성: 이 건 연구센터는 제품의 스펙(용량, 사이즈, 적용시기 등)이 사업과 직결되는 매우 중요한 사안이다 보니, 진동에 취약하거나 수평상태가 고르게 유지되지 못할 경우, 개발이 불가능할 정도로 지반 및 층고설계가 건축에서 매우 중요한 부분을 차지한다. 또한, 개발장비 역시 고가의 최신설비임에 따라 건축물의 기초강성을 증대시키는 설계변경(지반 및 층고조정 등)은 가장 필수적인 단계로 일반적인 연구소 건립의 경우 약 5년 이상 소요되고 있는 상황이다. 이에 대해 처분청은 이러한 설계변경이 청구법인의 내부적 의사결정에 불과하다는 의견이나, 지반 및 층고조정에 대한 설계변경은 이 건 연구센터 신축에 있어 매우 중요하고 필수적 절차인바, 이러한 설계의 중요성 및 소요기간에 대해서는 조세심판원 선결정례(조심 2016지1199, 2017.2.10.)에서도 유예기간 내 직접 사용하지 못한 정당한 사유로 인정한 사례가 있다. 이 건 연구센터는 반도체 및 디스플레이 산업의 핵심공정 장치를 국내에서 유일하게 고객사(삼성 등)의 수요에 맞는 고객맞춤형 제품으로 연구개발하기 위해 필요한 건축물로, 제품의 스펙(용량, 적용시기 등)이 매우 중요한 사안이다 보니, 진동에 취약하거나 수평상태가 고르게 유지되지 못할 경우 개발이 불가능할 정도로 지반 및 층고조정이 건축에서 매우 중요한 부분을 차지한다. 이에 따라 청구법인은 설계 검토단계에서 부득이하게 두 번이나 설계사무소를 변경OOO하게 되었다. 나 청구법인 본사OOO신축: 같은 시기에 청구법인은 OOO대지 4,800평, 연면적 8,000평 규모의 본사 이전과 함께 생산시설 신축을 진행하고 있었고, 2019년 11월 준공되었다. 이러한 상황에서 이 건 연구센터의 신축을 함께 진행하기에는 중소기업인 청구법인으로서는 인력과 비용의 한계가 있어, 본사 신축을 조속히 완료하는 것이 보다 중요한 사안으로써, 내부사업의 우선순위를 조정하는 것 또한 합리적인 경영자의 의사결정 과정이었다. 이 후 청구법인은 유예기간 이내인 2019년 7월 이 건 연구센터에 대한 건축허가를 신청하고 착공과정을 성실하게 수행하였다.
2. 외부적 요인 가 지하안전평가 시행: 지하안전관리에 관한 특별법이 2016.1.7. 법률 제13749호로 제정되고, 2018.1.1.부터 시행되었는데, 청구법인이 OOO입주계약을 체결할 무렵인 2016년 9월경에는 없었던 절차이었기에 청구법인으로서는 장기간의 평가기간과 협의과정을 일절 예상할 수 없었다. 그러나 청구법인은 지체없이 11월에 즉각 지하안전평가를 실시하고, 평가서를 작성하여 처분청 건축과에 제출하여 협의를 진행하였으며, 이러한 과정 역시 대법원에서 판시한 “법인이 사업의 수행에 필요한 각종 절차를 진지하게 수행해 온 사실이 분명”하여 정당한 사유에 해당한다. 나 OOO의 현장확인: 2020년 5월경 이 건 연구센터와 인접한 OOO신축공사 현장에서 터파기 공사가 진행 중이었는데, OOO으로부터 “동시 굴착에 따른 지하구조물의 안전성 저하로 붕괴위험”이 있다는 실태보고서를 전달받으며, 이에 따라 이 건 연구센터 신축공사는 착공을 중단할 수밖에 없었다. 이와 같이, 청구법인은 건축설계에 많은 시간이 소요되는 이 건 연구센터 신축 과정과 역시 장기간 소요된 지하안전평가에도 불구하고, 유예기간 내 착공신고가 정상적으로 이루어진 사실만으로 건축물을 신축하기 위하여 정상적인 노력을 다하였다고 볼 수 있다. 다 또한, 청구법인은 “토지분양(매매)계약서” 제12조에서 개발기한을 5년으로 하여야 한다는 규정과 달리 처분청 담당자로부터 취득일부터 3년 이내에 산업용 건축물의 건축공사에 착공하지 않은 경우 감면받은 취득세를 추징한다는 내용을 안내받았는데, 3년 내 건물의 사용승인까지 받아야 한다고 하는 것은 납세자에게 예측하지 못한 부담을 지우는 것으로서 법적 안정성을 해치는 처사이며, 납세자의 신뢰보호의 원칙에 위배되는 것이다.
