청구법인이 쟁점부동산을 취득한 후 2년 이내 해당 사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부

[참조결정] 조심2011지0881

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2016.6.30. OOO소재 토지 OOO㎡(이하 “이 건 토지”라 한다) 및 건축물 OOO㎡(이하 “이 건 건축물”이라 하고, 이 건 토지와 합하여 “이 건 부동산”이라 한다)를 취득한 후, 같은 날 지방세특례제한법제58조의3에 따른 창업중소기업이 창업일로부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산의 취득으로 하여 처분청으로부터 취득세의 100분의 75를 감면받았고, 나머지 취득세 등 OOO원을 처분청에 신고·납부하였다.
• 나. 이후, 처분청은 2020.7.22. 청구법인이 이 건 부동산을 취득한 후 2년 이내에 정당한 사유없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 부과·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.8.13. 이의신청을 거쳐 2021.2. 10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2016.6.30. 철골 및 철구조물 제작업 등 조선기자재 제작 및 기계기구 수리를 목적으로 이 건 부동산을 취득하였으나, 이 건 부동산 중 건축물을 취득할 당시만 하더라도 기존 건축물의 골조는 유지한 채 리모델링을 하여 업무(제조업 등)에 사용하려 하였으나, 건축물을 인도받은 후 살펴보니 낡아서 그대로 쓰기 곤란하거나 불필요한 부분이 많아 일부분을 철거해야만 했고, 엎친 데 덮친 격으로, 이 건 부동산을 양옆으로 둘러싼 옛 OOO일대 부지에 ① 2016년경부터 2017년 2월경까지는 골리앗 크레인을 포함한 지장물 철거 및 해체공사가 대대적으로 진행된 점, ② 2016년 7월경부터 2018년 4월경까지는 콘크리트 바닥을 파쇄하여 해체한 다음 다시 물막이 작업을 하고 토사를 매립해 부지를 조성하는 공사가 이뤄지는 바람에 청구법인은 이 건 부동산을 재정비하기 위한 공사를 계획대로 진행할 수 없었고, 그나마도 남은 공장시설을 이용해 영업해 보려고 했으나 2년 여간 계속된 대규모 철거·부지조성 공사로 인하여 발생한 소음과 비산먼지 때문에 쉽지 않았던 점, ③ 2017.5.25. 회사의 목적사업으로 ‘컴퓨터 주변기기 제조업’을 추가한 다음 2017년경 컴퓨터 부품을 구입해 완성품으로 조립·제작하여 납품하는 사업을 이 건 부동산에서 영위한 점, ④ 청구법인이 2016.9.20. AAA 주식회사와 바지선과 데크 스틸하우스를 OOO원에 제작하는 계약과 2017.5. 2. 선박 D/H 하우스를 OOO원에 제작하는 계약을 각각 체결하였으나, 전 세계적인 조선 경기 불황으로 해외 선박 수요가 감소하면서 자연스레 청구인이 맺은 수주계약도 상대방이 일방적으로 해제한 점 등에 비추어 볼 때 이 건 부동산을 취득한 후 2년 이내에 해당 사업에 직접사용하지 못하였다고 하더라도, 그 사용하지 못한데에는 정당한 사유가 있는 것으로 볼 수 있으므로 처분청이 청구법인에게 한 이 건 취득세 등의 부과처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인의 ① 2017년 원재료 계정별원장과 거래명세표를 살펴보면 2017.5.15.부터 2017.5.23.까지 3차례에 걸쳐 컴퓨터 주변기기를 OOO원에 매입하여 2017.6.30.과 2017.7.4.에 청구법인의 주주 AAA와 BBB를 포함한 6곳에 OOO원에 판매한 사실은 있으나, 컴퓨터 주변기기 배송처가 이 건 부동산 소재지가 아닌 다른 장소로 되어 있는 점, ② 이 건 부동산에 연접한 지역의 지상권 철거 해체 공사가 진행되어 공장을 가동할 수 없었다고 하면서도 컴퓨터를 제조하였다는 주장은 신뢰성이 떨어지는 점, ③ 계정별원장에 제조에 투입된 노무비 내역이 없는 점 등을 볼 때 다른 장소에서 컴퓨터 메인보드에 메모리카드 등을 단순 조립한 후 판매한 것으로 보여지므로 이 건 부동산을 제조업에 사용했다고 보기 어려운 점, ④ 청구법인의 장부로 컴퓨터 조립 외 제조업을 영위했다고 인정할 만한 내용이 확인되지 않는 점, ⑤ 청구법인이 신축공장을 2018.12.26. 공장등록한 후 사업용재산으로 2년 이내에 처분한 점 등에 비추어 볼 때 이 건 부동산을 취득한 후 2년 이내에 해당 사업에 직접사용하지 못하였고, 그 사용하지 못한데에 정당한 사유가 있다고 볼 수 없으므로 처분청이 청구법인에게 한 이 건 취득세 등의 부과처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 후 2년 이내 해당 사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2015.5.18. 법률 제13288호로 개정된 것) 제58조의3(창업중소기업 등에 대한 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산(지방세법 제127조 제1항 제1호에 따른 비영업용 승용자동차는 제외한다)에 대해서는 취득세의 100분의 75에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 그 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용ㆍ처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 처분하는 경우에는 감면받은 세액을 추징한다.

