청구법인이 대도시 내 쟁점부동산의 취득일부터 1년 이내에 중과제외 업종인 소프트웨어개발업 용도로 직접 사용하지 않은 것으로 보아 중과세율(8%)을 적용하여 과세한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 OOO을 본점 소재지로 하고 “소프트웨어개발업” 등을 영위하기 위하여 설립된 법인으로서 2016.6.30. OOO오피스텔용 건축물인 OOO㎡ 및 그 부속토지 OOO㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 지점․분사무소용(소프트웨어개발업)으로 직접 사용하기 위하여 취득한 후, 같은 날 쟁점부동산의 취득은 지방세법(2015.12.29. 법률 제13636호로 개정된 것, 이하 같다) 제13조 제2항 단서 및 같은 법 시행령(2015.12.31. 대통령령 제26836호로 개정된 것) 제26조 제1항 제12호에 따른 취득세 중과세가 제외되는 업종의 취득인 것으로 보아, 그 취득가액인 OOO원을 과세표준으로 하고, 지방세법 제11조 제1항 제7호 나목에 따른 표준세율(4%)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 처분청에 신고ㆍ납부하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 지방세법 제13조 제3항 제1호 가목에 따른 정당한 사유없이 부동산 취득일부터 1년이 경과할 때까지 대도시 중과 제외 업종에 직접 사용하지 않아 취득세 중과세율 적용대상인 것으로 보아, 2020.6.10. 청구법인에게 OOO원을(위 과세표준에서 누락된 중개수수료 비용 OOO원 포함)을 과세표준으로 하고, 지방세법 제13조 제2항에 따른 중과세율(8%)을 적용하여 산출한 세액에서 기 납부한 세액을 차감함 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과ㆍ고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여, 2020.8.6. 이의신청을 거쳐 2021.1.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 AAA에게 임대하여 대도시내 취득세 중과 제외업종(소프트웨어개발업) 용도로 직접 사용하지 않았다는 의견이나, 청구법인과 AAA 간에 쟁점부동산의 임대차계약서가 작성된 것은 사실이지만 청구법인이 쟁점부동산을 해당 용도로 직접 사용하지 않으면 취득세가 중과세가 된다는 사실을 인지하고 즉시 임대차계약을 취소하였으며 이는 청구법인의 세무대리인과 쟁점부동산의 관리사무소장이 2016.6.10.부터 2020.9.7.까지 4년간 쟁점부동산에서는 어떠한 사업체나 개인이 입주한 적이 없고 계약금ㆍ임대료 또한 받지 않은 내용의 확인서를 발급한 사실이 입증되는바, 청구법인은 쟁점부동산에서 단 하루도 임대한 사실이 없다. 특히, 처분청 담당공무원도 2020년도에 쟁점부동산 소재지를 방문하였으나 폐문부재로 실질적인 방문 조사를 할 수 없었고 별다른 확인 절차 없이 일방적으로 이 건 취득세 등을 과세할 수밖에 없었다는 사실을 스스로 인정하고 있음에도 처분청은 단지 쟁점부동산의 임대차계약이 작성되었다는 이유만으로 사실확인이나 현장 확인의 절차 없이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 임대차계약만을 체결하였을 뿐 곧바로 해지한 후 쟁점부동산을 계속하여 취득세 중과세제외 업종인 소프트웨어개발업 용도로 직접 사용하였다고 주장하나, 청구법인은 위 임대차계약이 해지되었다는 사실의 입증자료를 제출하지 않았고, 국세청 전산자료와 주민등록표에 따르면 쟁점부동산 소재지에서 청구법인의 대표이사의 배우자인 AAA가 사내이사로 재직하고 있는 주식회사 aaa가 2016.8.1.