이월공제 규정에서 세액공제를 허용하고 있는 기한까지는 일반적 경과조치를 적용하여 개정전 규정에 따라 지방소득세를 산정하여야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2015.4.30. 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것, 이하 “개정 법률”이라 한다)에 따라 2014사업연도의 법인지방소득세 OOO원(이하 “이 건 지방소득세”라 한다)을 신고·납부하였다.
• 나. 이후, 청구법인은 2020.4.29. 개정 법률 부칙 제15조(이하 “일반적 경과조치”라 한다)에 따라 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것) 제89조 제1항(이하 “개정전 규정”이라 한다)을 적용하여 이 건 지방소득세를 당해 연도 법인세액의 100분의 10으로 경정하여 달라는 취지로 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2020.6.29. 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.9.18. 이의신청을 거쳐 2021.2.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 개정전 규정에서는 지방소득세를 법인세법에 따라 납부하여야 하는 법인세액을 과세표준으로 하여 100분의 10 세율을 적용하여 산출한다고만 규정하고 있어서 그 최종적인 세액을 확정하기 위해서는 법인세법령과 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 조세특례제한법”이라 한다) 제121조의2 제1항(이하 “이 건 감면규정”이라 한다), 제144조 제1항(이하 “이월공제 규정”이라 한다) 등을 아울러 적용하여야 한다. 즉 위 규정들이 모두 유기적으로 결합하여 지방소득세액의 세액이 확정되는 것이므로, 위 규정들은 일체로서 일반적 경과조치에서 말하는 종전 규정, 즉 지방소득세를 부과 또는 감면하는 규정이 된다. 따라서 이월공제 규정에서 세액공제를 허용하고 있는 기한까지는 일반적 경과조치를 적용하여 위 규정들에 따라 지방소득세를 산정하는 것이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 개정전 규정은 지방소득세의 세율을 법인세액의 100분의 10으로 정한다고 규정하고 있을 뿐, 지방소득세에 대해서 구 조세특례제한법상 이월공제 규정이 적용된다고 볼 만한 규정을 두고 있지 아니하므로 개정전 규정은 일반적 경과조치의 적용대상에 해당되지 않는다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이월공제 규정에서 세액공제를 허용하고 있는 기한까지는 일반적 경과조치를 적용하여 개정전 규정에 따라 지방소득세를 산정하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: 붙임
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 자료에 따르면 아래와 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 2012.12.14. 기획재정부장관으로부터 산업용 펌프 제조(이하 “이 건 감면대상 사업”이라 한다)와 관련하여 이 건 감면규정에 따른 조세감면승인 결정을 통보(이하 “이 건 감면승인”이라 한다)받은 것으로 나타난다. (나) 청구법인은 이 건 감면승인에 따라 2014사업연도의 이 건 감면대상 사업에 대한 법인세를 100% 감면받았고, 이 건 지방소득세에서 이 건 감면승인과 관련한 세액공제가 반영되어 있지 아니한 데에는 처분청도 이견이 없는 것으로 나타난다. (다) 개정 법률의 개정이유에는 “소득세 및 법인세의 부가세 형태로 부과ㆍ징수하고 있는 지방소득세를 독립세 방식으로 전환함으로써 지방자치단체의 자주재원을 확충하고 지역경제의 발전을 지방세수의 신장과 연계”하기 위한 것으로 기재되어 있다. (라) 개정 법률이 발의되었을 당시 국회 행정안전위원회 전문위원이 작성한 검토보고서에 의하면, “구 지방세법 하에서 법인세 세액공제 및 감면에 연동하여 부가적으로 법인지방소득세도 세액공제․감면을 받았으나, 지방세법의 개정으로 더 이상 이와 같은 혜택이 유지되지 않는다. 법률 개정안이 지방소득세를 부가세에서 독립세 방식으로 전환하였으므로, 지방소득세에 대한 특례조항을 별도로 규정할 필요가 있어 개정안은 개인지방소득세에 관한 세액공제 등에 대하여는 새로이 지방세특례제한법 등에 옮겨 규정하였던 반면, 법인지방소득세에 관한 특례조항은 배제함으로써 법인에 대한 지방소득세의 과세를 강화하였다”는 취지로 기재하고 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴보면, 청구법인은 일반적 경과조치에서 규정한 종전 규정의 범위에 구 조세특례제한법도 포함되는 것을 전제로 하여 이 건 지방소득세의 경정을 주장하고 있다. 그러나 지방소득세의 신고기한(해당 사업연도 종료일부터 4개월)이 법인세의 신고기한(사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월) 이후라는 점을 고려하면 개정전 규정의 “법인세액”은 법인세법령에 따른 신고로 이미 확정된 “법인세액”을 의미한다 할 것이다. 즉, 개정전 규정에서의 지방소득세는 이미 확정된 법인세액을 과세표준으로 하여 산정하면 되는 것이지 그 산정 과정에서 법인세법령이나 조세특례제한법령을 다시 살펴야할 이유가 없다. 결국, 일반적 경과조치에서 규정한 종전 규정은 개정전 규정을 의미하는 것이고, 여기에 법인세법령이나 구 조세특례제한법이 포함된다고 보기 어렵다. 그렇다면, 개정전 규정만으로는 신뢰보호와 관련된 내용을 담고 있다고 볼 수 없으므로 2014년 이후에 납세의무가 성립된 지방소득세 산정에 있어서는 일반적 경과조치를 적용할 여지는 없다 할 것이다. 따라서 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. 붙임. 관련 법령

