[요지] 지방세특례제한법이 개정되어 기업부설연구소용 부동산에 대한 취득세 감면율이 75%로 축소된 이후인 2015.6.15. 기업부설연구소용인 쟁점건축물을 취득하였다 하더라도 개정법률 부칙 제14조의 일반적 경과조치 및 신뢰보호원칙에 따라 취득세를 면제하는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이라고 판단됨.
[요지] 지방세특례제한법이 개정되어 기업부설연구소용 부동산에 대한 취득세 감면율이 75%로 축소된 이후인 2015.6.15. 기업부설연구소용인 쟁점건축물을 취득하였다 하더라도 개정법률 부칙 제14조의 일반적 경과조치 및 신뢰보호원칙에 따라 취득세를 면제하는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이라고 판단됨.
[주 문] [이 유]
1. 처분개요
○○○
- 다. 청구법인은 2020.8.12. 기업부설연구소용인 쟁점건축물을 착공한 후 관련 법률이 납세자에게 불리하게 개정된 경우에 해당하므로 원인행위 당시의 종전법률에 따라 쟁점건축물에 대한 취득세 등을 면제하여 달라는 취지로 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2020.10.5. 이를 거부하였다.
- 라. 청구법인은 이에 불복하여 2020.11.17. 이의신청을 거쳐 2021.4.12. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
- 가. 청구법인 주장 청구법인은 기업부설연구소를 건축하기 위하여 2011.12.26. AAA로부터 이 건 토지를 취득하여 2012.4.19. 처분청으로부터 기업부설연구소 신축을 위한 건축허가를 받아 2012.5.17. 착공하여 3년간 공사기간을 거쳐 2015.6.15. 건축물 사용승인을 받았다. 청구법인은 이 건 토지상에 기업부설연구소 건축물을 건축하면 취득세 면제대상이 될 것이라는 것을 신뢰하고 위 일련의 과정을 진행하였으나 갑자기 2014.12.31.지방세특례제한법제46조가 개정되면서 취득세 감면율이 100%에서 75%로 축소된 것으로 개정된지방세특례제한법이 시행되는 2015.1.1. 이전인 2011년에 이미 기업부설연구소 토지를 취득하였고 처분청으로부터 이 건 토지상에 기업부설연구소용 건축물의 건축 허가를 받는 등 기업부설연구소용 건축물의 취득을 위한 원인행위를 하여 종전 법률 적용대상이라고 신뢰하였음에도 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
- 나. 처분청 의견 지방세특례제한법상 기업부설연구소에 대한 취득세 감면규정은 당초 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대한 취득세 및 재산세를 감면하는 것으로 규정하고 있었으나, 청구법인이 이 건 토지를 취득한 2011년 당시 지방세특례제한법(2010.3.31. 법률 제10220호로 개정된 것) 제46조는 이미 일몰기한을 2012.12.31.까지로 명시하고 있었고, 이후 법 개정으로 일몰기한이 2014.12.31.까지로 한 차례 연장되었다가 개정법률에서 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면한도를 50%(상호출자제한기업집단 등이 수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호에 따른 과밀억제권역 내에 설치하는 기업부설연구소의 경우 25%)로 축소하면서 부칙 제24조에서 청구법인과 같이 “이 법 시행 전에 기업부설연구소로 직접 사용하기 위하여 부동산을 취득한 자가 2016.12.31.까지 기업부설연구소로 신고하여 인정받은 경우 제46조의 개정규정에도 불구하고 2016.12.31.까지 취득세 및 재산세의 100분의 75를 각 경감한다.”는 특례를 두었다. 청구법인은 개정법률 부칙 제24조에서 기업부설연구소 감면에 관한 경감세율 특례를 규정하고 있음에도 불구하고 부칙 제14조의 일반적 경과조치 규정에 따라 종전법률을 적용하여 쟁점건축물의 취득세 등을 면제하여 달라고 주장하나, 청구법인은 이미 개정법률에서 규정한 감면율 25%가 아닌 부칙 제24조에 따른 감면율 75%를 적용하여 취득세 등을 신고・납부하였으므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 기업부설연구소용인 쟁점건축물의 건축공사를 착공한 후 기성률이 약 85%인 상태에서 관련 법률이 납세자에게 불리하게 개정되었으므로 착공당시에 시행중인 법률에 따라 취득세를 면제해야 한다는 청구주장의 당부
- 나. 관련 법령
(1) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 12955호로 개정되기 전의 것) 제46조(연구개발 지원을 위한 감면) 대통령령으로 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 항에서 같다)에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 각각 2014년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다.
