① 재산세 부과처분에 대한 심판청구가 적법한지 여부 ② 청구법인이 쟁점토지를 취득일부터 1년이 경과할 때까지 영농에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 감면된 취득세 등을 추징한 처분의 당부

[주 문]

1. OOO구청장이 2020.11.17. 청구법인에게 한 재산세 등 OOO원의 부과처분에 대한 심판청구는 이를 각하한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2017.3.13. OOO토지 OOO㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 청구법인의 대표이사 aaa으로부터 매매를 원인으로 취득하고 그에 대한 취득세를 신고하면서 지방세특례제한법 제11조 규정에 따라 농업법인에 대한 감면규정을 적용하여 산출된 취득세 등 OOO원을 감면받았다.
• 나. 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 취득일부터 1년 이내에 영농에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아, 청구법인에게 2020.12.10. 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을, 2020.11.17. 2017～2020년도 재산세 등 합계 OOO원을 각 부과・고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 취득세 부과처분에 대하여는 2020.12.15. 이의신청을 거쳐 재산세 등의 부과처분에 대하여는 이의신청을 거치지 아니하고 2021.4.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점토지는 청구법인의 대표이사 aaa이 다른 상속인들과 함께 1966.12.6. 상속으로 취득한 후 1982.7.30. 다른 상속인들로부터 상속지분을 매수하여 단독으로 소유하고 있던 토지로, 당초 지목은 임야였으나 1999.9.18. 지목이 전으로 전환된 이후 농작물의 재배, 동물의 사육 등 외에 다른 용도로 사용한 사실이 없다. 청구법인 대표이사 aaa은 농업경영체 등록확인서 기재와 같이 2009.7.21.부터 현재까지 농업경영체를 운영하면서 쟁점토지에 오가피, 단감 등을 재배하여 왔다. 처분청은 청구법인이 소규모로 농업을 경영한 것만으로는 지방세특례제한법 제11조에서 규정하는 취득세 감면사유에 해당하는 것으로 볼 수 없다는 의견이나, 해당 규정상 기업영농을 하여야만 취득세가 감면된다고 규정되어 있지 아니하고, 조세특례제한법 제68조 및 같은 법 시행령 제65조에 의하면 농업경영체로 등록된 농업회사법인은 그 수익의 규모와 관계없이 법인세를 100% 면제하고 있으므로 청구법인이 소규모로 농업을 영위하고 있다고 하여 취득세 등을 부과한 처분은 위법하다.
• 나. 처분청 의견 지방세특례제한법 제11조가 농업법인이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 토지에 대하여 취득세를 면제하는 것은 기업적 농업경영체 육성을 통한 농업의 경쟁력을 제고하고자 하는 정책적 고려에 따른 것이고, 추징 조항에서 해당 용도로 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우에 감면된 취득세를 추징하도록 한 것은 영농에 제공된 토지를 그 고유목적에 일정기간 사용하도록 하고 감면제도의 취지에 맞는 합당한 사용을 하는지 여부를 사후적으로 관리하기 위한 것이다. 농업법인은 기업적 농업경영을 하는 영리목적의 상법상 회사에 준하는 법인으로서, 취득하는 토지의 지목이나 면적 등에 특별한 제한이 없으므로 자경농민과 달리 대규모 농지를 취득할 개연성이 높고 그 결과 지방세특례제한법 제11조에 따른 농업법인의 토지 취득세 감면제도는 자칫 시세차익을 목적으로 한 토지 투기에 악용될 위험성이 매우 크다. 2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 지방세특례제한법 제11조 제3항에 농업법인의 취득세 감면에 대한 추징조항을 별도로 규정하면서, 그 추징을 면하기 위한 계속사용 기간을 ‘2년’에서 ‘3년’으로 연장하여 사후관리를 더욱 엄격히 강화한 것도 위와 같은 악용의 위험성을 고려한 것이다. 따라서 지방세특례제한법 제11조 제1항에서 규정한 ‘농업회사법인이 영농에 사용하기 위하여 취득하는 토지’란 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제19조 제1항의 입법 취지에 따라 해당 법인이 기업적으로 농산물을 재배하는 토지거나 수확한 농산물을 출하·유통 및 가공 등을 하는데 사용하는 토지로 보는 것이 타당하고, 농산물을 재배하였다 하더라도 이를 공동으로 출하하거나 유통한 사실이 없거나, 영농과 관련하여 거래명세서 외에 별다른 증빙자료를 제출하지 못하고 있는 점 등은 이를 농업회사법인의 영농활동으로 보기는 어렵다. 청구법인은 쟁점토지에서 기업적 농업경영을 통하여 생산성을 향상시키거나 생산된 농산물을 유통, 가공, 판매한 사실과 쟁점토지의 경작을 위하여 지출한 영농비용이나 농작물을 수확한 후 얻은 수익금 내역 등을 확인하기 위해 처분청의 손익계산서 및 계정별원장 등을 제출하지 못하고 있는 점, 쟁점토지의 농지원부는 청구법인이 아닌 청구법인의 대표이사 aaa 개인의 농지원부에 2014.5.22.부터 등재되어 있는 점, 2021.1.5. 담당공무원이 쟁점토지의 농지이용실태 현장조사에서 확인한 바로는 식재된 유실수는 청구법인이 취득하기 이전부터 식재된 것으로 보이고 비닐하우스 내에 스티로폼 5개 정도의 인삼 수경재배, 텃밭수준의 채소재배 등은 기업적 농업경영을 통해 생산성과 부가가치를 높이고 경영에 편의를 꾀하는 농업법인의 영농목적으로 보기에는 무리가 있는 점 등을 종합하여 볼 때, 처분청에서 쟁점토지가 지방세특례제한법 제11조제1항에 따른 농업회사법인이 영농에 사용하기 위하여 취득하는 토지에 해당하지 않는 것으로 보아 취득세 등을 과세한 것은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점

