이 건 건축물(병원)에 대해서 일반적 경과조치를 적용하여 종전 규정을 적용할 수 있는지 여부

[참조결정] 조심2021지2299 / 조심2020지1429 / 조심2019지2303 / 조심2021지1567

[주 문] 서울특별시 강서구청장이 2021.1.4. 청구법인에게 한 취득세 등의 경정청구 거부처분은 서울특별시 OOO소재 의과대학 부속병원용 건축물(193,016.11㎡)의 착공시기를 재조사하여 그 착공일이 2014.12.31. 이전인 경우에는 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2014.12.15. 서울특별시 OOO토지 43,277㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)에 의과대학 부속병원용 건축물 193,016.11㎡(이하 “이 건 건축물”이라 한다)에 대한 건축허가를 받고, 2014.12.30. 착공신고를 거쳐 2018.10.31. 이를 신축하여 취득한 후, 2018.10.31.지방특례제한법제41조 제7항 제1호 나목에 따른 감면율(50%)을 적용하여 이 건 건축물에 대한 취득세 등 OOO원을 신고‧납부하였다.
• 나. 청구법인은지방특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 부칙 제14조(이하 “일반적 경과조치”라 한다)를 근거로 지방특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제41조 제7항(이하 “이 건 종전규정”이라 한다)을 적용하여 이 건 건축물에 대한 취득세를 면제해 달라는 취지로 2020.11.23. 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2021.1.4. 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.3.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 이 건 종전규정을 신뢰한 상태에서 2007년부터 이 건 건축물의 신축계획을 수립하여 건축허가, 신축도급계약 및 착공신고까지 마쳤고, 이러한 상황은 청구법인의 이 건 종전규정에 대한 신뢰가 보호할 정도에 이른 것에 해당한다 할 것이므로 이 건 건축물의 취득에 대하여 일반적 경과조치에 따라 이 건 종전규정을 적용하는 것이 타당하다. 구체적으로 보면, 청구법인은 2007년경 이 건 건축물의 신축계획을 수립하였고, 2011년에 SH공사와 이 건 토지에 대한 매매계약을 체결하였으며, 2014년에 이 건 건축물에 대한 건축허가 및 착공까지 마쳤고, 이 기간 동안 이 건 건축물과 같은 의과대학 부속병원에 대해서는 그 취득세를 비과세 내지 면제하는 규정을 계속해서 두고 있었다. 특히, 청구법인은 2011년경, 이 건 종전규정의 취득세 면제까지 고려하여 이 건 건축물의 신축에 소요되는 토지매입 및 신축 비용을 산정하였고, 그 결과를 바탕으로 2011.12.23. 종합의료시설용지인 이 건 토지에 대한 매매계약까지 체결하였다. 이 건 토지는 그 계약 조건에 따라 종합병원과 그 부대시설의 설치만 가능할 뿐 다른 용도로 사용할 수 없는 것이라서 이 건 건축물의 신축계획은 이때부터 돌이키기 어려운 상황으로 접어들었다. 이 건 토지의 매매계약 체결 이후부터는 이 건 건축물의 규모 탓에 건축물 설계, 교통영향분석 및 개선대책수립, 지하철연결통로 설계, 도시계획시설 실시계획인가 및 건축허가 등에 장기간이 소요될 수밖에 없었고, 학교법인인 청구법인의 특성상 자급집행 등에 있어서 교육부의 승인까지 받아야 했으며, 이 모든 과정을 거쳐 2014.12.30. 이 건 건축물의 착공까지 이르렀다. 결국, 이 건 토지의 매매계약 체결 이후부터는 현실적으로 이 건 건축물의 신축계획을 되돌릴 수 없었고 이 건 종전규정의 시행기간 내에 건축공사를 시작한 점까지 고려하면 이 건 종전규정의 개정 당시에 이미 이 건 건축물의 취득과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아간 상태였다고 보는 것이 타당하다. 조세심판원도 청구법인과 유사한 사항(조심 2021지2299, 2022.8.22.)에 대해서 이 건 종전규정을 적용하는 것이 타당하다고 결정하였는데, 선결정례에서 다툼이 되었던 병원건물보다 이 건 건축물이 더 큰 규모임에도 그 취득일은 더 빠른 점, 두 건축물 모두 2014년 12월에 착공신고를 마친 점 등을 고려하면, 그 결론을 달리 할 요인을 찾기 어렵다. 이 건 종전규정이 장기간 유지되어 오던 상황에서 청구법인은 이를 신뢰하여 약 10년간에 걸쳐 이 건 건축물의 신축 사업을 진행하였고, 이 건 종전규정의 시행기간 내에 이 건 건축물 신축에 있어 가장 중요한 관문인 용지분양, 건축허가 및 착공까지 이루어졌으므로 이 건 종전규정에 대한 청구법인의 신뢰는 보호할 정도에 이르렀다고 보아야 할 것이다. 따라서 일반적 경과조치의 적용을 배제하여 경정청구를 거부한 처분은 위법하다.
• 나. 처분청 의견 일반적 경과조치는 납세의무자가 종전 규정에 의한 취득세 면제를 신뢰하여 종전 규정의 시행기간 내에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 새로운 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에 적용되는 것인데, 청구법인이 이 건 종전규정의 시행기간 내에 이 건 건축물의 건축공사를 시작했다고 볼만한 객관적인 사정이 확인되지 아니하고, 착공신고는 실제 건축공사를 위한 준비행위에 불과하고 공사를 실제로 실행한 것으로 볼 수 없다. 따라서 청구법인의 종전 규정에 대한 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이르렀다고 볼 수 없다(조심 2020지1429, 2021.4.26., 같은 뜻임). 또한, 이미 2014년 9월 입법예고를 통해서 2015년부터 감면율이 대폭 축소될 것이라고 충분히 예측 가능하였고, 실제 2015년부터 학교법인의 부속병원에 대한 취득세에 대해서 2016.12.31.까지 취득세를 75% 감면하고, 2017년부터는 50%로 축소되었으며, 청구법인이 이 건 건축물을 취득할 당시에도 2015년 개정규정에 따라 취득세를 50% 감면하는 것으로 유지되어 온 점 등에 비추어 청구법인이 종전규정에 따라 감면받을 수 있을 것으로 신뢰하였다고 보기 어렵다.(조심 2019지2303, 2021.1.28., 같은 뜻임).

