2014.1.1. 개정된「지방세법」의 부칙(일반적 경과규정)을 적용하여 개정 전 「지방세법」의 규정에 따라 지방소득세 산출세액에서 조특법상 세액공제액을 차감하여야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 자동차 관련 부품 생산·판매를 주요사업으로 영위하는 법인으로서, 2014사업연도 법인지방소득세 신고시 2013사업연도에 연구개발비 등 지출하고 공제한도 규정에 따라 이월된 세액공제액을 반영하지 아니하고 산정한 법인세 과세표준 OOO원을 과세표준으로 하여 산정한 지방소득세를 신고·납부하였습니다.
• 나. 그후 청구법인은 2020.4.29. 2014사업연도에 조세특례제한법제10조에 따른 연구·인력개발비에 대한 이월 세액공제액을 누락하여 신고하였는 바, 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것, 이하 “개정 지방세법”이라 한다) 부칙 제15조의 일반적 경과규정에 따라 종전과 같이 이러한 법인세 이월세액 공제액에 상당하는 지방소득세를 법인지방소득세 산출세액에서 공제하여야 한다는 취지로 2014사업연도 법인지방소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였고, 처분청은 2020.6.22. 이를 거부하는 통지를 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.9.16. 이의신청을 거쳐 2021.2.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2005년 11월에 설립되어 AAA 및 BBB자동차의 A/S부품과 OOO제품의 임가공용역을 주된 사업으로 영위하는 법인으로서, 2014사업연도 법인지방소득세 신고 시 조세특례제한법제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제)의 규정에 따른 세액공제 이월액을 누락하여 신고하였는바, 지방세기본법제20조에서 납세자의 예측 가능성과 재산권의 부당한 침해를 방지하기 위하여 소급과세금지원칙을 규정하고 있고, 개정 지방세특례제한법부칙(2014.1.1. 법률 제12175호로 개정된 것) 제6조에서 “이 법 시행당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나, 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다”고 규정하고 있으므로 지방세특례제한법개정(2014.1.1.) 전에 이미 발생한 연구인력개발비 등에 대한 법인세 세액공제액의 10%를 2014년 귀속분 법인지방소득세에서 공제하여야 할 것이다.
• 나. 처분청 의견 조특법 및 구 지방세법어디에도 법인세분 지방소득세에 대한 감면규정은 별도로 규정되어 있지 않으며, 조특법에 따라 법인세 결정세액이 감면되고 구 지방세법에서 법인세분 지방소득세를 그 법인세액의 10%를 과세표준과 세율로 하였기 때문에 법인세와 동일하게 세액감면의 효과를 볼 수 있었던 것이지만, 지방세법이 2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되면서 법인지방소득세가 종전 법인세 결정세액의 10%를 단순하게 징수하던 부가세 방식에서 독립세 방식으로 전환하여 법인지방소득세의 과세표준은 법인세법제13조에 따라 계산한 금액, 세율은 지방세법103조의20에 규정하면서 지방세특례제한법등 지방세관련법에서 법인지방소득세에 대한 세액공제ㆍ감면 규정이 없는 이상 기존의 조특법에 따른 세액공제ㆍ감면은 적용하지 않게 되었으며, 조특법 제10조 등은 법인세의 세액감면을 규정하고 있고, 지방세관련법에서 법인지방소득세 감면에 대한 언급은 그 어디에도 없음에도 개정 전과 동일한 감면을 하여야 한다는 청구주장은 결국 개정 지방세법시행에도 불구하고 개정 전 지방소득세 과세표준(조세특례제한법에 의거 세액 감면된 법인세액)을 적용해달라는 것과 같다 할 것이다. 이러한 주장은 개정 지방세법부칙에서 “지방소득세에 대해서는 이 법 시행 후 최초로 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다”고 명시하고 있고 이로써 개정 지방세법시행일인 2014년 1월 1일 이후부터 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립하는 법인지방소득세에 대해서는 개정 지방세법에 따라 법인세의 과세표준을 지방소득세의 과세표준으로 적용하여야 한다. 또한, 조특법 제10조 등은 세액감면 등을 법인세에서 공제한다고 규정하고 있을 뿐이며, 구 지방세법상 법인지방소득세의 산정방식이 법인세액을 과세표준으로 삼고 있었다고 하더라도 지방세와 법인세의 관계, 규정의 체계 및 내용 등에 비추어 볼 때, 위 조특법 규정을 통해 법인지방소득세에 대하여도 비과세 내지 감면을 명시적으로 규정하고 있었다고 보기는 어렵기 때문에 세액감면에 관하여 개정 지방세법부칙 제15조에 따라 구 지방세법및 조세특례제한법이 적용된다고 볼 수 없다. 대법원 판례는 “조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 있어서 부칙조항을 근거로 하여 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용할 경우가 있다고 하더라도, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한 설사 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다 할 것이다”라고 해석하여 법령개정에도 불구하고 종전 규정이 적용되려면 그 법규가 향후 얼마 동안은 특별히 면제한다는 것을 명시적으로 정했어야 한다고 판시하였다. 따라서 개정 지방세법이 시행된 이후 청구법인이 한 법인지방소득세 신고납부행위에 대하여 종전 지방세법의 세액감면에 관한 규정은 없으므로 개정 지방세법부칙 제15조에 의하여 종전 지방세법의 세액감면에 관한 규정이 적용될 여지는 없으며, 개정 지방세법부칙 제15조의 경과규정을 적용한다 하여 종전 지방세법등에 적용할 근거 규정이 있지도 않은 세액감면 규정이 청구법인의 이 건 법인지방소득세 납세의무에 대하여 적용될 여지는 전혀 없으므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 2014.1.1. 개정된지방세법의 부칙(일반적 경과규정)을 적용하여 개정 전 지방세법의 규정에 따라 지방소득세 산출세액에서 조특법상 이월공제세액을 차감하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법률

