조세심판원 심판청구 법인세

① 청구법인이 쟁점임야를 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 정당한 사유가 있는지 여부 ② 이 건 부과처분이 신뢰보호의 원칙에 반하는지 여부

사건번호 조심 2021지1579 선고일 2021-09-13 조세심판원

[요지]

① 청구법인은 쟁점임야의 위치, 지형, 형질 등을 고려해 볼 때, 취득 전부터 ‘전’으로의 지목 변경을 통한 개간이 어려울 수 있고, ‘자연경관 보호 등’의 사유로 개간 신청 시 불허가가 될 수 있음을 충분히 예상할 수 있었음에도 청구법인은 3차례에 걸쳐 같은 신청을 반복적으로 하여 불허가가 되었고, 이 건 심판청구 심리일 현재까지 쟁점임야를 개간하여 영농에 사용한 사실이 나타나지 아니하므로 이러한 청구법인의 사정은 영농에 사용하지 아니한 정당한 사유로 인정하기 어렵다 하겠음.② 청구법인이 취득세 감면을 받았다고 하여 처분청이 추후 이루어질 개간 허가 등을 아무런 심사기준 등에 의한 검토 없이 처리하겠다는 표명을 한 것으로 볼 수 없다 하겠으므로 취득세 감면을 받았다고 하여 곧바로 공적인 견해표명에 해당한다고 보기는 어렵다 하겠음.

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

  • 가. 청구법인은 2019.6.10. OOO를 본점 소재지로 하여 농산물의 재배, 도소매업, 수출무역업, 유통가공판매업 등을 영위할 목적으로 설립되었다.
  • 나. 청구법인은 2019.9.17. OOO 외 2필지 임야 전체 합계 OOO㎡(이하 3필지를 합하여 “쟁점임야”라 한다)를 OOO원에 취득한 후, 지방세특례제한법(이하 “지특법”이라 한다) 제11조 제1항 제2호에 따른 ‘농업회사법인이 영농을 목적으로 법인설립 등기일로부터 2년 이내에 취득하는 부동산’에 해당하는 것으로 보아 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 감면하는 것으로 신고하였다.
  • 다. 처분청은 2020.12.8. 청구법인이 쟁점임야의 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 영농에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 부과·고지(이하 “이 건 부과처분”이라 한다)하였다.
  • 라. 청구법인은 이에 불복하여 2021.2.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 다음과 같이 쟁점임야의 취득일부터 1년 내 영농에 사용하지 못한 정당한 사유가 있으므로 이 건 부과처분은 취소되어야 한다. (가) 청구법인은 2019.6.10. 설립되어 쨈, 과일즙 등을 생산, 판매하기 위하여 농산물 재배, 가공, 유통, 판매업을 영위하여 오다가 이러한 목적을 달성하기 위하여 쟁점임야를 매수하게 되었는데, 쟁점임야를 영농에 사용하기 위해서는 ‘전’, ‘과수원’으로 지목 변경이 필요하여 쟁점임야 취득 당시 처분청에 농업경영계획서를 작성·제출하였고, 처분청은 이를 심사한 후 이 건 취득세 등을 감면해 주었다. (나) 청구법인은 취득세 감면을 받게 되어 쟁점임야에 개간이 가능한 것으로 판단하였고, 2019.10.25. OOO 대표인 AAA와 OOO원의 토목 설계 및 건축설계 용역계약을 체결하였으며, BBB과 산림조사 용역계약을 체결한 후 산림조사를 받았다. (다) 청구법인은 농업경영계획서에 따라 농지로 전용하여 사용하기 위해 2019.11.16. ~ 2020.9.7. 기간 동안 3차례에 걸쳐 처분청에 과실수 등을 재배할 목적으로 답으로의 지목변경을 위한 개간 신청을 하였으나, 처분청은 산지관리법 제18조 등에 따른 ‘자연경관 보호 등’의 사유로 모두 불허가 처분을 하였는데, 이는 ‘법령에 의한 금지나 제한’으로 청구법인이 마음대로 할 수 없는 ‘외부적인 사유’에 해당한다. (라) 청구법인은 쟁점임야를 영농에 사용하기 위해 개간, 설계, 산지 조사 등의 계약을 체결하고 실제로 진행하면서 약 OOO원 이상의 비용을 지출하며 할 수 있는 모든 노력을 다하였다. (마) 따라서, 청구법인은 처분청의 취득세 감면 과정에서의 귀책 사유 및 법령상 제한 등 사유로 쟁점임야의 취득일부터 1년 내에 영농에 사용하지 못한 정당한 사유가 있다.

