[주 문] OOO시장이 2020.12.28. 청구법인에게 한 취득세 등 합계 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인이 OOO유통센터(이하 “이 건 유통센터”라 한다) 신축하기 위하여 쟁점토지를 취득한 후, 1년 이내에 준공하지는 못하였으나 다음과 같은 이유로 감면된 취득세의 추징을 면할 수 있는 정당한 사유가 있으므로 이 건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다. (가) 청구법인은 안전하고 위생적인 OOO유통을 위해 기존의 OOO유통센터 시설을 개선하고 규모화·현대화된 OOO유통센터를 신설하기 위한 농림축산식품부(이하 “농식품부”라 한다)의 첫 지원 대상 사업자로 선정되었고, 내·외부의 규정과 절차에 따라 이 건 유통센터의 신축(이하 “본 건 사업”이라 한다)을 위한 각종 업무를 지속적으로 수행하였다.
1. 청구법인이 쟁점토지를 취득하기 전까지 이 건 유통센터 신축과 관련하여 수행한 업무 경과는 아래 ＜표＞와 같다.
○○○
2. 청구법인은 쟁점토지를 고유업무에 직접 사용하기 위하여 제한 사유가 되는 요소들을 쟁점토지 취득 전까지 모두 해소하고자 하였다. 매매계약 체결 전부터 토지 용도를 복합용지로 변경하는 용역을 외부용역업체와 체결하여 진행하였으며, 그 결과 쟁점토지 취득 전 용도 변경 작업이 완료되었다. 또한, 쟁점토지 취득 전 설계용역을 완료하여 AAA에 검토를 요청하고 지반조사를 실시하는 등 쟁점토지 취득 전 유예기간 내에 용도에 맞게 직접 사용하기 위하여 적극적으로 업무를 추진하였다.
3. 청구법인이 쟁점토지 취득 후 이 건 유통센터 신축을 위하여 추진한 업무는 아래 ＜표＞와 같다.
○○○
4. 이 건 유통센터의 설계가 완료된 후, 청구법인은 농식품부의 2018년 OOO유통센터 지원사업 시행지침(이하 “이 건 지원사업 지침”이라 한다)에 따라 유통센터의 핵심시설인 저온저장고의 설계적격 심사를 농식품부 산하기관인 축산물품질평가원(이하 “축평원”이라 한다)에 요청하였다. 축평원에서는 전문심사단을 갖추어 설계적격 심사를 수행하였지만, 심사단을 갖추는데 상당한 시일이 소요된 끝에 심사결과를 내놓았고 이를 반영하여 설계가 재차 이루어졌다. 이후 해당 절차는 농식품부의 OOO유통센터 ‘첫 지원대상 사업자’인 청구법인의 경험에 비추어 심사단의 저온저장고 설계적격 심사 과정이 사업시행 시기를 지체하는 주요인으로 지적받아 현재는 이 건 지원사업 지침에서 삭제되었다.
5. 청구법인은 착공신고 전 시공사와의 계약 체결 이후부터 관측 이래 최장 기간의 장마, COVID-19의 창궐 등 업무를 추진함에 있어 사업을 둘러싸고 있는 환경이 전례 없이 열악하였음에도 불구하고 진지한 노력을 꾸준히 기울였다. 그 결과, 2020년 11월 고가의 핵심 설비인 OOO선별기가 국내에 도착하여 이 건 유통센터 내 설치가 모두 완료되었고, 20212.9. 사용승인을 받아 고유업무에 직접 사용할 수 있게 되었다. (나) 위와 같이 청구법인은 유예기간(1년) 내에 이 건 유통센터를 준공하지는 못했지만, 쟁점토지의 취득 전부터 설계작업, 쟁점토지를 목적사업에 사용하기 위한 용지변경작업 및 지반조사 등을 수행하였고, 쟁점토지 취득 후 유예기간 경과 전까지 이 건 지원사업 지침을 이행하기 위한 저온저장고 설계적격 심사이행, 도로점용허가, 우수관로매설, 건축허가, 시공사 및 감리업체 선정, 휀스설치, 배관공사 및 착공신고 등 연속적으로 사업을 추진하기 위한 노력을 다하였다. 이러한 노력에 힘입어 현재 이 건 유통센터는 고유업무에 사용하기 위한 필수시설인 OOO선별기, 저온저장고 등 기계장비의 설치 작업까지 모두 이루어진 상태이며, 2021년 3월 현재 일부 시설을 제외하고는 직접 업무에 사용하고 있다. 착공(2020.5.25.)부터 준공시점(2021.2.9.)까지 건설공사기간은 통상적인 건설공사기간에 해당하며, 더군다나 국내 최초로 공판장을 갖춘 OOO유통센터의 특수성을 고려할 때 지속적으로 공사가 진행되었다는 것은 반론의 여지가 없다. 다수의 조세심판 결정례에서도 유예기간이 경과하였지만, 공사 지연을 최소화하는 진지한 노력을 기울이고 통상적인 건설공사기간 이내에 준공된 유사한 사례에서 정당한 사유를 인정하였다.