(3) 따라서, 청구법인은 착공 전의 모든 행정절차를 진지하게 수행한 사실과 입법취지에 맞게 심판청구일 현재에도 공사가 순조롭게 진행되고 있는 사실이 명확한바, 사용승인 후 목적에 맞게 계속 사용할 수 있음에도 불구하고 쟁점토지를 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.
(1) 청구법인은 산업단지 분양당시부터 연구개발 분야에 집중하기 위한 신기술연구센터 건립이 목적이었으므로 시세차익을 볼 수 없는 사정이 있는 등 산업단지 감면의 입법취지를 충족하고 있다고 주장하나, 산업단지 안에 산업용 건축물 등을 신․증축하려는 자에게 취득세 등을 면제하는 입법취지는 산업단지를 조성․입주하여 산업용 건축물을 건립하는 경우 취득세 등을 면제함으로써 산업단지 내 기업 입주를 촉진하고 산업단지의 경쟁력을 높이기 위한 것이며, 감면된 취득세 등을 추징하는 것은 토지 취득자에게 조속한 산업용 건축물 건립과 영업 착수를 독려함과 동시에 그 건립 외에 부동산의 시세차익을 노리거나 기타 세제상의 혜택만을 활용하고 그 용도를 변경하는 경우 등을 제재하기 위한 목적도 함께 있다 할 것인바, 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 것은 공장 및 연구시설 등으로 직접 사용하는 것을 의미하고, 건축공사에 착공한 때에 직접 사용하는 것으로 본다는 규정이 없으므로 건축 등의 공사를 하였다고 하더라도 그것만으로 직접 사용한 것으로 보기는 곤란하다 할 것이다(조심 2011지650, 2011.11.23.).
(2) 청구법인은 쟁점토지를 취득한 때부터 여러 가지 행정절차 및 내부공사 계약을 진행하였고, 취득시점부터 3년 이내 착공신고를 완료하였다고 주장하나, 착공은 해당 토지를 직접 사용하기 위한 준비행위에 불과하므로 청구법인이 쟁점토지에서 건축공사를 시작하였다 하여 해당 토지를 직접 사용하였다고 볼 수 없기에 부지 정지공사를 하였다고 하더라도 곧이어 신축하려는 건물 자체에 관한 굴착공사나 축조공사 등을 진행하였다는 등 특별한 사정이 없는 한, 그러한 부지 정지공사만으로는 공사착공이 있었다고 할 수 없고(대법원 2008.5.29. 선고 2008두3319 판결), 산업용 건축물 등에 대한 사용승인을 받은 시점부터 그 토지를 직접 사용하는 것으로 보고 있으며(대법원 2015.2.12. 선고 2014두43752 판결), 청구법인이 2019년 8월까지 착공신고를 하겠다고 확약하였음에도 착공신고는 그로부터 6개월여가 지난 2020년 2월에 하였고, 2020년 8월말에 공사착수 예정이라고 하였음에도 2020.10.12.까지 공사착수 조차 하지 않았다.
(3) 청구법인은 산업단지 입주 계약 이후 추가로 시행된 법률에 따라 이행한 지하안전평가 역시 청구법인이 유예기간 내 쟁점토지를 직접 사용하지 못하게 된 정당한 사유에 해당한다고 주장하나, 지하안전평가는 지하안전관리에 관한 특별법에 규정되어 있으며, 일정 규모 이상의 지하 굴착공사를 수반하는 각종 사업을 시행하는 경우, 지하안전평가를 실시하도록 규정하고 있는바, 승인 등을 받아야 하는 지하개발사업자가 지하안전평가에 관한 평가서 및 사업계획서 등 필요한 자료를 첨부하여 지하안전평가 대상사업에 대한 승인 등을 요청하여야 하는 것이다.