(2) 처분청은 청구법인에게 공적인 견해를 표명하고, 이에 반하여 이 건 부과처분을 하였으므로 이는 신뢰보호의 원칙에 위배된다. (가) 대법원은 “일반적으로 조세 법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위하여는 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, 둘째, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다(대법원 1996.1.23. 선고 95누13746 판결 등 참조)”고 판시하였는바, 처분청이 농업경영계획서를 심사하여 취득세 등을 감면해주었던 것은 처분청이 추후 쟁점임야에 대한 개간 신청, 농지 전용 등 신청을 허가해 주겠다는 공적인 견해의 표명에 해당하고, 청구법인의 귀책사유가 있을 수 없다. (나) 또한, 청구법인은 이 건 취득세 등의 감면으로 인해 쟁점임야가 개간이 가능한 것으로 신뢰하여 설계, 토목공사 용역 등 계약을 체결하고 수행하며 비용을 지출하게 되었는바, 이 건 부과처분으로 인한 납세자의 이익이 침해되었다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 쟁점임야는 취득 당시부터 해안가에 연접한 급경사 지역으로 자연경관 훼손 및 산지 전용에 따른 경사지 토사 유출과 산림재해 발생 우려 등으로 산지전용 불가 사유가 존재하였고, 이에 대해 청구법인이 취득 시점부터 조금만 주의를 기울였더라면 농지로 조성하기 어렵다는 사실을 파악할 수 있었다. 청구법인은 위와 같이 개간 허가를 받지 못함에 따라 취득 후 1년 이내에 고유 업무에 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다.

(2) 지특법 제11조 제3항에서 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 해당 용도로 사용하지 아니하면 추징한다는 규정은 부동산 취득 당시 해당 용도에 직접 사용하지 아니하여도 취득 후 1년 이내에 직접 사용하면 그 감면요건을 충족한 것으로 본다는 의미이다. 청구법인이 취득 시점에 제출한 서류를 검토하여 처분청이 취득세를 감면하였다고 하여 청구법인의 개간 신청이나 산지 전용 신청을 추후 허가해 주겠다는 공적인 견해의 표명으로 볼 수 없다. 감면과 추후 감면분에 대한 추징은 각 별개의 것으로 처분청이 당초 감면을 인정하였다 하더라도 이는 과세권의 유보에 해당하는 것으로 사후 추징 요건이 발견되는 경우 당초 감면과는 관계없이 새로운 납세의무가 발생하는 것이므로 이 건 부과처분은 신뢰보호 원칙에 반하지 아니한다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁점

① 청구법인이 쟁점임야를 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 정당한 사유가 있는지 여부

② 이 건 부과처분이 신뢰보호의 원칙에 반하는지 여부

  • 나. 관련 법률

(1) 지방세특례제한법(2020.1.15. 법률 제15865호로 일부 개정되기 전의 것) 제11조(농업법인에 대한 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농업법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2019년 12월 31일까지 면제한다.

