[요지] 청구법인이 지방세특례제한법이 개정되어 의과대학 부속병원에 대한 취득세 감면율이 50%로 축소된 이후인 2018.12.27. 의과대학 부속병원인 이 건 의과대학병원을 취득하였다 하더라도 개정감면규정의 쟁점경과규정 및 신뢰보호원칙에 따라 취득세를 면제하는 것이 타당하다 할 것이므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이라고 판단됨.
[요지] 청구법인이 지방세특례제한법이 개정되어 의과대학 부속병원에 대한 취득세 감면율이 50%로 축소된 이후인 2018.12.27. 의과대학 부속병원인 이 건 의과대학병원을 취득하였다 하더라도 개정감면규정의 쟁점경과규정 및 신뢰보호원칙에 따라 취득세를 면제하는 것이 타당하다 할 것이므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이라고 판단됨.
[주 문] OOO구청장이 2020.12.30. 청구법인에게 한 경정청구거부처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인이 2014.12.1. 이 건 의과대학병원을 착공할 당시 시행되었던 종전감면규정은 고등교육법 제4조에 따라 설립된 의과대학의 부속병원의 취득에 대하여는 취득세를 면제한다고 규정하고 있었으나, 이 건 의과대학병원의 사용승인(2018.12.27.) 당시 개정감면규정은 100분의 50 경감으로 감면율이 축소되었는바, 개정감면규정의 지방세특례제한법부칙 제14조(이하 “쟁점경과규정”이라 한다)에서 ‘이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.’는 경과 규정을 두고 있고, 쟁점경과규정은 지방세특례제한법 상 납세의무가 성립하기 이전에 납세자에게 부여된 신뢰를 보호하기 위한 특별규정으로서 조세법령이 납세자에게 불리하게 개정된 경우 부칙에 쟁점경과규정과 같은 특별규정을 두고 있다면 이는 납세자의 기득권이나 신뢰를 보호하기 위한 규정으로 판단하고 있으며, 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면을 신뢰하여 종전 규정 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 직접적인 원인행위에 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에는 납세의무 성립 당시 법령이 아니라 그 원인행위가 이루어진 당시의 법령인 종전규정이 적용되어야 할 것이고, 이러한 견지에서 조세심판원에서도 납세의무자가 건축공사에서 착공 등 되돌리기 어려운 건축의 실질적 법률적 행위를 하였는지 여부를 통해 원인행위인지로 나아갔는지를 판단하고 있으며, 납세자의 신뢰를 보호하기 위하여 납세자에게 유리한 종전감면규정을 적용하여야 한다는 입장을 취하고 있다.
(2) 의과대학 부속병원이 의료업에 사용하기 위하여 취득하는 건축물에 대하여는 1949년 지방세법이 만들어진 이래 2010년 말까지 비과세로 운영하였고, 2011년 지방세특례제한법으로 이관되어 2014.12.31.까지 전액 감면으로 운영되어 왔으며, 청구법인은 이를 신뢰하여 2010년 2월 병원 신축을 위한 의사결정, 2011.9.21. 의료시설용지(토지) 취득, 2014.11.6. 건축허가 및 사업계획 승인, 2014.11.7. 토목공사용역계약 체결, 2014.11.17. 감리용역계약 체결 등을 거쳐 2014.12.1 건축공사에 착공하여 2018.12.27. 이 건 의과대학병원을 신축(사용승인)하였는바, 청구법인은 위와 같이 개정감면규정 이전에 법령에 의한 과세요건 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아가 일정한 법률적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하였다 할 것이고, 의과대학 부속병원에 대한 취득세 면제규정이 장기간 유지되어 온 이상 납세의무자의 신뢰 내지 기득권은 마땅히 보호되어야 할 것이므로 청구법인의 이 건 의과대학병원의 취득은 개정감면규정에도 불구하고 쟁점경과규정에 따라 착공시점에 적용되던 종전감면규정을 적용하여 취득세를 면제하는 것이 타당하다.
(1) 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 특별히 경과규정을 두어 납세의무자에게 유리한 종전 법률을 적용하도록 하고 있는 경우 종전 법률을 적용해야 할 것이지만, 개정 법률 부칙에서 특별한 경과규정을 두고 있지 아니한 이상 법률불소급의 원칙상 납세의무 성립 당시에 시행되는 법률을 적용하여야 하는바, 이러한 ‘특별한 경과규정’이란 종전 규정 시행 시 적용 요건을 충족한 경우 종전 규정 적용원칙을 확인하는 취지의 ‘일반적 경과조치’가 아닌, 개별 조문에 적용되는 ‘개별적 경과조치’를 의미하는 것이고, 개정감면규정과 관련한 쟁점경과규정은 ‘일반적 경과조치 규정’으로서 별도의 ‘특별경과규정’은 두고 있지 않으므로, 법률불소급의 원칙 등에 따라 청구법인의 이 건 의과대학병원의 경우 취득(2018.12.27.) 당시 시행중인 개정감면규정에 따라 100분의 50 감면을 적용하는 것이 타당하다.
(2) 가사, 종전감면규정을 적용할 수 있는 근거로 쟁점경과규정을 인정하고, 건축허가, 착공행위 등을 이 건 의과대학병원의 취득과 밀접하게 관련된 원인행위를 하였다고 인정한다 하더라도 2013.1.1. 종전감면규정은 신설 당시 2013.12.31.까지 취득세를 면제할 수 있도록 규정하고 있다가 2014.1.1. 개정하면서 그 면제기한을 2014.12.31.으로 연장하는 것으로 개정되었고, 2015.1.1. 개정으로 감면율이 100분의 50으로 축소율을 축소하는 것으로 개정되었으므로 종전감면규정을 적용하기는 어렵다 할 것이므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.
