쟁점건축물을 종교단체의 연수시설과 종교집회장으로 사용하였음에도 전체를 종교집회장으로 사용한 것으로 보아 취득세 등의 감면을 배제한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부

[주 문] OOO장이 2020.7.15. 및 2020.12.10. 청구법인에게 한 취득세 및 재산세 등 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2018.9.13. OOO외 17필지 토지 OOO㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 및 건축물 OOO㎡(명칭: OOO이하 “쟁점건축물”이라 하고, 쟁점토지와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 AAA 주식회사로부터 취득(대물변제)한 후, 그 취득가액을 OOO원으로 하고 쟁점건축물 중 소매점으로 사용하는 부분(OOO㎡)을 제외한 나머지 부분(OOO㎡)에 대하여지방세특례제한법제50조 제1항 및 제2항에 따라 종교단체가 종교용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산이라 신고하여 취득세 등을 면제받았고, 2019년 및 2020년 재산세 등을 면제받았다.
• 나. 이후, 처분청은 청구법인이 항만시설물보호지구에 소재하는 쟁점건축물 중 소매점을 제외한 나머지 부분 전부를 종교단체의 연수시설이 아닌 종교집회장으로 사용하고 있는 것으로 보아, 2020.7.15.과 2020.8.10. 기 면제한 취득세 및 재산세 등 합계 OOO원을 부과ㆍ고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.9.29. 심판청구를 제기하였다.
• 라. 또한, 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 취득하면서 실제 취득가액 보다 OOO원을 과소신고한 것으로 보아, 2020.12.10. 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 추가로 부과·고지하였다.
• 마. 청구법인은 이에 불복하여 2021.3.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 AAA 주식회사가 교육연수목적으로 건축허가를 받은 쟁점부동산을 대물변제로 취득하면서 건축허가 당시의 OOO도시계획조례에 맞게 현재까지 종교 교육 및 연수를 목적으로 계속하여 쟁점건축물을 이용하고 있다. 처분청은 청구법인이 쟁점건축물을 주된 용도인 종교 관련 교육 및 연수 목적으로 이용하고 있는지에 대하여 청구법인으로부터 정기적으로 교육계획서를 제출받았고, 수시적·정기적으로 현장 확인을 통하여 검증했으며, 쟁점건축물의 불법사용에 대하여 제기된 민원에 대하여 청구법인이 쟁점건축물을 주용도인 교육연수시설로 사용하고 있어 건축법 등 위반사항이 없다고 공개적으로 인정하였다. 처분청은 청구법인이 쟁점건축물 전부를 종교집회장으로 사용하고 있다고 주장하나 이에 대한 어떠한 증거도 제시하지 못하고 있고, 청구법인은 다양한 증빙에서 입증되듯 쟁점건축물을 종교집회장과 교육연수시설로 구분하여 현행 OOO도시계획 조례에 위반됨 없이 사용하고 있다. 또한, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령 제76조 및 OOO도시계획 조례 제43조는 항만보호지구 안에서의 건축당시의 건축제한에 관한 사항이지 건축 후 그 용도제한에 관한 사항은 아니고, 설령, OOO도시계획조례를 위반하였다고 하더라도지방세특례제한법의 규정 없이 바로 감면 받은 취득세 등을 추징할 수 없으며,지방세특례제한법제50조 단서규정의 추징사유에 해당한 사실도 없다. 따라서, 청구법인은 쟁점건축물을 취득한 후 건축물대장상 용도에 부합하게 종교집회장과 교육연수시설로 구분하여 종교목적에 직접 사용하였음에도 쟁점건축물 전체를 종교집회장으로 사용한 것으로 보아 감면을 배제하고 취득세 및 재산세 등을 부과한 처분은 부당하다.

(2) 청구법인은 쟁점부동산을 취득할 당시 이를지방세특례제한법제50조 제1항 및 제2항에 따른 종교용 부동산으로 처분청에 지방세 감면신청을 하였고, 처분청은 청구법인의 이러한 신고행위를 수리하면서 감면확인서를 발급하였음에도 감면을 배제하고 취득세 등을 부과한 처분은 신의칙에 위반된다.

