농업회사법인이 부동산 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당용도에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2019.7.31. OOO부동산(“이 건 부동산”이라 한다)을 매매를 원인으로 취득한 후, 같은 날 이 건 부동산에 대하여 OOO이 영농·유통·가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 지방세특례제한법제11조 제2항에 따라 취득세의 100분의 50을 경감 받고, 나머지 부분(50%)에 대하여는 이 건 부동산의 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고․납부하였다.
• 나. 그 후, 청구법인은 처분청이 이 건 부동산에 대한 2차례의 출장 조사를 통해 이 건 부동산 취득일부터 1년이 경과할 때까지 정당한 사유 없이 영농·유통·가공에 직접 사용하지 아니한 사실을 확인하자, 2020.8.11. 이 건 부동산에 대하여 기 경면 받은 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부한 후, 2020.9.22. 처분청에 경정청구를 하였으나 처분청은 2020.11.10. 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.2.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2019.4.19. 설립된 OOO으로서 법인설립등기일부터 2년 이내인 2019.7.31. 이 건 부동산을 취득하는 과정에서 매도인과 체결하였던 기존 임대차계약을 포괄승계 하였고, 이 건 부동산을 취득한 후인 2019.9.18. 임차인 주식회사 AAA 등(이하 “쟁점임차인”이라 한다)과 2020.3.31.까지 임대차기간을 한정하기로 합의약정서를 체결하였으나, 쟁점임차인이 명도를 이행하지 아니함에 따라 2020.6.25. 쟁점임차인에게 ‘합의약정서 불이행에 따른 손해배상 책임 통지’ 및 2020.7.21. 내용증명을 발송하고, 2020.7.15. 에어컨 공조 공사 등을 거쳐 2020.8.27. 이 건 부동산의 명도를 최종 완료하였는바, 청구법인은 이 건 부동산을 취득하여 1년 이내에 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 진지하고 지속적인 노력을 기울였으나, 한 번도 경험하지 못한 천재지변에 버금가는 코로나19 상황으로 인한 부동산의 명도 지연 등으로 인해 부득이하게 유예기간(1년)을 넘긴 것으로서 이는 청구법인이 영농·유통·가공에 직접 사용하지 못한 정당한 사유에 해당한다 할 것임에도 이를 고려하지 아니한 채 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부하는 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 이 건 부동산 취득 당시 이미 유예기간이 넘는 임대차계약이 있음을 알고 이를 매매로 승계취득 하였고, 향후 임차인이 명도를 거부할 수 있다는 사정은 충분히 예측이 가능한 것이었다 할 것이며, 청구법인이 주장하는 이러한 사정은 유예기간(1년) 내에 영농·유통·가공에 직접 사용하지 못한 정당한 사유로 보기는 어렵다 할 것이므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 OOO이 부동산 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당용도에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 OOO를 본점 소재지로 하고, 농산물의 생산, 유통, 가공 및 판매업 등을 목적으로 하여 2019.4.19. 설립·등기 되었다. ＜ 청구법인 현황 ＞ OOO (나) 청구법인은 2019.6.28. 이 건 부동산의 매도인 BBB 주식회사와 이 건 부동산에 대한 매매계약을 체결하여 2019.7.31. 이를 취득하였다. (다) 청구법인이 이 건 부동산을 취득할 당시 이 건 부동산을 쟁점임차인 등에게 임대하고 있었고, 청구법인은 이 건 부동산을 취득한 후 아래 ＜표1＞과 같은 조건으로 임대차계약을 다시 체결하였다. ＜표1＞ 이 건 부동산 임대차 현황 (단위: 원) OOO (라) 청구법인과 쟁점임차인은 2019.9.18. 아래와 같이 이 건 부동산 중 12개호의 명도를 위해 아래와 같이 ‘합의약정서’를 체결하였다. ＜ ‘합의약정서’(발췌) ＞ OOO (마) 청구법인은 2020.3.5.과 2020.6.25. 및 2020.7.21. 등에 걸쳐 쟁점임차인에게 아래와 같이 합의약정서 이행을 통보하였다. ＜ 청구법인의 합의약정서 이행 총구 등 ＞ OOO (바) 처분청 세무공무원의 출장복명서에 의하면, 처분청은 2020.5.7.과 2020.8.3. 두 차례에 걸친 이 건 부동산에 대한 출장조사를 통해 다음과 같은 사실을 확인한 것으로 나타난다. ＜ 처분청의 출장복명서(발췌) ＞ OOO (사) 청구법인이 제출한 자료에 의하면, 쟁점임차인은 2020.9.2.과 2020.9.28. 사업자등록을 폐업한 것으로 나타난다. (아) 청구법인의 영업신고증 등에 의하면, 청구법인은 2020.9.11.과 2020.9.17. 처분청으로부터 식품위생법에 따라 영업신고를 한 후, ‘식품소분·판매업’ 등의 영업을 시작한 것으로 나타난다. ＜표2＞ 청구법인 식품소분·판매업 영업신고증 OOO ＜표3＞ 청구법인 식품접객업 영업신고증 OOO

