[요지] 이 건 부칙의 일반적 경과조치는 지방세법령에 명시적으로 규정한 내용에 한하여 그 효력이 미치는 것인데, 2014.1.1. 개정 전 지방세법령에서 이 건 감면에 관하여 별도로 규정한 바가 없으므로 법인세 세액감면에 따라 지방소득세가 경감되었다 하더라도 이를 일반적 경과조치의 적용대상이라고 보기 어려우므로 처분청이 청구법인에게 이 건 경정청구 거부처분을 한 것은 달리 잘못이 없다고 판단됨.
[요지] 이 건 부칙의 일반적 경과조치는 지방세법령에 명시적으로 규정한 내용에 한하여 그 효력이 미치는 것인데, 2014.1.1. 개정 전 지방세법령에서 이 건 감면에 관하여 별도로 규정한 바가 없으므로 법인세 세액감면에 따라 지방소득세가 경감되었다 하더라도 이를 일반적 경과조치의 적용대상이라고 보기 어려우므로 처분청이 청구법인에게 이 건 경정청구 거부처분을 한 것은 달리 잘못이 없다고 판단됨.
[주 문] 심판청구를 기각한다
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 2014.1.1. 법률 제12153호로 지방세법이 개정되기 전, 지방소득세 법인세분은 “법인세액”을 과세표준으로 하였는바, 이 법에 세액공제감면 규정을 별도로 두지 않은 이유는 “부가세 방식”을 고려하였을 때, 지방소득세를 산출하기 위해 적용된 법인세, 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다)상 공제·감면 등이 포함되어 있었기 때문으로 보는 것이 합리적이다.
(2) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것) 부칙 제15조(이하 “이 건 부칙”이라 한다)에서 규정하고 있는 일반적 경과조치는 납세자들에게 부여된 신뢰를 보호하기 위한 특별규정이다. 청구법인은 위 규정에 대하여 법인세뿐만 아니라 그 부가세였던 지방소득세 법인세분에 대하여도 이 건 감면액을 공제받을 것이라는 신뢰가 형성되어 있었다. 또한, 청구법인은 이 혜택을 받기 위해 투자비 등을 지출할 유인이 있었다고 볼 수 있으므로 이러한 신뢰는 단순한 기대이익에 불과하다고 볼 수 없으며 마땅히 보호받아야 한다. 설령, 지방소득세 법인세분이 독립세 방식인 법인지방소득세로 전환하여 법인세 세액감면 규정이 배제되었다고 하더라도 이는 종전부터 유지되던 세액감면의 혜택까지 배제하려는 것으로 볼 수는 없다.
(3) 따라서 이 건 지방소득세는 그 과세표준에서 이 건 감면액을 차감하여 감액 경정되어야 하므로 이 건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
(1) 이 건 부칙의 ‘종전의 규정’(이하 “종전 규정”이라 한다)을 살펴보면, 동 규정에는 2014.1.1. 개정 전의 지방세법 제85조, 제89조, 제94조의 세액 산출방식을 규정하였다. 또한, 조특법 제121조의2는 법인세를 대상으로 하는 규정일 뿐 지방소득세 법인세분을 그 대상으로 하고 있지 아니하므로 종전 규정에는 법인지방소득세의 감면 규정은 해당하지 아니한다.
(2) 2014.1.1. 지방세법의 개정 전 지방소득세 법인세분은 법인세액을 과세표준으로 하고 10%의 세율을 적용하여 산출되었다. 이에 따라 이월공제가 적용된 법인세액이 지방소득세 법인세분의 과세표준으로 산출되어 지방소득세 법인세분에서도 그 이월공제의 반사적 효과를 얻은 것에 불과하다. 또한, 이와 관련하여 청구법인이 향후 이러한 반사적 이익이 지속될 것이라는 신뢰를 형성하고 있다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 마땅히 보호되어야 할 정도의 것에 이르렀다고 볼 수 없다.