(2) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 12955호로 개정된 것) 제46조(연구개발 지원을 위한 감면) ① 대통령령으로 정하는 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 조에서 같다)에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 2016년 12월 31일까지 각각 경감한다.
② 제1항에도 불구하고독점규제 및 공정거래에 관한 법률제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단등이수도권정비계획법제6조 제1항 제1호에 따른 과밀억제권역 내에 설치하는 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 25를, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 25를 2016년 12월 31일까지 각각 경감한다. ＜부칙＞ 제3조(일반적 적용례) ① 이 법은 이 법 시행 후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. 제14조(일반적 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다. 제24조(기업부설연구소 감면에 관한 경감세율 특례) 이 법 시행 전에 기업부설연구소로 직접 사용하기 위하여 부동산을 취득한 자가 2016년 12월 31일까지기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률제14조 제1항 제2호에 따라 미래창조과학부장관에게 기업부설연구소로 신고하여 인정을 받는 경우에는 제46조의 개정규정에도 불구하고 2016년 12월 31일까지 취득세 및 재산세의 100분의 75를 각각 경감한다.
- 다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2011.12.26. 이 건 토지를 AAA로부터 취득한 후, 종전법률 제46조에 따라 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 취득세 등을 면제받았고, 2015.6.15. 및 2015.9.30. 이 건 토지 위에 건물을 신축하여 취득한 후 쟁점건축물에 대하여 개정법률 제46조 및 그 부칙 제24조에 따라 75%의 감면율을 적용하여 계산한 취득세 등을 감면받았다. (나) 청구법인은 이 건 토지상에 기업부설연구소용 건축물을 건축하기 위하여 2012.4.19. 처분청으로부터 건축허가를 받았고 2012.5.17. 착공하여 3년간 공사기간을 거쳐 2015.6.15. 등에 건축물의 사용승인을 받았다. ＜표2＞ 쟁점건축물에 대한 사용승인일
○○○ (다) 청구법인은 쟁점건축물 중 OOO지상 건축물에 대해서는 2015.12.22., 같은 동 OOO지상 건축물에 대해서는 2015.12.24. 미래창조과학부장관으로부터 각 기업부설연구소로 인정받았다. (라) 청구법인은 2020.8.12. 기업부설연구소용인 쟁점건축물의 건축공사를 착공한 후 관련 법률이 납세자에게 불리하게 개정된 경우에 해당하므로 원인행위 당시의 종전법률에 따라 취득세 등을 면제하여 달라는 취지로 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2020.10.5. 이를 거부하였다. (마) 청구법인이 제출한 공사진행상황표에 의하면, 쟁점건축물은 개정법률 제46조가 개정되어 시행될 당시(2015.1.1.) 기성률이 약OOO%인 것으로 확인된다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 종전법률 제46조은 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 각각 2014년 12월 31일까지 면제한다고 규정하고 있고, 개정법률 부칙 제14조에서 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있다. (나) 개정법률 부칙 제14조에서 규정하는 ‘종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 조세’에 해당하여 종전법률이 적용되기 위해서는 종전법률의 시행 당시 과세요건이 모두 충족되어 납세의무가 성립하였거나, 비록 과세요건이 모두 충족되지는 않았더라도 납세의무자가 종전법률에 의한 조세 감면 등을 신뢰하여 종전법률의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우여야 하고, 이러한 정도에 이르지 않은 경우에는 종전법률이 아니라 납세의무성립 당시의 법령이 적용되어야 할 것 이다. (다) 처분청은 청구법인이 쟁점건축물을 취득할 당시 종전법률이 개정되었으므로 해당 공동주택에 대한 취득세 등을 면제할 수 없다는 의견이나, 기업부설연구소에 대한 취득세 면제규정은 1981.12.31.지방세법에 신설되었고, 2011.1.1.지방세특례제한법제46조로 이관된 후, 2014.12.31. 관련 규정이 개정되어 감면율이 축소되기 전까지 법명만 변경되었을 뿐 그 내용은 30년 이상 동일하게 유지되어 온 점, 청구법인은 개정법률이 시행되기 전인 2012.4.19. 쟁점건축물의 신축허가를 받은 후 2012.5.17. 착공을 하였고, 개정법률이 시행될 당시(2015.1.1.)에는 이미 쟁점건축물의 기성률이 OOO%인 상태에서 2015.6.15. 사용승인된 것으로 보아 종전법률의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에 해당하는 것으로 보이는 점 등에 비추어, 청구법인이 지방세특례제한법이 개정되어 기업부설연구소용 부동산에 대한 취득세 감면율이 75%로 축소된 이후인 2015.6.15. 기업부설연구소용인 쟁점건축물을 취득하였다 하더라도 개정법률 부칙 제14조의 일반적 경과조치 및 신뢰보호원칙에 따라 취득세를 면제하는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이라고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제6항, 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
[이 유]
1. 처분개요
○○○
- 다. 청구법인은 2020.8.12. 기업부설연구소용인 쟁점건축물을 착공한 후 관련 법률이 납세자에게 불리하게 개정된 경우에 해당하므로 원인행위 당시의 종전법률에 따라 쟁점건축물에 대한 취득세 등을 면제하여 달라는 취지로 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2020.10.5. 이를 거부하였다.
