쟁점공동주택의 취득에 대하여 2014.12.31. 일몰종료되기 전의「지방세특례제한법」제24조 제2항 제2호(공무원연금기금의 증식)를 적용하여 취득세를 50% 감면하여야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] OOO이 2020.12.21. 청구법인에게 한 취득세 등 합계 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 1982.2.1공무원연금법제1조 및 제4조에 따라 설립된 법인으로, 2006.1.18. OOO에 공동주택(재건축아파트 300세대, 이하 “쟁점공동주택”이라 한다) 건설사업계획(일반인에게 매각)을 승인받고, 2012.5.23. 착공신고를 한 후 2015.10.21. 쟁점공동주택에 대한 사용승인을 받았으며, 2016.1.6. 쟁점공동주택의 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 처분청에 신고·납부하였다.
• 나. 청구법인은 2020.10.20. 쟁점공동주택의 취득에 대하여 2014.12.31. 개정된지방세특례제한법부칙 제14조(이하 “쟁점부칙규정”라 한다)가 적용되므로 2014.12.31. 개정되기 전의 같은 법 제24조 제2항 제2호(이하 “종전감면규정”이라 한다)에 따라 취득세가 50% 감면되어야 한다고 주장하면서 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2020.12.21. 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.3.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점공동주택은 기존에 공무원을 위한 임대주택으로 사용하다가 노후화되어 해당지역이 재건축사업이 진행됨에 따라 조합원으로 참여하여 취득한 부동산으로 주택사업운영규정에 따른 이사회 결의에 따라 이를 일반인에게 매각하였는바, 이는공무원연금법제16조 제3호 및 동법 시행령 제74조에 규정한 기금증식사업의 하나인 부동산을 취득 또는 매각하거나 보유부동산의 가치증식이나 이용도를 높이기 위한 사업에 해당하므로지방세특례제한법제24조 제2항 제2호에 따라 취득세를 50% 감면하여야 한다. 지방세특례제한법제24조 제2항 제2호의 감면연혁을 살펴보면, 최초 1982.1.1. 구지방세법제110조의3(과세면세 등)에 따라 공단이 그 고유의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 재산에 대하여 취득세를 면제하여 오다가, 2001년부터는 공무원연금법상 공단의 사업(제16조)이 세분화된 것을 제24조 제2항에 반영하여 후생복지사업용 부동산의 경우는 면제하고, 연금기금의 증식사업용 부동산에 대해서는 50% 감면하는 것으로 개정되어 2014.12.31. 일몰까지 적용되었다. 공무원연금법의 경우 1983.1.1. 전면 개정시행되어 제16조 제3호에 공무원연금 기금증식을 위한 사업을 규정하고 동법 시행령 제74조(기금증식사업 및 공무원후생복지사업) 제1항 제1호에서 부동산을 취득하고 그 가치증식이나 이용도를 높이기 위한 사업으로, 2001.1.1. 시행시에는 부동산을 취득 또는 매각하거나 보유부동산의 가치증식이나 이용도를 높이기 위한 사업으로 개정되었다. 쟁점공동주택의 매각이 연금기금의 증식사업이라는 것에 대해서 청구법인의 주택사업운영 규정 제50조의 이사회 결의에 따라 인사혁신처 승인으로 결정되었고 매각자금은 청구법인의 ‘주택매각대금수납계좌’로 납입되어 ‘수입총괄계좌’로 이체된 후 최종적으로 기금을 운영하는 집합계좌로 모여 연금기금 증식사업에 사용되었다. 청구법인은 2012.5.23. 쟁점공동주택 건축공사에 착공하여 2015.10.21. 준공인가를 득하였으므로 30년 이상 지속되었던지방세특례제한법제24조 제2항 제2호 및 그 부칙을 적용하여 공무원연금법 제16조 제3호의 공무원연금기금의 증식을 위한 사업에 해당되므로 납세자의 신뢰를 보호하여 해당 취득세의 50%를 감면하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 시행기간이 정해져 있는 감면규정을 감면기한이 종료된 후에 계속하여 감면을 받을 수 있다고 신뢰한 것은 일반적 경과조치에 따른 기득권을 가지고 있다고 볼 수 없다. 부칙규정에 따라 개정 전 규정을 적용 받기 위하여는 단순한 기대로는 부족하고 ① 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에는 특별히 비과세 내지 감면한다는 등의 내용을 명시적으로 규정하고, ② 납세자가 이를 신뢰하여, ③ 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 직접적인 원인행위에 나아간 경우에만, 부칙규정이 납세의무자의 신뢰보호를 위한 규정으로 가능하게 되는 것(대법원 2015.9.24. 선고 2015두42152 판결 참조)이다. 취득세의 감면에 대한 기대와 신뢰는 본래부터 영구적인 것이 아니라 법령의 개정에 따라 신축적·잠정적·일시적인 것(대법원 2008두9324, 2009.9.10. 판결 참조)이고, 청구법인은 원인행위를 할 당시에 이미 감면이 일몰기한(2014.12.31.) 후에 종료될 것이라는 사실을 인지할 수 있으므로, 청구법인의 신뢰는 보호대상이 아니다. 2014.12.31. 개정 후의 규정과 그 개정 전의 규정의 내용이 동일하고, 일몰기한을 2014.12.31.로 규정한 종전규정에 따르더라도 2014.12.31.까지 취득한 것만 감면의 적용대상이므로 2015.10.21. 사용승인된 쟁점공동주택은 감면의 적용대상이 아니다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점공동주택의 취득에 대하여 2014.12.31. 일몰종료되기 전의지방세특례제한법제24조 제2항 제2호(공무원연금기금의 증식)를 적용하여 취득세를 50% 감면하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세법(1981.12.31. 법률 제3488호로 개정된 것) 제110조의3 (과세면제 등) ① 다음 각호의 법인이 그 고유의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 재산에 대하여는 취득세를 면제한다.

