쟁점추가외납세액을 법인지방소득세 과세표준 계산 시 법인세 과세표준에서 차감하여야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] OOO구청장 외 77이 2020.7.23. 등 청구법인에게 한 2015‧2016‧2017사업연도 법인지방소득세의 경정청구 거부처분(미통지 포함)은 관할 세무서장이 경정한 자료, 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 관련 외국법인세액이 과세표준 계산 시 법인세법 제13조에 따라 계산한 법인세 과세표준에서 차감할 수 있는 금액에 해당하는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2015～2017사업연도(이하 “쟁점사업연도”라 한다) 법인지방소득세 과세표준을 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액(이하 “법인세 과세표준”이라 한다)에서 외국법인세액을 차감하지 아니한 금액으로 산정하여 법인지방소득세를 신고‧납부하였다.
• 나. 청구법인은 2019.3.19. 법인세 신고 시 공제신청에서 누락된 외국법인세액(이하 “쟁점추가외납세액”이라 한다)에 대하여 OOO세무서장에게 2015사업연도 법인세 경정청구를 제기하였다.
• 다. 청구법인은 법인세 신고 시 외국납부세액공제 방법을 선택한 경우 외국법인세액을 법인세 과세표준에서 차감하여 법인지방소득세 과세표준을 계산하도록 하는 것이 타당하다는 취지의 대법원 판결에 근거하여 2020.5.29. 기 신고한 외국법인세액(이하 “기신고외납세액”이라 한다) 및 쟁점추가외납세액을 쟁점사업연도 각 법인지방소득세 과세표준 계산 시 법인세 과세표준에서 차감하여 법인지방소득세 합계 OOO원을 환급하여야 한다는 취지로 ＜별지 1＞과 같이 경정청구를 제기하였고, 처분청들은 2020.7.23. 등 이를 거부하거나 경정청구 결과를 통지하지 아니하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2020.10.19. 등 이의신청을 제기하였고, 처분청들은 법인세 과세표준에서 기신고외납세액만 차감한 금액을 과세표준으로 하여 2020.10.23. 법인지방소득세 합계 OOO원을 각각 환급하고, 쟁점추가외납세액에 대하여는 기각ㆍ재조사 등의 결정을 하거나 결정통지를 하지 아니하였다.
• 마. 청구법인은 이에 불복하여 2021.2.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인의 외국법인세액은 청구법인의 해외지점에서 납부한 법인세 등으로, 해외지점이 소재한 현지 국가의 세법에 따라 그 신고납부기한이 상이하다. 청구법인은 법인세 신고 시 해당 직접외국법세액은 손금불산입하고 간접외국법인세액은 익금산입하여 과세표준에 산입한 후, 외국납부세액공제는 납부 영수증 등 그 상세 내역이 확인된 건에 한해서 적용하고, 이후 누락 및 추가 납부분을 취합하여 법인세 경정청구를 하고 있다. 청구법인이 법인세 신고 시 외국법인세액을 손금산입하지 아니하거나 익금산입한 것은 외국납부세액공제를 전제로 한 것으로, 쟁점사업연도 법인세 경정 진행 중인 쟁점추가외납세액 역시 세액공제를 전제로 법인세 신고 시에서 손금불산입하거나 익금산입하였으나, 이는 청구법인이 실제 외국에서 납부한 세액이 명백한 만큼 지방소득세 과세표준 산정 시 법인세 과세표준에서 차감되어야 할 것이다.
• 나. 처분청 의견 법인세법 및 법인세 집행기준 등을 적용하여 외국법인세액의 법인세 경정결정이 확정된 경우에 한해서 법인지방소득세 과세표준도 결정이 되어야 하는 것이지 외국법인세액에 대해 법인세 경정청구가 진행 중이거나 진행예정인 경우의 외국법인세액에 대해 법인지방소득세 과세표준 산정 시 법인세 과세표준에서 공제한 금액을 적용할 수는 없다 할 것이고, 청구법인이 심판청구일 현재까지 법인세 경정청구가 진행 중이거나 진행예정인 외국법인세액에 대한 객관적인 계산근거 및 이를 입증 할 수 있는 법인세 신고자료, 법인장부 등을 제출한 사실이 없으므로, 처분청에서 관할 세무서장의 경정청구 결정 통보자료 없이 법인세 경정청구가 진행 중이거나 진행이 예정된 외국법인세액에 대해서 환급을 주장하는 청구법인의 주장은 이유 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점추가외납세액을 법인지방소득세 과세표준 계산 시 법인세 과세표준에서 차감하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: ＜별지 2＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 쟁점사업연도 법인세 과세표준과 세액을 신고하면서 각 사업연도 소득에 포함되어 있는 국외원천소득 관련 외국법인세액에 대하여 법인세법 제57조 제1항 제1호 및 제4항에 따라 외국납부세액공제를 적용하였고, 이에 따라 직간접 외국법인세액을 각각 손금불산입 또는 익금산입하여 법인세 과세표준에 포함시켜 신고하였다. (나) 청구법인은 지방소득세가 독립세로 전환된 2014.1.1. 이후에 발생한 외국법인세액에 대하여 쟁점사업연도 법인지방소득세 신고 시 외국납부세액공제를 적용하지 아니하여 신고‧납부하였다. (다) 이후 청구법인은 위 법인세 신고 시 손금불산입 또는 익금산입한 외국법인세액 중 증빙불비로 세액공제 신청을 하지 아니한 쟁점추가외납세액에 대하여 2019.3.19. 남대문세무서장에게 2015사업연도 법인세 경정청구를 제기하였다. (라) 청구법인은 법인세 신고 시 외국납부세액공제 방법을 선택한 경우 법인세 과세표준에서 외국법인세액을 차감하여 법인지방소득 과세표준을 계산하도록 하는 것이 타당하다는 취지의 판결을 근거로, 2020.5.29. 기신고외납세액과 법인세 경정청구한 쟁점추가외납세액을 법인지방소득세 과세표준 계산 시 법인세 과세표준에서 차감하여 쟁점사업연도 각 법인지방소득세 합계 OOO원을 환급하여야 한다는 취지의 각 경정청구를 제기하였다. (마) 처분청들은 이 건 경정청구에 대하여 외국납부세액공제 방법을 선택한 경우 외국법인세액을 법인지방소득세 과세표준 계산 시 법인세 과세표준에서 차감할 수 없다 하여 2020.7.23. 등 이를 거부하였다. (바) 청구법인은 위 경정청구 거부처분에 불복하여 2020.10.19. 등 이의신청을 제기하였다. (사) 처분청들은 대법원 판결 및 행정안전부 법인지방소득세 외국납부세액 관련 환급지침에 따라 기신고외납세액에 대하여만 법인지방소득세 과세표준 계산 시 법인세 과세표준에서 차감하여 2020.10.23. 등 법인지방소득세 합계 OOO원을 각각 환급하였고, 쟁점추가외납세액에 대한 이의신청에 대하여 법인세 과세표준이 경정되지 아니한 등의 이유로 2020.12.29. 등 기각, 재조사 등의 결정을 하였다. (아) 청구법인은 이에 불복하여 2021.2.15. 쟁점사업연도 법인지방소득세 합계 OOO원의 환급을 구하는 심판청구를 제기하였다. (자) OOO세무서장은 2022.2.4. 청구법인의 쟁점추가외납세액에 대한 법인세 경정청구 중 2015사업연도 외국법인세액 합계 OOO원을 추가로 공제하여 2015사업연도 법인세 합계 OOO원을 환급하고, 이에 대한 과세자료를 처분청들에게 통보하였으며, 처분청들은 이를 반영하여 2015사업연도 법인지방소득세 환급을 진행하고 있는 것으로 확인된다. (차) OOO세무서장의 2016사업연도 쟁점추가외납세액에 대한 법인세 경정은 진행 중에 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 외국납부세액공제제도가 없는 법인지방소득세 과세표준 계산 시 외국법인세액은 법인세 과세표준에서 차감하는 것이므로, 청구법인이 당초 법인지방소득세 신고 시 쟁점추가외납세액을 누락하였고, 이에 대하여 경정청구 기한 내에 경정청구를 하였다면, 처분청들은 관할 세무서장이 경정한 자료, 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 쟁점추가외납세액이 법인지방소득세 과세표준 계산 시 법인세 과세표준에서 차감할 수 있는 금액에 해당하는지 여부를 조사하여 쟁점사업연도 법인지방소득세를 경정하였어야 하나, 법인세 과세표준이 경정되지 아니하였다는 이유로 이를 거부하거나 아무런 통지를 하지 아니하였다. (나) 따라서 처분청들은 관할 세무서장이 경정한 자료, 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 쟁점추가외납세액이 법인지방소득세 과세표준 계산 시 법인세법 제13조에 따라 계산한 법인세의 과세표준에서 차감할 수 있는 금액에 해당하는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지 1＞ 사건번호별 처분청 및 심판청구 내역

