지식산업센터를 건축하기 위하여 취득한 부동산을 유예기간 이내에 취득목적대로 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 경우에 해당하는지 여부

[참조결정] 조심2010지0341

[주 문] OOO시장(OOO구청장)이 2020.12.16. 청구법인에게 한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2018.11.30. OOO 토지(13,103.9㎡, 이하 “이 건 토지”라 한다) 및 그 지상건물(8,252.93㎡ 이하 “이 건 건축물”이라 하고 이 건 토지와 합하여 이하 “이 건 부동산”이라 한다)을 취득(매매)하고, 같은 날 지방세특례제한법(2020.1.15. 법률 제16865호로 일부개정되기 전의 것, 이하 “지특법”이라 한다) 제58조 제1항 규정의 취득세 감면대상에 해당된다는 사유로 감면신청을 하여 처분청으로부터 취득세의 100분의 35를 경감받았다.
• 나. 이후 처분청은 2020년 지방세 서면조사 결과, 청구법인이 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 지식산업센터를 신축하지 아니한 사실을 확인하고 감면한 취득세의 추징대상에 해당되는 것으로 보아, 감면한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 2020.12.16. 청구법인에게 부과고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.3.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2018.7.6. 이 건 부동산에 대한 매매계약을 체결하였으며, 매도자로부터 잔금지급전에 토지사용승낙을 받아 건축허가를 신속히 진행하고자 하였으나, 건축법제43조가 개정되면서 노후 산업단지의 정비가 필요한 지역을 공개공지 확보대상지역으로 추가하였고, 이러한 법령 개정으로 인하여 해당 지방자치단체는 해당지역의 지정 및 지역별 용적률 변동 등의 변수로 인하여 공포일로부터 6개월(2018.8.14.〜2019.2.14.) 후에 개정 법률을 시행하도록 하였고, 이로 인하여 공개공지로 인한 용적률 완화기준이 일시적으로 유보되어 건축허가를 진행할 수 없었기에 전체적인 사업 일정이 7개월 정도 지연되었던 것이며, 2019.2.15.부터 일정을 앞당겨 5개월만인 2019.7.10. 건축허가를 득하였으나, 취득일로부터 1년이 되는 2019.11.29.까지 약 4개월만에 굴토심의, 상세설계도면작성, 건물철거, 신탁심의 등 착공을 위한 사전준비작업을 거쳐 건축공사에 착공하기에는 시간적으로 불가능에 가까웠으므로 부득이하게 유예기간을 2개월 13일 정도가 경과한 2020.2.13. 건축공사에 착공하였다. 청구법인은 건축물 분양에 관한 법률을 적용받기에 반드시 PF승인 절차를 진행하여야 하고, 신탁계약 및 대리사무계약 또는 분양승인을 받은 후 신탁등기를 하여야 하며, 신탁등기 후 신탁사의 내부절차에 따라 건축주명의변경, 설계감리 승계계약, 공사도급계약을 체결하여야 착공계를 제출할 여건을 갖출 수 있었고, 위와 같은 절차는 청구법인의 의지만으로 진행할 수 없어 물리적으로 유예기간 내에 착공하기가 불가능하였던 점 등을 감안하면, 유예기간을 경과한 정당한 사유가 있다고 보아야 할 것이므로, 처분청이 이 건 부동산에 대하여 감면한 취득세를 추징한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 건축법제43조 제1항 제4호의 공개 공지 등의 확보 규정의 개정으로 인하여 개정규정이 시행되기 이전의 규정으로는 용적률 완화가 일시적으로 유보되어 건축인허가 일정의 지연되었고, 이로 인하여 유예기간 내에 건축물 신축공사에 착공하지 못하였던 것이므로 정당한 사유가 있는 경우에 해당된다고 주장하고 있으나, 감면제도는 그 자체가 일반납세자와의 과세형평에 있어서 불공평한 제도로 특별히 공익적 목적이 있는 경우에 한하여 일정조건을 붙여 감면하는 것으로 부여된 감면조건을 충족하지 못하거나 위배되는 경우는 감면효력이 상실된다 할 것(조심2010지0341, 2011.5.17. 참조)이고, ‘정당한 사유’라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 취득세의 입법 취지를 충분히 고려하면서 토지의 취득목적에 비추어 이를 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 부동산을 고유 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(대법원 2013두18582, 2014.2.13. 선고, 같은 뜻임)인바, 청구법인이 이 건 부동산을 취득할 당시 이 건 토지는 도시지역 및 일반공업지역으로서 건축법제43조 제1항 각 호에서 규정한 지역에 해당하지 않는 것이 확인되는 점, 청구법인이 2018.8.14. 개정된 건축법에 따른 건폐율·용적률·건축물 높이제한을 완화규정을 적 용받기 위하여 법률 시행일(공포 후 6개월이 경과한 날로부터 시행)까지 기다리지 않고, 건축허가 신청 등 착공하기 위한 일련의 과정을 진행하였다면 유예기간 내에 착공이 가능하였을 것으로 보이는 점 등에 비추어, 청구법인이 유예기간 내에 착공에 이르지 못한 사유가 법령의 장애나 행정관청에 의한 금지·제한 등과 같은 외부적 사유라기보다는 용적률 완화규정을 적용받기 위해 개정 된 법률의 시행일까지 건축허가를 지연한데 기인한 것으로서 청구법인이 유예기간을 경과할 때까지 이 건 부동산을 당초 취득목적대로 사용하지 못한 귀책사유가 청구법인에게 있다 할 것이므로, 처분청에서 청구법인이 이 건 토지를 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 건축물을 신축하지 아니한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 적법하다 하겠다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 지식산업센터를 건축하기 위하여 취득한 부동산을 유예기간 이내에 취득목적대로 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 경우에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2020.1.15. 법률 제16865호로 일부개정되기 전의 것) 제58조의2(지식산업센터 등에 대한 감면) ① 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제28조의2에 따라 지식산업센터를 설립하는 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2019년 12월 31일까지 지방세를 경감한다.

1. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용(이하 이 조에서 "사업시설용"이라 한다)으로 직접 사용하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산(신축 또는 증축한 부분에 해당하는 부속토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업시설용으로 분양 또는 임대(중소기업기본법 제2조에 따른 중소기업을 대상으로 분양 또는 임대하는 경우로 한정한다. 이하 이 조에서 같다)하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.

• 가. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 착공하지 아니한 경우
• 나. 그 취득일부터 5년 이내에 매각·증여하거나 다른 용도로 분양·임대하는 경우

2. 과세기준일 현재 사업시설용으로 직접 사용하거나 그 사업시설용으로 분양 또는 임대 업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 1,000분의 375를 경감한다.

(2) 건축법(2018.8.14. 법률 제15721호로 일부개정 되기 전의 것) 제5조(적용의 완화) ① 건축주, 설계자, 공사시공자 또는 공사감리자(이하 "건축관계자"라 한다)는 업무를 수행할 때 이 법을 적용하는 것이 매우 불합리하다고 인정되는 대지나 건축물로서 대통령령으로 정하는 것에 대하여는 이 법의 기준을 완화하여 적용할 것을 허가권자에게 요청할 수 있다.

② 제1항에 따른 요청을 받은 허가권자는 건축위원회의 심의를 거쳐 완화 여부와 적용 범위를 결정하고 그 결과를 신청인에게 알려야 한다. 제43조(공개 공지 등의 확보) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역의 환경을 쾌적하게 조성하기 위하여 대통령령으로 정하는 용도와 규모의 건축물은 일반이 사용할 수 있도록 대통령령으로 정하는 기준에 따라 소규모 휴식시설 등의 공개 공지(空地: 공터) 또는 공개 공간을 설치하여야 한다.

1. 일반주거지역, 준주거지역

2. 상업지역

3. 준공업지역

4. 특별자치시장·특별자치도지사 또는 시장·군수·구청장이 도시화의 가능성이 크다고 인정하여 지정·공고하는 지역

② 제1항에 따라 공개 공지나 공개 공간을 설치하는 경우에는 제55조, 제56조와 제60조를 대통령령으로 정하는 바에 따라 완화하여 적용할 수 있다.