부터 2018.1.22.까지 임차한 것으로 나타나고 있고, AAA는 2016.7.27.부터 쟁점부동산에 전입하여 거주하고 있는 것으로 나타나고 있으며, 쟁점부동산에 대한 지방세 부과현황도 AAA에 대한 개인균등할 주민세만 부과되었을 뿐 사업용 재산으로 인정할 만한 청구법인을 납세자로 하여 부과된 주민세(법인균등할), 지방소득세 등이 부과된 사실이 전혀 없으며 청구법인이 제출한 입증자료인 전자세금계산서는 쟁점부동산과는 관련이 없으며, 오피스텔관리소장 및 세무대리인 명의의 확인서는 신뢰할 수 있는 자료로 인정할 수 없다. 따라서, 청구법인은 쟁점부동산을 제3자에게 임대하여 취득일부터 2년 이상 해당 업종 또는 용도에 직접 사용하지 아니하고 다른 용도에 사용(임대)하여 취득세 중과세율 적용대상에 해당하므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인이 대도시 내 쟁점부동산의 취득일부터 1년 이내에 중과제외 업종인 소프트웨어개발업 용도로 직접 사용하지 않은 것으로 보아 중과세율(8%)을 적용하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료를 보면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 OOO를 본점소재지로 하고 컴퓨터 프로그래밍 서비스업, 컴퓨터시스템 통합 자문 및 구축 서비스업 등의 목적사업을 영위하기 위하여 2014.6.25. 설립되었다. (나) 청구법인은 2016.6.10. 쟁점부동산을 취득한 후, 같은 날 지방세법 제13조 제2항 단서 규정 및 같은 법 시행령 제26조 제1항 제12호(소프트웨어산업 진흥법 제2조 제3호에 따른 소프트웨어사업 및 같은 법 제27조에 따라 설립된 소프트웨어공제조합이 소프트웨어산업을 위하여 수행하는 사업)에 따라 표준세율(1천분의 40)을 적용한 취득세 등 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하였다. (다) 부동산매매(월세)계약서에 의하면, 청구법인과 AAA(청구법인 대표이사 BBB의 배우자)는 2017.4.26. 쟁점부동산을 보증금 OOO원(계약금, 월세는 없음)에 2017.4.26.~2018.4.25.까지 임대차하는 계약을 체결하면서 임대인의 계좌번호로 위 보증금을 입금하며, 임차인(AAA)은 계약만료시 현 상태로 원상복구한다는 내용의 특약사항을 체결하였다. (라) 등기부등본에 의하면, 주식회사 bbb(위 AAA가 사내이사로 재직하고 있는 법인이며, 감사는 청구법인의 대표이사임)는 쟁점부동산 소재지를 본점 소재지로 하고 응용 소프트웨어 개발 및 공급업, 경영컨설팅업 등의 목적사업을 영위하기 위하여 2016.7.25. 설립된 후 2018.1.22. OOO로 본점 소재지를 이전한 것으로 나타난다. (마) 주민등록표ㆍ처분청 과세자료에 의하면, AAA는 2016.7.27.부터 쟁점부동산 소재지에 전입하고 거주하고 있는 것으로 나타나고, 이에 처분청은 2016년도 주민세(개인균등분) 과세기준일(8.1.)을 기준으로 위 AAA에게 주민세 등 OOO원을 부과ㆍ고지한 것으로 나타난다. (바) 처분청이 제출한 지방소득세 부과를 위한 국세청 사업장연계 자료에 의하면, 청구법인의 대표이사(BBB)의 배우자인 AAA가 대표자로 있는 주식회사 aaa는 2016.8.1.부터 2018.1.22.까지 전세보증금 OOO원에 쟁점부동산의 사업장 면적 OOO㎡를 임차하여 사업을 영위하고 있는 것으로 나타난다. (사) 청구법인은 쟁점부동산을 소프트웨어개발업 용도로 직접 사용하였다고 주장하며 다음의 입증자료를 제출하였다.