1. 2016년 12월 31일까지 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 이 조에서 “창업중소기업”이라 한다)

2. 2016년 12월 31일까지 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조제1항에 따른 벤처기업 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업 후 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 이 조에서 “창업벤처중소기업”이라 한다)

(2) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제13조(공장설립등의 승인) ① 공장건축면적이 500제곱미터 이상인 공장의 신설ㆍ증설 또는 업종변경(이하 “공장설립등”이라 한다)을 하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 시장ㆍ군수 또는 구청장의 승인을 받아야 하며, 승인을 받은 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다. 다만, 승인을 받은 사항 중 산업통상자원부령으로 정하는 경미한 사항을 변경하려는 경우에는 시장ㆍ군수 또는 구청장에게 신고하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. (가) 청구법인은 2015.9.17. OOO를 본점소재지로 하고, 철골 및 철구조물 제작업, 기계기구 수리 및 가공 제작업을 목적사업으로 하며, 상호를 OOO으로 설립되었다가, 2015.12.11. 그 상호를 OOO으로 변경하였다. (나) 청구법인은 2016.8.8. 본점소재지를 이 건 부동산의 소재지로 변경하였고, 2017.2.2. 부동산임대업을, 2017.5.25. 컴퓨터주변기기 제조업을, 2019.3.14. 골재, 벽돌 및 시멘트 도·소매업을 목적사업에 추가하였다. (다) 청구법인은 2016.6.24. OOO와 이 건 건축물의 매수를 위한 계약서를 아래와 같이 작성하였다. (라) 청구법인이 2016.6.30. 이 건 부동산을 취득한 후, 같은 날 처분청에 지방세특례제한법제58조의3 규정에 따른 창업중소기업이 창업일로부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산의 취득으로 하여 취득세의 100분의 75 감면을 신청하면서 함께 제출한 청구법인의 사업계획서의 주요내용은 아래와 같다. (마) 청구법인은 2017.6.8. 이 건 건축물의 제A동 공장 OOO㎡ 중 OOO㎡를 철거하였고, 2018.9.6. 이 건 건축물의 제B동 공장 및 사무실 OOO㎡ 중 사무실 OOO㎡를 철거하였고, 2019.12.10. 나머지 이 건 건축물의 A동 공장 OOO㎡와 B동 공장 OOO㎡를 철거한 것으로 건축물대장에서 확인된다. (바) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제13조 제1항에서 공장건축 면적이 500제곱미터 이상인 공장의 신설·증설 또는 업종변경을 하려는 자는 시장·군수·구청장에게 승인을 받아야 한다고 규정하고 있고, 청구법인은 2018.12.26. 이 건 토지 지상에 이 건 건축물의 일부에 대하여 처분청으로부터 공장설립 완료신고 수리 통지를 아래와 같이 받았다. (사) 청구법인의 2017년 원재료 계장별원장을 보면 AAA 주식회사로부터 OOO원, OOO로부터 OOO원의 컴퓨터 주변기기제품 등을 구입하였고, 제품매출 계정별원장을 보면 청구법인의 이사인 AAA와 BBB 및 OOO등에게 OOO원의 컴퓨터 주변기기제품 등을 판매한 것으로 확인된다. (아) AAA 주식회사가 2017.5.12. 및 2017.5.16. 컴퓨터 및 주변기기제품 OOO원을 판매한 후 청구법인에게 제공한 거래명세표를 보면 배송지가 OOO로 기재되어 있다. (자) 청구법인은 2016.8.31.부터 2016.9.30.까지, 2017.3.31.부터 2017. 5.23.까지 및 2018.10.31. 세 차례에 걸쳐 이 건 건축물 일부를 철거하여 고철 등을 매각하였고, 건축물 철거를 위한 장비대여 외에 제조를 위한 장비나 기계매입 또는 대여는 물론 제조원가 명세서상 제조를 위한 노무비는 없었다. (차) 청구법인은 2017년 2월부터 2017년 3월까지 주식회사 BBB에 임대료 수입 OOO원이 있고, 2018년 8월부터 매각시점까지 OOO에 이 건 토지 중 OOO㎡를 임대한 후 매월 OOO원의 임대료를 받은 것으로 확인된다. (카) 청구법인은 2018.10.29. 