(1) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것) 제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2015년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다. 제11조(연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제) ① 내국인이 2015년 12월 31일까지 연구 및 인력개발을 위한 시설 또는 신기술의 기업화를 위한 시설에 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 해당 투자금액의 100분의 3(대통령령으로 정하는 중견기업의 경우에는 100분의 5, 중소기업의 경우에는 100분의 10)에 상당하는 금액을 그 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 제25조의3(환경보전시설 투자에 대한 세액공제) ① 내국인이 대통령령으로 정하는 환경보전시설에 2016년 12월 31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 그 투자금액의 100분의 3(대통령령으로 정하는 중견기업의 경우에는 100분의 5, 중소기업의 경우에는 100분의 10)에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 세액공제의 방법은 제11조를 준용한다. 제26조(고용창출투자세액공제) ① 내국인이 2017년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자와 수도권과밀억제권역 내에 투자하는 경우는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 하는 경우로서 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 감소하지 아니한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 더한 금액을 해당 투자가 이루어지는 각 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 중소기업의 경우에는 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우에도 제1호를 적용한다. 이 경우 제1호의 금액에서 감소한 상시근로자 1명당 1천만원씩 뺀 금액으로 하며, 해당 금액이 음수(陰數)인 경우에는 영으로 한다. 제132조(최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제) ① 내국법인(제72조 제1항을 적용받는 조합법인 등은 제외한다)의 각 사업연도의 소득과 법인세법제91조 제1항을 적용받는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득에 대한 법인세(법인세법제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세와 같은 법 제96조에 따른 법인세에 추가하여 납부하는 세액, 제100조의32에 따른 투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례를 적용하여 계산한 법인세, 가산세 및 대통령령으로 정하는 추징세액은 제외하며, 대통령령으로 정하는 세액공제 등을 하지 아니한 법인세를 말한다)를 계산할 때 다음 각 호의 어느 하나에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제2호에 따른 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준(이하 이 조에서 "과세표준"이라 한다)에 100분의 17[과세표준이 100억원 초과 1천억원 이하 부분은 100분의 12, 과세표준이 100억원 이하 부분은 100분의 10, 중소기업의 경우에는 100분의 7(중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도에는 100분의 8, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 100분의 9로 한다)]을 곱하여 계산한 세액(이하 "법인세 최저한세액"이라 한다)에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대해서는 감면 등을 하지 아니한다. 제144조(세액공제액의 이월공제) ① 제5조, 제7조의2, 제7조의4, 제8조의3, 제10조, 제12조 제2항, 제12조의3, 제12조의4, 제13조의2, 제13조의3, 제19조 제1항, 제25조, 제25조의4부터 제25조의7까지, 제26조, 제29조의2부터 제29조의5까지, 제29조의7, 제30조의2부터 제30조의4까지, 제96조의3, 제99조의12, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의22, 제104조의25, 제104조의30, 제122조의4 제1항, 제126조의6, 제126조의7 제8항 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 다음 각 호의 구분에 따른 기간 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세[사업소득(제96조의3 및 제126조의6을 적용하는 경우에는 소득세법제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다.

(2) 지방세법 (2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 이전의 것) 제85조(정의) 지방소득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

4. “법인세분”이란 법인세법에 따라 납부하여야 하는 법인세액을 과세표준으로 하는 지방소득세를 말한다. 제89조(세율) ①소득분의 표준세율은 다음과 같다. 구분 세율 소득세분 법인세분 소득세액의 100분의 10 법인세액의 100분의 10

② 지방자치단체의 장은 조례로 정하는 바에 따라 소득분의 세율을 제1항의 표준세율의 100분의 50의 범위에서 가감할 수 있다.