(2) 처분청 의견에 대한 항변 내용은 다음과 같다. (가) 처분청은 10년 전부터 현재까지 대규모 OOO유통센터가 건립되어 온 것을 사유로 본 건 사업 특수성이 없다는 의견이나, 이는 본 건 사업이 OOO유통과정을 보다 현대화하기 위한 필요성에 의하여 시작된 점, 사업의 촉진을 위해 지원사업으로 채택된 점, 지원요건을 갖추기 위해 새로 제정된 이 건 지원사업 지침을 따라야 했던 점, 새로 제정된 이 건 지원사업 지침의 첫 적용대상이었던 점 등에 대한 충분한 이해가 없었기 때문이다. 청구법인의 본 건 사업이 시행되게 된 계기는 2017년 8월 농식품부에서 모든 농장에 OOO의 출하를 중지하여 전수 조사하면서, 일부 농가에서 생산된 OOO에서 살충제가 검출되었다는 발표를 하게 되어 ‘살충제 OOO 파동’이라는 사회적인 문제가 불거지면서부터였다. 농식품부에서는 ‘OOO안전대책 태스크포스’를 구성하여 유통구조 개선방안의 추진 방향을 검토한 결과, 저온유통체계를 갖춘 전국 광역 OOO유통센터의 구축을 지원하는 사업을 추진하도록 결정하였다. 농식품부는 이 건 지원사업 지침을 제정하여 기존 OOO유통센터와는 달리 시공업체 선정, 기술검토, 준공검사 등을 진행하는 과정에서 농식품부, 축평원 및 시군의 허가를 받도록 규정하였고 ‘첫 지원대상 사업자’로 청구법인을 선정하였다. (나) 처분청은 이 건 지원사업 지침에서 사업신청, 설계‧감리 및 시공업체 선정의 방법, 지자체 등 검토 조항 및 사후관리 조항이 명백히 명시되어 있어 해당 절차대로 업무를 수행하였다면 장애사유를 사전에 알 수 있었을 것이고 계획 수립 시 조금만 주의를 기울였다면 장애 사유의 존재를 알 수 있었을 것이라는 의견이나, 청구법인의 사업 시행 이후 축평원의 저온저장고 설계적격심사 과정이 사업시행 시기를 지체하는 주요인으로 지적받아 2021년 OOO유통센터 지원사업 시행지침에서 일부 과정이 삭제되는 개정사항이 발생하였다는 점에서 처분청의 의견을 수긍하기는 어렵다 할 것이다.
- 나. 처분청 의견 청구법인은 쟁점토지 취득 후 6개월 지난 2019.12.6. 건축허가를 신청하였고, 이후 착공신고 또한 5개월이 경과한 2020.5.25. 접수하였는데, AAA와 축평원의 검토지연 및 국내 최초로 공판장을 갖춘 OOO유통센터의 특수성을 이유로 감면된 취득세의 추징을 면할 수 있는 정당한 사유가 있다고 주장하나, 다음과 같은 이유로 청구주장을 받아들이기 어렵다 할 것이다.
(1) OOO도 OOO유통센터 지원사업 선정결과 공문 및 OOO유통센터 지원사업 세부추진계획서에 기재된 바와 같이 사업기간이 2년(2018～2019년)으로 명시되어 있어 청구법인은 이 건 유통센터 신축 사업 시행시 유예기간 내에 쟁점토지를 고유업무에 직접 사용하지 못할 것을 충분히 예측할 수 있었다.