(3) 따라서 이 건 지방소득세에서 이 건 감면액을 차감할 수 없으므로 이 건 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가)청구법인은 2004.3.13. 외국계 회사(OOO의 계열사인 OOO)가 100% 투자하여 설립된 회사로서 자동차 엔진 관련 터보차져 제조업을 영위하는 회사이다. (나) 청구법인은 2004.9.21. OOO 장관으로부터 이 건 감면 결정 대상임을 통보받았다. (다) 청구법인은 쟁점사업연도(2014사업연도) 법인세를 신고하면서 이 건 감면액(조특법 제121조의2 제1항의 외국인 투자감면)을 적용하여 산출한 세액을 신고ㆍ납부하였다. 반면, 이 건 지방소득세는 이 건 감면을 적용하지 아니한 세액을 산출하여 신고ㆍ납부되었다. (라) 청구법인은 2020.4.28. 처분청에 이 건 지방소득세의 과세표준에서 이 건 감면액을 차감하여 아래 ＜표1＞과 같이 기납부한 세액 OOO원의 환급을 청구하였다. ＜표1＞ 이 건 경정청구 내역 (단위: 원) OOO (마) 청구법인은 위 청구에서 이 건 부칙에 따라 2014.1.1. 개정된 지방세법의 일반적 경과규정 및 개정 전 지방세법에 따라 이 건 감면액 10% 상당의 지방소득세를 환급을 요청하였으나, 처분청은 2020.6.26. 이를 거부하였다. (바) 2014.1.1.지방세법이 개정되기 전까지의 지방소득세 법인세분은 법인세를 과세표준으로 하였으므로 법인세의 일부를 감면받는 경우 그 과세표준이 그만큼 감소하게 되어 지방소득세도 감소하게 되었다. (사) 법인지방소득세 과세표준에 대한 관련 규정(지방세법제103조의19)이 2014.1.1. 개정되면서, 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은법인세법제13조에 따라 계산한 금액으로 되어 있다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다. (가) 청구법인은 쟁점사업연도에 발생한 이 건 감면액을 이 건 부칙(부칙 제15조)의 일반적 경과조치 및 신뢰보호의 원칙에 따라 세액감면으로 인정하여야 한다고 주장한다. (나) 그러나, 2014.1.1. 지방세법을 개정하여 종전 지방소득세 법인세분을 법인지방소득세로 전환한 취지가 외국인투자법인에 대한 세액감면을 배제하여 법인소득에 대한 지방세 과세를 강화하고자 하는 데 있는 것이고, 그 개정 전지방세법상 법인지방소득세의 산정방식이 법인세액을 법인지방소득세 과세표준으로 삼았던 결과 법인지방소득세 산출 시 이 건 감면액에 따른 세액감소 효과를 보았던 것은 일종의 반사이익에 불과한 것이다. (다) 2014.1.1. 법률 제12173호로 개정된 조특법 제121조의2 제1항에서 외국인 투자에 대한 지방세 감면 세목에 지방소득세는 포함되어 있지 아니한다. 또한, 이 건 부칙의 일반적 경과조치는 지방세법령에 명시적으로 규정한 내용에 한하여 그 효력이 미치는 것인데, 2014.1.1. 개정 전 지방세법령에서 이 건 감면에 관하여 별도로 규정한 바가 없으므로 법인세 세액감면에 따라 지방소득세가 경감되었다 하더라도 이를 일반적 경과조치의 적용대상이라고 보기 어렵다. (라) 따라서 처분청이 청구법인에게 이 건 경정청구 거부처분을 한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법률
(1) 지방세법(2014.1.1 법률 제12153호로 개정되기 전의 것) 제85조(정의) 지방소득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
4. "법인세분"이란 법인세법에 따라 납부하여야 하는 법인세액을 과세표준으로 하는 지방소득세를 말한다. 제89조(세율) ① 소득분의 표준세율은 다음과 같다. 구분 세율 소득세분 소득세액의 100분의 10 법인세분 법인세액의 100분의 10