(1) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것) 제89조(세율) ①소득분의 표준세율은 다음과 같다. 구분 세율 소득세분 법인세분 소득세액의 100분의 10 법인세액의 100분의 10

② 지방자치단체의 장은 조례로 정하는 바에 따라 소득분의 세율을 제1항의 표준세율의 100분의 50의 범위에서 가감할 수 있다. 제91조(신고납부) ① 법인세분의 납세의무자(연결집단의 경우에는 연결모법인을 말한다. 이하 같다)는 제89조에 따라 산출한 세액(이하 이 조에서 "산출세액"이라 한다)을 제87조 제2항 및 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 연결법인 또는 법인의 각 사업장 소재지 관할 지방자치단체별로 안분계산하여 해당 사업연도 종료일부터 4개월(연결법인의 경우에는 해당 연결사업연도 종료일부터 5개월, 법인세법 또는 국세기본법에 따라 세액이 결정되거나 경정되는 경우에는 그 고지서의 납부기한, 신고기한을 연장하는 경우에는 그 연장된 신고기간의 만료일, 수정신고를 하는 경우에는 그 신고일부터 각각 1개월) 내에 관할 지방자치단체의 장에게 신고하고 납부하여야 한다. 다만, 경정 또는 수정신고로 인하여 사업연도별로 추가납부 또는 환급되는 총세액이 당초에 결정 또는 신고한 세액의 100분의 10에 미달할 때에는 귀속사업연도에도 불구하고 경정고지일 또는 수정신고일이 속하는 사업연도분 법인세분에 가감하여 신고하고 납부할 수 있으며, 이 경우에는 지방세기본법 제77조를 적용하지 아니한다. 제94조(소득분의 계산방법) ① 소득분은 소득세법과 법인세법에 따라 신고하거나 결정·경정된 소득세 및 법인세(원천징수된 소득세 및 법인세를 포함한다)로서 납세의무자가 납부하여야 할 세액의 총액에 제89조제1항의 세율을 적용하여 계산한다. 다만, 제87조제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 부과된 세액은 공제한다.

(2) 지방세법 (2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것) 제103조의19(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액(조세특례제한법 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 법인세의 과세표준)과 동일한 금액으로 한다. 제103조의22(세액공제 및 세액감면) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정한다. 이 경우 공제 및 감면되는 세액은 법인지방소득세 산출세액(제103조의31에 따른 토지 등 양도소득에 대한 법인지방소득세 세액을 제외한 법인지방소득세 산출세액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 공제한다.

② 제1항에 따른 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 공제세액 또는 감면세액이 법인지방소득세 산출세액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 한다. 부칙 제15조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다. 제60조(과세표준 등의 신고) ① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월(제60조의2제1항 본문에 따라 내국법인이 성실신고확인서를 제출하는 경우에는 4개월로 한다) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

(3) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것) 제121조의2(외국인투자에 대한 법인세 등의 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하기 위한 외국인투자(외국인투자촉진법 제2조 제1항 제4호에 따른 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대해서는 제2항부터 제5항까지 및 제12항에 따라 법인세, 소득세, 취득세 및 재산세를 각각 감면한다.

1. ~ 3.호(생략)

② 외국인투자촉진법 제2조 제1항 제6호에 따른 외국인투자기업(이하 이 장에서 “외국인투자기업”이라 한다)에 대한 법인세 또는 소득세는 제1항에 따라 감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득에 대해서만 감면하되, 그 사업을 개시한 후 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 5년 이내에 끝나는 과세연도에는 해당 사업소득에 대한 법인세 또는 소득세 상당금액(총산출세액에 제1항 각 호의 사업을 함으로써 발생한 소득이 총과세표준에서 차지하는 비율을 곱한 금액을 말한다)에 외국인투자비율(외국인투자기업이 발행한 주식의 종류 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 외국인투자비율을 말한다. 이하 이 장에서 같다)을 곱한 금액(이하 이 항, 제12항 제1호 및 제2호에서 “감면대상세액”이라 한다)의 전액을, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항 제2호의2부터 제2호의7까지 및 제3호에 따라 감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득에 대해서는 해당 사업을 개시한 후 그 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 그 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도에는 감면대상세액의 전액을, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 각각 감면한다. 이 경우 감면대상세액을 산정할 때 외국인투자기업이 감면기간 중에 내국법인(감면기간 중인 외국인투자기업은 제외한다)과 합병하여 해당 합병법인의 외국인투자비율이 감소한 경우에는 합병 전 외국인투자기업의 외국인투자비율을 적용한다.