1. 청구법인과 AAA는 쟁점부동산의 임대차계약만 체결하였을 뿐 즉시 그 계약을 취소하여 효력이 상실된 임대차계약서라고 주장하며, 청구법인의 세무대리인과 쟁점부동산을 관리하는 관리사무소장 명의의 확인서를 다음과 같이 제출하였다.

2. 청구법인이 주식회사 ccc, 주식회사 ddd, 주식회사 eee, fff 주식회사에게 2016.11.30.부터 2017.5.25.까지 SW 개발용역을 제공하면서 지급한 합계 OOO원의 전자세금계산서 자료를 제출하였다.

3. 통장거래사본에 의하면, 청구법인의 2016.6.1.부터 2017.12.31.까지 통장거래내역 중 AAA 명의로 청구법인에게 송금한 거래대금(임대차 보증금, 월세 등)은 나타나지 않는다.

4. 청구법인은 처분청 담당공무원(세무조사1팀 주무관 OOO)이 현장조사 없이 이 건 취득세 등을 부과ㆍ고지하였다고 주장하며 녹취록(2020.6.12., 통화자: 세무조사1팀 주무관 OOO) 자료를 제출하였다.

5. 현장사진(사진첨부는 생략)에 의하면, 쟁점부동산에는 사무용 가구와 컴퓨터(노트북, 데스크탑) 등의 집기가 있는 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 지방세법 제13조 제2항에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율을 적용한다. 다만, 수도권정비계획법 제6조에 따른 과밀억제권역에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조에 따른 해당 세율을 적용한다고 규정하면서 그 제1호에서 대도시에서 법인을 설립하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우를 규정하고 있고, 위 같은 조 제3항 제1호에서 제2항 각 호 외의 부분 단서에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 제2항 본문을 적용한다고 규정하면서 그 가목에서 정당한 사유 없이 부동산 취득일부터 1년이 경과할 때까지 대도시 중과 제외 업종에 직접 사용하지 아니하는 경우를 규정하고 있다. (나) 청구법인은 쟁점부동산에 대하여 임대차계약을 체결한 것은 사실이지만, 곧바로 해지 계약을 한 후, 이후부터 취득세 중과세 제외업종인 “소프트개발업” 용도로 직접 사용하였다고 주장하나, 청구법인과 AAA는 2016.6.10. 쟁점부동산에 대하여 임대차계약을 체결한 것으로 확인이 되는 반면, 청구법인과 AAA간에 임대차계약을 해지하였다는 입증자료는 제시하지 못하고 있는 점, 국세청 사업장연계 자료에 의하면, 주식회사 aaa의 사업장은 2016.8.1.부터 2018.1.22.까지 쟁점부동산에 소재하고 있는 것으로 확인되는 점, 청구법인은 쟁점부동산을 소프트개발업 용도로 직접 사용하였다고 주장하면서 그 입증자료로 2016.6.10.~2017.12.15.까지의 매출자료(OOO원)와 현장사진 등을 제시하고 있으나, 청구법인의 본점이 OOO이고, 쟁점부동산OOO은 본점이 아닌 지점에 해당하는바, 위 매출액 자료와 현장사진(사무가구, 노트북 등 집기)만으로는 쟁점부동산을 청구법인이 고유목적 사업인 소프트개발업의 용도로 직접 사용하였다고 보기 어려운 점, 설령 청구법인의 주장대로 쟁점부동산을 임대하지 않았다 하더라도 그 사용주체가 청구법인인지 또는 청구법인의 배우자가 재직하는 주식회사 ggg인 지가 불분명한 점, 처분청이 제출한 과세자료에 의하면, 임차계약서상 임차인인 AAA 명의로 2016년 8월 개인균등할 주민세를 부과하였고, 주민등록표상 위 AAA 명의로 위 기간 동안에 전입신고가 되었으며, 기타 청구법인 명의의 법인균등할 주민세 등이 부과되지 않은 점 등에 비추어, 청구법인이 쟁점부동산의 취득일부터 1년이 경과할 때까지 대도시 중과제외 업종에 직접 사용한 것으로 보기 어렵다 하겠으므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과․고지한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법(2015.12.29. 법률 제13636호로 개정된 것) 제11조(부동산 취득의 세율) ① 부동산에 대한 취득세는 제10조의 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