• 나. 처분청 의견

(1) OOO도시계획조례 제41조 및 제43조에서는 중요시설물 보호지구는 항만시설물보호지구로 세분되어 있고, 관련 법령에 따라 항만시설물보호지구에는 OOO제곱미터 이상인 종교시설(집회장)을 건축할 수 없다. 따라서, 최초 AAA 주식회사가 항만시설물보호지구에서 건축이 허용되는 교육연수목적의 건축물의 건축허가를 받았다고 하더라도 청구법인이 무단으로 종교시설로 용도변경을 한 행위는 용인될 수 없다. 쟁점건축물이 위치한 항만시설물보호지구에는 바닥면적 OOO제곱미터 이상의 종교집회장을 건축할 수 없고, 이를 위반하면 국토계획법에 따라 허가·인가 등의 취소, 공사의 중지, 공작물 등의 개축 또는 이전, 그 밖에 필요한 처분을 하거나 조치를 받을 수 있으므로 쟁점건축물을 종교목적으로 사용하는 것은 불법적인 사용이 된다. AAA 주식회사가 받은 건축허가는 회사 내 직원 등에 대한 교육연수 목적이었던 반면, 청구법인의 경우 청구주장처럼 이를 교인에 대한 연수활동, 즉 종교행위에 이를 활용한 것이라 할 것으로 쟁점부동산을 교육연수시설로 사용하였다는 청구주장은 받아들일 수 없다.

(2) 청구법인은 쟁점부동산을 취득할 당시 이를지방세특례제한법제50조 제1항 및 제2항에 따른 종교용 부동산으로 처분청에 감면신청을 하였고, 처분청은 청구법인의 이러한 신고행위를 수리하면서, 해당 부동산에 대한 취득세가 청구법인의 감면신청에 따라 면제받았다는 확인서를 교부한 것으로, 이러한 감면확인서를 발급받았다고 하여 이에 반하는 추징을 하는 것이 신의칙에 반한다는 청구주장은 타당하지 않다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점

① 쟁점건축물을 종교단체의 교육연수시설과 종교집회장으로 사용하였음에도 전체를 종교집회장으로 불법사용한 것으로 보아 취득세 등의 감면을 배제한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부

② 신의성실의 원칙에 위배되는지 여부

• 나. 관련 법령

(1) 지방세특례제한법 제50조(종교단체 또는 향교에 대한 면제) ① 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

1. 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우

2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

② 제1항의 종교단체 또는 향교가 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용(종교단체 또는 향교가 제3자의 부동산을 무상으로 해당 사업에 사용하는 경우를 포함한다)하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대해서는 재산세(지방세법제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및지방세법제146조 제2항에 따른 지역자원시설세를 각각 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 아니한다.

(2) 부산광역시 도시계획조례 제43조(항만시설물보호지구안에서의 건축제한) 영 제76조에 따라 제41조 제2항 제1호의 항만시설물보호지구안에서는 다음 각 호의 건축물을 건축할 수 있다. 1.항만법에 따른 항만시설 2.어촌·어항법에 따른 어항시설 3.건축법 시행령별표 1 제2호의 공동주택 중 기숙사 4.건축법 시행령별표 1 제3호의 제1종 근린생활시설 5.건축법 시행령별표 1 제4호의 제2종 근린생활시설(단란주점 및 안마시술소는 제외한다) 6.건축법 시행령별표 1 제5호의 문화 및 집회시설 중 가목 및 라목에 해당하는 것 7.건축법 시행령별표 1 제7호의 판매시설(소매시장은유통산업발전법별표 제6호의 그 밖의 대규모점포에 한정한다) 8.건축법 시행령별표 1 제8호의 운수시설 9.건축법 시행령별표 1 제9호의 의료시설(격리병원은 제외한다) 10.건축법 시행령별표 1 제10호의 교육연구시설 중 교육원, 연구소 및 도서관 (이하 생략)

(3) 건축법 시행령 [별표 1] 용도별 건축물의 종류(제3조의5 관련)

4. 제2종 근린생활시설

• 나. 종교집회장[교회, 성당, 사찰, 기도원, 수도원, 수녀원, 제실(祭室), 사당, 그 밖에 이와 비슷한 것을 말한다. 이하 같다]으로서 같은 건축물에 해당 용도로 쓰는 바닥면적의 합계가 500제곱미터 미만인 것

10. 교육연구시설(제2종 근린생활시설에 해당하는 것은 제외한다)