(4) 청구법인은 이 건 연구센터의 특수성을 고려할 때 지반 및 층고 설계가 매우 중요하고 필수적인 부분을 차지하므로, 이러한 설계의 중요성 및 소요기간에 대해서는 유사한 선결정례(조심 2016지1199, 2017.2.10.)에서도 유예기간 내 직접 사용하지 못한 정당한 사유로 인정한다고 주장하나, 정당한 사유란 그 취득 토지를 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 못한 사유가 행정관청의 사용․금지․제한 등의 외부적인 사유로 인한 것이거나 또는 내부적으로 토지를 산업용 건축물 등의 용도에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 하였음에도 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 위 용도에 사용할 수 없는 경우를 말하는 것(대법원 2003.12.12. 선고 2003두9978 판결)이고, 나아가 정당한 사유의 유무를 판단할 때에는 그 감면의 입법취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득 목적에 비추어 그 용도에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 법령상․사실상의 장애사유 및 그 장애정도, 토지를 그 용도에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것인바, 청구법인이 산업단지에 대한 감면을 받아 유예기간 내에 건축을 완료하여 직접 사용하지 못한 데에 법령상 외부적인 사유는 없다 할 것이고, 건축설계의 변경은 해당 건축물의 효용 극대화 및 고객의 요청에 의한 설계변경(층고 조정)이 중장기적, 잠재적으로 불가피한 판단 등을 위한 내부적 의사결정인 것으로 보이는 점 등을 고려할 때, 정당한 사유에 해당한다고 보기 어렵다. 따라서, 청구법인이 정당한 사유없이 취득일부터 3년이 경과할 때까지 쟁점토지를 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁 점 청구법인이 “정당한 사유” 없이 취득일부터 3년이 경과할 때까지 쟁점토지를 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우로 보아 취득세 등을 추징한 처분의 당부
- 나. 관련 법령
(1) 지방세특례제한법 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역(이하 “산업단지 등”이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.
2. 경감 내용
- 가. 산업용 건축물 등을 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산(신축 또는 증축한 부분에 해당하는 부속토지를 포함한다)에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2019년 12월 31일까지 경감한다. (후단 생략)
⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년(2019년 1월 1일부터 2020년 12월 31일까지의 기간 동안 취득한 경우에는 4년)이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
⑧ 제4항에 따라 취득세를 경감하는 경우 지방자치단체의 장은 해당 지역의 재정여건 등을 고려하여 100분의 25(같은 항 제2호 나목에 따라 취득세를 경감하는 경우에는 100분의 15)의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있다. 이 경우 제4조 제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제6항 및 제7항을 적용하지 아니한다.
(2) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제38조(입주계약 등) ① 산업단지에서 제조업을 하거나 하려는 자는 산업통상자원부령으로 정하는 바에 따라 관리기관과 그 입주에 관한 계약(이하 “입주계약”이라 한다)을 체결하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.
(3) 지하안전관리에 관한 특별법(2016.1.7. 법률 제13749호로 제정된 것) 제1조(목적) 이 법은 지하를 안전하게 개발하고 이용하기 위한 안전관리체계를 확립함으로써 지반침하로 인한 위해를 방지하고 공공의 안전을 확보함을 목적으로 한다. 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
5. “지하안전평가”란 지하안전에 영향을 미치는 사업의 실시계획ㆍ시행계획 등의 허가ㆍ인가ㆍ승인ㆍ면허ㆍ결정 또는 수리 등(이하 “승인등”이라 한다)을 할 때에 해당 사업이 지하안전에 미치는 영향을 미리 조사ㆍ예측ㆍ평가하여 지반침하를 예방하거나 감소시킬 수 있는 방안을 마련하는 것을 말한다.
6. “소규모 지하안전평가”란 지하안전평가 대상사업에 해당하지 아니하는 소규모 사업에 대하여 실시하는 지하안전평가를 말한다. 제14조(지하안전평가의 실시 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업 중 대통령령으로 정하는 규모 이상의 지하 굴착공사를 수반하는 사업(이하 “지하안전평가 대상사업”이라 한다)을 하려는 지하개발사업자는 지하안전평가를 실시하여야 한다.