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건 건축물(병원)에 대해서 일반적 경과조치를 적용하여 종전 규정을 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 의과대학 부속병원에 대한 취득세 비과세 및 감면규정은 아래 ＜표1＞과 같이 1949.12.22.지방세법제정 당시부터 2010.12.31.까지 지방세법제107조로 비과세 되어 오다가, 2011.1.1.지방세특례제한법신설로 제41조로 이관된 이래 2014.12.31.까지 65년간 면제(비과세 및 감면)되었으며, 2015.1.1. 이후부터 100분의 75〜50으로 감면율이 축소되었다. ＜표1＞ 의과대학 부속병원 감면규정 개정 연혁 OOO (나) 청구법인은고등교육법에 의한 의과대학 부속병원을 경영하는 비영리 학교법인이다. (다) 청구법인은 2011.12.23. SH공사와 이 건 토지에 대한 매매계약을 체결하였는데, 해당 계약서에는 지정용도가 “의료시설 중 병원”으로, 허용용도는 “교육연구시설 중 학교, 연구소”로 되어 있고, 제3조 제1항에서 “대상토지를 정해진 용도에 따라 사용”하기로 한다고 되어 있으며, 같은 조 제2항에서 “부대시설은 의료법 제49조에 따라 사용하여야 한다”고 되어 있고, 제7조 제1항 제2호에서 청구법인이 이 건 토지를 지정용도로 사용하지 아니하면 해당 계약을 해제할 수 있다고 되어 있다. (라) 청구법인은 2014.12.19. A 주식회사와 이 건 건축물의 신축공사를 위한 도급계약을 체결하였고, 해당 계약서에 착공년월일은 2014.12.19.로, 준공예정년월일은 2017.10.31.로 되어 있다. (마) 청구법인이 제출한 자료에 따르면, 이 건 건축물의 신축 추진 과정은 아래 ＜표2＞와 같다. ＜표2＞ 이 건 건축물의 신축 경과 OOO