이 건 부동산을 CCC 주식회사에 매매하기 위하여 매매계약 가등기를 하였다가, 2019.11.1. 이 건 부동산을 주식회사 DDD에 매각하였고, 청구법인의 2018년 선수금 계정별원장을 보면 2018.1.16. 공장매각대금 선수금으로 OOO원이 있고, 2018.10.29. 등에 계약금 등으로 OOO원이 있는 것으로 확인된다. (타) 청구법인은 이 건 부동산을 취득한 후부터 주식회사 DDD에게 매각하기 전까지 이 건 토지에 건축물 신·증축, 대수선 및 개수 등을 위하여 처분청에 인허가 등을 신청한 사실이 없는 것으로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 지방세특례제한법제58조의3 제1항에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산(지방세법 제127조 제1항 제1호에 따른 비영업용 승용자동차는 제외한다)에 대해서는 취득세의 100분의 75에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 그 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용ㆍ처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 처분하는 경우에는 감면받은 세액을 추징한다고 규정하면서 제1호에서 2016년 12월 31일까지 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 이 조에서 “창업중소기업”이라 한다)을 규정하고 있다. “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지ㆍ제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론, 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 나아가 그 정당사유의 유무를 판단하는 데에는 이 건 부동산의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상ㆍ사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 이 건 부동산을 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(조심 2011지881, 2012.5.8. 결정 등 다수)이다. 청구법인은 이 건 부동산을 취득한 후 2년 이내에 해당 사업에 직접 사용하지 못한데에는 정당한 사유가 있다고 주장하나, 청구법인이 이 건 부동산을 취득(2016.6.30.)한 후 처분청에 취득세 등을 감면신청하면서 제출한 사업계획서 등을 보면 건설기계개발, A/S사업장으로 쓴다고 기재되어 있었으나, 청구법인은 이 건 부동산 처분일(2019.11.1.)까지 그 사업에 직접 사용한 사실이 없는 것으로 확인되는 점, 청구법인은 2017년 2월 등에 주식회사 BBB, OOO등에 이 건 부동산을 임대한 점, 청구법인이 2017년 5월경 이 건 부동산에서 컴퓨터 완성품으로 조립·제작 등을 하였다고 주장하나, 청구법인이 부품의 수령처를 이 건 부동산 이외의 장소로 한 것으로 볼 때 이 건 부동산에서 컴퓨터 완제품으로 조립·제작을 한 것으로 보기는 어려운 점, 청구법인이 이 건 부동산을 취득한 후 재정비 공사를 추진하고자 했다고 주장하면서도, 이 건 부동산을 주식회사 DDD에게 매각하기 전까지 이 건 토지에 건축물 신·증축, 대수선 및 개수 등을 위하여 처분청에 인허가 등을 신청한 사실이 없는 점, 설령, 이 건 부동산을 취득한 날(2016.6.30.)로부터 2년 이내에 그 재산을 해당 사업에 직접 사용하지 못한데에 정당한 사유가 있는 것으로 본다고 하더라도, 이 건 부동산을 해당 사업에 사용한 날로 볼 수 있는 공장등록일(2018.12.26.)로부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 주식회사 DDD에 매각(2019.11.11.)하여 또 다른 추징사유에도 해당한다고 볼 수 있는 점 등에 비추어 볼 때 청구법인이 이 건 부동산을 취득한 후 2년 이내에 해당 사업에 직접 사용하지 못한데에는 정당한 사유가 있다고 볼 수 없는 등 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.