- 라. 청구법인은 이에 불복하여 2020.11.17. 이의신청을 거쳐 2021.4.12. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
- 가. 청구법인 주장 청구법인은 기업부설연구소를 건축하기 위하여 2011.12.26. AAA로부터 이 건 토지를 취득하여 2012.4.19. 처분청으로부터 기업부설연구소 신축을 위한 건축허가를 받아 2012.5.17. 착공하여 3년간 공사기간을 거쳐 2015.6.15. 건축물 사용승인을 받았다. 청구법인은 이 건 토지상에 기업부설연구소 건축물을 건축하면 취득세 면제대상이 될 것이라는 것을 신뢰하고 위 일련의 과정을 진행하였으나 갑자기 2014.12.31.지방세특례제한법제46조가 개정되면서 취득세 감면율이 100%에서 75%로 축소된 것으로 개정된지방세특례제한법이 시행되는 2015.1.1. 이전인 2011년에 이미 기업부설연구소 토지를 취득하였고 처분청으로부터 이 건 토지상에 기업부설연구소용 건축물의 건축 허가를 받는 등 기업부설연구소용 건축물의 취득을 위한 원인행위를 하여 종전 법률 적용대상이라고 신뢰하였음에도 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
- 나. 처분청 의견 지방세특례제한법상 기업부설연구소에 대한 취득세 감면규정은 당초 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대한 취득세 및 재산세를 감면하는 것으로 규정하고 있었으나, 청구법인이 이 건 토지를 취득한 2011년 당시 지방세특례제한법(2010.3.31. 법률 제10220호로 개정된 것) 제46조는 이미 일몰기한을 2012.12.31.까지로 명시하고 있었고, 이후 법 개정으로 일몰기한이 2014.12.31.까지로 한 차례 연장되었다가 개정법률에서 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면한도를 50%(상호출자제한기업집단 등이 수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호에 따른 과밀억제권역 내에 설치하는 기업부설연구소의 경우 25%)로 축소하면서 부칙 제24조에서 청구법인과 같이 “이 법 시행 전에 기업부설연구소로 직접 사용하기 위하여 부동산을 취득한 자가 2016.12.31.까지 기업부설연구소로 신고하여 인정받은 경우 제46조의 개정규정에도 불구하고 2016.12.31.까지 취득세 및 재산세의 100분의 75를 각 경감한다.”는 특례를 두었다. 청구법인은 개정법률 부칙 제24조에서 기업부설연구소 감면에 관한 경감세율 특례를 규정하고 있음에도 불구하고 부칙 제14조의 일반적 경과조치 규정에 따라 종전법률을 적용하여 쟁점건축물의 취득세 등을 면제하여 달라고 주장하나, 청구법인은 이미 개정법률에서 규정한 감면율 25%가 아닌 부칙 제24조에 따른 감면율 75%를 적용하여 취득세 등을 신고・납부하였으므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 기업부설연구소용인 쟁점건축물의 건축공사를 착공한 후 기성률이 약 85%인 상태에서 관련 법률이 납세자에게 불리하게 개정되었으므로 착공당시에 시행중인 법률에 따라 취득세를 면제해야 한다는 청구주장의 당부
- 나. 관련 법령
(1) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 12955호로 개정되기 전의 것) 제46조(연구개발 지원을 위한 감면) 대통령령으로 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 항에서 같다)에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 각각 2014년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다.
(2) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 12955호로 개정된 것) 제46조(연구개발 지원을 위한 감면) ① 대통령령으로 정하는 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 조에서 같다)에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 2016년 12월 31일까지 각각 경감한다.