(2) 전국적으로 보면 10년 전부터 현재까지 대규모 OOO유통센터가 건립되어 왔는바, 청구법인은 지난 수십 년 동안 전국 축산업의 축산 기술 향상과 경영합리화를 위한 생산지도·교육향상·축산물유통, 축산기자재 등과 관련된 사업을 전문적으로 추구해 오면서 전국 모든 축산업 및 축산물 생산시설에 직・간접적으로 관여해 왔으므로 이 건 유통센터 건립과 관련된 사업진행 절차 및 시설장치 구입 방법과 관련된 전체 공사기간을 몰랐을 리 없다.
(3) 위와 같이 청구법인은 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황에서 쟁점토지를 취득하였으므로 취득 후 유예기간 내에 쟁점토지를 그 고유업무에 직접 사용하지 못한 것에 대한 정당한 사유가 될 수는 없다.
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 청구법인이 쟁점토지를 취득일부터 1년 이내에 고유목적에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부
- 나. 관련 법령 지방세특례제한법(2020.12.29. 법률 제17771호로 개정되기 전의 것) 제14조(농업협동조합 등의 농어업 관련 사업 등에 대한 감면) ③ 농업협동조합법에 따라 설립된 조합(조합공동사업법인을 포함한다), 수산업협동조합법에 따라 설립된 조합(어촌계 및 조합공동사업법인을 포함한다), 산림조합법에 따라 설립된 산림조합(산림계 및 조합공동사업법인을 포함한다) 및 엽연초생산협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 각각 2020년 12월 31일까지 면제한다. 제178조(감면된 취득세의 추징) 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다. 1.정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 2.해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우
- 다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 농식품부는 2017.11.28. OOO의 유통과 안전관리 구조개선을 위하여 규모화‧현대화된 OOO유통센터를 지원하여 OOO 생산‧유통의 거점 육성을 목적으로 이 건 지원사업 지침을 각 지방자치단체에 시달하였는바, 그 주요내용은 아래와 같다.
○○○ (나) 청구법인은 2018년 OOO유통센터 지원사업대상자 신청을 하였고, 농식품부는 2018.2.23. 청구법인을 포함한 3개 업체를 사업대상자로 선정하였다. (다) 청구법인은 쟁점토지에 이 건 유통센터를 신축하였고, 건축 추진경과는 아래와 같다.
○○○
(2) 지방세특례제한법 제14조 제3항에서 AAA에 따라 설립된 조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2020.12.31.까지 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 제178조 본문 및 제1호에서 부동산에 대한 감면을 적용할 때 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우에는 감면된 취득세 등을 추징한다고 규정하고 있다. 여기에서 “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지․제한 등 그 납세자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 입법취지, 부동산의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령․사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 납세자가 부동산을 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 취득한 날부터 1년이 경과할 때까지 고유업무에 직접 사용하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 없다는 의견이나, 아래와 같은 이유로 정당한 사유가 있는 것으로 보인다. (가) 농식품부는 OOO의 유통과 안전관리 구조개선을 위하여 공익적 목적에서 이 건 지원사업 지침을 마련하였고, 그 내용에 의하면, 이 건 유통센터의 건립과 관련한 사업자 선정, 세부계획 수립 및 시행, 자금집행 등 일련의 과정 전반이 걸쳐 농식품부․OOO도․처분청․축평원의 감독하에 이루어지게 되어 있으며, 재원의 OOO%가 정부 및 지방에 의하여 지원되는바, 이 건 지원사업의 사업대상자로 선정된 청구법인은 이 건 지원사업 지침에 의하여 상당한 시일이 소요되는 감독기관의 심사일정에 따라 이 건 유통센터의 건립을 추진할 수밖에 없어 사업기간이 2년으로 예정된 이 건 유통센터의 신축을 1년 이내에 완료하기는 불가능한 것으로 보인다. (나) 청구법인은 쟁점토지를 취득하기 전부터 용도변경, 설계용역 계약 체결, 지반조사, 설계도서 검토 등을 진행하며 이 건 유통센터의 준공을 앞당기기 위한 노력을 한 것으로 보인다. (다) 청구법인의 이 건 유통센터의 신축과 관련한 일련의 과정을 살펴보면, 쟁점토지를 취득한 후 내‧외부의 규정과 절차에 따라 각종 업무를 추진하는 데 있어 정상적인 노력을 다하지 않은 사실은 확인되지 아니한 반면, 지속적이고 꾸준하게 진지한 노력을 다한 것으로 보인다.
(4) 따라서 청구법인이 쟁점토지를 유예기간 내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 데에는 지방세특례제한법 178조 제1호에서 규정한 정당한 사유가 있다고 할 것이므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.