① 재산세 부과처분에 대한 심판청구가 적법한지 여부

② 청구법인이 쟁점토지를 취득일부터 1년이 경과할 때까지 영농에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 감면된 취득세 등을 추징한 처분의 당부

• 나. 관련 법률

(1) 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정된 것) 제11조(농업법인에 대한 감면) ① 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제16조에 따른 영농조합법인과 같은 법 제19조에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 농업법인의 설립등기에 대해서는 등록면허세를 각각 2017년 12월 31일까지 면제한다.

② 농업법인이 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 각각 2017년 12월 31일까지 경감한다.

③ 제1항 및 제2항에 대한 감면을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 5년 미만인 상태에서 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제20조의3에 따라 해산명령을 받은 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2017.2.20. OOO를 본점 소재지로 하고, 농작물 재배업, 육림업, 임산물의 생산 채취업 및 임업용 종자 묘목재배업, 동물의 사육, 증식, 부화 및 종축업 등 기업적 농업경영을 목적으로 하여 설립되었고, 2017.3.2. 사업자등록을 하였으며 2017.3.13. 쟁점토지를 취득하였다.

(2) 청구법인은 쟁점토지가 농업회사법인이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 해당한다고 주장하며 다음과 같은 자료를 제출하였다. (가) 쟁점토지 부동산 등기부등본에 의하면 청구법인의 대표이사 aaa이 다른 상속인들과 함께 1966.12.6. 상속으로 취득한 후 1982.7.30. 다른 상속인들로부터 상속지분을 매수하여 단독으로 소유하고 있다가 2017.3.13. 청구법인에게 매매를 원인으로 이전등기한 것으로 확인되고, 당초 지목은 임야였으나 1999.9.18. 지목이 전으로 전환된 것으로 나타난다. (나) 청구법인이 제출한 농업경영체 등록확인서(2017.1.20.)에 의하면 청구법인 대표이사 aaa은 2009.7.21. 농업경영체를 등록하면서 ① OOO임야 OOO㎡, ② OOO답 OOO㎡, ③ OOO답 OOO㎡, ④ OOO전 OOO㎡(쟁점토지), ⑤ OOO답 OOO㎡, ⑥ OOO답 OOO㎡, ⑦ OOO답 OOO㎡를 소유 농지로 등록하였다.

1. 청구법인 대표이사 aaa은 당초 소유하고 있던 여러 필지의 농지 중 쟁점토지를 2017년 3월 청구법인에게 매매를 원인으로 소유권이전등기를 마쳐 준 것으로 나타난다.

2. 농업경영체 등록확인서에 의하면 쟁점토지의 공부상 면적은 OOO㎡이나 농지로 실제 관리되고 있는 면적은 OOO㎡이고 그 중 OOO㎡에는 오가피가, 나머지 OOO㎡에는 단감이 식재되어 있으며 나머지 OOO㎡는 폐경상태로 기재되어 있고, OOO㎡에 사육시설이 마련되어 있어 OOO와 OOO합계 OOO마리를 사육하고 있다고 기재하고 있다.

3. 청구법인 대표이사 aaa은 쟁점토지를 제외한 면적에 단감, 떫은 감, 건고추, 고구마, 감자, 오가피, 더덕 등을 식재하였던 것으로 확인된다. (다) 청구법인 정관에 의하면 ‘기업적 농업경영을 통하여 생산성을 향상시키거나 생산된 농축산물을 유통, 가공, 판매함으로써 농업의 부가가치를 높이고 노동력 부족 등으로 농업경영이 곤란한 농업인의 농작업의 전부 또는 일부를 대행하여 영농의 편의를 도모함을 목적으로 하여 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제19조에 의하여 설립된 회사로서, 농작물재배업 등을 영위하는 것으로 기재되어 있다. (라) 청구법인은 쟁점토지 중 약 OOO㎡의 비닐하우스에 인삼을 키우고 있고, 다른 OOO㎡에 닭을 키우고 있으며, 경사가 심한 OOO㎡에 감, 매실 등 유실수를 심었고, 약 OOO㎡는 채소밭으로 가지, 오이, 방풍, 당귀, 취나물, 머위, 신선초 등을 생산하고 있으며 나머지 OOO㎡는 진입도로에 해당한다고 주장하며 관련 사진을 제출하였다.

