쟁점건축물의 증축에 대하여 개정 후 「지방세특례제한법」부칙의 일반적 경과조치 규정에 따라 종전규정을 적용 받을 수 있는지 여부 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2015.10.27. OOO(이하 “이 건 토지”라 한다) 지상에 건축물 OOO㎡(이하 “쟁점건축물”이라 한다)를 증축하여 취득한 후, 2015.12.12. 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것, 이하 “개정 후지방세특례제한법”이라 한다) 제78조 제4항(이하 “쟁점규정”이라 한다) 및 부산광역시 시세감면조례제4조의2의 규정에 따른 산업단지에서 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산으로 하여 취득세의 100분의 75를 경감 받고, 나머지 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 처분청에 신고·납부하였다.
• 나. 청구법인은 2020.11.25. 쟁점건축물을 착공할 당시에는 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것, 이하 “개정 전지방세특례제한법”이라 한다) 제78조 제4항(이하 “종전규정”이라 한다)에서 산업단지에서 산업용 건축물 등을 신축할 경우 취득세를 면제하고 있었고, 개정 후 지방세특례제한법 부칙 제14조에서 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있었으므로 종전규정을 적용하여 취득세 등이 면제되어야 한다는 사유로 취득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2021.1.22. 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.4.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위하여는 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해 표명을 하여야 하고, 둘째, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째, 납세자가 그 견해 표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하며, 넷째, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다. 청구법인은 쟁점건축물의 증축공사 착공 당시 관계법령인 개정 전지방세특례제한법쟁점규정에 따라 취득세가 면제될 것으로 합리적으로 기대하고 사업을 시작하였다. 산업단지에 대한 지방세 감면조항은 1994년지방세법에 “지방공업단지 등 입주공장에 대한 감면”규정으로 신설된 이후, 1997년 “산업단지에 대한 감면”규정으로 전문 개정되었으며 그 이후 수차례의 개정이 존재하기는 하였으나, 산업단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 면제한다는 내용은 동일하게 유지되었다. 또한 당시 법령에는 향후 지방세 감면 내용이 축소, 폐지될 것이라는 아무런 공적이 표명이 없었다. 이러한 연혁을 고려할 때 납세자가 과세관청의 견해표명을 신뢰하는 데에 귀책사유가 있다고 보기 어렵다. 청구법인은 이러한 신뢰를 바탕으로 쟁점건축물 증축공사를 수행하였고, 이후 개정 후지방세특례제한법쟁점규정의 취득세 감면율이 75%로 축소되었으며, 처분청은 준공시점에 취득세를 산정함에 있어 개정 후지방세특례제한법쟁점규정 등을 적용함으로써 청구법인은 산업단지에 대한 지방세 지원을 충분히 받지 못하여 이익이 침해되는 결과가 초래되었으므로 납세자의 신뢰를 보호하기 위하여 쟁점건축물에 대한 취득세를 산정함에 있어 착공시점의 법령을 적용하여 취득세를 면제하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 세금의 부과는 납세의무의 성립 시 유효한 법령의 규정에 의하여야 하고, 세법의 개정이 있을 경우에도 특별한 사정이 없는 한 개정 전후의 법령 중에서 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용하여야 할 것이며(대법원 2015.9.24. 선고 2015두45694 판결, 같은 뜻임), 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 있어서 일반적 경과규정을 근거로 하여 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용할 경우가 있다고 하더라도, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효하였던 과세요건의 충족이 있는 경우에 특별히 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한, 납세의무자가 종전규정에 의한 조세 감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다(대법원 2001.5.29. 선고 98두13713 판결, 같은 뜻임) 할 것이다. 