(3) 건축법(2018.8.14. 법률 제15721호로 일부개정된 것) 제43조(공개 공지 등의 확보) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역의 환경을 쾌적하게 조성하기 위하여 대통령령으로 정하는 용도와 규모의 건축물은 일반이 사용할 수 있도록 대통령령으로 정하는 기준에 따라 소규모 휴식시설 등의 공개 공지(空地: 공터) 또는 공개 공간(이하 "공개공지등"이라 한다)을 설치하여야 한다.

1. 일반주거지역, 준주거지역

2. 상업지역

3. 준공업지역

4. 특별자치시장ㆍ특별자치도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 도시화의 가능성이 크거나 노후 산업단지의 정비가 필요하다고 인정하여 지정ㆍ공고하는 지역

② 제1항에 따라 공개공지 등을 설치하는 경우에는 제55조, 제56조와 제60조를 대통령령으로 정하는 바에 따라 완화하여 적용할 수 있다. 제55조(건축물의 건폐율) 대지면적에 대한 건축면적(대지에 건축물이 둘 이상 있는 경우에는 이들 건축면적의 합계로 한다)의 비율(이하 "건폐율"이라 한다)의 최대한도는 국토의 계획 및 이용에 관한 법률제77조에 따른 건폐율의 기준에 따른다. 다만, 이 법에서 기준을 완화하거나 강화하여 적용하도록 규정한 경우에는 그에 따른다. 제56조(건축물의 용적률) 대지면적에 대한 연면적(대지에 건축물이 둘 이상 있는 경우에는 이들 연면적의 합계로 한다)의 비율(이하 "용적률"이라 한다)의 최대한도는 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제78조에 따른 용적률의 기준에 따른다. 다만, 이 법에서 기준을 완화하거나 강화하여 적용하도록 규정한 경우에는 그에 따른다.

(4) 건축법 시행령 제27조의2(공개 공지 등의 확보) ① 법 제43조 제1항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물의 대지에는 공개 공지 또는 공개 공간(이하 이 조에서 "공개공지등"이라 한다)을 설치해야 한다. 이 경우 공개 공지는 필로티의 구조로 설치할 수 있다.

1. 문화 및 집회시설, 종교시설, 판매시설(농수산물 유통 및 가격안정에 관한 법률에 따른 농수산물유통시설은 제외한다), 운수시설(여객용 시설만 해당한다), 업무시설 및 숙박시설로서 해당 용도로 쓰는 바닥면적의 합계가 5천 제곱미터 이상인 건축물

2. 그 밖에 다중이 이용하는 시설로서 건축조례로 정하는 건축물

② 공개공지등의 면적은 대지면적의 100분의 10 이하의 범위에서 건축조례로 정한다. 이 경우 법 제42조에 따른 조경면적과 매장문화재 보호 및 조사에 관한 법률제14조 제1항 제1호에 따른 매장문화재의 현지보존 조치 면적을 공개공지등의 면적으로 할 수 있다.

③ 제1항에 따라 공개공지등을 설치할 때에는 모든 사람들이 환경친화적으로 편리하게 이용할 수 있도록 긴 의자 또는 조경시설 등 건축조례로 정하는 시설을 설치해야 한다.

④ 제1항에 따른 건축물(제1항에 따른 건축물과 제1항에 해당되지 아니하는 건축물이 하나의 건축물로 복합된 경우를 포함한다)에 공개공지등을 설치하는 경우에는 법 제43조 제2항에 따라 다음 각 호의 범위에서 대지면적에 대한 공개공지등 면적 비율에 따라 법 제56조 및 제60조를 완화하여 적용한다. 다만, 다음 각 호의 범위에서 건축조례로 정한 기준이 완화 비율보다 큰 경우에는 해당 건축조례로 정하는 바에 따른다.

1. 법 제56조에 따른 용적률은 해당 지역에 적용하는 용적률의 1.2배 이하

2. 법 제60조에 따른 높이 제한은 해당 건축물에 적용하는 높이기준의 1.2배 이하

⑤ 제1항에 따른 공개공지등의 설치대상이 아닌 건축물(주택법 제15조 제1항에 따른 사업계획승인 대상인 공동주택 중 주택 외의 시설과 주택을 동일 건축물로 건축하는 것 외의 공동주택은 제외한다)의 대지에 법 제43조 제4항, 이 조 제2항 및 제3항에 적합한 공개 공지를 설치하는 경우에는 제4항을 준용한다.