2. 산업입지 및 산업단지의 조성사업
16. 지하안전에 영향을 미치는 시설로서 대통령령으로 정하는 시설의 설치사업 제15조(지하안전평가서의 작성 및 협의 요청 등) ① 승인등을 받아야 하는 지하개발사업자가 지하안전평가 대상사업에 대한 승인등을 요청할 때에는 지하안전평가에 관한 평가서(이하 “지하안전평가서”라 한다) 및 사업계획서 등 필요한 자료를 첨부하여 승인기관의 장에게 제출하여야 하고, 승인기관의 장은 승인등을 하기 전에 국토교통부장관에게 협의를 요청하여야 한다. 제16조(지하안전평가서의 검토 및 통보 등) ① 국토교통부장관은 제15조 제1항 및 제2항에 따라 협의를 요청받은 경우에는 지하안전평가서를 검토하여야 한다.
③ 국토교통부장관은 제1항에 따라 지하안전평가서를 검토한 결과 제15조 제3항에 따른 작성방법에 따라 작성되지 아니하는 등 대통령령으로 정하는 사유가 있는 경우에는 승인기관의 장 또는 승인등을 받지 아니하여도 되는 지하개발사업자(이하 “승인기관장등”이라 한다)에게 지하안전평가서 또는 사업계획 등의 보완ㆍ조정을 요청하거나 보완ㆍ조정을 지하개발사업자에게 요구할 것을 요청할 수 있다. 이 경우 승인기관장등은 정당한 사유가 없으면 이에 따라야 한다. 제23조(소규모 지하안전평가의 실시 등) ① 지하안전평가 대상사업에 해당하지 아니하는 사업으로서 대통령령으로 정하는 소규모 사업(이하 “소규모 지하안전평가 대상사업”이라 한다)을 하려는 지하개발사업자는 소규모 지하안전평가를 실시하고, 소규모 지하안전평가에 관한 평가서(이하 “소규모 지하안전평가서”라 한다)를 작성하여야 한다. (단서 생략) 부 칙 제1조(시행일) 이 법은 2018년 1월 1일부터 시행한다.
(4) 서울특별시 시세 감면 조례 제14조(산업단지 등에 대한 감면) 법 제78조 제8항에 따른 “조례로 정하는 율”은 100분의 25로 한다.
(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2016.9.30. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제38조에 따라 OOO입주계약을 체결하였는데, 동 계약서 제1조(입주내용 및 구성)는 부지 소재지를 쟁점토지로, 부지용도를 산업시설용지로, 이 건 연구센터의 건축연면적을 OOO㎡로, 착공예정일을 “분양계약 체결 이후 2년 이내”로, 준공예정일을 “분양계약 체결 이후 5년 이내”로 하는 내용이 기재되어 있고, 제15조(산업단지의 안전관리 등)는 “OOO은 산업단지개발사업실시계획 승인 및 환경영향평가에 관한 관계기관과의 합의 또는 인․허가사항과 법 제45조 규정에 따라 OOO의 안전관리, 공해관리, 환경관리 등 청구법인이 이행하여야 할 사항에 대하여 필요한 지시를 할 수 있으며, 청구법인은 동지시를 준수하여야 한다.”고 기재되어 있다. (나) 청구법인은 2016.10.13. OOO로부터 쟁점토지를 OOO원에 취득하기로 하는 토지분양(매매)계약을 체결(잔금지급일: 2017.4.12.)하였는데, 동 계약서 제12조(개발기한 준수의무) 제1항은 “매수인(청구법인)은 본 계약체결일(계약체결 시 토지사용 가능시기가 정해지지 않았을 경우 관리기관이 추후 통보한 토지사용 가능시기)로부터 2년 이내에 착공하고, 동 시설을 5년 이내에 준공하기로 한다(공사 착공은 착공신고 시점을, 준공은 사용승인 받은 시점을 기준으로 한다). 단 착공 및 준공이 부득이 하게 지연되거나 건축계획이 변동되는 경우 매수인(청구법인)은 합당한 증빙서류를 제출하고 관리기관OOO의 사전 서면동의 또는 OOO정책심의위원회의 심의․의결을 받아 착공 및 준공시기를 연장하거나 건축계획을 변경할 수 있다”고 규정하고 있고, 제2항은 “매수인(청구법인)이 제1항의 개발기한(착공 및 준공기한) 준수의무를 위반한 경우 매도인은 OOO관리기본계획 변경 고시(서울특별시 고시 제2015호-181호)에 정해진 바에 따라 개발지연배상금을 부과할 수 있다”고 규정하고 있다 (다) 처분청(건축과)은 2019.8.23. 