2014.1.1. 개정된 「지방세법」부칙 제15조 또는 신뢰보호원칙에 따라 「조세특례제한법」상 법인세 감면규정을 법인지방소득세 계산시 적용할 수 있는지 여부

[참조결정] 조심2021지0411

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2014사업년도 법인세를 신고하면서 조세특례제한법 제121조의2(외국인투자에 대한 조세감면) 규정에 따라 2014.1.1. 이전에 발생한 외국인투자감면 세액공제액 OOO원을 차감하여 산출한 금액을 2014사업연도 법인세로 신고․납부한 후, 2015.4.30. 처분청에 2014사업연도 법인지방소득세 신고시 외국인투자감면 세액공제액의 10%에 해당하는 OOO원(이하 “쟁점공제세액”이라 한다)을 세액공제 받지 아니한 채 법인세법제13조에 따라 계산한 금액을 과세표준으로 하고 지방세법제103조의20에 따른 세율을 적용하여 산출한 2014사업연도 법인지방소득세(이하 “이 건 법인지방소득세”라 한다)를 신고․납부하였다.
• 나. 청구법인은 2020.5.1. 2014사업연도 법인지방소득세 신고시 2013.12.31. 이전에 발생한 쟁점공제세액의 이월공제를 적용하지 아니하여 과다 신고․납부하였다는 이유로 ＜표1＞ 및 ＜표2＞ 기재와 같이 경정청구를 하였으나, 처분청은 2020.6.26. 이를 거부하였다. ＜표1＞ 법인지방소득세 경정청구 내역 (단위: 원)

○○○ ＜표2＞ 법인지방소득세 경정청구 내역 (단위: %, 원)

○○○

• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.9.24. 이의신청을 거쳐 2021.2.24. 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 2014.1.1. 개정된 지방세법부칙에서는 “종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.”고 규정하고 있는바, 해당 경과규정의 문언과 취지 및 납세자의 신뢰보호를 고려할 때 2014.1.1. 전에 발생하여 이월된 세액공제액은 법인지방소득세에서도 공제가 허용되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 2014.1.1. 이전에는 법인지방소득세가 법인세액을 과세표준으로 하고 10%의 세율을 적용하여 산출되었으므로, 법인세 세액공제를 적용한 법인세액을 과세표준으로 하여 법인지방소득세를 산출한 결과 법인지방소득세에서도 법인세법령상 세액공제액 이월공제의 반사적 효과를 보았으나, 이는 지방세법령상 법인지방소득세 세액공제 관련 규정에 따른 법률효과는 아니었으므로 법인지방소득세 세액공제액 이월공제를 개정된 지방세법부칙에서 종전규정의 적용대상으로 규정한 ‘종전의 법령에 따라 감면 또는 부과되어야 할 지방세’에 해당한다고 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 2014.1.1. 개정된 지방세법부칙 제15조에 따라 법인세 세액공제액의 이월액을 법인지방소득세 계산 시에도 공제할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 2014사업년도 법인세를 신고하면서 조세특례제한법 제121조의2 규정에 따라 2014.1.1. 이전에 발생한 쟁점공제세액을 차감하여 산출한 금액을 2014사업연도 법인세로 신고․납부한 후, 2015.4.30. 처분청에 2014사업연도 법인지방소득세 신고시 쟁점공제세액을 세액공제 받지 아니한 채 이 건 법인지방소득세를 신고․납부하였다. (나) 청구법인은 2020.5.1. 2014사업연도 법인지방소득세 신고 시 2013.12.31. 이전에 발생한 쟁점공제세액의 이월공제를 적용하지 아니하여 과다 신고․납부하였다는 이유로 위 ＜표1＞ 및 ＜표2＞ 기재와 같이 경정청구를 하였으나, 처분청은 2020.6.26. 이를 거부하였다. (다) 청구법인은 이에 불복하여 2020.9.24. 이의신청을 거쳐 2021.2.24. 심판청구를 하였다. (라) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것) 제103조의19는 2014.1.1. 지방소득세를 독립세 방식으로 전환함에 따라 신설된 조문으로, 이에 대한 제정·개정이유는 다음과 같이 나타난다.

• 자. 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세 과세표준은 법인세법과 동일하게 하되, 표준세율을 별도로 정하고 지방자치단체의 조례로 표준세율의 100분의 50의 범위 내에서 세율을 가감할 수 있도록 함(제103조의19 및 제103조의20 신설). (마) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것) 제103조의22 제1항에서 ‘내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정한다. 이 경우 공제 및 감면되는 세액은 법인지방소득세 산출세액에서 공제한다.’고 규정하고 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다. 청구법인은 이 건 경정청구 거부처분이 부당하다고 주장하나, 법인세 세액공제 및 이월공제를 규정한 조세특례제한법에서는 외국인투자 감면 등 각종 세액공제대상을 법인세에서 공제하되 해당 사업연도에 공제받지 못한 금액은 이월하여 공제한다고 규정한 것인데 2014.1.1. 개정전 지방세법상 법인지방소득세의 산정방식이 법인세액을 법인지방소득세 과세표준으로 삼았던 결과 법인지방소득세 산출시 법인세 세액공제 및 이월공제에 따른 세액감소 효과를 간접적으로 보았던 것뿐이므로, 위 법령에서 법인지방소득세에 대하여도 비과세 내지 감면을 명시적으로 규정하고 있었다고 보기 어렵고, 지방세법령에서도 달리 세액공제와 그 이월공제에 관하여 정한 바가 없어 법인세 세액공제 이월공제에 따른 지방소득세 경감액을 개정된 지방세법부칙 제15조에서 규정한 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세”에 해당한다고 보기 어려우므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제6항, 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법률

(1) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것) 제103조의19(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 법인세법제13조에 따라 계산한 금액(조세특례제한법 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 금액)으로 한다. 제103조의20(세율) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 표준세율은 다음 표와 같다.(표 생략) 제103조의22(세액공제 및 세액감면) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정한다. 이 경우 공제 및 감면되는 세액은 법인지방소득세 산출세액(제103조의31에 따른 토지 등 양도소득, 조세특례제한법 제100조의32 제2항에 따른 미환류소득에 대한 법인지방소득세 세액을 제외한 법인지방소득세 산출세액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 공제한다. 부 칙 제15조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

(2) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것) 제121조의2(외국인투자에 대한 조세 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하기 위한 외국인투자(외국인투자촉진법 제2조 제1항 제4호에 따른 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대해서는 제2항, 제4항, 제5항 및 제12항에 따라 법인세, 소득세, 취득세 및 재산세(지방세법 제111조에 따라 부과된 세액을 말한다. 이하 같다)를 각각 감면한다.

1. 국내산업구조의 고도화와 국제경쟁력 강화에 긴요한 신성장동력산업에 속하는 사업으로서 대통령령으로 정하는 기술을 수반하는 사업 제144조(세액공제액의 이월공제) ① 제5조, 제7조의2, 제8조의3, 제10조, 제11조, 제12조제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제29조의2, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의5, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의22, 제104조의25, 제126조의6 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세[사업소득(제126조의6을 적용하는 경우에는 소득세법 제45조제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다.