7. 그 밖의 원인으로 인한 취득

• 나. 농지 외의 것: 1천분의 40 제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ① 수도권정비계획법 제6조에 따른 과밀억제권역에서 대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용으로 신축하거나 증축하는 건축물(신탁법에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산 중 위탁자가 신탁기간 중 또는 신탁종료 후 위탁자의 본점이나 주사무소의 사업용으로 사용하기 위하여 신축하거나 증축하는 건축물을 포함한다)과 그 부속토지를 취득하는 경우와 같은 조에 따른 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률을 적용받는 산업단지ㆍ유치지역 및 국토의 계획 및 이용에 관한 법률을 적용받는 공업지역은 제외한다)에서 공장을 신설하거나 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제11조 및 제12조의 세율에 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(신탁법에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산을 포함한다)을 취득하는 경우의 취득세는 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율(제11조 제1항 제8호에 해당하는 주택을 취득하는 경우에는 제13조의2 제1항 제1호에 해당하는 세율)을 적용한다. 다만, 수도권정비계획법제6조에 따른 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률을 적용받는 산업단지는 제외한다. 이하 이 조 및 제28조에서 "대도시"라 한다)에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 "대도시 중과 제외 업종"이라 한다)에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조에 따른 해당 세율을 적용한다.

1. 대도시에서 법인을 설립[대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인(이하 "휴면법인"이라 한다)을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다]하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입(수도권정비계획법 제2조에 따른 수도권의 경우에는 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시로의 전입도 대도시로의 전입으로 본다. 이하 이 항 및 제28조 제2항에서 같다)함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우

2. 대도시(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률을 적용받는 유치지역 및 국토의 계획 및 이용에 관한 법률을 적용받는 공업지역은 제외한다)에서 공장을 신설하거나 증설함에 따라 부동산을 취득하는 경우

③ 제2항 각 호 외의 부분 단서에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 제2항 본문을 적용한다.

1. 제2항 각 호 외의 부분 단서에 따라 취득한 부동산이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 다만, 대도시 중과 제외 업종 중 대통령령으로 정하는 업종에 대하여는 직접 사용하여야 하는 기한 또는 다른 업종이나 다른 용도에 사용ㆍ겸용이 금지되는 기간을 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 달리 정할 수 있다.

• 가. 정당한 사유 없이 부동산 취득일부터 1년이 경과할 때까지 대도시 중과 제외 업종에 직접 사용하지 아니하는 경우
• 나. 부동산 취득일부터 1년 이내에 다른 업종이나 다른 용도에 사용ㆍ겸용하는 경우

2. 제2항 각 호 외의 부분 단서에 따라 취득한 부동산이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

• 가. 부동산 취득일부터 2년 이상 해당 업종 또는 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우
• 나. 부동산 취득일부터 2년 이상 해당 업종 또는 용도에 직접 사용하지 아니하고 다른 업종이나 다른 용도에 사용ㆍ겸용하는 경우

④ 제3항을 적용할 때 대통령령으로 정하는 임대가 불가피하다고 인정되는 업종에 대하여는 직접 사용하는 것으로 본다.

(2) 지방세법 시행령(2015.12.31. 대통령령 제26836호로 개정된 것) 제26조(대도시 법인 중과세의 예외) ① 법 제13조 제2항 각 호 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 업종”이란 다음 각 호에 해당하는 업종을 말한다.

12. 소프트웨어산업 진흥법 제2조 제3호에 따른 소프트웨어사업 및 같은 법 제27조에 따라 설립된 소프트웨어공제조합이 소프트웨어산업을 위하여 수행하는 사업