[요지] 지식산업센터에 대한 취득세 등의 감면규정은 2011.12.31.까지는 취득세 등을 전부 면제한다는 내용이었다가, 2013.12.31.까지 취득세 등을 75% 감면하는 것으로 축소되었으며, 청구법인이 쟁점지식산업센터 건축공사에 착공할 당시에는 2016.12.31.까지 취득세 등을 50% 감면하는 것으로, 청구법인이 쟁점지식산업센터 건축공사를 완료하고 사용승인을 받은 당시에는 2019.12.31.까지 그 감면범위를 다시 35%로 축소하는 것으로 계속하여 개정되어 온 점 등에 비추어 청구법인이 종전감면규정에 따라 계속하여 50%를 감면받을 수 있을 것으로 신뢰하였다고 보기 어려우므로 이러한 경우에까지 일반적 경과조치에 따라 종전감면규정의 감면율을 적용하기는 어렵다(조심 2021지2319, 2022.7.21. 외 다수, 같은 뜻임)고 판단됨.
[참조결정] 조심2021지2319
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 2015.9.10. 쟁점지식산업센터 신설 승인, 2016.7.1. 용지 매입, 2016.7.6. 착공 신고, 2016.7.13. 실제 착공 및 2016.7.21. 입주자모집공고 등을 거쳐 2018.2.27. 쟁점지식산업센터를 신축(사용승인)하였는바, 청구법인이 2016.7.13. 쟁점지식산업센터를 착공할 당시 시행되었던 종전감면규정은 지식산업센터 설립자에 대하여 취득세의 100분의 50을 경감한다고 규정하고 있었으나, 쟁점지식산업센터 사용승인(2018.2.27.) 당시 법률 제14477호(2016.12.27.)로 개정된 개정감면규정에 따라 100분의 35 경감으로 감면율이 축소되었다. 개정감면규정의 지방세특례제한법부칙 제15조(이하 “쟁점경과규정”이라 한다)에서 ‘이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.’는 경과 규정을 두고 있고, 쟁점경과규정은 지방세특례제한법 상 납세의무가 성립하기 이전에 납세자에게 부여된 신뢰를 보호하기 위한 특별규정으로서 조세법령이 납세자에게 불리하게 개정된 경우 부칙에 쟁점경과규정과 같은 특별규정을 두고 있다면 이는 납세자의 기득권이나 신뢰를 보호하기 위한 규정으로 판단하고 있으며, 이러한 견지에서 조세심판원에서도 납세자의 신뢰를 보호하기 위하여 납세자에게 유리한 종전감면규정을 적용하여야 한다는 입장을 취하고 있다.
(2) 청구법인은 위와 같이 개정감면규정 이전에 법령에 의한 과세요건 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아가 일정한 법률적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하였다 할 것이고, 지식산업센터에 대한 취득세 면제규정이 장기간 유지되어 온 이상 납세의무자의 신뢰 내지 기득권은 마땅히 보호되어야 할 것이므로 청구법인의 쟁점지식산업센터 취득은 개정감면규정에도 불구하고 쟁점경과규정에 따라 착공시점에 적용되던 종전감면규정을 적용하여 취득세를 경감하는 것이 타당하다.
3. 심리 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 부동산 신탁 및 건설․분양사업 등을 목적사업으로 하는 법인으로서, 쟁점지식산업센터를 신축하여 분양․임대하는 사업을 영위하기 위해 설립된 법인이다. (나) 주식회사 AAA는 2015.9.10. 처분청으로부터 쟁점지식산업센터 설립승인과 2016.7.13. 착공신고필증을 교부받고, 2016.7.21. 입주자 모집공고(안)을 승인받은 다음 청구법인으로 건축주 명의변경 등을 거쳐 2018.2.28. 쟁점지식산업센터에 대하여 처분청으로부터 사용승인을 받았다. (다) 지식산업센터에 대한 취득세 등의 지방세 감면규정의 입법연혁은 다음과 같다.
1. 지식산업센터 등에 대한 감면 규정은 2011.6.20. OOO도세 감면조례 제7조 제1항에 신설되면서 일몰기한 없이 취득세를 면제하는 것으로 규정하였고, 2011.12.31. 해당 규정이 지방세특례제한법 제58조의2 제1항으로 옮겨 오면서 감면율은 75%로 축소되고, 일몰기한은 2013.12.31.로 개정되었다.