(5) OOO 건축조례(2020.6.21. OOO조례 제3656호로 일부 개정되기 전의 것) 제21조(공개공지의 확보) ① 영 제27조의2에 따라 공개공지를 확보해야 할 건축물의 용도 및 공개공지의 면적은 다음과 같다.

1. 용도: 영 제27조의2 제1항 제2호에서 OOO 건축 조례가 정하는 건축물은 해당 용도로 쓰는 바닥면적의 합계가 5천제곱미터(복합용도의 경우 해당면적의 합계로 한다)이상인 의료시설·운동시설·위락시설·제1종 및 제2종 근린생활시설·교육연구시설 중 학원(자동차학원 및 무도학원을 제외한다)으로 한다.

2. 면적: 영 제27조의2 제2항의 규정에 해당하는 건축물이 확보해야 하는 공개공지등의 면적은 다음 각 목의 비율이상으로 확보해야 한다. 다만, 대지 여건상 영 제31조에 따라 지정한 건축선 후퇴부분의 면적은 공개공지 등의 면적에 포함하지 않는다.

• 가. 해당용도로 쓰는 바닥면적 합계가 5천제곱미터이상 1만제곱미터미만: 대지면적의 5퍼센트
• 나. 해당용도로 쓰는 바닥면적 합계가 1만제곱미터이상 3만제곱미터미만: 대지면적의 7퍼센트
• 다. 해당용도로 쓰는 바닥면적 합계가 3만제곱미터이상: 대지면적의 10퍼센트

③ 영 제27조의2 제4항에 따라 건축기준의 완화는 다음 각 호와 같다. 다만, 건축기준의 완화에 따른 공개공지 등의 면적은 법 제42조에 따른 조경면적 산정할 때 제외한다.

1. 용적률의 완화: 다음 산식에 따라 산출된 용적률 이하 〔1+｛공개공지등 면적-(공개공지등 설치 의무 면적, 의무대상이 아닌 경우 대지면적의 5퍼센트)｝/대지면적〕×OOO 도시계획 조례에 따른 용적률

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료는 다음과 같다. (가) 청구법인은 2018년 7월에 AAA 주식회사와 이 건 부동산에 대하여 매매대금을 OOO원으로, 잔금지급일을 2018.11.30.로 하여 매매계약을 체결하였으며, 당해 매매계약서에서 “매도인은 계약금을 지급받은 후 사업계획승인 신청목적으로 토지사용승낙서를 매수인에게 발급해주기로 한다”는 내용이 포함되어 있다. (나) 청구법인이 이 건 토지상의 건축물을 건축공사를 진행한 내역은 아래 ＜표1＞과 같다. ＜표1＞ 건축공사 진행 내역 OOO (다) 청구법인은 2019.7.10. 처분청(건축과)으로부터 건축허가를 받을 당시 제출한 설계개요를 보면, 도로폭에 따른 용적률 완화(10%)와 공개공지 제공(729.08㎡)에 따른 용적률 완화(10%)를 적용하여 420%의 용적률을 적용받을 수 있었으나 실제 적용한 용적율은 418.82%인 것으로 기재되어 있다. (라) 토지이용계획확인원에 따르면, 이 건 토지의 용도지역은 도시지역, 일반공업지역, 대기환경규제지역, 도시교통정비지역인 것으로 확인된다. (마) ㈜BBB는 2019.9.10. 처분청(세정과)에 건축허가 지연사유에 관한 문서를 발송하였으며, 그 주요 내용은 아래와 같다. ＜건축허가 지연사유＞ 2018년 7월 6일 부동산 매매 계약일 이전부터 건축허가 업무를 진행하고 있었으나, 용적률 완화조건으로 적용하여 오던 공개공지 관련 법규(건축법 시행령 제27조의2 제5항에 따른 공개공지 등의 설치대상이 아닌 건축물의 대지에 법 제43조 제4항, 이 조 제2항 및 제3항에 적합한 공개공지를 설치하는 경우에는 제4항을 준용한다)가 개정되어 시행되기 전까지는 이전 법으로 용적률 완화를 해 줄 수 없다는 시담당자의 의견으로 2018년 8월〜2019년 2월(7개월)까지 일시적으로 유보되어 건축 인허가 일정이 지연되었음. 이 건 토지에 대한 건축허가의 지연사유가 청구법인의 개인적인 사유가 아닌 건축법에 따른 공개공지 규정 적용이 일시적으로 유보됨에 따라 지연되었다. (바) 청구법인은 유사한 건축물에 있어서 건축허가를 받은 내역을 아래 ＜표2＞와 같이 제시하고 있다. ＜표2＞ 유사 건축물 건축허가 내역 OOO