3. 심리 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 증빙자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 고등교육법에 의한 의과대학 부속병원을 경영하는 비영리 학교법인이다. (나) 청구법인이 제출한 ‘2009학년도 223차 이사회 회의록(2020.1.21.)’에 의하면, 청구법인이 운영하던 기존 OOO소재 ‘BBB’은 재개발로 인해 폐쇄하고, OOO재개발지역인 OOO지구에 새병원을 신축하여 이전하기로 의결한 것으로 나타난다. (다) 청구법인은 새병원 건축계획에 따라 OOO가 매각하는 용지 분양에 입찰하여 2011.9.22. OOO지구 의료시설용지 OOO㎡를 OOO원에 낙찰 받았으며, 2011.10.12. 용지매매계약을 거쳐 2011.12.9. 잔금을 지급하여 이를 취득하였고, 2013.12.31. OOO로부터 용지 OOO㎡를 OOO원에 추가로 취득하였으며 2차례에 걸친 용지 취득과정에서 종전감면규정에 따라 취득세 등을 전액 면제받았다. (라) 청구법인은 2014.11.6. 도시계획시설사업 시행자 지정 및 실시계획시설인가 고시에 따라 아래 ＜표1＞와 같이 건축허가 및 사업계획 승인을 받고, 2014.12.1. 처분청으로부터 착공신고필증을 교부 받아 건축공사에 착공하여 2018.12.27. 이 건 의과대학병원을 신축하여 아래 ＜표2＞와 같이 준공검사필증을 교부(사용승인) 받았다. ＜표1＞ 이 건 의과대학병원 시설계획 OOO ＜표2＞ 이 건 의과대학병원 승인내역 OOO (마) 이 건 의과대학병원을 신축하는 과정에서 청구법인이 체결하여 진행한 교통영양평가 계약 등은 아래 ＜표3＞과 같다. ＜표3＞ 이 건 의과대학병원 신축 경과 OOO (바) 이 건 의과대학병원 신축공사 현장의 2014년도 중 세금계산서 발급 내역은 아래 ＜표4＞와 같다. ＜표4＞ 이 건 의과대학병원 세금계산서 발급 내역(청구법인 제출) OOO (사) 의과대학 부속병원에 대한 취득세 비과세 및 감면규정은 아래 ＜표5＞와 같이 1949.12.22. 지방세법제정 당시부터 2010.12.31.까지 지방세법제107조로 비과세 되어 오다가, 2011.1.1. 지방세특례제한법신설로 제41조로 이관된 이래 2014.12.31.까지 65년간 면제(비과세 및 감면)되었으며, 2015.1.1. 이후부터 100분의 75〜50으로 감면율이 축소되었다. ＜표5＞ 의과대학 부속병원 감면규정 개정 연혁 OOO
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 의과대학 부속병원에 대한 취득세 감면규정은 1949.12.22. 지방세법제정 이후, 2011.1.1. 지방세특례제한법신설로 이관된 이래 2015.1.1. 이후 감면율이 축소되기 전까지 법명만 변경되었을 뿐 그 내용은 OOO년간 비과세 및 면제가 유지되어 온 점, 2015.1.1. 이후 지방세특례제한법제41조가 개정되면서 감면율이 축소되어 납세자에게 불리하게 개정되었는데, 2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 개정감면규정의 쟁점경과규정에서 ‘이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.’는 경과 규정을 두고 있는 점, 청구법인은 2014.12.31. 지방세특례제한법제41조의 감면율이 축소되기 전인 2011.12.9.과 2013.12.31. OOO로부터 의과대학 신축을 위한 용지를 취득하고, 2014.11.6. 의과대학 부속병원 신축을 위한 건축허가를 받은 후 2014.11.1. 착공신고필증을 교부받아 본격적인 공사에 착공을 한 사실이 확인되는 점, 그렇다면, 청구법인은 개정감면규정 시행 이전에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에 해당하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 지방세특례제한법이 개정되어 의과대학 부속병원에 대한 취득세 감면율이 50%로 축소된 이후인 2018.12.27. 의과대학 부속병원인 이 건 의과대학병원을 취득하였다 하더라도 개정감면규정의 쟁점경과규정 및 신뢰보호원칙에 따라 취득세를 면제하는 것이 타당하다 할 것이므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이라고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령
(1) 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것) 제107조(용도구분에 의한 비과세) 다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다. 1.제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득
(2) 지방세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11618호로 일부개정된 것) 제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제) ⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에도 불구하고 고등교육법 제4조에 따라 설립된 의과대학(한의과대학, 치과대학 및 수의과대학을 포함한다)의 부속병원에 대한 제1항부터 제6항까지의 규정에 따른 면제는 2013년 12월 31일까지로 한정한다.
(3) 지방세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12175호로 일부개정된 것) 제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제) ⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에도 불구하고 고등교육법 제4조에 따라 설립된 의과대학(한의과대학, 치과대학 및 수의과대학을 포함한다)의 부속병원에 대한 제1항부터 제6항까지의 규정에 따른 면제는 2014년 12월 31까지로 한정한다. 부 칙 ＜법률 제12175호, 2014. 1. 1.＞ 제1조(시행일) 이 법은 2014년 1월 1일부터 시행한다. 제3조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 후 최초로 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.
(4) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 일부개정된 것) 제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제) ⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에도 불구하고 고등교육법 제4조에 따라 설립된 의과대학(한의과대학, 치과대학 및 수의과대학을 포함한다)의 부속병원에 대해서는 다음 각 호에 따라 취득세 및 재산세를 각각 경감한다.
1. 다음 각 목의 기간에 따라 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대한 취득세