11. 공무원연금특별회계및기금의설치운영등에관한법률에 의하여 설립된 공무원연금관리공단

(2) 지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정된 것) 제290조 (공공법인에 대한 과세면제) ② 다음 각 호의 법인이 그 고유사무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다.

14. 공무원연금법에 의하여 설립된 공무원연금관리공단

(3) 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정된 것) 제273조 (연금 및 건강보험 등 지원을 위한 감면) ② 공무원연금법에 의한 공무원연금관리공단이 동법 제16조의 규정에 의한 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 다음 각호에서 정하는 바에 의하여 지방세를 감면한다.

1. 공무원연금법 제16조 제4호의 규정에 의한 후생복지사업용 부동산에 대하여는 취득세ㆍ등록세ㆍ재산세 및 종합토지세를 면제한다.

2. 공무원연금법 제16조 제3호ㆍ제5호의 규정에 의한 사업용 부동산에 대하여는 취득세ㆍ등록세ㆍ재산세 및 종합토지세의 100분의 50을 경감한다.

(4) 지방세법(2005.12.31. 법률 제7843호 일부개정된 것) 제273조(연금 및 건강보험 등 지원을 위한 감면) ② 공무원연금법에 의한 공무원연금관리공단이 동법 제16조의 규정에 의한 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산과 사립학교교직원 연금법에 의한 사립학교교직원연금관리공단이 동법 제4조의 규정에 의한 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 다음 각호에서 정하는 바에 의하여 지방세를 감면한다.(단서 생략) 1.공무원연금법제16조 제4호·제5호 및사립학교교직원 연금법제4조 제4호의 규정에 의한 사업용 부동산에 대하여는 취득세·등록세 및 재산세를 면제한다. 2.공무원연금법제16조 제3호·제6호 및사립학교교직원 연금법 제4조 제3호·제5호의 규정에 의한 사업용 부동산에 대하여는 취득세·등록세 및 재산세의 100분의 50을 경감한다.

(5) 지방세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11618호로 개정된 것) 제24조(연금공단 등에 대한 감면) ② 공무원연금법에 따른 공무원연금공단이 같은 법 제16조에 따른 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2014년 12월 31일까지 지방세를 감면한다. ＜개정 2013.1.1＞

1. 공무원연금법 제16조 제4호 및 제5호의 사업을 위한 부동산에 대하여는 취득세 및 재산세를 면제한다.

2. 공무원연금법 제16조 제3호 및 제6호의 사업을 위한 부동산에 대하여는 취득세 및 재산세의 100분의 50을 경감한다.

(6) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 제24조(연금공단 등에 대한 감면) ②공무원연금법에 따른 공무원연금공단이 같은 법 제16조에 따른 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2014년 12월 31일까지 지방세를 감면한다.＜개정 2013. 1. 1.＞ 1.공무원연금법제16조 제4호 및 제5호의 사업을 위한 부동산에 대하여는 취득세 및 재산세를 면제한다. 2.공무원연금법제16조 제3호 및 제6호의 사업을 위한 부동산에 대하여는 취득세 및 재산세의 100분의 50을 경감한다. ＜부칙＞ 제1조(시행일) 이 법은 2015년 1월 1일부터 시행한다. 제14조(일반적 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.