• 가. 학교(유치원, 초등학교, 중학교, 고등학교, 전문대학, 대학, 대학교, 그 밖에 이에 준하는 각종 학교를 말한다)
• 나. 교육원(연수원, 그 밖에 이와 비슷한 것을 포함한다)
• 다. 직업훈련소(운전 및 정비 관련 직업훈련소는 제외한다)
• 라. 학원(자동차학원·무도학원 및 정보통신기술을 활용하여 원격으로 교습하는 것은 제외한다), 교습소(자동차교습ㆍ무도교습 및 정보통신기술을 활용하여 원격으로 교습하는 것은 제외한다)
• 마. 연구소(연구소에 준하는 시험소와 계측계량소를 포함한다)
• 바. 도서관
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인의 규약 제3조에서 청구법인의 설립목적은 성경에 약속된 구원의 천국복음을 세계만방에 증거 전파하고, 만국을 소성하기 위한 전도의 사명이고, 제4조에서 주된 사업은 복음전도, 선교 및 교육을 위한 지교회 설립운영, 간행물 및 교재 발간, 성경교육을 위한 선교센터 운영, 국내외 선교지원(인적 물적 지원), 지역사회 봉사 및 구제사업 성도 후생복리사업 등으로 나타난다. (나) 청구법인은 2018.9.13. 항만시설물보호지구에 있는 쟁점부동산을 AAA 주식회사로부터 취득(대물변제)한 후, 쟁점건축물 중 소매점으로 사용하는 부분(OOO㎡)을 제외한 나머지 부분(OOO㎡)에 대하여 종교단체가 종교용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산이라 신고하여 취득세 등과 2019년 및 2020년 재산세 등을 면제받았다. (다) 처분청은 청구법인이 항만시설물보호지구에 소재하는 쟁점건축물OOO중 소매점을 제외한 나머지 부분 전부를 종교단체의 종교집회장으로 사용하고 있는 것으로 보아 기 면제한 취득세 및 재산세 등을 부과ㆍ고지하였으나, 처분청은 쟁점건축물 중 소매점을 제외한 나머지 부분 전부를 종교집회장으로 사용하였다는 객관적인 증빙자료를 제시하지 아니하였다. (라) 건축물대장에 의하면, 쟁점건축물은 항만시설보호지구에 소재하고, 2018.6.29. 사용승인[지하 2층(주차장 등)/ 지상 7층(연수원 OOO㎡, 소매점 OOO㎡, 종교집회장 OOO㎡), 주용도: 연수원]되었다. (마) 청구법인은 쟁점건축물OOO을 건축허가 받은 주용도인 종교 관련 교육 및 연수 목적으로 이용하고 있는지에 대하여 처분청에 정기적으로 교육계획서를 제출하였고, 이에 대하여 처분청(건축과)은 현장 확인을 통하여 검증하였다. (바) 처분청(건축과)은 2019.1.17. 제기된 민원(쟁점건축물의 불법사용)에 대하여, 청구법인이 제출한 교육계획서와 현장 확인을 한 결과 쟁점건축물의 주용도인 교육연수시설로 사용하고 있어 건축법 등 위반사항이 없다고 회신하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 쟁점건축물의 소매점을 제외한 나머지 전체를 종교집회장으로 사용하였다는 의견이나, 이와 관련하여 객관적인 증빙자료를 제시한 사실이 없는 점, 반면, 청구법인은 AAA 주식회사가 교육연수목적으로 건축허가를 받은 쟁점건축물을 대물변제로 취득하였고, 쟁점건축물을 OOO 도시계획조례에 맞게 현재까지 종교 교육 및 연수 등의 목적으로 사용하고 있다고 주장하면서, 쟁점건축물을 주된 용도인 종교 관련 교육 및 연수 목적으로 이용하고 있는지에 대하여 처분청에 정기적으로 교육계획서를 제출하였고, 처분청은 교육계획서 및 현장 확인을 통하여 이를 검증하였으며, 쟁점건축물의 불법사용에 대하여 제기된 민원에 대하여 처분청은 청구법인이 쟁점건축물을 주용도인 교육연수시설로 사용하고 있어 건축법 등 위반사항이 없다는 취지로 회신한 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점건축물(소매점 제외) 전체를 종교집회장으로 사용한 것으로 보아 감면을 배제하고 취득세 및 재산세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다. (나) 쟁점①이 인용됨에 따라 쟁점②는 별도로 심리할 실익이 없으므로 생략한다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로지방세기본법제96조 제6항과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.