② 제1항에도 불구하고독점규제 및 공정거래에 관한 법률제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단등이수도권정비계획법제6조 제1항 제1호에 따른 과밀억제권역 내에 설치하는 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 25를, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 25를 2016년 12월 31일까지 각각 경감한다. ＜부칙＞ 제3조(일반적 적용례) ① 이 법은 이 법 시행 후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. 제14조(일반적 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다. 제24조(기업부설연구소 감면에 관한 경감세율 특례) 이 법 시행 전에 기업부설연구소로 직접 사용하기 위하여 부동산을 취득한 자가 2016년 12월 31일까지기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률제14조 제1항 제2호에 따라 미래창조과학부장관에게 기업부설연구소로 신고하여 인정을 받는 경우에는 제46조의 개정규정에도 불구하고 2016년 12월 31일까지 취득세 및 재산세의 100분의 75를 각각 경감한다.
- 다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2011.12.26. 이 건 토지를 AAA로부터 취득한 후, 종전법률 제46조에 따라 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 취득세 등을 면제받았고, 2015.6.15. 및 2015.9.30. 이 건 토지 위에 건물을 신축하여 취득한 후 쟁점건축물에 대하여 개정법률 제46조 및 그 부칙 제24조에 따라 75%의 감면율을 적용하여 계산한 취득세 등을 감면받았다. (나) 청구법인은 이 건 토지상에 기업부설연구소용 건축물을 건축하기 위하여 2012.4.19. 처분청으로부터 건축허가를 받았고 2012.5.17. 착공하여 3년간 공사기간을 거쳐 2015.6.15. 등에 건축물의 사용승인을 받았다. ＜표2＞ 쟁점건축물에 대한 사용승인일
○○○ (다) 청구법인은 쟁점건축물 중 OOO지상 건축물에 대해서는 2015.12.22., 같은 동 OOO지상 건축물에 대해서는 2015.12.24. 미래창조과학부장관으로부터 각 기업부설연구소로 인정받았다. (라) 청구법인은 2020.8.12. 기업부설연구소용인 쟁점건축물의 건축공사를 착공한 후 관련 법률이 납세자에게 불리하게 개정된 경우에 해당하므로 원인행위 당시의 종전법률에 따라 취득세 등을 면제하여 달라는 취지로 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2020.10.5. 이를 거부하였다. (마) 청구법인이 제출한 공사진행상황표에 의하면, 쟁점건축물은 개정법률 제46조가 개정되어 시행될 당시(2015.1.1.) 기성률이 약OOO%인 것으로 확인된다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 종전법률 제46조은 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 각각 2014년 12월 31일까지 면제한다고 규정하고 있고, 개정법률 부칙 제14조에서 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있다. (나) 개정법률 부칙 제14조에서 규정하는 ‘종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 조세’에 해당하여 종전법률이 적용되기 위해서는 종전법률의 시행 당시 과세요건이 모두 충족되어 납세의무가 성립하였거나, 비록 과세요건이 모두 충족되지는 않았더라도 납세의무자가 종전법률에 의한 조세 감면 등을 신뢰하여 종전법률의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우여야 하고, 이러한 정도에 이르지 않은 경우에는 종전법률이 아니라 납세의무성립 당시의 법령이 적용되어야 할 것 이다. (다) 처분청은 청구법인이 쟁점건축물을 취득할 당시 종전법률이 개정되었으므로 해당 공동주택에 대한 취득세 등을 면제할 수 없다는 의견이나, 기업부설연구소에 대한 취득세 면제규정은 1981.12.31.지방세법에 신설되었고, 2011.1.1.지방세특례제한법제46조로 이관된 후, 2014.12.31. 관련 규정이 개정되어 감면율이 축소되기 전까지 법명만 변경되었을 뿐 그 내용은 30년 이상 동일하게 유지되어 온 점, 청구법인은 개정법률이 시행되기 전인 2012.4.19. 쟁점건축물의 신축허가를 받은 후 2012.5.17. 착공을 하였고, 개정법률이 시행될 당시(2015.1.1.)에는 이미 쟁점건축물의 기성률이 OOO%인 상태에서 2015.6.15. 사용승인된 것으로 보아 종전법률의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에 해당하는 것으로 보이는 점 등에 비추어, 청구법인이 지방세특례제한법이 개정되어 기업부설연구소용 부동산에 대한 취득세 감면율이 75%로 축소된 이후인 2015.6.15. 기업부설연구소용인 쟁점건축물을 취득하였다 하더라도 개정법률 부칙 제14조의 일반적 경과조치 및 신뢰보호원칙에 따라 취득세를 면제하는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이라고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제6항, 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.