(7) 공무원연금법(2005.5.31. 법률 제7543호로 개정되기 전의 것) 제16조(공단의 사업) 공단은 다음의 사업을 한다.

1. 급여의 지급

2. 기여금·부담금 기타 비용의 징수

3. 공무원연금기금의 증식을 위한 사업

4. 공무원 후생복지사업

5. 기타 행정자치부장관이 위탁하는 사업

(8) 공무원연금법(2005.5.31. 법률 제7543호로 개정된 것) 제16조(공단의 사업) 공단은 다음의 사업을 한다.

1. 급여의 지급

2. 기여금·부담금 기타 비용의 징수

3. 공무원연금기금의 증식을 위한 사업

4. 공무원 후생복지사업

5. 주택의 건설·공급·임대 또는 택지의 취득

6. 기타 행정자치부장관이 위탁하는 사업

(9) 공무원연금법 시행령(2010.1.1. 대통령령 제21974호로 개정된 것) 제74조(기금증식사업 및 공무원후생복지사업) ① 법 제16조 및 제74조 제2항 제6호에 따른 기금증식사업과 공무원후생복지사업은 다음의 사업으로 한다.

1. 기금증식사업

• 가. 부동산을 취득 또는 매각하거나 보유부동산의 가치증식이나 이용도를 높이기 위한 사업 나.자본시장과 금융투자업에 관한 법률제4조에 따른 증권의 취득 및 대여사업 다.자본시장과 금융투자업에 관한 법률제5조 제2항 및 제3항에 따른 장내파생상품 및 장외파생상품거래
• 라. 그 밖에 전국은행이 적용하는 1년 만기 정기예금금리를 평균한 금리 이상의 수익이 기대되는 사업

2. 후생복지사업

• 가. 공무원을 위한 주택의 건설ㆍ취득ㆍ분양 및 임대사업 나.체육시설의 설치ㆍ이용에 관한 법률제2조 제2호에 따른 체육시설업 다.관광진흥법제3조 제1항 제2호 또는 제6호에 따른 관광숙박업 및 유원시설업
• 라. 공무원의 후생복지를 위한 병원ㆍ휴양시설ㆍ요양시설의 운영 및 장사 관련 사업, 매점과 그 밖의 후생복지사업

(10) 공무원연금법 시행령(2010.1.1. 대통령령 제21974호로 개정되기 전의 것) 제74조(기금증식사업 및 공무원후생복지사업) ①법 제74조 제2항 제6호의 규정에 의한 기금증식사업과 공무원후생복지사업은 다음의 사업으로 한다.

1. 부동산을 취득 또는 매각하거나 보유부동산의 가치증식이나 이용도를 높이기 위한 사업 2.자본시장과 금융투자업에 관한 법률제4조에 따른 증권의 취득 및 대여사업 2의2.자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제5조제2항 및 제3항에 따른 장내파생상품 및 장외파생상품거래

3. 후생복지사업에 따른 부동산의 장기저리 할부매매 및 임대사업

4. 공무원을 위한 주택의 건설ㆍ취득ㆍ분양 및 임대사업

5. 공무원의 후생복지를 위한 병원ㆍ휴양시설ㆍ요양시설ㆍ매점 기타 후생시설등을 운영하는 사업

6. 기타 전국은행이 적용하는 1년만기정기예금금리를 평균한 금리이상의 수익이 기대되는 사업

(11) 공무원연금법 시행령(2000.12.30. 대통령령 제17101호로 개정된 것) 제74조(기금증식사업 및 공무원후생복지사업) ①법 제74조 제2항 제6호의 규정에 의한 기금증식사업과 공무원후생복지사업은 다음의 사업으로 한다.

1. 부동산을 취득 또는 매각하거나 보유부동산의 가치증식이나 이용도를 높이기 위한 사업

2. 한국증권거래소에 주식이 상장되어 있거나 상장될 가능성이 있는 법인이 발행한 유가증권의 취득 및 대여사업

3. 후생복지사업에 따른 부동산의 장기저리 할부매매 및 임대사업

4. 공무원을 위한 주택의 건설ㆍ취득ㆍ분양 및 임대사업

5. 공무원의 후생복지를 위한 병원ㆍ휴양시설ㆍ요양시설ㆍ매점 기타 후생시설등을 운영하는 사업

6. 기타 전국은행이 적용하는 1년만기정기예금금리를 평균한 금리이상의 수익이 기대되는 사업

(12) 공무원연금법 시행령(1982.12.29. 대통령령 제10962호로 개정된 것) 제74조(기금증식사업 및 공무원후생복지사업) ①법 제74조 제2항 제6호의 규정에 의한 기금증식사업과 공무원 후생복지사업은 다음의 사업으로 한다.