1. 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제16조에 따른 영농조합법인

2. 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제19조에 따른 농업회사법인

③ 제1항 및 제2항에 대한 감면을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 5년 미만인 상태에서 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제20조의3에 따라 해산명령을 받은 경우

(2) 지방세법(2019.12.31. 법률 제16855호로 일부 개정되기 전의 것) 제20조(신고 및 납부) ③ 이 법 또는 다른 법령에 따라 취득세를 비과세, 과세면제 또는 경감받은 후에 해당 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징 대상이 되었을 때에는 제1항에도 불구하고 그 사유 발생일부터 60일 이내에 해당 과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세는 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다. 제21조(부족세액의 추징 및 가산세) ① 취득세 납세의무자가 제20조에 따른 신고 또는 납부의무를 다하지 아니하면 제10조부터 제15조까지의 규정에 따라 산출한 세액(이하 이 장에서 “산출세액”이라 한다) 또는 그 부족세액에 지방세기본법 제53조부터 제55조까지의 규정에 따라 산출한 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법으로 징수한다.

(3) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률(2018.12.24. 법률 제16069호로 일부 개정된 것) 제19조(농업회사법인 및 어업회사법인의 설립 등) ① 농업의 경영이나 농산물의 유통ㆍ가공ㆍ판매를 기업적으로 하려는 자나 농업인의 농작업을 대행하거나 농어촌 관광휴양사업을 하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농업회사법인(農業會社法人)을 설립할 수 있다.

② 농업회사법인을 설립할 수 있는 자는 농업인과 농업생산자단체로 하되, 농업인이나 농업생산자단체가 아닌 자도 대통령령으로 정하는 비율 또는 금액의 범위에서 농업회사법인에 출자할 수 있다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 2019.6.10. 설립된 농업회사법인으로, 2019.9.18. 쟁점임야를 취득하였다. (나) 청구법인은 2019.9.18. 처분청에 농업경영계획서를 제출하였는데, 이 계획서에는 ‘취득 대상 농지에 관한 사항의 주재배 예정 작목’에 ‘과실수 外’, ‘대표이사의 농업경영능력’에 ‘농업인으로 15년의 영농 경력’, ‘농업기계보유현황’에 ‘트랙터, 관리기, 화물차, 굴삭기’, ‘소유농지의 이용현황’에 “농지전용개발예정 중”이라고 기재되어 있고, 처분청은 지특법 제11조 제1항에 따라 이 건 취득세 등을 감면하였다. (다) 청구법인이 제시한 용역도급계약서, (매입)세금계산서에 의하면, 2019.10.25. OOO 대표자 AAA와 도급금액 OOO원의 토목설계 및 건축설계 용역계약을 체결하고 같은 날 계약금 OOO원(공급대가)에 대하여 세금계산서를 발급받은 바 있고, 2019.10.5. 작성된 산림조사서에 의하면, 청구법인은 산림기술자 BBB과 산림조사 용역계약을 체결한 후 BBB로부터 산림조사 용역을 제공받았다. (라) 청구법인은 2019.11.16. ~ 2020.9.7. 기간 동안 3차례에 걸쳐 처분청에 과실수 등을 재배하기 위해 답으로의 지목변경을 요청하는 개간대상 지역선정신청서를 작성·제출하였다. (마) 처분청은 위 신청에 대하여 2019.12.2. ~ 2020.9.3. 기간 동안 ‘자연경관 훼손 및 해안 경관보전에 지장, 경사지 토사유출 등 산림재해 발생우려’와 ‘개발행위로 인하여 녹지축 절단 우려, 과도한 절토유발로 자연지형을 무시한 획일적 개발 우려’를 사유로 각 3회의 ‘불허가’ 처분을 하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다.

1. 청구법인은 쟁점임야의 취득세 감면에 대한 처분청의 귀책 사유가 있고, 취득세 감면 인정 후 3차례의 개간 신청이 불허가되었던 점은 영농에 사용하지 아니한 정당한 사유에 해당한다고 주장한다.

2. 지특법 제11조 제1항 및 제3항 제1호에서는 농업법인이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 2019.12.31.까지 면제하되, ‘정당한 사유’ 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.