2. 지방세특례제한법(2014.11.11. 법률 제12175호로 개정된 것) 제58조의2 제1항의 규정이 개정되면서, 지식산업센터의 설립승인을 받은 자가 해당 사업시설용으로 신축하기 위하여 2014.1.1.부터 2016.12.31.까지 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면율은 종전 75%에서 50%로 2차 축소되었다.
3. 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정된 것) 제58조의2 제1항의 규정이 개정되면서, 지식산업센터의 설립승인을 받은 자가 해당 사업시설용으로 신축하기 위하여 2017.1.1.부터 2019.12.31.까지 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면율은 종전 50%에서 다시 35%로 3차 축소되었다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인이 쟁점지식산업센터를 신축하여 취득함에 있어 그 취득세 납세의무가 성립하기 전의 원인행위인 건축공사에 착공할 당시 시행 중이던 종전감면규정의 경우, ‘지식산업센터의 설립승인을 받은 자가 지식산업센터를 신축하여 취득하는 경우’ 취득세의 50%를 감면한다고 규정하면서 그 적용 기간을 2016.12.31.까지 신축하여 취득하는 경우로 한정하여 규정하고 있었던 점, 실제로 이러한 지식산업센터에 대한 취득세 등의 감면규정은 2011.12.31.까지는 취득세 등을 전부 면제한다는 내용이었다가, 2013.12.31.까지 취득세 등을 75% 감면하는 것으로 축소되었으며, 청구법인이 쟁점지식산업센터 건축공사에 착공할 당시에는 2016.12.31.까지 취득세 등을 50% 감면하는 것으로, 청구법인이 쟁점지식산업센터 건축공사를 완료하고 사용승인을 받은 당시에는 2019.12.31.까지 그 감면범위를 다시 35%로 축소하는 것으로 계속하여 개정되어 온 점 등에 비추어 청구법인이 종전감면규정에 따라 계속하여 50%를 감면받을 수 있을 것으로 신뢰하였다고 보기 어려우므로 이러한 경우에까지 일반적 경과조치에 따라 종전감면규정의 감면율을 적용하기는 어렵다 할 것이다. 따라서, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령
(1) 지방세특례제한법 (2016.12.27. 법률 제14477호로 일부 개정되기 전의 것) 제58조의2(지식산업센터 등에 대한 감면) ① 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의2에 따라 지식산업센터의 설립승인을 받은 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2016년 12월 31일까지 지방세를 경감한다.
1. 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용(이하 이 조에서 “사업시설용”이라 한다)으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산과 신축 또는 증축한 지식산업센터에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.
2. 과세기준일 현재 사업시설용으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대 업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 1,000분의 375를 경감한다.
② 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의4에 따라 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 설립한 자로부터 최초로 해당 지식산업센터를 분양받은 입주자(중소기업기본법 제2조에 따른 중소기업을 영위하는 자로 한정한다)에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2016년 12월 31일까지 지방세를 경감한다.
1. 사업시설용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.
2. 과세기준일 현재 사업시설용으로 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 1,000분의 375를 경감한다.
(2) 지방세특례제한법 (2016.12.27. 법률 제14477호로 일부 개정된 것) 제58조의2(지식산업센터 등에 대한 감면) ① 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의2에 따라 지식산업센터를 설립하는 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2019년 12월 31일까지 지방세를 경감한다.
1. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용(이하 이 조에서 “사업시설용”이라 한다)으로 직접 사용하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산(신축 또는 증축한 부분에 해당하는 부속토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업시설용으로 분양 또는 임대(중소기업기본법 제2조에 따른 중소기업을 대상으로 분양 또는 임대하는 경우로 한정한다. 이하 이 조에서 같다)하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.
2. 과세기준일 현재 사업시설용으로 직접 사용하거나 그 사업시설용으로 분양 또는 임대 업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 1,000분의 375를 경감한다.
② 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의4에 따라 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 설립한 자로부터 최초로 해당 지식산업센터를 분양받은 입주자(중소기업기본법 제2조에 따른 중소기업을 영위하는 자로 한정한다)에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.
1. 2019년 12월 31일까지 사업시설용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.
2. 2019년 12월 31일까지 취득하여 과세기준일 현재 사업시설용으로 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 1,000분의 375를 경감한다. 제15조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 지방세를 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.