이 건 연구센터에 대하여 건축허가를 하였는데, “착공 전까지 지하안전관리에 관한 특별법에 따른 소규모 지하안전평가 이행”이 허가조건으로 기재되어 있다. (라) 청구법인은 2019.11.26. 이 건 연구센터 신축공사에 대하여 실시한 소규모 지하안전평가서를 처분청에 제출(문서번호: 19-11-01)하였고, 2020.2.11. 처분청의 보완의견에 대한 조치결과 및 보완서를 제출(문서번호: 20-02-01)하였다. (마) OOO은 2020.2.24. 처분청에 공문(건설관리과-1458, 2020.2.24.)을 보냈으며, 그 내용은 “귀 구에서 협의 요청한 이 건 연구센터 신축공사와 관련한 소규모 지하안전평가서에 대하여 붙임과 같이 조건부 동의하오니, 지하안전관리에 관한 특별법 제16조 및 같은 법 시행령 제17조에 따라 해당계획이 반영될 수 있도록 필요한 조치를 취하여 주시기 바라며, 그 결과를 같은 법 시행령 제18조에 따라 우리 청으로 통보하여 주시기 바랍니다”로 기재되어 있다. (바) 처분청은 2020.2.28. 청구법인에게 이 건 연구센터 신축허가에 대한 착공신고가 처리되었음을 통지(건축과-2921)하고, 착고신고필증을 교부하였다. (사) 쟁점토지의 인접부지 공사현장인 OOO신축공사 현장대리인(AAA)이 2020.8.18. 청구법인에게 발송한 공문(OOO제2020-41호)에는 “우려하신바, 귀사 소유의 쟁점토지를 귀사의 동의없이 현장 대리인과의 협의만으로 사용하게 된 점에 대하여 심심한 사죄의 말씀을 드립니다. 당 현장은 귀사의 연구센터 신축공사의 원활한 착공과 당사의 지하층 골조공사의 마무리 일정이 연관되어 있는 관계(지하안전평가 관련)로, 귀사의 감독관 및 AAA(주) 현장대리인과 지속적으로 소통하고 있고, 협력하며 진행하고 있습니다. 또한 당현장의 지하층 골조공사가 마무리되어야 귀사의 연구센터 터파기 공사가 진행될 수 있음을 인지하고, 지하층 골조공사가 공기 차질이 빚어지지 않도록 최선의 노력을 경주하고 있는바, 이전 보내드렸던 예정공정표상 지하층 골조공사는 10월말까지 차질없이 진행되고 있으며, 타설 후 콘크리트 양생 기간이 2주 정도 지나면 영구토압을 받을 수 있는 조건이 될 것으로 판단됩니다. 향후에도 인접 현장으로서 원활한 소통과 협조의 노력을 경주할 것을 약속드리고, 상생의 협력을 부탁드립니다”로 기재되어 있다. (아) 청구법인은 2020.8.25. 처분청에 “이 건 연구센터에 대한 실착공지연 및 공사 착수 알림의 건”이라는 제목의 공문(경지 2020-0825)를 발송하였는데, 그 내용은 “당사의 이 건 연구센터는 인접부지 현장인 OOO신축현장과 동시굴착 문제로 인해 인접현장과의 안전성 확보를 위하여 구조검토 및 공법변경 등을 고려하였으나, 안전 등 여러 측면에서 일정변경이 적정하여 실착공을 연기하였으며, 8월말 공사 착수 예정임을 알려드립니다”로 기재되어 있다. (자) 처분청(건축과)이 2020.8.28. 청구법인에게 발송한 “건축공사 실착공 지연 및 공사착수 통지에 대한 회신” 공문(건축과-23967)에는 “현재 우리구 OOO는 다수의 공사현장에서 동시에 공사를 진행하고 있는 사항으로 OOO블록(쟁점토지)도 인접한 OOO블럭에서 굴토공사 진행으로 공사현장의 안전성 확보를 위하여 공사 실착공이 지연된 사항에 대하여 심심한 위로의 말씀을 드립니다. 위 호(경지 2020-0825, 2020.8.25.)로 통지한 금년 8월말 공사 실착공 시 우리구에서 기 통지한 착공신고서 처리통지를 참조하여 관련 법에 충실히 건축(시공, 감리)하시기 바랍니다”로 기재되어 있다. (차) 청구법인은 토지분양(매매)계약서 제12조(개발기한 준수의무) 단서 규정에 따라 OOO정책심의원회의 심의․의결을 받아 OOO로부터 이 건 연구센터 건축공사에 대하여 2019.5.10. 제1차 착공 유예통보(기한: 2019.9.29.), 2019.9.30. 제2차 착공유예통보(기한: 2020.2.29.), 2020.2.5. 제3차 착공유예통보(기한: 2020.3.31.)를 거쳐 2020.8.31. 착공을 시작하였고, 2022.9.30. 