(3) 처분청은 쟁점토지가 지방세특례제한법 제11조 제1항에 따른 농업회사법인이 영농에 사용하기 위하여 취득하는 토지에 해당하지 않는다는 의견이며, 다음과 같은 심리자료를 제출하였다. (가) 처분청은 청구법인에게 쟁점토지와 관련된 영농비용이나 수익금 내용 등을 확인하기 위해 재무제표, 계정별원장을 요구하였지만 청구법인은 현재까지 이를 제출하지 아니하였다. (나) 제출된 농지원부에 의하면 쟁점토지는 2014.5.22. 청구법인이 아닌 aaa 개인의 농지원부에 등재되어 있고 주재배작물은 ‘특용’, 경작구분은 ‘자경’으로 기재되어 있다. (다) 2017.11.9. 쟁점토지에 대한 현장조사서에 의하면 영농을 위한 준비 중으로 본격적인 농지조성을 하지 못하고 있으며 2018.3.13.까지 관리대상이라고 기재되어 있고, 2018.11.28. 현장조사서에는 각종 약용작물을 재배하였고 감면용도로 사용 중이며 2020.3.12.까지 관리대상이라고 기재되어 있으나 2018년 이후에는 조사가 이루어지지 아니한 것으로 확인된다. (라) 처분청 일자리경제과의 ‘2017년～2020년 농지이용실태조사 결과’에 따르면 쟁점토지는 진입로 폐문으로 인하여 경작여부 확인이 불가능한 것으로 확인된다. (마) 2021.1.5. OOO시 담당공무원의 쟁점토지 이용실태 확인을 위한 현장 조사결과 경사지에는 감나무, 매실, 오가피 등 유실수가 식재되어 있는데 이는 AAA이 쟁점토지를 취득하기 이전부터 식재된 것으로 보이고, 약 OOO㎡의 비닐하우스 내에는 인삼을 수경재배하고 있다고 주장하나 흙을 담은 스티로폼 박스가 OOO개가 전부로 허술하게 관리되고 있으며, 약 OOO㎡의 축사에는 닭과 오리가 사육되고 있고, 평지 약 OOO㎡에는 도심 텃밭 수준의 채소를 재배한 흔적이 확인된다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 지방세기본법 제89조 제1항에서 이 법 또는 지방세관계법에 따른 처분으로서 위법·부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못하여 권리 또는 이익을 침해당한 자는 이 장에 따른 이의신청 또는 심판청구를 할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 법 제91조 제3항에서 이의신청을 거치지 아니하고 바로 심사청구 또는 심판청구를 할 때에는 그 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받았을 때에는 그 통지를 받은 날)부터 90일 이내에 조세심판원장에게 심판청구를 하여야 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제100조에 따른 국세기본법제65조 제1항과 같은 법 제68조 및 제81조에서 심판청구가 적법하지 아니한 경우에는 그 청구를 각하하는 결정을 하도록 규정하고 있다. (나) 위 관련 법률과 사실관계 등을 종합하여 살피건대, 재산세는 부과고지세목으로 처분의 통지를 받은 날로부터 90일 이내에 심판청구를 하여야 함에도 청구인은 이 건 재산세 등의 부과처분(2020.11.17.)이 있은 후 90일이 경과된 후에 이의신청은 거치지 아니한 채 이 건 재산세 등에 대한 심판청구를 제기(2021.4.12.)한 것으로 확인되므로, 이 건 심판청구 중 재산세 등 부과처분에 대한 것은 청구기간을 도과하여 제기되어 부적법하다고 판단된다.

(5) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다. 지방세특례제한법 제11조 제1항은 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제16조에 따른 영농조합법인과 같은 법 제19조에 따른 농업회사법인이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제하는 것으로 규정하고 있고, 같은 법 같은 조 제3항 제1호는 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 면제된 취득세를 부과하는 것으로 규정하고 있다. 청구법인은 쟁점토지를 영농에 직접 사용하였다고 주장하나, 쟁점토지에서 기업적 농업경영을 통하여 생산성을 향상시키거나 생산된 농산물을 유통, 가공, 판매한 사실과 쟁점토지의 경작을 위하여 지출한 영농비용이나 농작물을 수확한 후 얻은 수익금 내역 등의 확인을 위한 손익계산서 및 계정별원장 등을 처분청에게 제출하지 못하고 있는 점, 쟁점토지는 청구법인이 아닌 청구법인의 대표이사 aaa 개인의 농지원부에 2014.5.22.부터 등재되어 있는 점, 2021.1.5. 담당공무원이 쟁점토지의 농지이용실태 현장조사에서 확인한 바에 의하면 비닐하우스 내에 스티로폼 OOO개 정도의 인삼 수경재배, 텃밭수준의 채소재배 등은 기업적 농업경영을 통해 생산성과 부가가치를 높이고 경영에 편의를 꾀하는 농업법인의 영농목적으로 보기에는 무리가 있는 점 등을 종합하여 볼 때, 청구법인이 쟁점토지를 정당한 사유없이 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보이므로, 처분청이 이 건 취득세 등을 과세한 것은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제6항, 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.