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살펴본다. (가) 지특법 제58조의2 제1항 본문 및 제1호 가목의 규정을 종합하면, 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제28조의2에 따라 지식산업센터를 설립하는 자가 같은 법 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용으로 직접 사용하거나 중소기업을 대상으로 분양 또는 임대하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산(신축 또는 증축한 부분에 해당하는 부속토지를 포함한다)에 대해서는 취득세의 100분의 35를 경감하되, 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 착공하지 아니한 경우에는 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징하도록 규정하고 있다. (나) 위 규정에서의 “정당한 사유”라 함은 입법 취지, 사업용 재산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 사용할 수 없는 법령상ㆍ사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 그 재산을 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 포함되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다(대법원 2002.9.4. 선고 2001두229 판결 참조). (다) 청구법인이 이 건 부동산을 취득한 후 건축허가가 지연된 사정을 살펴보면, 청구법인이 이 건 부동산을 취득하기 이전에 공개공지와 관련한 건축법제43조가 개정되었지만 이 건 토지상에 건축하고자 하는 건축물은 공개공지 확보의무가 없는 건축물이므로 개정 법률의 영향을 받지 않을 것이라고 예측할 수 있었던 점, 이 건 부동산과 인접한 지역에 청구법인이 신축한 지식산업센터에 대하여 공개공지를 제공하고 용적률 완화를 받아 왔던 점, 청구법인은 이 건 토지상에 건축물을 조기에 신축하고자 사전에 토지사용승낙을 받은 점, 토지 취득 이전인 2018.7.6. 설계 및 감리약정을 체결하였고, 2018.11.27. 지식산업센터 설립승인을 받았던 점 등을 종합하면, 청구법인이 건축관련 법령의 개정 여부에 관계없이 건축허가가 가능하리라고 판단할 수 있었다고 보이므로, 이러한 기대에 반하여 처분청이 행정지도를 통하여 개정된 건축법령이 시행되는 시점(2019.2.14.)까기 건축허가 신청을 유보하도록 안내함에 따라 건축허가가 지연되었다는 청구법인의 소명이 신빙성이 있는 것으로 보인다. (라) 이와 같이 처분청의 법령상 근거없는 행정지도로 인하여 청구법인은 건축심의를 신청하는 것이 지연되었고, 청구법인은 개정 건축법이 시행된 다음 날인 2019.2.15. 건축심의를 접수하였으며, 그 후 건축심의 결과에 따라 3차례의 보완을 거쳐 2019.7.10. 건축허가를 받고, 굴토심의 등을 거쳐 유예기간(1년)으로부터 2개월 13일이 경과할 무렵인 2020.2.13. 건축공사에 착공하여 정상적으로 공사를 진행하고 있는 점과 이 건 토지상에 건축하고자 한 건축물의 규모(지하 4층, 지상 12층, 연면적 41,358.97㎡)에 비추어 실제 건축공사에 착공하기까지 상당한 준비기간이 소요될 수 밖에 없다고 보이는 점을 감안하면, 청구법인이 유예기간을 경과하여 건축공사에 착공하게 된 데에는 처분청의 예측하지 못한 행정지도로 인하여 건축심의 신청이 지연됨에 따라 시간적인 여유가 없어 유예기간을 경과하여 건축공사에 착공한 것으로 보는 것이 합리적이라 할 것이므로, 청구법인이 이 건 부동산을 유예기간 이내에 취득목적대로 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.