3. 위 규정에서의 ‘정당한 사유’에는 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인사유는 물론 고유 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 공익성이 있는 사업을 수행하는 비영리법인이라 할지라도 부동산 취득 당시 1년 이내에 그 사업 내지 고유업무에 직접 사용할 수 없는 법령상의 장애사유가 있음을 알았거나, 설사 몰랐다고 하더라도 조금만 주의를 기울였더라면 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황에서 부동산을 취득하였고, 취득 후 1년 이내에 당해 부동산을 그 사업 내지 고유 업무에 직접 사용하지 못한 것이 동일한 사유 때문이라면, 취득 전에 존재한 법령상의 장애사유가 충분히 해소될 가능성이 있었고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 그 사업에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 그 법령상의 장애사유는 당해 부동산을 그 업무에 직접 사용하지 못한 데 대한 정당한 사유가 될 수 없다고 할 것이다(대법원 1998.7.10. 선고 98두726 판결, 같은 뜻임).

4. 청구법인은 쟁점임야의 위치, 지형, 형질 등을 고려해 볼 때, 취득 전부터 ‘전’으로의 지목 변경을 통한 개간이 어려울 수 있고, ‘자연경관 보호 등’의 사유로 개간 신청 시 불허가가 될 수 있음을 충분히 예상할 수 있었다. 그럼에도 청구법인은 3차례에 걸쳐 같은 신청을 반복적으로 하여 불허가가 되었고, 이 건 심판청구 심리일 현재까지 쟁점임야를 개간하여 영농에 사용한 사실이 나타나지 아니하므로 이러한 청구법인의 사정은 영농에 사용하지 아니한 정당한 사유로 인정하기 어렵다 하겠다.

5. 또한 청구법인이 농업계획서를 제출하여 이 건 취득세 등을 감면한 것은 청구법인이 향후 유예기간 내에 농업계획서대로 영농에 사용할 것을 전제로 한 것이라고 하겠다.

6. 따라서 청구법인이 쟁점임야를 유예기간 내 해당 목적에 사용하지 아니한 정당한 사유가 있다는 청구주장을 받아들일 수 없다고 하겠다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다.

1. 청구법인은 처분청이 쟁점임야에 대한 농업경영계획서에 따라 이 건 취득세 등을 감면해 준 것은 추후 쟁점임야에 대한 개간 신청 등의 절차를 허가해 주겠다는 공적인 견해 표명에 해당하므로 이 건 부과처분이 부당하다고 주장한다.

2. 일반적으로 조세 법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위하여는 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, 둘째, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다(대법원 1996.1.23. 선고 95누13746 판결, 같은 뜻임).

3. 이러한 신뢰 보호의 원칙이 적용되기 위해서는 청구법인이 신뢰할 만한 처분청의 공적인 견해표명이 있어야 하는데, 처분청은 쟁점임야의 취득세 납세의무의 성립·확정 시점에 청구법인이 제출한 농업계획서에 따라 유예기간 내에 영농에 직접 사용할 것을 조건으로 하여 이 건 취득세 등의 감면신청을 수리한 것으로, 청구법인이 취득세 감면을 받았다고 하여 처분청이 추후 이루어질 개간 허가 등을 아무런 심사기준 등에 의한 검토 없이 처리하겠다는 표명을 한 것으로 볼 수 없다 하겠으므로 취득세 감면을 받았다고 하여 곧바로 공적인 견해표명에 해당한다고 보기는 어렵다 하겠다. 또한, 청구법인이 취득세 감면 이후 자신의 판단에 따라 토목·건축 설계, 산림조사 등의 비용을 지출한 것을 공적인 견해표명을 신뢰하여 침해받게 되는 이익으로 인정하기도 어렵다 하겠으므로 처분청의 이 건 부과처분이 신뢰보호의 원칙에 위배된다는 청구주장도 받아들일 수 없다고 하겠다. (다) 따라서 처분청이 청구법인에게 이 건 부과처분을 한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)