청구법인이 쟁점건축물 공사에 착공한 2014년 당시 종전규정에서는 2014.12.31.까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있어, 2015.1.1.부터는 감면이 종료되거나 감면율이 축소될 수 있다는 사실을 충분히 인지할 수 있는 상황으로, 청구법인이 그 후에 쟁점건축물 증축공사를 완료하였다고 하더라도 취득세 등이 면제될 것이라고 신뢰함을 정당한 것으로 보기는 곤란하여 처분청의 처분이 신뢰보호원칙에 위배된다고 하기는 어려우므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 쟁점건축물의 증축에 대하여 개정 후 지방세특례제한법부칙의 일반적 경과조치 규정에 따라 종전규정을 적용 받을 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 이 건 토지가 포함된 OOO지정(개발계획)변경과 실시계획변경승인 고시(2002.9.26. 제2002-254호)를 보면 해당 산업단지의 개발사업시행자는 OOO인 것으로 확인된다. (나) 청구법인은 2014.3.3. AAA 주식회사와 이 건 토지를 OOO원에 취득하는 것으로 계약체결을 하였고, 2014.4.3. 소유권을 이전한 것으로 확인된다. (다) 쟁점건축물의 건축물대장을 보면 청구법인은 쟁점건축물을 증축하기 위하여 처분청으로부터 2015.6.10. 건축허가를 받고, 2015.7. 28. 착공신고 수리통지를 받았으며, 2015.10.27. 사용승인을 받은 것으로 확인된다. (라) 청구법인은 종전규정 시행당시 쟁점건축물을 증축하기 위하여 사실상 착공하였다는 증빙자료로, 청구법인이 2014.7.31. OOO소재 주식회사 BBB과 체결한 신축공사 가설펜스 설치·해체계약서를, 2014.8.27. 및 2014.10.28. OOO 소재 주식회사 CCC와 체결한 감리계약서와 설계계약서를 제출하였다. (마) 청구법인은 종전규정 시행당시 쟁점건축물을 증축하기 위하여 사실상 착공하였다는 증빙자료로 공사도급에 대한 계약서 및 기성금 지급자료 등의 구체적인 자료는 제출하지 아니하였다. (바) 산업단지 등의 입주기업에 대한 감면규정의 주요 연혁 등은 아래와 같다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 종전규정에서 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있고, 개정 후 지방세특례제한법 부칙 제14조에서 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있는바, 위와 같이 “종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 지방세”로 하여 개정 전 법령을 적용하기 위해서는 개정 전 법령의 시행 당시 과세요건이 모두 충족되어 납세의무가 성립하였거나, 비록 과세요건이 모두 충족되지는 않았더라도 납세의무자가 개정 전 법령에 의한 조세 감면 등을 신뢰하여 개정 전 법령의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에도 이에 포함되는 것으로 보는 것(대법원 2015.9.24. 선고 2015두42152 판결, 같은 뜻임)이 타당하다. 살피건대, 쟁점건축물의 취득에 관하여 일반적 경과조치를 적용하기 위하여는 청구법인이 종전규정의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 직접적인 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우여야 할 것이다. 이 건의 경우 쟁점건축물의 건축물대장을 보면 청구법인은 쟁점건축물을 증축하기 위하여 처분청으로부터 2015.7.28. 착공신고 수리통지를 받고, 2015.10.27. 사용승인을 받은 것으로 확인되는 점, 청구법인은 종전규정 시행당시 쟁점건축물을 증축하기 위하여 사실상 착공하였다는 증빙으로 공사도급에 대한 계약서 및 기성금 지급자료 등의 구체적인 자료를 제출하지 못하고 있는 점 등에 비추어 청구법인이 종전규정의 일몰(2014.12.31.) 이전에 쟁점건축물의 취득과 밀접하게 관련된 착공 등의 원인행위를 하였다고 볼 만한 객관적인 증거자료가 명확히 나타나지 아니하므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정된 것) 제276조 (지방공업단지등 입주공장에 대한 감면) ① 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 공업단지와 공장배치및공장설립에관한법률에 의한 유치지역안에서 공장을 신축하고자 하는 자에 대하여는 다음 각호에 정하는 바에 의하여 취득세·등록세·재산세 및 종합토지세를 감면한다. 다만, 공장용 부동산의 취득일부터 2년이내에 정당한 사유 없이 공장용에 직접 사용하지 아니하거나 매각하는 경우(당해 工業團地管理機關 또는 당해 工業團地管理機關이 지정하는 者가 還買하는 경우를 제외한다) 또는 제112조 제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용토지가 된 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

1. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다.

• 가. 공장을 신축하기 위하여 최초로 취득하는 토지
• 나. 가목의 토지 취득일부터 5년이내에 취득하는 사업용 토지 및 건축물(기존 建築物을 취득하는 경우를 제외한다)
• 다. 가목의 토지 취득일전에 그 사용승인을 얻어 신축한 사업용 건축물

(2) 지방세법(1997.8.30. 법률 제5406호로 개정된 것) 제276조 (산업단지에 대한 감면) ① 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 산업단지와 공업배치및공장설립에관한법률에 의한 유치지역안에서 공장용 건축물을 신축하거나 증축하고자 하는 자(工場用 不動産을 中小企業者에게 賃貸하고자 하는 者를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 그 부동산에 대한 재산세와 종합토지세는 납세의무가 성립되는 날부터 각각 5년간 100분의 50을 경감한다. 다만, 공장용 부동산의 취득일부터 3년이내에 정당한 사유 없이 공장용에 직접 사용하지 아니하거나 매각하는 경우(당해 産業團地管理機關 또는 당해 産業團地管理機關이 지정하는 者가 還買하는 경우를 제외한다) 또는 제112조 제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용토지가 되는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

(3) 지방세법(2008.12.31. 법률 제9302호로 개정된 것) 제276조 (산업단지 등에 대한 감면) ①산업입지 및 개발에 관한 법률에 의하여 지정된 산업단지와 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 의한 유치지역 및 산업기술단지 지원에 관한 특례법에 의하여 조성된 산업기술단지안에서 산업용 건축물·연구시설 및 시험생산용 건축물로서 대통령령이 정하는 건축물(이하 이 조에서 "산업용 건축물등"이라 한다)을 신축하거나 증축하고자 하는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 그 부동산에 대한 재산세는 당해 납세의무가 최초로 성립되는 날부터 각각 5년간 100분의 50을 경감(수도권정비계획법 제2조 제1호의 규정에 의한 수도권외의 지역에 소재하는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만, 그 취득일부터 3년내에 정당한 사유없이 산업용 건축물등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 산업용 건축물등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각(당해 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우를 제외한다)하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세·등록세 및 재산세를 추징한다.

(4) 지방세특례제한법(2010.3.31. 법률 제10220호로 제정된 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지와 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 따른 유치지역 및 산업기술단지 지원에 관한 특례법에 따라 조성된 산업기술단지에서 산업용 건축물등을 신축하거나 증축하려는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 2012년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 그 부동산에 대한 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만, 그 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업용 건축물등의 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 산업용 건축물등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)하거나 다른 용도로 사용하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

(5) 지방세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11618호로 개정된 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다.

1. 대상 지역

• 가. 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지
• 나. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 따른 유치지역
• 다. 산업기술단지 지원에 관한 특례법에 따라 조성된 산업기술단지

2. 감면 내용

• 가. 산업용 건축물등을 건축하려는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.
• 나. 산업단지등에서 산업용 건축물등을 대수선하여 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세의 100분의 50을 경감한다.
• 다. 가목의 부동산에 대한 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다.

(6) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 대상 지역

• 가. 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지
• 나. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 따른 유치지역
• 다. 산업기술단지 지원에 관한 특례법에 따라 조성된 산업기술단지

2. 경감 내용

• 가. 산업용 건축물등을 건축하려는 자[공장용 건축물(건축법 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다]가 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2016년 12월 31일까지 경감한다.
• 나. 산업단지등에서 산업용 건축물등을 대수선하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 25를 2016년 12월 31일까지 경감한다.
• 다. 가목의 부동산에 대한 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 75를 경감)한다.

⑧ 제1항부터 제4항에 따라 취득세를 경감하는 경우 지방자치단체의 장은 해당 지역의 재정여건 등을 고려하여 100분의 25(제4항 제2호 나목에 따라 취득세를 경감하는 경우에는 100분의 15)의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있다. 이 경우 제4조 제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제6항 및 제7항을 적용하지 아니한다. 부칙 제14조(일반적 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다. 제25조(산업단지 입주기업 등에 대한 경감세율 특례) 제78조 제1항에 따른 사업시행자와 2015년 12월 31일까지 분양계약을 체결하고 제78조 제4항 제1호의 대상지역에서 산업용 건축물등을 건축［공장용 건축물(건축법 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다］ 또는 대수선 하려는 자가 제78조 제4항에 따라 취득하는 부동산에 대해서는 이 법 개정 법률에도 불구하고 2017년 12월 31일까지 종전의 법률을 적용한다.

(7) 부산광역시 시세감면조례(2015.5.27. 부산광역시조례 제5145호로 개정된 것) 제4조의2(산업단지 등에 대한 감면) 산업입지 및 개발에 관한 법률 제16조에 따른 산업단지개발사업 시행자 또는 산업기술단지 지원에 관한 특례법 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 법 제78조제1항부터 제4항까지에 따라 취득세를 경감하는 경우 법 제78조 제8항에 따른 취득세의 추가 경감률은 취득세의 100분의 25(법 제78조 제4항 제2호 나목의 경우에는 취득세의 100분의 15)로 한다. 다만, 법 제78조에 따른 추징대상이 되는 경우에는 경감된 취득세를 추징한다.