준공을 목표로 이 사건 심리일 현재 신축공사가 진행 중이다. (카) 처분청 담당공무원이 2020.10.13. 쟁점토지에 출장하여 이 건 연구센터 신축공사 현황을 조사한 결과, “현장 근무자 확인 결과 2020년 9월초부터 공사를 재개하여 9월말부터 파일공사를 진행하고 있으며, 현재 4명이 상주 중이라고 함”이라는 출장결과보고서를 제출하였다. (타) 지하안전관리에 관한 특별법은 2016.1.7. 법률 제13749호로 제정된 후, 2018.1.1.부터 시행되었으며, 같은 법 시행령 제정령안은 2016.9.8.부터 40일간의 입법예고기간을 거쳐 2017.11.21. 대통령령 제28442호로 제정되어 2018.1.1.부터 시행되었다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 반도체 장비 제조업의 특수성 및 연구소 설계의 복잡성으로 인하여 설계변경이 반드시 필요하고, 같은 시기에 이 건 연구센터와 청구법인의 본사 건물을 동시에 신축 중이었던 사정 등 내부적 요인과 예측하지 못한 지하안전평가 시행과 쟁점토지와 연접한 OOO신축공사로 인한 이 건 연구센터 착공 중단 등 외부적 요인을 쟁점토지 취득일부터 3년이 경과할 때까지 당해 토지를 해당 용도로 직접 사용하지 못한데 대한 “정당한 사유”로 제시하면서 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분이 부당하다고 주장하나, 지방세 감면 이후 추징이 배제되는 “정당한 사유”란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유를 뜻하는 것이 원칙이고, 그 법인의 내부적인 사유의 경우에는 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력과 추진을 다하고도 시간적인 여유가 없어 그 법인의 과실 없이 그 기간을 넘긴 경우에 한한다고 할 것인바(대법원 1995.11.10. 선고 95누7482 판결, 같은 뜻임), 이 건의 경우, ① 이 건 연구센터 설계의 복잡성으로 인한 설계변경, 청구법인이 본사 신축과 같은 시기에 이 건 연구센터를 신축하게 된 사정 등은 청구법인의 내부적인 사유로서 청구법인이 정상적인 노력과 추진을 다하고도 시간적인 여유가 없어 그 법인의 과실 없이 그 기간을 넘긴 경우에 해당한다고 보기 어려운 점,
② 지하안전관리에 관한 특별법이 2016.1.7. 법률 제13749호로 제정되어 2018.1.1.부터 시행되었고, 같은 법 시행령 제정령안이 2016.9.8.부터 40일간의 입법예고기간을 거쳐 2017.11.21. 대통령령 제28442호로 제정되어 2018.1.1.부터 시행된 사실로 보아, 청구법인이 쟁점토지를 취득할 당시(2017.4.12.)에는 위 법령의 시행이 충분히 예고되었던 것으로 보이고, 또한 청구법인이 위 법령에 따라 지하안전평가를 실시한 기간은 약 3개월(2019.11.26.～2020.2.24.)인 것으로 볼 때, 지하안전평가를 한 것이 감면유예기간 내 쟁점토지를 해당 용도로 직접 사용하는 데 있어 금지 또는 제한이 있었다고 할 만큼 청구법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유가 있었다고 보기 어려운 점,
③ 쟁점토지와 연접한 OOO신축공사로 인한 이 건 연구센터 신축공사의 착공 중단은 쟁점토지에 대한 감면유예기간이 종료된 날(2020.4.12.)보다 늦은 2020년 5월 이후에 발생한 사건인 점 등에 비추어 청구법인이 2017.4.12. 쟁점토지를 취득한 후 2년 4개월이 경과하고서야 건축허가를 받았고, 유예기간(3년)이 경과할 때까지 착공조차 하지 아니한 데 대하여 유예기간 내에 해당 업무에 직접 사용하지 못한 “정당한 사유”가 있는 것으로 보기는 어렵다고 하겠다. 따라서, 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제6항과국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.