(3) 지방세법 (2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것) 제103조의19(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 법인세법제13조에 따라 계산한 금액(조세특례제한법및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 법인세의 과세표준)과 동일한 금액으로 한다. 제103조의22(세액공제 및 세액감면) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정한다. 이 경우 공제 및 감면되는 세액은 법인지방소득세 산출세액(제103조의31에 따른 토지 등 양도소득에 대한 법인지방소득세 세액을 제외한 법인지방소득세 산출세액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 공제한다.

② 제1항에 따른 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 공제세액 또는 감면세액이 법인지방소득세 산출세액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 한다. ＜부 칙＞ 제15조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료는 다음과 같다. (가) 청구법인의 2013사업연도에 발생한 연구․인력개발비 등에 대한 세액공제 등이 이월액이 발생하였으므로 이에 상당하는 법인 지방소득세를 감액하여야 한다는 취지로 아래 ＜표＞와 같이 경정청구를 하였다. ＜표＞ 경정청구 내역 (단위: 원)

○○○ (나) 개정 지방세법의 개정이유에는 “소득세 및 법인세의 부가세 형태로 부과ㆍ징수하고 있는 지방소득세를 독립세 방식으로 전환함으로써 지방자치단체의 자주재원을 확충하고 지역경제의 발전을 지방세수의 신장과 연계”하기 위한 것으로 기재되어 있다. (다) 개정 지방세법이 발의되었을 당시 국회 행정안전위원회 전문위원이 작성한 검토보고서에 의하면, “구 지방세법 하에서 법인세 세액공제 및 감면에 연동하여 부가적으로 법인지방소득세도 세액공제․감면을 받았으나, 지방세법의 개정으로 더 이상 이와 같은 혜택이 유지되지 않는다. 법률 개정안이 지방소득세를 부가세에서 독립세 방식으로 전환하였으므로, 지방소득세에 대한 특례조항을 별도로 규정할 필요가 있어 개정안은 개인지방소득세에 관한 세액공제 등에 대하여는 새로이 지방세특례제한법 등에 옮겨 규정하였던 반면, 법인지방소득세에 관한 특례조항은 배제함으로써 법인에 대한 지방소득세의 과세를 강화하였다”는 취지로 기재하고 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살펴본다. 청구법인은 2014.1.1. 이후 법인지방소득세에서도 2014.1.1. 개정된 지방세법부칙 제15조에 따라 2014.1.1. 이전에 발생한 법인세 세액감면을 적용하여야 한다고 주장하나, 2014.1.1. 개정되기 전의 지방세법제85조 제4호에서는 법인세분이란 법인세법에 따라 납부하여야 할 법인세를 과세표준으로 하는 지방소득세를 말한다고 규정하고 있고, 종전 규정에서는 단순히 법인세법에 따라 산정된 납부세액을 지방소득세 과세표준으로 보아 법인세분 지방소득세를 산정하도록 하였을 뿐이고, 납부하여야 할 법인세액을 산정함에 있어서 구 조특법의 세액감면으로 인하여 지방소득세의 과세표준에 영향일 미칠 수는 있다고 하더라도, 이는 조특법상 세액감면에 관한 특례규정을 두고 있는데 기인한다 할 것이다. 그러나, 2014.1.1. 지방세법이 개정되면서 내국법인에 대한 지방소득세 과세표준을 법인세법제13조에 따라 계산한 법인세의 과세표준(조특법 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정과 관련된 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 법인세의 과세표준)과 동일한 금액으로 하도록 개정함에 따라 과세표준의 산정방식을 법인세 과세표준과 동일하게 산정하도록 규정하고 있으며, 이와 같이 과세표준의 산정방식을 납부하여야 할 법인세액에서 법인세 과세표준으로 개정하면서 법인세법상 세액감면과 관련된 규정은 모두 적용을 배제하는 형태를 갖추게 되었고, 이러한 지방소득세 과세표준 산정방식의 변경에 따라 개정된 이후의 사업연도에 발생한 세액감면의 경우에는 이를 지방소득세 과세표준에 적용되지 아니함에도, 그 이전에 발생한 세액감면을 그대로 적용하는 것은 개정 이후에 발생한 법인세 과세소득과 관련이 없는 세액감면액을 개정 이후의 사업연도에서 발생한 소득에 따른 지방소득세에서 차감하게 되는 결과를 초래하게 된다 할 것으로서, 이와 같이 납세의무 성립 시점과 관련이 없는 과거의 법인세 세액감면 규정을 개정 지방세법의 부칙 규정에 따라 개정 이후에 적용하기 위해서는 지방세법 및 지방세특례제한법에 특례 규정이 있는 경우에 한정하여 적용할 수 있다 할 것인데, 지방세법령에서 달리 법인의 연구․인력개발비 지출에 따른 세액감면과 관련하여 정한 바가 없으므로 법인세 세액감면에 따른 지방소득세 경감액을 개정된 지방세법부칙 제15조에 따라 감면하여야 한다는 청구주장은 인정하기 어렵다 할 것이므로, 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 별다른 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.