1. 부동산을 취득하고 그 가치증식이나 이용도를 높이기 위한 사업

2. 증권시장에 상장되었거나 상장될 가능성이 있는 공개법인발행의 유가증권의 취득 및 대여사업

3. 후생복지사업에 따른 부동산의 장기저리 할부매매 및 임대사업

4. 공무원을 위한 주택의 건설ㆍ취득ㆍ분양 및 임대사업

5. 공무원의 후생복지를 위한 병원ㆍ휴양시설ㆍ요양시설ㆍ매점 기타 후생시설등을 운영하는 사업

6. 기타 장기성정기예금 금리이상의 수익이 기대되는 사업

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인이 주택건설사업을 통해 쟁점공동주택을 취득하게 된 과정은 아래와 같고, 청구법인은 쟁점공동주택 취득에 관한 원인행위를 한 날을 착공신고일(2012.5.23.)로 제시하고 있고, 이에 대하여 처분청과 다툼은 없다. ＜쟁점공동주택 취득 과정＞ (나) 청구법인에 대한 지방세 감면조항의 개정연혁은 아래 ＜표＞와 같다. ＜표＞ 청구법인에 대한 지방세 감면조항 개정연혁 (다) 공무원연금법의 경우 1983.1.1. 시행되면서 제16조 제3호에서 공무원연금 기금증식을 위한 사업을 규정하고, 동법 시행령 제74조(기금증식사업 및 공무원후생복지사업) 제1항 제1호에서 부동산을 취득하고 그 가치증식이나 이용도를 높이기 위한 사업으로 규정되었고, 이 시행령 규정은 2001.1.1. 부동산을 취득 또는 매각하거나 보유부동산의 가치증식이나 이용도를 높이기 위한 사업으로 개정되었다. (라) 청구법인은 쟁점공동주택을 매각하여 연금기금 증식사업에 사용하고자 주택사업운영 규정 제50조의 이사회 의결을 거쳐 인사혁신처의 승인을 받아 매각하였고, 매각자금은 청구법인의 ‘주택매각대금수납계좌’로 납입되어 ‘수입총괄계좌’로 이체된 후 최종적으로 기금을 운영하는 집합계좌로 모여 연금기금 증식사업에 사용되었다. (마) 舊안전행정부에서지방세특례제한법일부개정법률(안)의 개정에 앞서 2014.9.15. 입법예고 내용 중 개정이유 부분은 아래와 같다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 쟁점공동주택을 취득할 당시 종전감면규정이 일몰되었으므로 취득세 등을 감면할 수 없다는 의견이나,지방세특례제한법제24조 제2항 제2호의 감면연혁을 살펴보면, 최초 1982.1.1. 구지방세법제110조의3에 따라 공단이 그 고유의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 재산에 대하여 취득세를 면제하여 오다가, 2001년부터는 공무원연금법상 공단의 사업(제16조)이 세분화된 것을 제24조 제2항에 반영하여 후생복지사업용 부동산의 경우는 면제하고, 연금기금의 증식사업용 부동산에 대해서는 50% 감면하는 것으로 개정되어 2014.12.31. 일몰까지 적용된 점, 쟁점공동주택은 기존에 공무원을 위한 임대주택으로 사용하다가 노후화되어 해당지역이 재건축사업이 진행됨에 따라 조합원으로 참여하여 취득한 부동산으로 주택사업운영규정에 따른 이사회 결의에 따라 이를 일반인에게 매각하였는바, 이는공무원연금법제16조 제3호 및 동법 시행령 제74조에 규정한 기금증식사업의 하나인 부동산을 취득 또는 매각하거나 보유부동산의 가치증식이나 이용도를 높이기 위한 사업에 해당하므로지방세특례제한법제24조 제2항 제2호에 따라 취득세를 50% 감면하여야 하는 점, 쟁점공동주택은 종전감면규정의 일몰이 종료되기 전인 2012.5.16. 관리처분 계획인가를 받아 2012.5.23. 쟁점공동주택의 건축공사가 착공된 점 등에 비추어 쟁점공동주택의 취득세는 쟁점부칙규정의 일반적 경과조치 규정에 따라 종전감면규정을 적용하여 50% 감면대상으로 보는 것이 타당하므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로지방세기본법제96조 제6항과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.