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 이 건 건축물의 신축에 대하여 일반적 경과조치 규정을 적용할 수 없다는 의견이다. 그러나 2015.1.1. 이후 지방세특례제한법제41조가 개정되면서 감면율이 축소되어 납세자에게 불리하게 개정되었는데, 2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되면서 일반적 경과조치 규정에서 ‘이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.’는 경과 규정을 두고 있는 점, 의과대학 부속병원에 대한 취득세 감면규정은 1949.12.22. 지방세법제정 이후, 2011.1.1. 지방세특례제한법 신설로 이관된 이래 2015.1.1. 이후 감면율이 축소되기 전까지 법명만 변경되었을 뿐 그 내용은 65년간 비과세 및 면제가 유지되어 온 점 등에 비추어 청구법인이 의과대학 부속병원용 부동산의 취득에 대하여 취득세 면제가 시행되고 있는 기간 중에 이 건 건축물의 신축공사에 착공한 경우에는 청구법인의 신뢰를 보호하기 위하여 일반적 경과조치 규정을 적용하여 이 건 건축물에 대한 취득세를 면제하는 것이 타당하다고 판단된다. 다만, 청구법인이 제출한 자료만으로는 이 건 종전규정의 시행기간 내에 이 건 건축물의 신축공사를 착공하였는지 여부가 불분명하므로 처분청은 청구법인이 2014.12.31. 이전에 이 건 건축물의 신축을 위한 규준틀 설치나 터파기 공사와 같은 착공행위를 하였는지 여부를 재조사하여 규준틀 설치 등 착공행위를 한 것으로 확인되는 경우, 이 건 종전규정을 적용하여 이 건 건축물에 대한 취득세 등을 면제하는 것이 타당하다고 판단된다(조심 2021지1567, 2022.4.26., 같은 뜻임).

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제96조 제7항, 국세기본법제80조의2, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것) 제107조(용도구분에 의한 비과세) 다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다. 1.제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득

(2) 지방세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11618호로 일부개정된 것) 제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제) ⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에도 불구하고 고등교육법 제4조에 따라 설립된 의과대학(한의과대학, 치과대학 및 수의과대학을 포함한다)의 부속병원에 대한 제1항부터 제6항까지의 규정에 따른 면제는 2013년 12월 31일까지로 한정한다.

(3) 지방세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12175호로 일부개정된 것) 제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제) ⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에도 불구하고 고등교육법 제4조에 따라 설립된 의과대학(한의과대학, 치과대학 및 수의과대학을 포함한다)의 부속병원에 대한 제1항부터 제6항까지의 규정에 따른 면제는 2014년 12월 31까지로 한정한다. 부 칙 ＜법률 제12175호, 2014. 1. 1.＞ 제1조(시행일) 이 법은 2014년 1월 1일부터 시행한다. 제3조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 후 최초로 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.

(4) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 일부개정된 것) 제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제) ⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에도 불구하고 고등교육법 제4조에 따라 설립된 의과대학(한의과대학, 치과대학 및 수의과대학을 포함한다)의 부속병원에 대해서는 다음 각 호에 따라 취득세 및 재산세를 각각 경감한다.

1. 다음 각 목의 기간에 따라 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대한 취득세

• 가. 2016년 12월 31일까지: 100분의 75
• 나. 2017년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지: 100분의 50 부 칙 ＜법률 제12955호, 2014. 12. 31.＞ 제1조(시행일) 이 법은 2015년 1월 1일부터 시행한다. 제3조(일반적 적용례) ① 이 법은 이 법 시행 후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. 제14조(일반적 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.