청구법인이 쟁점토지를 취득하고 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 영농ㆍ유통ㆍ가공으로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 존재하는지 여부

[주 문] OOO시장이 2020.8.13. 청구법인에게 한 취득세 등 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2018.8.24. OOO토지 OOO㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득(매매)한 후, 그 취득세 과세표준을 OOO원으로 하고지방세특례제한법제11조 제2항에 따라 농업법인이 영농·유통·가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 신고하여 취득세 등 합계 OOO원을 감면(50%)받았다.
• 나. 처분청은 청구법인이 2020.4.29. 쟁점토지상에 농산물 저온창고를 신축하자, 이는 영농이 아닌 유통ㆍ가공을 목적으로 취득한 것으로 정당한 사유 없이 쟁점토지 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아, 2020.8.13. 기 감면한 취득세 등 합계 OOO원(가산세 포함)을 부과ㆍ고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.11.6. 이의신청을 거쳐 2021.5.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2007.5.23. 농업경영의 합리화를 통한 농업 생산성의 향상을 목적으로 설립된 영농조합 법인으로 법인 설립 목적에 맞는 사업을 운영 중이고, 영농사업의 활성화를 위해 쟁점토지를 취득하여 마늘을 재배하는 영농사업을 지속적으로 진행하였다. 청구법인은 쟁점토지를 마늘 농사를 짓기 위해 취득하였고 영농에 사용한 사실을 농지 소재지 이장의 농업경작사실확인서, OOO영농조합 법인으로부터 받은 마늘 종자구입 확인서, 쟁점토지에 재배된 마늘 농사 사진, 마을 수확의 위문 방문 사진 등을 통해 확인됨에도 건물 준공이 농지를 취득한 날로부터 1년이 경과되었다 하여 취득 농지를 영농 목적에 사용하지 않았다고 보아 취득세를 추징한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 경작사실 확인서상의에는 농지 소재지 이장의 인적 사항 및 서명란에 쟁점토지 소재지인 OOO가 아닌 OOO의 인적 사항과 성명이 기재되어 있고 재배 품목이 없으며, 경작사실 확인서 작성일자만으로는 취득 당시 경작 사실 확인이 불가하다. 또한, 경작 사실 확인서는 농업경영체 등록을 위해 OOO에 제출해야 하는 서류이나 청구법인은 쟁점토지에 대한 경작사실 확인서를 제출한 사실이 없다. 청구법인은 2018.8.24. 쟁점토지를 취득한 후 2019.4.30. 쟁점토지상에 농산물 저온 창고시설 건축물 허가를 신청하였고, 2019.7.1. 착공 신고를 한 후 2020.4.9. 건축물을 신축하여 사용승인을 받았으므로 그 시점부터 그 토지를 직접 사용하는 것으로 보는 것이 타당하므로 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우에 해당한다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 청구법인이 쟁점토지를 취득하고 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 영농ㆍ유통ㆍ가공으로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 존재하는지 여부
• 나. 관련 법령 지방세특례제한법 제11조(농업법인에 대한 감면) ② 농업법인이 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 각각 2020년 12월 31일까지 경감한다.

③ 제1항 및 제2항에 대한 감면을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 5년 미만인 상태에서농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률제20조의3에 따라 해산명령을 받은 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2007.5.23. 농업경영의 합리화를 통한 농업 생산성의 향상을 목적으로 설립된 영농조합 법인으로, 법인등기부 및 정관 제4조(사업)에는 농업의 경영 및 그 부대사업, 농산물의 가공, 저장 및 유통사업 등을 목적사업으로 명시하고 있다. (나) 청구법인은 2018.8.24. 쟁점토지를 취득(매매)한 후, 처분청에 쟁점토지를 농업법인이 영농·유통·가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 신고하여 취득세 50%를 감면받았다. (다) 청구법인은 2019.4.30. 쟁점토지상에 농산물 저온창고시설을 건축하고자 처분청에 건축허가신청을 하였고, 2019.7.1. 농산물 저온창고 건축 관련 착공 신고를 한 후, 2020.4.9. 건축물(용도: 농산물저장 저온창고 및 선별 포장실 등)에 대하여 처분청으로부터 사용승인을 받았다. (라) 처분청은 청구법인이 2020.4.29. 쟁점토지상에 농산물 저온창고를 신축하자, 이는 영농이 아닌 가공을 목적으로 취득한 것으로 정당한 사유 없이 쟁점토지 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아, 기 감면한 취득세를 부과하였다. (마) 청구법인은 쟁점토지를 취득하고 영농을 하였다고 주장하면서, 경작사실확인서OOO, 마늘종자구입확인서(OOO2021.3.21.), 마늘재배사진(2019.5.) 등을 제출하였다. (바) 2019년 4월 OOO항공사진을 보면, 쟁점토지에 작물이 경작되고 있는 것이 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 쟁점토지상에 농산물 저온창고를 신축하자 이는 영농이 아닌 가공을 목적으로 취득한 것으로 정당한 사유 없이 쟁점토지를 취득하고 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하였다는 의견이나,지방세특례제한법제11조 제2항에서 농업법인이 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 감면하도록 규정하고 있는바, 청구법인은 2018.8.24. 쟁점토지를 취득한 후, 쟁점토지에서 마늘 농사를 지었다고 주장하면서 경작사실확인서, 종자구입자료, OOO관계자와의 사진 등을 제출하였고, 2019년 4월 OOO항공사진을 보면 쟁점토지에서 작물이 경작되고 있는 것이 확인되는 점, 청구법인이 2019년 5월 마늘 수확이후 쟁점토지상에 농산물 저온창고를 신축하고자 건축허가 신청(2019.4.30.) 및 착공(2019.9.1.)을 하였고, 심판청구일 현재 농산물 저온창고를 신축하여 청구법인의 고유목적사업에 사용하고 있는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지를 취득일부터 유예기간 내에 영농․유통․가공에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로지방세기본법제96조 제6항과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.