○○○ ＜별지 2＞ 관련 법령

(1) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것) 제103조의19(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액(조세특례제한법 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 금액)으로 한다. 제103조의25(결정과 경정) ① 납세지 관할 지방자치단체의 장은 내국법인이 제103조의23에 따른 신고를 하지 아니하거나 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우에는 해당 사업연도의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한다.

② 납세지 관할 지방자치단체의 장은 법인지방소득세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류나 누락이 있는 것을 발견한 경우에는 즉시 이를 다시 경정한다.

③ 납세지 관할 지방자치단체의 장은 제1항과 제2항에 따라 법인지방소득세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 법인세법에 따라 납세지 관할 세무서장 또는 관할 지방국세청장이 결정 또는 경정한 자료, 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다.

(2) 지방세기본법 제50조(경정 등의 청구) ① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제51조 제1항에 따른 납기 후의 과세표준 신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내[지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정이 있음을 안 날(결정 또는 경정의 통지를 받았을 때에는 통지받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)를 말한다]에 최초신고와 수정신고를 한 지방세의 과세표준 및 세액(지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액 등을 말한다)의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다. 1.과세표준 신고서 또는 납기 후의 과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액(지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 지방세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때 2.과세표준 신고서 또는 납기 후의 과세표준 신고서에 기재된 환급세액(지방세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 환급세액을 말한다)이 지방세법에 따라 신고하여야 할 환급세액보다 적을 때