② 지방자치단체의 장은 조례로 정하는 바에 따라 소득분의 세율을 제1항의 표준세율의 100분의 50의 범위에서 가감할 수 있다. 제91조(신고납부) ① 법인세분의 납세의무자(연결집단의 경우에는 연결모법인을 말한다. 이하 같다)는 제89조에 따라 산출한 세액(이하 이 조에서 “산출세액”이라 한다)을 제87조 제2항 및 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 연결법인 또는 법인의 각 사업장 소재지 관할 지방자치단체별로 안분계산하여 해당 사업연도 종료일부터 4개월(연결법인의 경우에는 해당 연결사업연도 종료일부터 5개월,법인세법 또는국세기본법에 따라 세액이 결정되거나 경정되는 경우에는 그 고지서의 납부기한, 신고기한을 연장하는 경우에는 그 연장된 신고기간의 만료일, 수정신고를 하는 경우에는 그 신고일부터 각각 1개월) 내에 관할 지방자치단체의 장에게 신고하고 납부하여야 한다. 다만, 경정 또는 수정신고로 인하여 사업연도별로 추가납부 또는 환급되는 총세액이 당초에 결정 또는 신고한 세액의 100분의 10에 미달할 때에는 귀속사업연도에도 불구하고 경정고지일 또는 수정신고일이 속하는 사업연도분 법인세분에 가감하여 신고하고 납부할 수 있으며, 이 경우에는지방세기본법제77조를 적용하지 아니한다. 제94조(소득분의 계산방법) ① 소득분은 소득세법과 법인세법에 따라 신고하거나 결정·경정된 소득세 및 법인세(원천징수된 소득세 및 법인세를 포함한다)로서 납세의무자가 납부하여야 할 세액의 총액에 제89조 제1항의 세율을 적용하여 계산한다. 다만, 제87조 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 부과된 세액은 공제한다.
② 소득세법과 법인세법에 따라 신고한 소득세와 법인세의 결정·경정 또는 소득세법 제85조의2와 법인세법 제72조에 따른 환급으로 인하여 세액이 달라진 경우에는 그 결정·경정 또는 환급세액에 따라 소득분의 세액을 환급하거나 추징한다.
(2) 지방세법 (2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것) 제103조의19(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액(조세특례제한법 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 금액)으로 한다. 제103조의20(세율) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 표준세율은 다음 표와 같다. 과세표준 세율 2억원 이하 과세표준의 1000분의 10 2억원 초과 200억원 이하 2백만원 + (2억원을 초과하는 금액의 1000분의 20) 200억원 초과 3억9천8백만원 + (200억원을 초과하는 금액의 1000분의 22) 제103조의22(세액공제 및 세액감면) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정한다. 이 경우 공제 및 감면되는 세액은 법인지방소득세 산출세액(제103조의31에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인지방소득세 세액을 제외한 법인지방소득세 산출세액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 공제한다.
② 제1항에 따른 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 공제세액 또는 감면세액이 법인지방소득세 산출세액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 한다.
(3) 지방세법 부칙(2014.1.1 법률 제12153호로 개정된 것) 제1조(시행일) 이 법은 2014년 1월 1일부터 시행한다. (단서 생략) 제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. 다만, 제8장 지방소득세에 대해서는 이 법 시행 후 최초로 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. 제15조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.
(4) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것) 제121조의2(외국인투자에 대한 법인세 등의 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하기 위한 외국인투자(외국인투자촉진법 제2조 제1항 제4호에 따른 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대해서는 제2항부터 제5항까지 및 제12항에 따라 법인세, 소득세, 취득세 및 재산세를 각각 감면한다.
1. 국내산업의 국제경쟁력 강화에 긴요한 사업으로서 외국인투자 촉진법 제27조에 따른 외국인투자위원회의 심의를 거쳐 정하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업