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 지방세특례제한법제11조 제2항에서 농업법인이 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다고 규정하고 있고, 그 제3항 제1호에서는 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다. (나) 살피건대, 지방세특례제한법제11조 제3항 제1호에 따라 유예기간(1년) 내에 해당 용도로 직접 사용하지 못한 ‘정당한 사유’를 판단함에 있어서는 법령에 의한 금지․제한 등 그 본문에 규정된 농업법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 그 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부사유도 포함하고, 농업법인에 대하여 취득세를 경감하는 입법 취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득목적에 비추어 그 업무에 직접 사용하는 데에 걸리는 준비기간의 장단, 업무에 사용할 수 없는 법령상․사실상의 장애사유 및 장애 정도, 청구법인이 취득 부동산을 업무에 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단할 것인바, 청구법인의 경우, 이 건 부동산을 취득할 당시 이 건 부동산 전체가 임대 중이이서 유예기간(1년) 내에 영농·유통·가공에 직접 사용하기 어려운 사정을 이미 알고 있는 상태에서 이를 취득한 점, 청구법인은 이 건 부동산 13개호 중 OOO호는 이 건 심판청구 심리일(2022.5.4.) 현재까지 여전히 임대 중에 있고, 나머지 12개호에 대하여는 청구법인의 자유의사에 따라 쟁점임차인과 2024.7.29.과 2024.9.30.까지 새로이 임대차계약을 체결한 사실이 부동산 임대차 계약서 등에 의하여 확인되는 점, 이 건 부동산 취득일(2019.7.31.)부터 1년이 경과한 2020.8.3. 처분청이 출장하여 조사한 복명서에 의하면, 청구법인은 이 건 부동산을 직접 사용하지 아니하고 여전히 임대하고 있는 사실이 확인되는 점, 청구법인은 2020.9.11.에 이르러서야 처분청으로부터 식품위생법에 따른 영업신고를 하고 ‘식품소분업’ 등의 사업을 영위한 사실이 확인되는 점, 코로나19로 인한 부동산의 명도 지연 등의 사유는 유예기간(1년) 내에 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하지 못한 정당한 사유로 보기는 어려운 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정되기 전의 것) 제11조(농업법인에 대한 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농업법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2019년 12월 31일까지 면제한다.

1. 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제16조에 따른 영농조합법인

2. 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제19조에 따른 OOO

② 농업법인이 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 각각 2020년 12월 31일까지 경감한다.

③ 제1항 및 제2항에 대한 감면을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 5년 미만인 상태에서 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제20조의3에 따라 해산명령을 받은 경우

(2) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제19조(OOO 및 어업회사법인의 설립 등) ① 농업의 경영이나 농산물의 유통ㆍ가공ㆍ판매를 기업적으로 하려는 자나 농업인의 농작업을 대행하거나 농어촌 관광휴양사업을 하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 OOO(農業會社法人)을 설립할 수 있다.

② OOO을 설립할 수 있는 자는 농업인과 농업생산자단체로 하되, 농업인이나 농업생산자단체가 아닌 자도 대통령령으로 정하는 비율 또는 금액의 범위에서 OOO에 출자할 수 있다.

③ 수산업의 경영이나 수산물의 유통ㆍ가공ㆍ판매를 기업적으로 하려는 자나 농어촌 관광휴양사업을 하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 어업회사법인(漁業會社法人)을 설립할 수 있다.

④ 어업회사법인을 설립할 수 있는 자는 어업인과 어업생산자단체로 하되, 어업인이나 어업생산자단체가 아닌 자도 대통령령으로 정하는 비율 또는 금액의 범위에서 어업회사법인에 출자할 수 있다.

⑤ OOO 및 어업회사법인은 설립등기 또는 변경등기를 한 경우에는 30일 이내에 주된 사무소 소재지를 관할하는 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 농림축산식품부령 또는 해양수산부령으로 정하는 바에 따라 설립등기 또는 변경등기 사실을 통지하여야 한다. 이 경우 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 OOO 및 어업회사법인의 명부를 농림축산식품부령 또는 해양수산부령으로 정하는 바에 따라 관리하여야 한다.

⑥ OOO 및 어업회사법인의 설립ㆍ출자, 부대사업의 범위 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑦ OOO의 농업생산자단체 조합원이나 준조합원 가입에 관하여는 제17조제4항을 준용하고 어업회사법인의 어업생산자단체 조합원이나 준조합원 가입에 관하여는 제17조제5항과 제6항을 준용한다.

⑧ OOO 및 어업회사법인에 관하여 이 법에서 규정한 사항 외에는 상법 중 회사에 관한 규정을 준용한다.

(3) 유통산업발전법 제1조(목적) 이 법은 유통산업의 효율적인 진흥과 균형 있는 발전을 꾀하고, 건전한 상거래질서를 세움으로써 소비자를 보호하고 국민경제의 발전에 이바지함을 목적으로 한다. 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “유통산업”이란 농산물ㆍ임산물ㆍ축산물ㆍ수산물(가공물 및 조리물을 포함한다) 및 공산품의 도매ㆍ소매 및 이를 경영하기 위한 보관ㆍ배송ㆍ포장과 이와 관련된 정보ㆍ용역의 제공 등을 목적으로 하는 산업을 말한다.

2. “매장”이란 상품의 판매와 이를 지원하는 용역의 제공에 직접 사용되는 장소를 말한다. 이 경우 매장에 포함되는 용역의 제공 장소의 범위는 대통령령으로 정한다.

(4) 유통산업발전법 시행령 제2조(용역제공장소의 범위) 유통산업발전법(이하 “법”이라 한다) 제2조 제2호 후단에 따라 매장에 포함되는 용역의 제공장소는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설이 설치되는 장소로 한다.

1. 건축법 시행령 별표 1(이하 이 조에서 “같은 표”라 한다) 제3호 나목부터 마목까지의 규정에 따른 제1종 근린생활시설

2. 같은 표 제4호에 따른 제2종 근린생활시설

3. 같은 표 제5호에 따른 문화 및 집회시설

4. 같은 표 제13호에 따른 운동시설

5. 같은 표 제14호나목에 따른 일반업무시설(오피스텔은 제외한다)